genome.fa.s18364.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01018364.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig18397, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9773

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8--101	38	2.5	37	93	3	161	27	20	30	21	1.98
280--1339	48	23.9	46	66	22	193	33	19	27	19	1.96
218--505	133	2.2	133	86	4	393	35	18	27	18	1.94
35--599	223	2.5	221	82	7	675	33	18	27	20	1.96
550--623	38	1.9	38	89	5	114	28	21	24	25	1.99
356--1294	86	10.8	86	75	11	739	33	19	27	19	1.96
352--940	173	3.4	174	81	4	658	32	18	28	20	1.96
737--886	38	3.7	38	70	17	113	32	16	30	20	1.94
786--1180	134	2.9	133	85	3	533	35	19	27	18	1.95
1081--1160	36	2.2	36	82	8	90	32	20	30	17	1.95
920--1341	220	1.9	220	92	0	709	33	21	26	18	1.96
1163--1245	38	2.2	37	85	6	105	31	19	27	21	1.97
3455--3568	37	3.1	37	78	5	122	31	20	27	21	1.98
3530--6009	48	56.7	48	67	19	461	34	18	27	19	1.95
3626--3832	38	5.2	38	75	15	170	32	17	27	21	1.96
3412--3773	172	2.1	172	85	3	496	35	18	25	20	1.95
3665--3881	86	2.5	86	88	5	314	33	18	27	20	1.96
3578--3823	124	2.0	124	86	6	347	34	19	26	20	1.96
3884--3957	37	2.0	37	84	10	98	29	18	27	24	1.98
3703--4014	133	2.3	134	82	4	371	34	18	26	20	1.96
3861--4366	85	5.8	85	79	8	498	34	19	27	18	1.95
3922--4250	181	1.8	182	86	3	484	35	19	26	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4154--4236	38	2.2	39	84	2	105	36	16	28	18	1.93
4116--4338	86	2.6	85	87	0	311	34	17	29	18	1.94
3947--4473	133	3.9	133	74	13	427	34	18	27	19	1.95
4230--4501	135	2.0	133	82	2	321	36	17	25	20	1.94
4346--4587	86	2.8	85	78	4	261	35	19	25	19	1.95
4608--4690	38	2.2	38	84	4	105	32	18	26	22	1.97
4728--4921	38	4.8	38	74	14	165	30	17	29	21	1.96
4631--6240	86	18.6	86	69	18	448	34	18	27	20	1.95
4924--5009	38	2.3	38	87	4	120	32	17	30	19	1.95
4743--5666	124	7.1	121	72	15	409	32	18	28	20	1.96
4902--5238	133	2.5	133	85	3	437	35	17	27	18	1.94
5111--5277	47	3.5	47	75	11	162	36	15	27	20	1.93
5111--5283	95	1.8	96	83	8	237	37	16	26	19	1.93
5242--5315	38	1.9	38	83	5	96	32	18	28	20	1.96
5374--5514	38	3.8	37	85	4	194	31	20	26	21	1.98
5378--5532	38	4.1	38	83	2	179	32	19	27	21	1.97
5378--5532	76	2.1	75	87	1	220	32	19	27	21	1.97
5583--5675	38	2.4	38	78	3	96	30	19	30	20	1.97
5463--5715	134	1.9	132	82	8	316	33	18	28	19	1.95
5560--5771	85	2.5	86	85	2	284	33	18	28	18	1.95
5191--6388	219	5.6	216	74	13	832	34	18	27	19	1.96
5802--5917	38	3.1	38	78	2	126	31	19	27	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5672--6116	173	2.6	171	81	5	452	37	17	26	19	1.93
6036--6240	84	2.4	84	82	7	245	33	18	28	20	1.95
5926--6474	208	2.6	208	81	7	637	34	18	27	20	1.96
6184--6770	38	14.0	38	64	24	132	32	18	26	22	1.97
6099--6361	121	2.2	121	82	5	298	31	20	28	20	1.97
6242--6576	87	3.9	87	80	2	347	32	18	26	22	1.97
6443--6740	133	2.2	133	80	7	352	33	17	26	22	1.96
6589--6827	86	2.8	85	84	3	284	34	18	27	19	1.96
6734--6875	48	3.0	48	78	6	126	33	18	26	21	1.96
6673--7808	134	8.8	132	72	13	502	33	18	27	20	1.96
6885--6999	48	2.4	47	82	5	142	34	24	26	14	1.94
6966--7037	38	1.9	38	82	2	92	31	20	29	18	1.96
6885--7007	47	2.6	46	78	10	122	37	23	25	13	1.92
6980--7085	38	2.8	37	84	7	133	30	16	30	22	1.96
7016--7180	85	1.9	85	81	7	201	30	17	27	24	1.97
7149--7300	48	3.2	47	79	5	153	34	20	26	18	1.95
7341--7471	48	2.7	48	78	4	140	38	16	25	19	1.92
7439--7549	38	2.9	38	86	5	136	31	18	24	25	1.98
7476--9725	86	26.5	85	70	15	835	32	19	28	20	1.97
7203--8120	172	5.3	170	78	8	842	33	19	27	20	1.96
7515--7642	48	2.7	47	78	11	134	35	21	25	17	1.95
7611--9204	38	38.2	38	69	19	710	31	19	28	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7583--7844	122	2.1	123	84	4	350	30	20	28	19	1.97
7854--9773	48	44.7	47	67	20	483	32	18	28	20	1.97
7823--9767	134	15.2	132	72	15	1038	32	18	28	20	1.97
8466--8539	37	2.0	37	91	0	121	28	20	24	27	1.99
8799--8891	46	2.0	46	85	0	123	33	18	29	19	1.95
8603--9691	170	6.6	161	75	11	566	32	18	28	21	1.96
8685--9204	199	2.6	198	92	1	821	31	19	28	20	1.97
9236--9725	85	5.7	85	80	2	455	32	18	28	20	1.96
9547--9644	47	2.1	47	83	5	119	36	18	27	17	1.93
9595--9676	38	2.2	37	84	6	103	30	18	26	24	1.98

Tables:   1

The End!