genome.fa.s109.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167934.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_197, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52816

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18--67	21	2.4	21	80	6	57	52	2	4	42	1.31
472--531	23	2.5	24	75	21	63	50	1	1	46	1.21
766--794	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
1136--1237	25	4.0	25	71	13	66	46	1	2	49	1.28
1133--1238	53	2.0	53	80	10	119	45	1	2	50	1.27
1317--1392	39	2.0	38	82	7	91	43	2	0	53	1.14
1392--1434	23	1.9	22	85	4	59	65	2	0	32	1.06
1377--2241	181	4.9	179	75	8	578	42	8	6	41	1.62
2100--2149	11	4.5	11	76	18	50	62	0	2	36	1.07
2100--2151	23	2.3	24	78	15	67	59	0	1	38	1.08
2376--2408	14	2.4	14	94	0	57	48	0	0	51	1.00
2379--2498	22	5.6	22	71	20	76	51	2	0	45	1.14
2505--2555	27	1.9	26	92	4	84	49	3	0	47	1.20
2732--2796	19	3.2	20	79	12	62	60	1	1	36	1.16
2750--2802	19	2.6	21	80	20	67	60	0	0	39	0.97
2826--5117	487	4.8	484	80	7	2297	31	11	18	39	1.86
2826--5117	455	4.8	486	80	7	2334	31	11	18	39	1.86
4160--5260	488	2.3	486	84	3	1417	31	11	16	39	1.84
7670--7714	20	2.3	18	82	14	54	80	8	2	8	1.00
8125--8228	21	4.6	22	70	15	70	50	0	0	49	1.00
8129--8185	13	4.7	13	75	18	52	50	0	0	49	1.00
8129--8218	36	2.5	36	77	15	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8123--8231	45	2.4	44	78	15	125	51	0	0	48	1.00
8187--8249	21	2.9	21	83	11	65	47	0	1	50	1.10
8178--8249	9	8.1	9	73	14	51	50	0	1	48	1.09
8123--8249	22	5.6	24	69	19	78	50	0	0	48	1.06
8207--8250	15	2.9	15	90	10	63	47	0	4	47	1.22
8639--8711	11	6.1	12	68	17	53	46	1	1	50	1.18
8628--8694	25	2.7	26	77	15	70	47	1	2	47	1.26
8676--8714	14	2.8	14	88	11	62	53	0	0	46	1.00
8659--8706	20	2.4	19	76	10	51	50	0	0	50	1.00
8594--8726	47	2.7	46	73	15	133	45	0	1	52	1.15
9298--9349	21	2.4	23	81	12	65	46	1	0	51	1.12
10916--10970	24	2.2	25	78	18	62	47	1	1	49	1.23
11047--11085	6	6.7	6	82	5	53	46	2	2	48	1.29
11046--11085	17	2.3	17	86	4	53	45	2	2	50	1.28
11450--11968	176	2.9	176	79	8	514	40	6	10	42	1.66
12942--12996	28	2.0	28	82	7	67	50	1	0	47	1.11
12965--13040	21	3.5	22	71	18	52	52	0	0	47	1.00
13448--13503	29	1.9	29	82	7	69	51	1	0	46	1.11
13652--13708	28	2.1	26	84	15	71	56	0	0	43	0.99
13666--13715	14	3.6	14	78	7	57	50	0	0	50	1.00
13814--13865	18	2.9	18	82	5	61	46	1	0	51	1.12
14371--14427	19	2.8	19	72	25	53	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14371--14426	29	1.9	29	85	7	78	57	0	0	42	0.99
14485--14531	22	2.3	19	82	17	58	46	0	2	51	1.13
14612--14642	15	2.1	15	100	0	62	38	0	6	54	1.26
14645--14718	30	2.4	31	81	16	84	44	2	1	51	1.24
14713--14767	19	2.8	19	81	13	58	45	5	5	43	1.50
14773--14805	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
14758--14843	9	9.4	9	76	11	59	51	2	2	44	1.27
14779--14874	24	4.0	25	71	5	81	51	2	2	44	1.25
14773--14923	12	11.2	13	68	20	64	52	3	1	43	1.26
15740--15826	32	2.9	31	74	17	85	51	2	1	44	1.21
16320--16395	17	4.5	17	70	18	52	39	1	2	56	1.21
16323--16383	24	2.6	23	75	17	61	40	1	3	54	1.27
16804--17575	181	4.3	180	78	4	707	41	8	8	40	1.66
18036--18068	18	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
17655--18863	175	6.8	177	74	8	740	41	7	9	42	1.64
18512--18880	180	2.0	180	82	2	454	43	7	8	41	1.61
18734--19033	159	1.9	159	83	5	392	40	6	8	45	1.59
18876--19350	181	2.6	179	79	8	448	37	9	10	42	1.71
18998--19412	181	2.3	181	77	5	446	38	9	10	41	1.72
19439--20079	181	3.5	179	79	5	648	37	10	9	42	1.72
20709--20761	18	3.0	18	81	10	65	41	3	3	50	1.38
21087--21218	68	1.9	69	81	7	162	33	11	6	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618--21649	14	2.1	16	88	11	50	53	3	0	43	1.16
21850--21911	31	2.0	31	81	12	74	33	4	3	58	1.36
22004--22131	39	3.2	39	72	16	93	50	0	1	46	1.16
22078--22122	13	3.5	13	78	3	56	44	0	2	53	1.13
22218--22247	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
23150--23174	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
23463--23501	6	6.7	6	82	5	53	48	2	2	46	1.29
23463--23502	17	2.3	17	86	4	53	50	2	2	45	1.28
24120--24191	23	3.3	23	75	20	82	56	0	5	37	1.22
24640--24701	18	3.7	18	71	18	62	45	0	4	50	1.23
24703--24742	21	1.9	21	85	10	55	42	2	5	50	1.37
24824--24885	32	1.9	32	84	12	83	50	3	3	43	1.34
25110--25144	16	2.3	15	90	5	52	42	0	8	48	1.33
25227--25291	27	2.5	23	73	23	58	46	3	4	46	1.39
25400--25437	16	2.5	15	84	16	51	42	2	0	55	1.14
26127--26195	21	3.2	21	74	23	63	46	2	2	47	1.32
26439--26490	25	2.2	22	83	10	59	48	3	0	48	1.20
26507--26565	22	2.5	23	81	15	68	45	3	1	49	1.28
26871--26917	19	2.5	20	83	13	64	44	0	4	51	1.21
27221--27504	143	2.0	143	81	5	333	44	5	8	41	1.58
27045--27697	323	2.0	323	79	4	699	39	7	10	42	1.67
27368--29033	181	9.3	181	74	6	1139	39	7	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27629--29020	540	2.6	536	81	4	1548	39	7	10	42	1.69
29042--29539	181	2.8	182	80	3	512	41	9	10	38	1.72
29404--29684	145	1.9	146	85	5	390	41	6	9	42	1.64
29723--29980	138	1.9	138	86	7	373	37	8	9	43	1.68
30118--30550	181	2.4	180	82	3	501	42	10	10	36	1.75
30837--30877	22	1.9	21	90	5	64	39	2	2	56	1.26
30989--31059	31	2.3	31	80	2	81	52	0	1	46	1.09
31763--31814	22	2.4	20	76	17	50	40	1	3	53	1.30
31943--31984	13	3.2	13	90	6	59	42	2	0	54	1.13
31947--32029	6	13.7	6	70	22	50	48	2	1	48	1.22
31947--32029	19	4.5	19	72	21	70	48	2	1	48	1.22
32836--32888	14	3.9	14	74	18	58	47	1	0	50	1.12
33118--33199	9	8.6	10	70	22	61	48	1	1	48	1.17
33118--33208	20	4.9	18	76	18	73	48	1	1	49	1.15
33140--33214	25	3.0	25	75	15	73	49	1	1	48	1.18
33225--33268	21	2.2	20	84	12	54	47	2	2	47	1.27
33360--33415	14	3.8	15	77	17	55	46	0	1	51	1.11
33357--33487	29	4.5	30	72	23	82	48	0	1	49	1.10
33473--33519	16	3.1	17	82	17	59	46	0	4	48	1.21
33618--33692	20	3.7	20	73	7	71	46	2	1	49	1.24
33707--33744	16	2.2	18	90	9	62	36	0	2	60	1.11
34196--34258	27	2.3	27	84	10	76	47	4	4	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34373--34429	28	2.0	28	83	6	71	54	1	0	43	1.10
34886--34931	24	2.0	23	82	4	56	50	4	2	43	1.34
35553--35599	15	3.2	16	77	20	57	48	2	0	48	1.13
35560--35606	16	3.1	15	79	17	53	51	4	0	44	1.21
36053--36084	17	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
36019--36075	23	2.4	24	85	8	73	49	0	3	47	1.18
36041--36098	13	4.7	13	75	14	52	51	0	0	48	1.00
36035--36111	23	3.4	24	75	19	76	54	0	0	45	0.99
36058--36162	17	6.1	17	69	24	53	49	0	0	49	1.07
36100--36162	21	2.9	21	83	11	65	47	0	1	50	1.10

Tables:   1   2