genome.fa.s138.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167963.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_222, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48125

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17--124	39	2.7	39	78	16	116	56	0	24	18	1.47
833--866	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
1278--1331	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
1277--1352	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
1259--1352	28	3.3	26	77	15	80	72	4	7	15	1.23
1545--1588	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
1720--1744	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
3088--3125	20	1.9	20	88	0	58	57	13	0	28	1.36
3187--4801	795	2.0	783	86	8	2247	66	5	11	16	1.42
4340--4373	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
4762--4811	20	2.5	21	83	6	59	84	0	8	8	0.79
4764--4812	14	3.4	14	85	2	53	83	0	8	8	0.81
5042--5085	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
5214--5238	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
5527--5561	17	2.1	17	88	0	52	82	2	8	5	0.91
6638--6676	13	3.1	13	82	17	55	87	2	5	5	0.75
7143--7196	20	2.6	21	82	2	56	77	3	9	9	1.09
7817--7860	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
7990--8014	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
6238--8463	801	2.7	792	79	13	2556	66	5	12	15	1.42
9067--9120	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
9066--9141	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9048--9141	28	3.3	26	77	15	80	72	4	7	15	1.23
9334--9377	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
9507--9531	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
7591--10154	754	3.4	755	77	13	2939	65	5	13	16	1.43
10600--10791	90	2.1	90	90	1	296	92	0	3	3	0.47
10600--10782	1	183.0	1	91	0	258	93	0	3	2	0.44
10924--10962	13	3.1	13	82	17	55	87	2	5	5	0.75
10772--12632	817	2.2	817	88	7	2658	65	5	12	16	1.43
12160--12193	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
12605--12658	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
12604--12679	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
12586--12679	28	3.3	26	77	15	80	72	4	7	15	1.23
12872--12915	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
13045--13069	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
14456--14494	13	3.1	13	82	17	55	87	2	5	5	0.75
14817--14870	28	2.0	27	81	3	63	66	3	9	20	1.35
15688--15721	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
16133--16186	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
16132--16207	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
16114--16207	28	3.3	26	77	15	80	72	4	7	15	1.23
16400--16443	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
16573--16597	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15431--17319	754	2.5	755	77	12	1773	65	5	13	16	1.44
17981--18019	13	3.1	13	82	17	55	87	2	5	5	0.75
17822--19689	817	2.2	819	88	7	2676	65	5	12	16	1.43
19217--19250	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
19662--19715	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
19661--19736	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
19643--19736	28	3.3	26	77	15	80	72	4	7	15	1.23
19929--19972	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
20102--20126	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
20786--20819	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
21566--21595	13	2.3	13	94	0	51	86	3	3	6	0.77
21629--21680	17	3.0	17	78	15	61	80	9	5	3	0.99
22766--22799	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
23191--23244	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
23190--23265	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
23174--23254	28	2.8	28	78	15	76	74	4	7	13	1.20
23206--23265	28	2.1	28	84	6	77	71	3	8	16	1.24
23616--23640	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
22491--23898	749	1.9	732	81	11	1704	64	4	13	16	1.44
25026--25055	13	2.3	13	94	0	51	86	3	3	6	0.77
25508--25573	31	2.2	28	84	7	78	21	3	1	74	1.04
26172--26209	20	1.9	20	84	10	51	71	5	7	15	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26269--26322	26	2.1	25	83	10	65	75	3	5	14	1.12
26599--26652	26	2.1	24	83	16	65	77	1	5	14	1.03
27329--27370	21	2.0	22	86	13	61	76	2	9	11	1.12
28388--28421	13	2.7	13	90	4	52	88	2	2	5	0.70
28212--30020	862	2.2	816	82	12	2091	63	6	13	16	1.48
29613--29646	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
30031--30084	21	2.7	20	76	18	58	77	1	5	14	1.03
30030--30105	26	2.8	26	82	7	73	73	2	7	15	1.17
30013--30105	28	3.2	28	78	13	82	72	4	7	16	1.24
33053--33086	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
33492--33544	20	2.7	20	76	23	58	77	1	5	15	1.04
33491--33544	27	2.1	25	83	13	65	77	1	5	14	1.03
33927--33951	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
34093--34134	18	2.2	20	83	8	52	64	2	19	14	1.39
34895--34938	11	3.9	11	77	16	54	79	0	2	18	0.83
35318--35374	29	2.0	29	85	0	78	78	5	8	7	1.07
36185--36214	14	2.1	14	93	0	51	86	0	3	10	0.67
36198--36255	23	2.6	22	79	12	66	75	8	8	6	1.18
36973--37062	28	3.2	27	80	13	85	72	4	7	15	1.24
37255--37298	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
37727--37769	16	2.6	17	85	14	54	76	2	11	9	1.10
38842--38884	13	3.4	14	81	18	58	83	4	6	4	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38681--40528	815	2.2	814	87	7	2614	65	5	12	16	1.43
40072--40105	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
40761--40804	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
42192--44041	818	2.2	814	87	6	2592	65	5	12	16	1.43
43583--43616	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
44274--44317	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
45875--45916	12	3.4	13	80	9	52	83	4	7	4	0.91
47107--47140	16	2.1	17	88	5	52	70	5	8	14	1.31
45714--47562	816	2.2	821	87	7	2621	65	5	12	16	1.43
47795--47838	24	1.9	22	86	9	61	77	2	15	4	1.04
47967--47991	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87

Tables:   1

The End!