genome.fa.s197.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168022.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_276, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  40149

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295--1513	177	6.8	182	72	11	601	40	8	9	41	1.69
1541--1628	20	4.4	20	75	11	83	59	0	0	40	0.98
1555--1634	10	8.2	10	69	19	53	61	0	0	38	0.96
2141--3425	177	7.2	177	74	9	855	39	8	10	40	1.70
3546--3582	18	2.0	19	89	5	58	45	0	2	51	1.15
3860--3919	14	4.6	13	73	19	54	53	1	1	43	1.20
3859--3901	7	6.1	7	81	10	52	53	2	2	41	1.26
3975--4020	21	2.1	22	84	4	58	60	2	2	34	1.21
4736--4774	10	3.9	10	87	9	53	53	0	0	46	1.00
4739--4777	14	2.9	14	92	3	62	56	0	0	43	0.99
5235--5274	11	3.6	11	90	6	55	42	0	0	57	0.98
5248--5297	23	2.1	24	82	10	59	48	2	0	50	1.12
5249--5303	23	2.5	23	75	21	55	50	1	0	47	1.11
5352--5403	28	2.0	25	85	11	68	48	0	3	48	1.20
5338--5413	29	2.5	29	78	6	80	48	0	5	46	1.24
5522--5556	17	2.2	15	90	10	52	54	5	0	40	1.24
6110--6175	26	2.9	22	72	16	62	42	0	3	54	1.15
6190--6220	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
6254--6430	13	12.6	14	68	26	74	45	1	2	50	1.23
6299--6346	21	2.2	22	85	14	64	41	0	2	56	1.11
6355--6417	20	3.0	20	79	18	67	50	0	0	49	1.00
6203--6417	20	10.8	20	66	23	66	46	1	1	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7052--7107	24	2.3	25	82	17	73	53	1	3	41	1.29
7073--7122	15	3.0	16	80	16	57	52	0	6	42	1.26
7137--7200	21	3.0	22	74	17	55	51	1	1	45	1.20
7341--7394	23	2.4	23	81	9	67	51	1	0	46	1.11
7893--7956	30	2.1	31	85	2	85	45	4	3	46	1.39
8071--8175	40	2.6	43	80	12	116	48	3	0	46	1.26
8153--8200	17	2.9	17	79	14	55	54	0	0	45	0.99
8579--8627	18	2.7	18	78	15	57	42	0	4	53	1.20
8716--8760	19	2.3	20	85	11	58	46	0	6	46	1.29
8763--8832	25	2.6	27	80	8	74	51	0	1	47	1.09
8791--8829	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
8778--8837	25	2.4	26	86	5	79	51	0	0	48	1.00
8922--8998	21	3.9	21	67	27	60	48	1	0	50	1.09
8909--8979	36	1.9	36	86	8	99	46	1	0	52	1.09
8942--8994	15	3.5	15	78	17	56	43	1	0	54	1.11
8913--8976	16	4.1	16	75	15	62	48	1	0	50	1.10
8924--8973	25	2.0	25	84	7	66	46	0	0	54	1.00
8925--8995	31	2.4	29	80	17	85	46	1	0	52	1.09
9123--9164	21	2.0	22	86	13	61	42	0	4	52	1.22
9886--9959	26	2.6	30	78	16	79	48	2	5	43	1.40
9884--10142	66	4.0	63	63	22	140	45	4	5	44	1.44
9785--10179	197	2.0	198	96	2	724	45	4	4	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10162--10212	17	2.9	17	77	13	59	49	3	0	47	1.20
10278--10315	15	2.5	15	86	4	58	47	0	0	52	1.00
10293--10326	11	3.0	11	86	4	50	50	0	0	50	1.00
10776--10808	16	2.2	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
10982--11033	27	1.9	27	84	7	70	44	7	1	46	1.43
11323--11368	23	2.0	23	83	8	58	43	4	6	45	1.49
11512--11617	54	2.0	51	87	8	151	49	7	1	41	1.42
11663--11756	9	10.2	9	68	24	54	48	1	1	48	1.15
11665--11759	40	2.4	38	78	14	95	49	1	1	48	1.15
12095--12138	22	2.0	22	86	4	63	56	2	0	40	1.11
14969--15034	30	2.1	32	86	8	91	40	1	7	50	1.40
15027--15102	9	8.3	9	76	15	59	43	0	3	52	1.19
15206--15255	26	1.9	26	84	8	66	36	4	4	56	1.37
15274--15326	22	2.4	21	87	12	72	47	11	1	39	1.50
15850--15917	27	2.7	24	78	21	68	51	0	0	48	1.00
15878--15917	19	2.0	21	90	9	66	55	0	0	45	0.99
15851--15901	24	2.2	24	86	6	70	49	0	0	50	1.00
15866--15927	27	2.2	29	80	5	74	53	0	0	46	1.00
15979--16056	23	3.4	23	72	12	63	41	2	2	53	1.28
16078--16111	16	2.1	16	88	0	50	50	0	0	50	1.00
16028--16106	34	2.4	33	79	12	90	46	3	0	49	1.19
16471--17116	180	3.6	180	81	5	693	41	8	8	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17480--17510	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
17706--17763	22	2.8	20	80	17	64	48	3	0	48	1.18
18173--18242	36	1.9	36	83	11	90	50	4	0	45	1.21
18732--18827	18	5.1	18	70	20	54	48	3	0	47	1.17
19138--19197	19	3.3	17	77	13	57	46	0	3	50	1.18
19209--20739	181	8.5	179	75	7	1071	38	7	10	42	1.68
19208--20687	355	4.1	351	75	9	1063	39	7	10	42	1.68
20900--20945	17	2.8	17	75	18	53	54	0	0	45	0.99
21083--21125	11	4.0	11	77	17	54	51	4	0	44	1.22
21092--21164	21	3.5	21	73	14	62	46	2	0	50	1.15
21299--21328	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
21299--21346	19	2.6	19	83	3	62	56	0	0	43	0.99
21291--21345	23	2.4	22	82	14	67	54	0	0	45	0.99
21499--21536	19	2.0	19	85	10	51	50	2	0	47	1.15
21541--21578	18	2.1	18	95	0	67	55	0	0	44	0.99
21511--21570	14	4.3	14	72	19	54	51	0	0	48	1.00
21595--21644	26	2.0	26	88	4	75	40	4	4	52	1.39
22108--22141	17	1.9	18	94	5	61	38	0	0	61	0.96
22230--22296	27	2.5	28	82	4	75	46	0	5	47	1.27
22521--22564	20	2.1	21	84	12	56	47	0	2	50	1.13
22602--22654	21	2.5	22	82	17	67	50	1	0	47	1.12
23090--23147	29	2.0	29	83	9	75	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23104--23147	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99
23117--23161	23	1.9	24	81	4	56	51	2	0	46	1.13
23375--23433	18	3.1	19	76	13	59	49	0	6	44	1.29
23575--23617	22	2.0	22	86	9	61	39	0	6	53	1.28
24173--24437	12	21.2	13	66	23	67	44	1	1	52	1.17
24196--24286	5	19.0	5	69	20	52	45	0	1	53	1.07
24211--24345	9	15.1	9	68	25	65	45	0	0	53	1.05
24176--24342	17	9.8	17	68	22	84	44	0	1	52	1.15
24208--24406	17	11.6	17	68	20	64	46	1	0	51	1.11
24235--24363	26	4.9	24	71	21	73	44	1	0	52	1.15
24430--24488	25	2.4	24	75	16	66	49	3	1	45	1.28
24521--24563	13	3.6	12	85	14	54	48	2	0	48	1.14
26599--26637	6	6.7	6	82	5	53	48	2	2	46	1.29
26599--26638	17	2.3	17	86	4	53	50	2	2	45	1.28
26728--26786	22	2.6	24	76	17	63	45	0	3	50	1.18
26799--26840	15	2.9	15	85	3	59	54	0	0	45	0.99
26979--27047	26	2.7	26	72	20	72	56	2	0	40	1.14
27013--27047	16	2.1	17	89	5	54	57	0	0	42	0.99
26979--27088	26	4.1	25	72	23	66	52	1	0	44	1.17
27016--27089	31	2.3	34	77	17	86	50	0	1	48	1.09
27037--27087	21	2.5	20	81	9	68	49	0	1	49	1.12
27365--27417	18	3.0	16	76	17	52	49	3	5	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27939--27991	17	3.1	16	82	12	61	43	1	0	54	1.11
27958--28070	32	3.6	31	75	19	110	45	2	0	51	1.21
27963--28051	16	5.4	17	71	20	73	44	1	1	52	1.15
28003--28216	23	9.6	23	68	24	79	50	1	2	46	1.23
28086--28190	6	17.7	6	71	20	78	50	0	0	47	1.14
28087--28170	26	3.4	26	78	17	99	52	0	1	46	1.08
28119--28259	38	3.7	38	67	27	70	50	1	2	46	1.22
28113--28168	14	4.2	13	80	15	62	51	0	1	46	1.11
28010--28140	67	1.9	67	84	9	174	48	1	3	47	1.26
28096--28258	29	5.7	28	74	21	119	50	1	1	46	1.20

Tables:   1   2