genome.fa.s266.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168091.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_338, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33812

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76--126	21	2.4	22	80	9	61	43	3	1	50	1.31
76--132	21	2.7	20	76	10	51	43	5	1	49	1.35
316--405	35	2.7	34	79	8	105	40	4	2	53	1.33
355--443	11	8.0	11	68	20	51	39	2	2	56	1.24
392--448	28	2.0	28	83	6	71	42	0	5	52	1.24
550--618	33	2.1	33	83	5	86	47	2	1	47	1.25
723--778	15	3.6	15	71	15	51	44	0	1	53	1.11
1745--1784	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
1752--1794	14	3.1	14	83	10	52	55	0	0	44	0.99
1771--1803	17	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
2752--2830	11	7.0	12	67	22	55	44	0	1	54	1.08
3774--3817	20	2.2	20	84	12	54	43	0	0	56	0.99
4152--4224	21	3.6	21	68	15	64	49	0	1	49	1.09
4572--4601	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
4566--4607	21	2.0	21	86	9	59	40	0	0	59	0.97
4594--4639	18	2.6	18	82	0	56	50	2	2	45	1.26
5096--5141	17	2.7	17	83	10	58	56	2	0	41	1.11
6636--6662	12	2.2	12	100	0	54	44	7	0	48	1.31
6685--6739	21	2.6	22	77	16	62	45	3	9	41	1.53
6676--6757	21	4.0	19	72	17	58	43	2	7	46	1.44
7077--7158	14	5.5	15	67	26	59	48	1	0	50	1.08
7086--7134	21	2.7	18	77	22	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7096--7148	19	2.8	19	86	11	65	49	1	0	49	1.12
7087--7152	19	3.7	18	75	22	50	50	1	0	48	1.10
7628--7652	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7771--7815	23	1.9	24	86	13	67	42	2	2	53	1.25
7907--7952	13	3.4	14	85	8	60	60	0	0	39	0.97
7889--7953	26	2.5	26	80	12	71	61	0	0	38	0.96
7899--7952	7	7.9	7	81	10	67	61	0	0	38	0.96
7889--7953	3	21.0	3	76	14	53	61	0	0	38	0.96
7889--7952	10	6.5	10	79	18	55	60	0	0	39	0.97
8049--8106	20	2.9	19	78	16	64	44	3	1	50	1.29
8049--8132	20	4.3	19	72	20	59	46	2	3	47	1.32
8531--8602	36	2.0	37	82	12	89	34	0	4	61	1.16
8611--8672	21	3.1	20	80	13	65	43	1	4	50	1.33
9054--9130	26	2.7	27	78	11	75	54	2	0	42	1.14
9033--9144	14	7.8	14	67	23	56	52	4	0	41	1.27
9921--9969	15	3.2	15	79	2	53	46	2	0	51	1.12
10136--10165	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
10136--10222	15	5.9	15	72	18	51	51	0	0	48	1.00
10136--10199	26	2.4	26	84	7	76	54	0	0	45	0.99
10154--10213	26	2.6	23	85	15	79	51	0	0	48	1.00
10150--10233	20	4.0	21	76	20	77	50	0	0	50	1.00
10150--10242	46	2.0	45	84	10	118	50	1	0	48	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10155--10230	22	3.3	22	71	14	64	47	0	0	52	1.00
10559--10608	25	2.0	24	84	3	64	56	2	2	40	1.22
10649--10683	16	2.1	18	89	10	56	48	5	0	45	1.26
10863--10913	24	2.1	25	85	3	68	43	1	0	54	1.11
10987--11062	40	1.9	40	81	10	93	51	2	0	46	1.15
10993--11061	17	4.1	16	71	23	52	52	1	0	46	1.09
10980--11053	20	3.9	20	72	18	68	51	2	0	45	1.15
10956--11069	20	5.9	18	68	26	58	49	2	0	47	1.21
11171--11220	22	2.3	22	82	6	57	52	6	0	42	1.26
11396--11476	25	3.3	25	72	17	71	49	2	0	48	1.14
11411--11482	25	2.9	25	76	12	76	48	2	1	47	1.25
12147--12211	22	2.8	23	75	15	55	52	1	3	43	1.26
12454--12501	24	2.0	24	83	0	60	56	2	8	33	1.41
12543--12590	26	1.9	26	83	8	64	50	4	6	39	1.47
13000--13039	15	2.6	16	84	15	57	45	2	0	52	1.14
13242--13295	15	3.9	14	80	20	53	55	0	1	42	1.10
13231--13294	30	2.0	33	85	8	89	51	0	1	46	1.10
13331--13372	11	3.7	12	81	12	52	47	0	0	52	1.00
13357--13416	14	3.9	16	80	16	56	58	3	0	38	1.15
13703--14261	180	3.1	179	83	5	573	40	8	8	42	1.65
13703--14322	179	3.5	180	81	7	576	41	8	9	41	1.67
14986--15027	14	2.8	15	75	10	50	47	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15242--15301	21	2.9	21	69	16	52	35	1	6	56	1.35
15470--15530	23	3.0	22	79	18	69	40	0	4	54	1.22
15492--15529	19	2.0	19	90	10	60	42	0	5	52	1.24
15991--17211	182	6.7	182	73	10	794	40	8	9	41	1.68
16179--17190	538	1.9	545	83	3	1351	40	8	9	41	1.67
17514--17546	17	2.0	17	88	5	50	39	0	6	54	1.25
17602--17643	15	2.9	14	86	13	50	45	2	2	50	1.27
17710--17804	13	7.0	14	73	17	60	44	0	2	53	1.12
17862--17916	14	4.2	13	73	17	51	50	0	0	49	1.00
18338--18398	21	2.7	23	78	14	65	42	4	0	52	1.23
18534--18645	29	3.8	31	70	19	80	49	0	4	46	1.22
18766--18846	14	5.8	13	72	21	58	44	0	2	53	1.14
18766--18849	10	9.4	9	71	18	52	44	0	2	53	1.13
18792--18843	23	2.3	22	78	15	61	44	0	1	53	1.11
18799--18864	27	2.4	27	85	5	80	51	0	3	45	1.16
18929--19021	29	3.2	28	71	20	75	50	4	1	44	1.28
19106--19168	16	3.9	16	78	17	60	50	1	4	42	1.32
19276--19323	15	3.3	15	74	25	50	54	4	0	41	1.20
19302--19389	26	3.3	27	81	10	92	46	4	2	46	1.35
19444--19515	25	2.9	24	80	15	83	51	0	0	48	1.00
19451--19513	9	7.1	9	76	15	60	50	0	0	49	1.00
20124--20351	110	2.1	111	95	2	415	41	5	6	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20142--20393	110	2.3	111	87	4	321	43	5	4	46	1.47
20494--20548	21	2.6	22	81	13	55	47	1	0	50	1.11
20734--20812	28	2.9	28	79	11	83	45	1	3	49	1.28
21055--21094	13	3.1	13	81	0	53	45	0	0	55	0.99
21281--21335	28	2.0	27	82	10	67	49	1	1	47	1.23
21320--21362	13	3.2	14	81	18	56	46	0	0	53	1.00
21292--21412	27	4.4	28	77	14	85	44	1	0	52	1.16
21706--21760	18	3.0	19	74	15	62	49	0	0	50	1.00
22020--22057	14	2.7	15	80	16	53	44	0	0	55	0.99
22018--22078	18	3.1	19	76	11	61	45	0	0	54	1.00
22058--22140	31	2.8	29	76	15	82	46	0	1	51	1.08
22035--22133	52	1.9	51	81	6	119	47	0	1	51	1.07
23116--23176	19	3.0	20	75	20	63	36	4	0	59	1.19
23105--23177	23	3.3	23	71	21	66	32	4	2	60	1.30
23835--23876	17	2.5	17	84	3	59	45	2	2	50	1.27
23957--23989	13	2.5	13	95	0	57	42	0	3	54	1.15
24874--24902	10	2.7	11	89	10	51	37	0	6	55	1.27
25416--25461	7	7.1	7	79	16	55	45	0	0	54	0.99
25386--25461	25	3.1	24	81	12	75	44	1	2	51	1.23
25429--25463	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
25747--25771	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
25879--25903	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25850--25916	28	2.4	28	80	12	66	47	1	1	49	1.19
26234--26309	40	1.9	38	84	7	98	44	2	9	43	1.50
26721--27133	180	2.3	179	81	8	464	43	8	9	38	1.67
26960--27300	168	2.0	168	84	5	449	41	7	8	41	1.65
27723--27763	21	1.9	22	85	5	57	53	2	0	43	1.13
27752--27804	24	2.3	23	83	9	63	47	1	3	47	1.31
27752--27807	23	2.4	22	80	16	60	48	1	3	46	1.30
27904--27971	14	4.6	16	68	26	51	45	1	5	47	1.36
28022--28089	19	3.7	19	77	13	63	50	1	0	48	1.10
28227--28287	24	2.6	22	72	18	52	50	1	1	45	1.21

Tables:   1   2