genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167828.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_100, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  89298

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801--840	11	3.5	11	82	3	53	45	0	0	55	0.99
801--855	17	3.2	17	78	14	51	49	0	0	50	1.00
841--882	21	2.0	21	82	17	52	52	2	2	42	1.27
1667--4524	503	5.8	497	82	6	3201	31	10	17	40	1.84
2672--4522	500	3.8	475	84	5	2187	31	10	17	40	1.84
5833--7267	181	8.0	179	76	8	809	41	8	9	40	1.69
7232--7398	91	1.8	92	84	1	228	47	9	11	31	1.72
7064--7568	272	1.9	271	82	5	653	42	8	9	39	1.68
7405--7741	175	1.9	176	84	1	453	42	8	8	39	1.67
6678--7938	627	2.0	631	92	1	2129	42	8	9	39	1.68
8049--8474	179	2.4	177	83	2	460	40	8	9	41	1.67
8832--8882	4	13.0	4	76	12	52	49	3	0	47	1.20
9188--9212	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9677--9720	16	2.9	15	83	12	54	61	2	0	36	1.09
9742--9804	19	3.4	18	77	18	58	49	0	3	47	1.17
9909--9951	22	2.0	22	85	0	59	55	0	2	41	1.12
10132--10187	16	3.6	16	79	15	55	48	0	1	50	1.11
10141--10194	18	2.9	18	78	18	58	48	0	1	50	1.11
10323--10374	11	4.5	11	75	17	52	51	1	0	46	1.12
10324--10403	35	2.4	33	80	15	85	52	2	0	45	1.14
11075--11140	25	2.7	25	81	9	82	48	1	3	46	1.26
11094--11157	26	2.5	27	85	10	89	46	3	3	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11499--11535	19	2.0	18	89	5	56	48	2	0	48	1.15
11506--11563	10	5.8	10	78	13	57	44	0	1	53	1.10
11854--11901	23	2.0	25	84	8	64	50	6	4	39	1.47
12539--12922	177	2.2	175	78	7	398	42	8	7	40	1.64
13632--14656	181	5.7	182	72	10	661	43	9	7	39	1.65
14775--14837	4	16.2	4	76	12	60	52	1	1	44	1.20
14777--14837	7	8.0	7	76	16	59	52	1	1	44	1.20
14775--14837	15	4.1	16	85	8	78	52	1	1	44	1.20
14886--14924	12	3.3	12	86	13	55	41	0	0	58	0.98
15204--15271	28	2.6	27	75	15	70	45	1	2	50	1.26
15536--15580	13	3.7	13	80	14	51	46	0	2	51	1.13
15559--15599	17	2.3	18	76	19	50	43	2	0	53	1.13
15697--15736	19	2.0	20	86	13	57	55	0	0	45	0.99
15661--15732	21	3.3	21	73	13	65	54	1	1	43	1.17
15657--15755	45	2.2	46	80	8	114	53	3	1	42	1.23
16039--16094	22	2.5	22	80	8	60	37	3	3	55	1.35
16179--16228	18	2.8	18	82	8	59	46	0	2	52	1.12
16483--16517	16	2.1	17	89	5	54	54	2	2	40	1.30
16689--16730	16	2.4	18	80	7	52	52	4	2	40	1.35
16971--17084	30	3.9	28	74	17	81	49	0	0	49	1.13
16984--17099	32	3.8	31	74	18	84	50	1	0	47	1.17
17561--17612	27	1.9	27	84	7	70	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17559--17605	23	2.0	23	83	0	58	48	0	0	51	1.00
17732--17767	19	1.9	19	88	5	56	50	2	0	47	1.15
17756--17846	23	4.0	23	77	15	91	46	0	2	51	1.13
17772--17822	16	3.1	16	75	24	52	41	0	1	56	1.10
17721--17823	20	5.5	19	69	26	76	44	0	0	53	1.13
18019--18049	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
17934--18535	181	3.3	178	77	5	514	43	9	7	39	1.65
20175--20223	18	2.7	19	69	12	50	53	0	2	44	1.12
20827--20878	15	3.3	15	77	15	59	48	1	0	50	1.12
20832--20880	9	5.8	9	77	18	52	51	2	0	46	1.12
20825--20907	18	4.6	18	77	14	82	50	2	0	46	1.14
21347--21394	25	1.9	25	83	8	62	45	0	4	50	1.21
21732--21795	25	2.5	24	87	7	83	46	3	0	50	1.17
21735--21818	35	2.4	35	80	9	100	48	3	0	47	1.19
21805--21829	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
21919--21955	19	1.9	19	88	0	56	43	0	0	56	0.99
21926--21968	8	5.4	8	80	8	52	41	0	0	58	0.98
22064--22101	16	2.4	16	86	8	51	34	0	0	65	0.93
22221--22278	19	2.8	20	79	10	64	56	3	0	39	1.16
22222--22305	16	4.8	18	75	19	72	53	2	0	44	1.13
22348--22386	21	1.9	20	89	5	60	58	0	5	35	1.20
22617--22641	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22779--22821	6	7.3	6	82	15	54	53	0	2	44	1.13
22944--23006	24	2.8	25	82	17	68	50	3	3	42	1.34
23321--23396	26	3.0	25	76	16	68	44	1	2	51	1.23
23671--23719	19	2.7	18	75	9	55	51	2	2	44	1.24
25611--25645	14	2.3	16	90	9	56	48	0	0	51	1.00
25593--25680	43	2.0	43	85	8	117	42	1	1	55	1.14
25725--25767	6	7.2	6	79	10	52	48	0	0	51	1.00
25725--25767	13	3.6	12	78	12	52	48	0	0	51	1.00
25744--25797	18	3.2	17	80	15	58	48	0	1	50	1.11
26355--26411	20	2.9	21	76	10	57	45	3	3	47	1.37
26504--26558	22	2.5	24	77	17	64	50	0	1	47	1.11
26503--26567	29	2.3	28	78	19	73	53	0	1	44	1.09
26648--26689	22	1.9	22	85	9	59	59	2	4	33	1.31
26885--27552	181	3.7	180	79	8	682	42	9	7	40	1.66
28024--28534	180	2.8	180	77	4	422	41	10	7	41	1.67
29164--29196	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
28622--30830	180	12.4	180	73	10	1226	40	9	8	41	1.68
30201--31468	633	2.0	631	93	0	2169	39	9	9	42	1.69
30835--32307	181	8.2	181	75	8	1095	40	9	8	41	1.68
40382--41542	181	6.4	180	76	7	784	41	9	8	40	1.68
41561--41642	42	2.0	42	97	2	157	56	2	7	34	1.40
41600--42191	183	3.3	179	78	10	497	43	9	7	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41600--42191	182	3.3	180	79	7	628	43	9	7	40	1.64
42213--43445	181	6.9	180	76	9	988	41	10	7	40	1.68
42241--43445	362	3.4	351	78	8	1155	41	10	7	40	1.68
43578--43622	11	3.8	11	80	13	54	51	2	0	46	1.13
43681--43745	22	2.8	22	75	11	58	46	3	0	50	1.17
43703--43768	29	2.3	29	87	7	91	43	3	0	53	1.16
43703--43749	22	2.1	22	92	0	76	44	2	0	53	1.12
43677--43778	19	5.8	17	70	16	57	46	2	0	50	1.16
45865--45908	23	1.9	23	86	9	63	45	0	9	45	1.35
46007--46070	9	7.0	9	74	13	51	56	1	0	42	1.09
47128--47158	14	2.3	13	94	5	53	51	0	0	48	1.00
48054--48108	22	2.5	21	80	8	65	50	1	0	47	1.11
48205--48259	20	2.6	21	74	11	58	50	3	0	45	1.19
48251--48300	22	2.2	24	86	13	72	42	0	4	54	1.19
48776--48805	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
48824--48875	15	3.5	15	76	7	54	44	0	1	53	1.11
50443--50481	13	2.8	14	88	11	62	48	0	0	51	1.00
50470--50510	22	2.0	22	85	9	59	41	0	0	58	0.98
50480--50534	22	2.5	23	85	8	71	41	0	1	56	1.10
53525--53568	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
54087--54155	18	3.7	18	72	14	59	46	0	4	49	1.21
54245--54293	24	2.0	24	85	14	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54245--54308	24	2.6	24	78	11	60	56	0	0	43	0.99
54413--54472	25	2.4	26	81	13	65	30	3	3	63	1.27
54444--56194	180	9.6	181	75	8	1396	40	7	9	42	1.66
54444--56144	358	4.7	364	74	9	910	40	7	8	43	1.65
55642--55697	18	3.2	17	73	16	53	48	5	8	37	1.58
57680--57809	65	2.0	66	85	8	176	43	5	14	36	1.69
57747--58373	181	3.5	177	77	6	592	40	8	9	41	1.67
58648--58691	14	3.1	14	81	12	54	45	0	2	52	1.13
58634--58691	29	2.0	28	83	9	73	51	0	1	46	1.11
58661--58705	23	1.9	24	81	4	56	48	4	2	44	1.35

Tables:   1   2