genome.fa.s50.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167875.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_143, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  66668

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62--906	181	4.7	180	78	7	781	42	9	8	39	1.67
80--906	355	2.3	360	80	4	888	43	8	8	39	1.66
992--1055	16	4.1	15	75	24	62	50	1	0	48	1.10
1033--1083	21	2.4	22	75	18	54	49	1	0	49	1.12
1665--1698	17	1.9	18	94	5	61	47	0	2	50	1.16
1669--1706	17	2.2	17	86	9	51	47	0	2	50	1.15
1799--1838	10	4.1	9	87	12	53	52	0	0	47	1.00
1777--1852	19	3.7	19	70	26	57	46	1	0	52	1.08
2772--2796	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
2801--2835	17	2.1	17	94	5	63	51	0	0	48	1.00
3350--3390	11	3.9	11	76	23	52	46	0	0	53	1.00
3348--3386	20	2.0	20	90	10	62	46	0	0	53	1.00
3332--3408	36	2.1	36	80	4	84	50	0	1	48	1.09
4223--5501	181	7.1	181	74	7	855	40	8	10	41	1.70
6100--6437	177	1.9	180	83	4	450	43	10	5	40	1.63
8024--8056	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
8530--8582	20	2.6	21	84	3	72	43	0	1	54	1.11
9395--9439	22	2.0	22	87	8	65	40	2	2	55	1.24
9483--9543	31	2.1	30	81	9	72	50	1	0	47	1.10
9653--9694	17	2.4	18	76	11	52	52	0	0	47	1.00
9973--10017	17	2.7	17	86	10	58	48	0	0	51	1.00
10021--10067	10	4.7	10	81	7	60	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10096--10152	23	2.6	22	82	17	66	49	3	0	47	1.18
10285--10344	23	2.5	25	83	5	79	50	3	1	45	1.28
10582--10631	23	2.2	23	82	7	57	44	4	6	46	1.47
13242--13300	14	4.0	15	77	16	61	47	0	1	50	1.11
13285--13366	26	3.2	26	68	20	73	41	1	2	54	1.21
14271--14341	28	2.6	27	72	18	65	53	0	4	42	1.20
15480--15563	41	2.0	44	82	15	106	47	2	3	46	1.32
15669--15737	27	2.4	29	74	11	72	47	1	2	47	1.25
15986--16060	29	2.7	28	84	10	91	49	2	2	45	1.30
15961--16134	35	5.3	33	70	22	104	51	2	1	44	1.24
15980--16082	18	5.8	17	73	20	77	49	2	1	45	1.28
15956--16112	28	5.6	28	73	19	82	50	3	1	44	1.29
16007--16135	11	10.7	12	68	22	60	51	1	1	45	1.20
16120--16183	23	2.6	24	73	17	60	50	1	0	48	1.10
16110--16183	17	4.5	16	73	13	62	50	1	0	48	1.09
16131--16197	26	2.6	25	73	15	64	49	2	0	47	1.16
16490--16528	16	2.5	15	83	4	51	46	0	0	53	1.00
16487--16555	25	2.7	26	80	12	81	47	1	0	50	1.09
16697--16774	18	4.6	16	71	20	61	50	2	0	47	1.15
16697--16774	36	2.3	32	77	14	77	50	2	0	47	1.15
16742--16785	18	2.2	20	80	15	56	43	0	0	56	0.99
17443--17493	19	2.7	19	85	8	61	50	1	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17578--17633	17	3.3	17	73	14	53	50	0	3	46	1.19
17821--17918	24	4.0	24	76	12	101	50	1	1	47	1.14
17874--17905	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
18152--18199	17	3.1	14	78	18	51	54	0	0	45	0.99
18799--19030	16	16.1	14	67	24	53	46	0	2	50	1.16
18835--18870	16	2.1	17	90	10	56	52	0	0	47	1.00
18801--18894	20	4.7	21	69	21	60	50	0	0	50	1.00
18937--19030	17	5.8	16	69	21	63	43	1	2	53	1.19
18799--19004	58	3.6	56	72	13	154	47	0	2	49	1.18
18812--19032	121	1.9	114	80	11	259	47	0	2	49	1.19
19428--19491	16	4.0	16	82	11	78	43	3	0	53	1.16
19428--19492	32	2.1	31	88	8	96	44	3	0	52	1.16
21514--21564	17	3.0	17	83	11	61	49	1	0	49	1.12
21514--21618	23	4.6	23	68	23	69	45	0	1	51	1.18
21514--21649	17	8.2	17	65	23	51	44	2	2	50	1.29
21868--21910	20	2.0	20	86	8	59	51	2	2	44	1.27
22343--22389	24	2.0	24	82	0	58	55	0	2	42	1.12
22366--22443	37	2.2	37	82	13	94	44	0	2	52	1.14
22380--22460	30	2.7	32	77	12	91	46	0	1	51	1.08
23012--23058	21	2.2	21	84	0	58	36	0	4	59	1.17
23316--23395	20	4.0	20	80	11	74	50	1	0	48	1.08
23306--23439	15	8.9	15	74	18	86	50	0	0	49	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23339--23441	36	2.7	39	80	17	101	52	0	0	47	1.00
23339--23488	57	2.6	56	78	14	146	50	0	1	48	1.14
24055--24097	22	2.0	22	82	13	54	51	4	2	41	1.35
24324--24367	24	1.9	23	86	9	63	38	2	9	50	1.47
24873--24943	28	2.5	28	84	6	81	56	0	4	39	1.19
26233--26279	21	2.1	21	84	7	58	48	4	4	42	1.42
26319--26372	22	2.5	21	77	11	56	35	1	3	59	1.26
26392--26465	18	4.4	17	77	19	75	45	0	6	47	1.29
26400--26471	18	4.2	17	83	16	80	47	0	6	45	1.29
26579--26636	29	2.0	28	90	3	89	50	3	1	44	1.29
26560--26636	35	2.2	35	79	9	86	49	3	1	45	1.28
26634--26699	31	2.1	32	83	8	82	54	1	3	40	1.25
26711--26770	26	2.5	23	73	21	59	50	1	0	48	1.11
26697--26770	17	4.5	16	73	13	62	50	1	0	48	1.09
26718--26784	26	2.6	25	73	15	64	49	2	0	47	1.16
27273--27319	13	3.8	12	80	8	58	53	0	2	44	1.12
28004--28055	27	1.9	27	88	0	77	46	0	1	51	1.12
28424--28466	23	1.9	22	86	13	61	55	0	0	44	0.99
28506--28549	17	2.6	16	85	10	52	56	2	0	40	1.11
28507--28564	18	3.3	18	83	11	59	55	1	0	43	1.10
28753--28803	17	3.2	15	78	16	50	50	0	0	49	1.00
28819--28897	27	2.9	27	80	12	74	49	2	2	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28950--29002	17	3.2	17	78	5	63	47	1	1	49	1.23
29322--29353	15	2.1	16	94	5	57	50	0	0	50	1.00
29884--29930	15	3.0	15	84	6	58	59	4	0	36	1.17
29897--29928	15	2.1	15	100	0	64	56	6	0	37	1.25
29985--30025	10	3.9	11	81	9	50	36	0	0	63	0.95
30030--30098	27	2.7	27	82	12	85	46	1	4	47	1.31
37751--37803	14	3.9	14	79	16	58	49	1	1	47	1.23
37873--37924	16	3.2	16	78	15	63	50	1	0	48	1.12
39264--39313	18	2.7	19	78	9	59	62	0	2	36	1.07
39282--39344	22	2.9	23	72	13	62	55	0	6	38	1.25
39595--39643	25	2.0	25	84	11	66	53	4	0	42	1.20
40546--40589	15	2.7	16	82	13	54	50	0	0	50	1.00
40539--40697	53	2.9	52	71	18	135	46	1	2	49	1.26
40877--40927	18	2.8	19	77	11	54	52	0	0	47	1.00
43801--43876	30	2.6	28	75	17	66	44	6	1	47	1.37
43875--43943	31	2.3	31	82	10	88	50	1	2	44	1.25
44166--44202	16	2.2	18	90	9	60	51	2	5	40	1.39
44298--44380	14	5.9	14	72	19	57	48	1	1	49	1.16
44278--44322	22	2.0	22	95	0	81	40	2	0	57	1.11
44278--44332	22	2.5	22	88	5	67	43	1	1	52	1.22
44280--44380	15	6.3	16	72	15	59	47	0	0	50	1.14
44748--44782	16	2.3	15	90	5	52	51	0	8	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44711--44773	27	2.3	27	86	5	83	46	1	6	46	1.38
44929--44972	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99
45402--45444	22	2.0	22	86	9	61	39	0	6	53	1.28
45518--45563	16	2.9	16	84	9	60	47	0	4	47	1.21
46606--46641	18	1.9	19	88	5	56	38	2	2	55	1.29
46685--46717	13	2.5	13	85	14	50	42	0	6	51	1.26
46674--46766	45	2.1	44	82	9	109	43	1	4	51	1.28
46685--46744	25	2.4	25	83	8	68	43	0	3	53	1.17
46712--46746	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
47033--47057	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31

Tables:   1   2