genome.fa.s60.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167885.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_152, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64552

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331--371	12	3.5	12	81	15	50	53	2	0	43	1.13
740--820	33	2.4	35	78	15	91	49	2	1	46	1.23
1229--1270	13	3.4	12	84	12	50	54	0	2	42	1.13
2405--2455	18	2.8	17	75	18	50	49	3	5	41	1.45
2422--2472	22	2.3	21	75	15	50	49	3	1	45	1.32
2464--2700	116	2.0	117	95	4	428	47	4	2	45	1.37
2683--2736	18	2.9	19	73	15	51	50	0	0	50	1.00
2829--2887	25	2.2	27	85	14	79	49	0	0	50	1.00
2831--2893	21	3.3	19	80	6	56	52	0	0	47	1.00
3389--3438	22	2.3	22	82	0	64	52	2	0	46	1.12
3630--3667	20	1.9	20	88	0	58	44	2	0	52	1.14
3830--3869	21	1.9	21	85	10	55	55	2	0	42	1.13
4272--4318	25	2.0	24	84	16	62	53	0	0	46	1.00
4705--4764	30	1.9	32	83	10	79	46	0	0	53	1.00
5289--5331	13	3.0	14	83	13	52	53	4	0	41	1.21
5752--5792	22	2.0	21	90	9	66	43	0	0	56	0.99
5751--5800	20	2.5	21	81	15	61	42	0	2	56	1.11
5739--5825	27	3.6	23	75	17	79	41	1	2	55	1.20
5739--5820	13	6.8	13	70	21	63	41	1	2	54	1.21
5758--5829	22	3.3	21	76	14	74	41	1	1	55	1.17
5889--5963	22	3.4	22	80	16	84	45	1	0	53	1.08
6490--6531	15	2.9	14	86	13	50	45	2	2	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6443--6511	20	3.3	20	69	23	54	42	4	1	52	1.30
6769--6820	22	2.4	21	75	12	52	48	0	3	48	1.20
6995--7070	23	3.3	23	70	9	73	56	2	2	38	1.27
7416--7529	29	4.0	28	68	21	76	48	0	2	49	1.15
7496--7524	9	3.2	9	100	0	58	55	0	0	44	0.99
7538--7576	19	2.1	19	85	9	53	46	2	2	48	1.29
7548--8077	265	2.0	264	94	1	936	44	8	6	40	1.61
8314--8378	19	3.3	20	77	20	59	50	1	4	43	1.32
8729--8778	23	2.2	23	82	7	57	48	4	0	48	1.20
8810--8842	16	2.0	17	88	5	50	51	0	6	42	1.26
9432--9474	21	2.1	20	83	12	52	48	0	0	51	1.00
9428--9459	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
10472--10510	6	6.7	6	82	5	53	46	2	2	48	1.29
10471--10510	17	2.3	17	86	4	53	45	2	2	50	1.28
10814--10857	15	2.7	15	86	10	52	47	2	0	50	1.13
10845--10917	13	5.5	13	80	6	85	46	0	2	50	1.15
10827--10892	29	2.4	28	82	10	73	46	1	3	48	1.26
10878--10916	14	2.9	14	96	3	71	48	0	0	51	1.00
11884--11941	25	2.3	26	80	16	61	41	1	3	53	1.28
12263--12310	22	2.2	21	79	13	53	47	6	0	45	1.27
12269--12314	22	2.1	22	84	8	58	47	4	0	47	1.21
12309--12352	18	2.4	19	81	11	56	47	2	2	47	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15067--15143	38	2.0	38	92	0	127	33	32	7	25	1.85
17513--17581	21	3.2	21	74	23	63	47	2	1	47	1.25
17615--17706	12	7.4	12	69	20	57	47	2	1	48	1.20
17675--17782	20	5.7	20	64	22	54	51	1	0	45	1.18
17624--17694	8	8.8	8	73	22	51	47	2	1	47	1.25
17730--17784	17	3.4	16	75	14	51	50	0	0	49	1.00
17971--18029	22	2.6	23	79	15	61	45	3	1	49	1.28
19165--19291	20	6.2	20	67	20	64	46	3	0	49	1.20
19192--19227	17	2.1	17	89	0	54	44	2	0	52	1.15
19387--19471	10	8.1	10	72	24	61	48	1	2	48	1.22
21061--21090	13	2.4	13	94	5	53	43	0	0	56	0.99
21204--21805	180	3.4	180	81	5	600	38	10	9	41	1.71
22247--22286	21	1.9	21	85	10	55	40	2	2	55	1.27
22457--22481	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
22461--22514	22	2.4	22	79	17	58	38	5	0	55	1.23
22980--23021	10	4.0	11	81	9	52	35	0	0	64	0.94
22981--23028	10	4.6	10	81	5	51	33	0	2	64	1.05
23050--23098	11	4.3	11	78	5	53	48	0	2	48	1.12
23025--23108	26	3.2	26	81	6	80	47	1	3	47	1.27
23115--23199	29	2.9	28	81	11	84	45	1	1	51	1.16
23175--23213	19	2.1	19	90	4	62	48	0	0	51	1.00
23317--23385	21	3.2	23	78	12	83	55	1	0	43	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23477--23527	14	4.2	12	79	16	52	47	0	1	50	1.12
23462--23532	18	4.0	17	76	20	58	47	0	2	49	1.16
23544--23606	25	2.5	25	80	14	67	44	0	1	53	1.10
24355--24405	14	3.6	14	76	12	59	49	1	0	49	1.12
24353--24417	28	2.3	27	84	10	78	49	1	1	47	1.20
25511--25562	11	4.6	11	79	13	61	59	0	0	40	0.97
25776--25821	23	1.9	24	86	8	67	56	2	0	41	1.11
25844--25907	27	2.5	25	74	18	60	50	3	0	46	1.17
25925--25988	30	2.2	29	82	17	73	59	3	3	34	1.29
25946--25997	21	2.5	22	78	12	65	57	1	1	38	1.21
26180--26238	27	2.2	27	85	8	77	42	1	10	45	1.48
26294--26318	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
26866--26909	22	1.9	24	90	9	74	45	2	0	52	1.13
26893--26937	15	3.1	15	83	6	56	51	0	0	48	1.00
27196--27239	21	2.2	20	84	12	54	38	6	0	54	1.27
27237--27306	36	1.9	36	82	5	88	48	2	1	47	1.25
27251--27300	25	2.0	25	88	7	75	52	4	0	44	1.20
27243--27303	25	2.3	27	76	23	67	47	3	1	47	1.28
27676--27740	30	2.1	31	83	8	80	52	3	3	41	1.32
28086--28135	22	2.3	22	80	13	59	46	2	4	48	1.32
28410--28467	23	2.6	23	84	12	77	50	0	1	48	1.11
28508--28570	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28545--28579	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
29181--29223	22	2.0	22	86	9	61	39	0	6	53	1.28
29295--29341	16	2.9	16	84	6	60	48	0	4	46	1.21
29963--29992	13	2.3	13	94	0	51	36	0	10	53	1.35
30337--30487	18	8.1	18	65	20	53	45	3	2	49	1.32
30510--30542	13	2.5	13	85	14	50	42	0	6	51	1.26
30510--30569	25	2.4	25	83	8	68	43	0	3	53	1.17
30537--30571	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
31482--31554	19	4.1	18	76	13	62	52	1	1	45	1.18
31946--32258	161	1.9	161	81	7	377	40	8	8	42	1.66
32837--32876	15	2.5	17	80	19	50	47	0	5	47	1.24
32918--32985	14	4.6	16	73	23	51	45	2	4	47	1.38
33025--33078	21	2.4	23	85	14	69	51	1	0	46	1.11
33037--33089	16	3.1	18	75	17	51	52	0	0	47	1.00
33198--33263	15	4.3	15	67	17	55	54	0	4	40	1.21
33364--33404	5	8.2	5	88	0	55	46	0	0	53	1.00
33364--33432	15	4.8	15	74	13	56	49	0	0	50	1.00
33369--33443	27	2.9	27	81	15	86	48	1	0	50	1.09
33537--33609	19	3.8	19	78	10	69	41	2	1	54	1.23
33737--33798	20	3.0	19	70	26	54	45	0	0	54	0.99
33858--33882	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
33905--35036	181	6.3	178	74	10	640	39	7	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33952--34893	355	2.6	359	77	7	840	40	7	9	43	1.64
34309--34993	361	1.9	361	79	5	767	40	7	9	42	1.67
34008--35036	542	1.9	537	80	6	1159	40	7	9	42	1.67
35239--35645	181	2.3	181	80	2	471	39	8	10	42	1.69
36285--36334	11	4.9	10	77	20	50	46	0	2	52	1.12
36305--36355	20	2.5	22	81	9	63	49	0	3	47	1.20
36504--38073	180	8.8	178	77	9	1157	39	8	10	41	1.70
38099--38740	181	3.5	181	79	6	669	43	9	10	37	1.71
38704--38736	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
38761--40657	181	10.6	181	75	7	1219	42	9	7	41	1.65

Tables:   1   2