genome.fa.s612.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168437.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_65, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135677

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5235--5446	60	3.7	58	86	5	313	38	14	6	41	1.72
5466--5498	15	2.3	14	94	5	57	78	0	6	15	0.93
6390--6470	17	4.3	18	77	17	76	62	0	6	30	1.19
6389--6619	4	57.8	4	68	16	81	66	3	3	25	1.25
6406--6550	14	10.5	13	69	16	62	62	3	4	28	1.32
6390--6470	39	2.1	37	88	8	119	62	0	6	30	1.19
6390--6557	73	2.3	75	79	7	173	62	3	4	29	1.32
6491--6620	29	4.7	27	71	17	72	71	3	2	23	1.11
6502--6619	39	3.1	39	79	10	120	71	2	2	23	1.11
6506--6621	48	2.4	47	76	14	110	70	2	2	24	1.12
6491--6621	21	5.9	21	72	16	81	70	3	2	23	1.12
6797--7104	88	3.5	89	84	7	310	41	18	14	24	1.89
6798--7163	42	8.5	42	80	10	316	41	19	15	24	1.89
6806--7144	130	2.6	131	85	6	413	42	18	14	24	1.88
8441--8712	47	5.1	48	75	16	159	34	14	7	42	1.75
8394--8595	104	1.9	105	87	5	300	35	14	8	42	1.76
8484--8908	59	7.2	58	82	10	497	34	13	7	44	1.71
8484--8911	118	3.6	117	91	2	698	34	13	7	44	1.71
8919--8997	5	15.8	5	72	17	58	77	2	7	12	1.08
8910--8961	25	2.1	25	85	7	70	76	1	11	9	1.09
8910--8990	29	2.8	28	83	11	92	76	2	9	11	1.11
8952--9003	20	2.6	20	79	11	61	75	1	7	15	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9021--9075	4	13.8	4	83	7	67	78	3	0	18	0.90
9427--9470	19	2.3	19	84	4	52	27	15	22	34	1.95
10007--10032	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
10021--10104	44	1.9	44	81	13	102	65	2	3	28	1.22
10066--10172	37	2.9	36	80	13	103	76	0	1	21	0.88
10065--10172	5	20.4	5	73	19	78	75	0	1	22	0.89
10103--10167	11	5.9	11	77	13	71	80	0	3	16	0.85
10099--10172	16	4.9	15	80	20	84	79	0	2	17	0.84
10505--10611	8	12.8	9	81	15	92	7	12	0	79	0.98
10499--10615	18	6.8	17	71	20	84	8	12	0	77	1.02
10499--10615	37	3.4	36	79	15	108	8	12	0	77	1.02
10492--10594	51	2.0	50	81	10	120	8	12	0	77	1.03
10515--10614	10	9.6	10	73	20	62	7	13	0	80	0.91
17964--17997	11	3.1	11	86	0	50	85	0	11	2	0.71
17964--17997	10	3.2	10	88	12	50	85	0	11	2	0.71
18058--18169	57	2.0	57	91	1	181	35	12	4	47	1.62
18145--18187	15	2.9	15	96	0	77	39	4	6	48	1.51
18088--18240	72	2.1	74	88	3	229	35	10	4	49	1.58
18157--18347	60	3.2	60	91	3	294	36	12	5	45	1.65
18362--18423	5	11.8	5	77	16	56	79	0	3	17	0.87
18356--18390	14	2.5	14	90	9	54	77	0	2	20	0.90
18362--18424	6	10.7	6	70	16	51	79	0	3	17	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18357--18403	14	3.5	13	82	14	51	76	0	4	19	0.95
18361--18424	34	1.9	32	90	6	101	78	0	4	17	0.92
18453--18493	3	13.7	3	94	0	55	68	7	0	24	1.15
19014--19090	33	2.3	33	84	4	102	72	11	1	14	1.18
19043--19094	26	2.2	23	83	13	61	78	7	0	13	0.94
19064--19112	14	3.4	14	78	13	55	81	6	4	8	0.97
19054--19112	28	2.1	29	84	9	79	79	6	3	10	1.03
21078--21119	13	3.3	13	84	15	61	45	0	0	54	0.99
22913--22942	6	4.8	6	92	8	51	16	0	0	83	0.65
22913--22942	13	2.4	13	94	5	53	16	0	0	83	0.65
23004--23057	24	2.2	24	81	12	65	33	1	3	61	1.25
29355--29398	14	3.2	14	80	6	54	61	4	6	27	1.41
30363--30402	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
30408--30441	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
31519--31554	18	1.9	19	88	5	56	47	5	0	47	1.25
31551--31593	19	2.2	20	84	12	54	39	2	4	53	1.34
35022--35068	24	2.0	24	91	0	76	42	8	6	42	1.60
36174--36198	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
36620--36656	19	1.9	19	88	0	56	37	10	0	51	1.37
36780--36838	20	2.7	22	82	15	77	59	0	0	40	0.97
38334--38389	25	2.2	26	87	6	80	23	7	12	57	1.60
38399--38455	24	2.4	23	78	21	64	29	3	5	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38667--38721	26	2.1	26	83	12	69	45	0	3	50	1.19
38756--38807	17	3.1	17	75	2	61	48	0	1	50	1.12
39652--39686	18	1.9	18	88	0	52	42	0	0	57	0.99
40970--41029	21	3.0	21	75	4	61	46	1	3	48	1.28
41606--41760	80	1.9	80	92	0	256	40	14	17	28	1.88
41313--42239	479	1.9	481	88	5	1380	35	11	13	40	1.80
42080--42245	80	2.1	80	90	0	260	42	13	15	28	1.85
42962--43115	52	3.0	52	83	7	172	40	9	24	25	1.84
45101--45150	16	2.9	17	77	14	50	54	2	2	42	1.23
45086--45158	35	2.1	35	85	10	96	57	1	1	39	1.16
45087--45150	19	3.5	19	75	16	64	56	1	1	40	1.18
45355--45397	19	2.2	20	83	4	52	41	2	2	53	1.26
46630--47525	144	6.2	144	87	2	1151	27	22	14	35	1.93
53078--53116	19	2.1	19	100	0	78	23	35	15	25	1.94
54275--54470	60	3.5	55	88	8	267	36	14	6	42	1.72
54499--54566	5	12.8	5	79	17	68	79	0	2	17	0.86
54499--54567	6	11.7	6	72	18	56	79	0	2	17	0.85
54498--54562	34	2.0	32	90	6	103	76	0	4	18	0.95
54587--54626	20	2.0	20	90	9	64	67	2	0	30	1.04
55443--55608	17	9.7	18	71	18	115	62	3	4	28	1.32
55412--55519	19	5.5	19	74	10	85	62	0	7	29	1.22
55442--55667	4	56.8	4	67	17	82	66	3	3	26	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55459--55600	14	10.5	13	67	20	60	62	3	4	28	1.32
55443--55520	36	2.1	37	90	2	122	62	0	6	30	1.20
55597--55663	22	2.9	23	78	10	75	74	4	1	19	1.07
55593--55668	29	2.6	30	81	4	75	75	3	1	19	1.04
55574--55663	46	2.0	43	81	12	101	71	3	2	23	1.13
55592--55667	37	2.1	37	85	5	100	75	3	1	19	1.04
55541--55669	21	5.9	21	70	18	86	70	3	2	24	1.13
55813--55838	9	2.9	9	100	0	52	7	11	0	80	0.89
55853--56106	45	5.7	45	84	6	288	41	20	14	24	1.88
55853--56175	88	3.8	86	79	11	310	41	20	14	23	1.89
55854--56175	45	7.5	42	79	12	268	41	19	14	23	1.89
56016--56185	46	4.0	40	80	14	134	41	20	13	25	1.88
55946--56194	42	5.9	41	78	14	144	42	20	12	24	1.86
57405--57792	59	6.6	59	84	6	518	34	13	8	42	1.75
57405--57817	118	3.5	116	89	5	605	33	14	8	43	1.75
57405--57825	119	3.5	119	90	3	636	34	13	8	42	1.76
57816--57873	30	1.9	31	92	3	100	79	1	8	10	1.01
57825--57913	39	2.4	37	83	12	103	76	2	7	13	1.10
57825--57961	5	26.6	5	70	20	70	73	3	5	16	1.17
57937--57990	4	13.8	4	84	7	67	77	3	0	18	0.91
58984--59104	6	20.7	6	75	13	78	76	0	4	18	0.99
58983--59109	5	24.4	5	74	17	84	76	0	3	18	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58984--59109	17	7.8	16	69	12	78	76	0	3	18	0.98
58983--59104	48	2.6	48	77	10	119	76	0	4	18	1.00
58986--59109	37	3.3	37	80	8	115	76	0	4	18	0.99
59443--59502	23	2.5	22	91	5	75	5	13	0	81	0.84
59429--59523	40	2.4	40	86	10	126	6	12	0	81	0.87
59436--59521	17	5.1	17	83	14	108	5	12	0	81	0.86
59442--59521	8	9.9	8	84	10	101	5	12	0	82	0.82
66947--67061	57	2.0	57	93	1	196	38	11	4	46	1.60
67034--67076	15	2.9	15	96	0	77	39	4	6	48	1.51
66977--67129	72	2.1	74	90	3	238	36	10	4	48	1.58

Tables:   1   2