genome.fa.s651.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168476.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_75, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125211

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117--2605	181	14.0	180	70	10	599	41	9	8	40	1.68
749--1051	156	1.9	157	80	7	348	43	8	8	39	1.66
902--1680	359	2.2	359	77	7	770	42	9	8	39	1.67
1593--1924	176	1.9	176	87	0	484	43	9	7	39	1.67
902--3089	181	12.1	179	73	9	1189	42	9	8	39	1.68
2498--2548	16	2.9	18	74	11	61	41	9	5	43	1.62
2623--3066	179	2.5	174	83	4	509	43	9	8	38	1.68
2670--3087	174	2.4	178	82	4	508	42	9	9	38	1.69
3223--5216	181	11.1	179	76	7	1496	40	9	8	41	1.69
3224--5202	362	5.5	361	78	5	1680	40	9	8	40	1.69
3214--5202	543	3.7	530	80	6	1821	40	9	8	40	1.69
4437--6053	837	1.9	834	78	7	1697	41	10	8	39	1.69
5214--7208	180	11.2	179	75	9	1114	42	9	7	39	1.68
5310--6644	720	1.9	720	79	7	1532	42	10	7	39	1.68
6022--6675	355	1.8	357	82	4	856	41	10	7	40	1.68
5518--7207	176	9.5	177	73	12	565	42	9	8	39	1.68
7081--7352	146	1.9	147	79	5	318	40	9	7	42	1.65
7394--7429	16	2.1	17	90	10	56	44	5	5	44	1.50
7222--7827	180	3.4	178	77	4	547	42	9	7	40	1.66
7828--14804	181	39.0	180	75	8	4839	40	8	9	41	1.69
7895--14804	359	19.3	353	74	10	3107	40	8	9	41	1.69
7828--20697	361	35.9	356	72	10	6768	39	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13719--13771	18	3.0	18	81	13	65	45	1	9	43	1.47
13150--14804	182	9.2	180	74	8	603	39	8	10	41	1.70
14864--15216	181	1.9	181	81	4	424	38	8	9	43	1.69
15727--20699	180	27.7	178	74	9	2983	40	8	9	41	1.68
16954--17004	18	2.8	19	80	17	72	43	3	11	41	1.60
16687--20144	181	19.4	179	74	9	550	40	8	9	42	1.67
19648--19680	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
20706--22617	179	10.5	180	72	11	1051	40	8	8	42	1.66
21825--21866	21	2.0	20	86	4	57	30	7	2	59	1.37
22366--22886	268	2.0	268	79	6	585	40	8	6	44	1.61
22649--23156	182	2.8	176	75	8	486	41	7	10	41	1.67
22649--23178	177	3.0	177	74	7	503	41	7	10	41	1.66
23157--23227	36	2.0	36	97	2	135	36	11	5	46	1.63
23208--24231	181	5.7	181	74	10	545	40	8	9	41	1.66
23506--24353	359	2.4	358	78	6	831	40	8	8	42	1.66
24729--26053	176	7.4	181	76	6	1119	37	8	10	43	1.69
26052--26645	180	3.3	181	81	5	665	41	7	9	41	1.66
26739--27179	176	2.5	178	80	5	509	43	9	8	38	1.68
27052--27349	165	1.8	165	83	7	399	44	8	9	37	1.67
27596--27635	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
27702--29719	357	5.7	358	77	6	1680	40	8	10	41	1.69
27695--29718	533	3.8	531	76	8	1675	40	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27708--32952	714	7.3	710	72	13	2313	40	8	10	41	1.69
27702--29725	178	11.3	182	75	8	882	40	8	10	41	1.69
30014--30682	176	3.8	176	77	7	591	41	7	10	40	1.67
29793--30688	180	5.0	180	74	8	680	41	7	9	41	1.67
30760--33119	180	13.2	181	74	9	1460	39	8	10	41	1.69
31415--32952	539	2.8	538	80	7	1557	40	8	9	41	1.68
30721--33119	359	6.7	357	74	9	1455	39	8	10	41	1.69
32963--33255	146	2.0	142	80	5	320	43	7	7	41	1.63
33113--34296	181	6.6	179	73	9	651	39	8	10	41	1.72
34330--36009	182	9.3	176	73	8	770	40	7	10	42	1.67
35172--35204	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
34890--35564	362	1.9	356	80	6	779	41	8	9	40	1.68
34324--35749	544	2.6	535	79	8	1397	41	7	9	41	1.66
35539--35571	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
37114--37595	181	2.7	176	76	7	461	42	9	8	40	1.67
39043--39367	168	1.9	168	82	6	408	38	9	8	43	1.67
39256--39764	181	2.8	181	81	3	607	41	8	8	42	1.65
39784--40409	181	3.5	177	80	5	600	41	8	7	42	1.64
40435--41323	183	4.9	182	75	6	786	43	10	8	37	1.70
42469--43533	181	5.9	179	77	6	847	41	10	7	40	1.67
43226--43277	18	2.9	18	77	13	63	42	11	3	42	1.59
43746--44819	180	6.0	179	73	12	707	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44854--44898	21	2.1	22	87	4	65	66	4	6	22	1.33
44911--45696	182	4.4	182	77	5	614	43	7	8	39	1.65
45741--47735	177	11.2	176	75	9	964	42	9	7	41	1.65
46268--47839	179	8.9	179	76	11	925	42	9	7	40	1.65
47208--47888	182	3.8	178	75	12	537	42	8	8	40	1.65
47282--47621	170	2.0	171	83	5	438	43	9	6	40	1.63
48388--50651	180	12.6	179	74	7	1472	41	10	8	39	1.70
48378--58578	181	56.7	181	73	10	5184	41	10	8	39	1.69
49371--49421	18	2.8	19	77	22	65	43	11	3	41	1.60
48646--50553	723	2.6	719	78	4	1819	41	10	8	39	1.70
47964--58565	716	14.7	718	71	11	2486	41	9	8	39	1.69
50491--50759	146	1.8	146	81	9	334	42	9	8	39	1.69
51237--58578	358	20.5	355	74	9	4621	41	10	8	39	1.69
53407--58578	360	14.5	361	76	7	3914	41	9	8	40	1.69
58975--59010	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
58578--60931	181	13.2	180	74	10	1190	40	7	9	41	1.67
58579--60931	179	13.2	180	74	10	1241	40	7	9	41	1.67
58578--60923	361	6.6	356	74	9	1592	40	7	9	41	1.67
59231--59581	172	2.0	174	79	10	380	41	8	9	40	1.67
61820--61855	15	2.2	17	90	9	58	33	2	5	58	1.36
61186--65524	181	24.2	180	72	11	2216	40	8	9	41	1.67
61200--65452	362	11.9	362	73	10	2520	40	8	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64496--65433	182	5.2	181	75	9	584	38	8	9	43	1.67
65365--65680	157	2.0	157	80	3	350	38	7	9	43	1.66
66103--66246	56	2.6	56	92	1	234	47	10	10	31	1.71
66822--68747	181	10.7	181	74	9	1359	40	8	9	42	1.67
68990--69342	182	1.9	182	82	3	442	38	11	10	39	1.75
69420--72480	180	17.1	181	74	9	2100	40	9	8	40	1.69
69555--71880	896	2.6	893	77	9	2036	40	10	8	40	1.70
69420--72480	181	17.1	180	72	11	1531	40	9	8	40	1.69
73575--73624	20	2.3	22	86	10	68	70	6	0	24	1.10
81426--81485	31	1.9	32	90	10	97	11	23	3	61	1.45
85748--86321	146	4.0	144	84	6	668	27	12	21	39	1.89
85755--86290	193	2.8	193	82	7	612	27	11	21	38	1.89
85748--86408	48	13.9	48	79	10	573	27	12	20	38	1.89
86592--86635	6	7.0	6	82	17	54	0	18	0	81	0.68
86591--86625	14	2.5	14	90	0	61	0	17	0	82	0.66
86589--86635	17	3.0	15	84	15	60	0	17	0	82	0.66
87694--87744	20	2.3	23	87	9	72	70	7	0	21	1.12
88754--89438	181	3.8	175	78	7	589	41	9	7	40	1.67
89496--91307	180	10.1	180	77	5	1468	41	9	8	40	1.68
89677--91254	361	4.4	354	75	9	937	41	9	8	41	1.68
91295--96889	180	31.2	180	74	9	3451	41	10	8	39	1.68
90812--91760	503	1.9	504	82	4	1189	42	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91295--96896	361	15.6	358	74	8	3399	41	10	8	39	1.68
93767--96747	181	16.6	178	74	10	761	41	9	8	40	1.67
97189--97843	180	3.6	179	79	4	600	40	5	10	43	1.63
98729--98763	16	2.2	16	89	0	52	40	11	14	34	1.82
103251--103304	21	2.6	21	100	0	108	25	22	22	29	1.99
104136--114701	181	58.8	180	69	13	3324	40	8	10	41	1.69
107470--107527	25	2.3	26	78	3	64	29	3	5	62	1.33
107683--107830	68	2.2	67	85	6	192	40	6	12	40	1.68
107789--108276	182	2.7	179	80	5	504	39	9	9	40	1.72
109098--109169	35	2.1	35	97	0	135	34	6	16	41	1.75

Tables:   1   2