genome.fa.s658.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168483.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_81, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111682

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040--2078	12	3.4	11	86	10	51	82	2	15	0	0.79
2047--2098	20	2.6	20	81	0	59	78	1	15	3	0.98
3303--3521	42	5.3	42	93	3	374	21	18	22	36	1.95
3303--3521	83	2.6	84	92	4	374	21	18	22	36	1.95
3495--3547	26	2.0	26	96	0	97	20	15	28	35	1.93
3521--3662	41	3.5	41	87	0	203	22	15	26	35	1.94
3453--3588	67	2.0	68	94	1	238	21	16	26	36	1.94
3673--3728	1	56.0	1	78	0	58	89	8	0	1	0.56
3673--3728	11	5.1	11	83	12	71	89	8	0	1	0.56
3672--3728	17	3.4	16	90	7	87	87	10	0	1	0.61
3672--3728	25	2.3	24	88	11	80	87	10	0	1	0.61
3934--3993	12	4.9	12	76	13	52	26	1	3	68	1.15
3930--3974	3	15.0	3	82	17	58	28	0	2	68	1.01
4014--4057	19	2.3	18	82	17	54	36	0	2	61	1.09
4603--4643	11	3.7	11	83	0	55	17	26	29	26	1.97
4635--4685	20	2.5	20	87	0	75	43	25	19	11	1.85
5026--5050	10	2.5	10	100	0	50	16	0	8	76	1.02
5098--5137	17	2.4	16	84	8	53	22	5	0	72	1.04
5124--5171	17	2.8	17	78	9	53	12	6	2	79	1.01
5124--5181	14	4.2	14	76	8	57	13	6	1	77	1.05
5147--5186	14	2.5	17	73	23	50	15	10	0	75	1.05
5189--5539	117	3.0	114	90	4	528	45	9	11	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5189--5536	59	6.0	58	90	3	524	45	8	12	33	1.72
6856--6908	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
9002--9054	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
12365--12417	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
9886--15284	894	6.1	893	87	3	7220	24	24	25	26	2.00
13259--13311	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14145--14197	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
15039--15089	26	2.0	26	88	7	77	27	13	27	31	1.94
16392--16449	26	2.2	27	93	3	100	25	18	27	27	1.98
17282--17334	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18905--18955	26	2.0	26	96	0	93	29	15	25	29	1.96
19338--19393	26	2.2	26	90	0	85	30	17	21	30	1.96
20076--20128	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
20975--21027	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
21863--21915	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
23620--23672	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
25384--25436	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
26287--26339	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
27180--27232	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
15516--28014	903	13.9	893	79	7	11667	25	24	24	25	2.00
28775--28827	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
29671--29723	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28017--32195	898	4.7	896	78	8	4655	25	24	24	25	2.00
31388--31440	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
33108--33160	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
33993--34063	26	2.7	26	97	0	133	30	18	23	26	1.97
32391--34932	912	2.8	906	89	3	3682	26	23	24	25	2.00
35735--35787	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
37455--37507	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
42237--42269	11	3.0	11	95	0	57	15	36	30	18	1.91
40894--43092	710	3.1	712	87	4	3076	25	22	23	27	2.00
42321--44735	898	2.7	881	86	5	3233	25	23	24	26	2.00
44201--46089	683	2.8	683	90	1	2958	26	22	22	28	1.99
50389--50441	26	2.0	26	88	0	79	30	15	28	26	1.96
47970--51321	905	3.7	897	87	2	4630	25	23	24	26	2.00
51606--54477	715	4.0	714	86	4	3909	26	23	23	27	2.00
53734--59745	904	6.8	892	85	4	7434	25	24	24	25	2.00
56250--56301	26	2.0	26	96	3	97	26	21	25	26	1.99
58892--58944	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
60426--60478	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
60509--63004	906	2.8	902	86	2	3426	25	23	24	25	2.00
63683--63733	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96
63010--72988	901	10.9	902	73	12	6450	25	23	24	25	2.00
65021--65078	26	2.2	26	87	0	80	20	12	20	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66411--66463	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
66658--67086	219	2.0	219	91	0	696	23	19	24	32	1.97
67532--67584	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
66878--72891	883	6.8	876	85	4	7227	25	24	24	25	2.00
70187--70239	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
71976--72028	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
68438--72982	906	5.1	892	85	5	5656	25	24	24	25	2.00
72865--72917	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
73594--73646	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
74489--74541	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
72894--75421	907	2.8	892	89	2	3743	25	24	24	25	2.00
76995--77047	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
77889--77941	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
75388--78808	894	3.8	894	87	3	4836	25	24	24	25	2.00
81061--81093	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
81019--81440	180	2.4	180	83	4	496	41	9	8	40	1.68
81503--81544	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
81822--82256	173	2.5	176	78	7	452	40	11	8	40	1.71
82861--82901	16	2.4	18	84	12	59	60	2	0	36	1.10
83795--83836	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
83908--83947	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
85583--85622	19	2.1	19	85	4	53	65	2	2	30	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85771--85820	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
86810--86851	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
87739--87780	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
87852--87891	19	2.1	19	90	4	62	65	0	2	32	1.06
88975--89007	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
89069--89673	180	3.4	182	77	8	523	41	10	7	39	1.69
89069--89548	181	2.7	177	80	6	509	42	9	8	40	1.67
90268--90309	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
90731--90768	19	2.0	19	94	0	67	39	10	13	36	1.79
89696--91538	938	2.0	903	90	4	2913	44	8	6	40	1.61
91207--91248	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
91320--91359	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
91514--91558	18	2.5	18	82	10	56	46	2	0	51	1.13
93002--93041	19	2.1	19	85	4	53	65	2	2	30	1.19
93189--93238	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
94580--94621	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
95920--95961	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
96855--96896	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
97137--97186	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
98074--98106	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
98067--98470	180	2.3	178	83	3	490	40	9	9	40	1.70
98531--98572	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99763--99804	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
99876--99915	19	2.1	19	90	4	62	65	2	0	32	1.06
100063--100112	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
101000--101032	18	1.9	17	88	11	50	51	3	9	36	1.49
100422--101395	180	5.4	177	73	9	539	40	9	9	40	1.69
103706--103747	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
103819--103857	18	2.1	18	85	9	51	64	2	0	33	1.08
104006--104055	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
104941--104973	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
104919--105337	180	2.3	178	82	3	502	41	9	9	39	1.70

Tables:   1   2