genome.fa.s659.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168484.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_82, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111177

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--206	56	3.6	56	86	8	310	34	12	6	46	1.68
268--312	6	7.5	6	80	9	56	82	2	2	13	0.86
232--312	30	2.7	29	83	7	83	76	1	7	14	1.06
1325--1469	6	23.2	6	70	23	56	63	3	1	31	1.19
1320--1356	14	2.6	14	91	0	56	72	0	0	27	0.84
1325--1392	14	5.0	14	81	16	56	61	2	0	35	1.11
1324--1466	16	9.2	16	68	25	69	63	3	1	31	1.20
3652--3723	35	2.1	35	100	0	144	37	2	13	45	1.59
3704--3745	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
7018--7120	50	2.0	51	90	1	163	12	0	62	24	1.36
7069--7153	39	2.2	40	89	6	129	17	0	58	23	1.38
7069--7163	39	2.4	39	86	6	104	16	0	60	23	1.36
7387--7423	20	1.9	20	88	5	58	35	2	5	56	1.36
7645--7693	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
11097--11133	6	6.2	6	90	0	56	21	0	48	29	1.50
11096--11131	18	2.0	18	94	0	63	25	0	47	27	1.52
11477--11601	18	6.9	18	73	13	114	32	36	4	27	1.78
11481--11523	21	2.0	21	95	0	77	25	44	2	27	1.66
11901--12025	18	6.9	18	71	17	89	32	34	4	28	1.76
11905--11947	21	2.0	21	90	0	68	27	39	2	30	1.69
11201--12047	424	2.0	424	98	0	1622	33	23	14	27	1.94
11901--12023	51	2.3	56	78	12	141	33	34	4	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15642--15679	16	2.3	17	90	4	60	73	2	0	23	0.95
23025--23067	23	1.9	23	90	4	70	37	2	0	60	1.10
23020--23073	23	2.3	24	78	12	67	42	1	0	55	1.10
23307--23357	18	2.8	19	77	11	54	45	0	0	54	0.99
23649--23687	15	2.4	16	87	8	53	48	2	0	48	1.15
23679--23739	25	2.5	24	82	15	72	54	0	0	45	1.00
23700--23745	14	3.1	14	82	14	56	52	0	0	47	1.00
23695--23750	17	3.2	18	82	10	71	53	0	0	46	1.00
23811--23850	9	4.2	10	84	15	50	55	0	0	45	0.99
23955--24010	22	2.6	21	83	8	67	44	0	1	53	1.11
24027--24141	30	3.9	29	71	17	87	47	0	1	49	1.17
23987--24145	18	8.8	17	66	20	58	44	1	1	52	1.16
24411--24453	22	2.0	22	86	9	61	46	0	0	53	1.00
24512--24570	26	2.3	25	80	13	75	52	1	0	45	1.10
24687--24732	19	2.5	17	86	10	56	65	4	0	30	1.12
24708--24753	24	2.0	23	82	4	56	58	4	0	36	1.18
24767--24813	20	2.3	21	78	10	53	55	2	2	40	1.24
24762--24844	27	3.0	27	76	16	82	51	1	3	43	1.26
24909--24980	24	2.9	25	77	16	69	47	1	1	50	1.18
25536--25602	20	3.4	20	73	6	57	53	4	0	41	1.21
25880--25947	27	2.5	27	77	13	68	48	0	2	48	1.16
26254--26300	17	3.0	15	76	17	51	48	2	0	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26207--26300	32	2.9	33	80	13	99	48	1	0	50	1.07
26762--26855	14	6.3	15	70	21	54	45	1	1	52	1.15
26783--26916	8	16.8	8	67	21	50	48	0	2	49	1.13
26743--26854	57	2.0	56	83	11	140	47	0	1	50	1.18
26828--26909	30	2.7	32	75	16	86	48	0	2	48	1.14
26829--26888	15	4.0	15	76	8	52	46	0	3	50	1.18
26822--26909	20	4.3	20	76	12	81	48	0	2	48	1.13
27502--27557	23	2.5	22	82	11	60	55	1	0	42	1.10
27528--27569	14	2.7	15	80	20	50	54	0	0	45	0.99
27500--27574	18	4.6	16	74	14	55	54	1	0	44	1.08
27633--27672	9	4.2	10	84	15	50	55	0	0	45	0.99
27610--27701	23	4.0	22	77	17	82	53	1	2	43	1.20
27789--27845	19	2.8	21	71	15	57	40	0	1	57	1.09
28557--28586	11	2.7	11	100	0	60	70	6	6	16	1.31
28826--28886	7	8.3	7	73	8	50	75	4	6	13	1.16
29207--29250	8	5.5	8	81	10	54	81	6	0	11	0.86
29470--29519	12	4.2	12	82	5	57	80	2	4	14	0.95
29481--29529	24	2.1	23	85	11	64	79	2	4	14	0.97
30662--30695	13	2.6	13	85	0	50	52	0	0	47	1.00
30662--30695	7	5.0	7	92	7	52	52	0	0	47	1.00
31328--31378	12	4.3	11	79	16	57	64	0	1	33	1.05
34767--35075	163	1.9	163	89	1	485	29	21	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38965--38991	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
42920--42946	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
49833--50158	170	1.9	170	83	11	418	27	24	13	34	1.93
54045--54073	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
58004--58030	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
58898--58949	27	2.0	26	82	14	63	46	5	1	46	1.38
73705--79855	879	7.0	878	95	1	10490	22	10	22	45	1.82
81803--81841	20	2.0	20	94	0	69	10	2	5	82	0.93
81864--81908	23	2.0	23	82	8	56	15	2	2	80	0.92
81798--81910	6	17.5	6	70	18	50	13	3	4	78	1.03
81789--81910	20	6.7	18	68	10	61	12	4	4	79	1.01
82332--82368	18	2.0	19	85	15	51	13	0	10	75	1.04
82433--82492	8	7.5	8	72	7	50	15	0	3	81	0.81
83277--83364	33	2.7	32	79	10	90	11	3	6	78	1.06
83346--83429	23	3.8	20	78	17	71	11	8	2	77	1.08
83644--83698	23	2.4	23	82	8	60	18	5	3	72	1.18
83773--84017	9	28.1	8	67	19	91	16	4	4	74	1.15
83772--83861	16	5.7	14	76	17	63	16	3	3	76	1.05
83772--83857	33	2.7	32	82	8	95	16	3	3	76	1.06
83781--83849	8	8.9	7	76	17	50	15	2	2	78	1.00
83772--83870	32	3.2	32	79	9	107	16	4	3	76	1.06
83819--83907	21	4.2	21	75	15	78	16	3	4	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83837--83889	19	2.7	20	77	16	56	15	3	5	75	1.13
84432--84483	25	2.1	24	82	3	59	26	7	1	63	1.32
84607--84659	19	2.8	20	77	8	56	11	11	1	75	1.13
84973--85107	7	17.6	7	69	20	76	15	5	3	75	1.12
84975--85101	20	5.8	20	68	21	60	15	5	3	74	1.15
85092--85140	17	2.9	16	82	8	62	14	2	6	77	1.05
85444--85497	15	3.5	15	82	2	63	11	5	1	81	0.93
85804--85845	9	4.7	9	79	8	50	11	2	2	83	0.84
86040--86302	146	1.8	143	84	10	365	28	3	9	58	1.47
86745--86802	14	3.9	14	73	22	55	10	6	5	77	1.11
86886--86936	17	2.9	17	82	8	59	25	3	1	68	1.17
87145--87181	19	1.9	19	88	0	56	32	0	2	64	1.07
87638--87671	13	2.5	13	90	4	50	5	2	2	88	0.70
87633--87720	22	4.2	20	72	16	65	12	7	1	78	1.01
87635--87680	21	2.2	21	88	7	67	6	4	2	86	0.75
87636--87700	30	2.2	29	83	8	78	10	6	1	81	0.93
87956--88023	25	2.7	22	79	20	64	16	5	0	77	0.95
88365--88397	13	2.4	14	85	5	50	9	6	0	84	0.76
88340--88417	39	2.0	40	80	12	90	16	3	2	76	1.04
88539--88563	13	1.9	13	100	0	50	16	4	8	72	1.24
88994--89030	15	2.6	14	87	8	56	8	10	2	78	1.06
89458--89544	12	7.4	11	73	12	59	14	3	2	79	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89458--89539	10	8.1	10	68	17	53	14	3	2	79	0.98
89465--89545	37	2.1	39	84	8	105	14	2	2	80	0.93
89500--89542	22	2.0	22	90	9	70	18	0	2	79	0.85
89603--89631	14	2.0	15	93	6	51	3	13	0	82	0.79
89605--89666	25	2.5	23	78	14	70	8	14	3	74	1.18
89838--89872	18	1.9	18	94	0	61	14	14	0	71	1.15
89862--89918	16	3.6	16	73	17	55	21	5	5	68	1.29
90050--90125	23	3.2	23	70	14	57	9	14	3	72	1.24
90346--90389	19	2.2	21	80	12	65	25	2	6	65	1.28
90768--90820	23	2.3	23	84	12	72	11	7	1	79	1.01

Tables:   1   2