genome.fa.s663.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168488.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_86, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102991

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394--4281	181	10.5	178	75	8	1223	42	10	8	39	1.69
3686--3732	17	2.7	18	70	16	53	40	8	8	42	1.66
2359--4281	356	5.4	355	77	8	1535	42	10	8	38	1.69
4379--7567	180	17.8	180	76	6	2393	41	9	8	41	1.67
4379--7558	901	3.5	887	78	7	2630	41	9	8	40	1.67
7592--8368	181	4.3	177	74	9	533	38	8	10	41	1.70
8431--9923	180	8.2	181	73	8	689	38	8	9	42	1.68
8612--9410	179	4.4	178	75	10	626	39	8	9	42	1.68
9449--9480	15	2.1	15	100	0	64	37	0	0	62	0.95
10091--10528	177	2.5	177	78	5	434	38	9	11	40	1.73
10405--10696	145	2.0	146	91	0	469	41	12	11	33	1.80
10567--11601	181	5.7	181	77	8	870	41	8	10	40	1.68
10572--11601	370	2.8	360	76	7	891	41	8	10	40	1.68
11453--11756	155	2.0	154	86	4	425	41	5	10	41	1.64
11316--11934	337	1.8	335	79	4	708	41	7	10	39	1.69
12162--12210	25	2.0	25	91	0	80	44	6	14	34	1.70
11652--12936	362	3.5	362	77	7	963	39	8	10	41	1.71
11652--12895	181	6.8	178	76	7	768	39	8	10	41	1.70
12844--13045	100	2.0	99	92	0	332	41	6	10	41	1.66
12663--13218	281	2.0	280	82	2	677	41	8	10	39	1.69
12301--13588	643	2.0	641	81	4	1520	40	7	10	41	1.69
12944--14786	180	10.3	180	75	8	1324	40	7	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12953--14684	717	2.4	708	78	6	1691	41	7	10	40	1.68
14907--16592	182	9.4	180	76	7	1227	39	8	9	42	1.68
14976--16212	540	2.3	535	80	5	1302	40	8	9	41	1.67
14976--16437	540	2.7	531	78	6	1258	40	8	9	42	1.68
16598--19035	182	13.6	179	73	8	1457	39	7	10	42	1.68
16598--19033	363	6.8	352	74	10	1345	39	7	10	42	1.68
19061--20264	181	6.7	179	77	6	992	41	9	10	39	1.71
19061--20264	361	3.3	359	78	6	1136	41	9	10	39	1.71
20400--22615	181	12.3	178	71	12	881	39	8	10	41	1.70
22296--22932	317	2.0	318	83	3	811	39	8	7	44	1.63
22614--27113	181	25.1	180	74	8	2665	40	8	9	41	1.68
23802--23830	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
23941--24261	167	1.9	168	83	7	411	41	5	9	42	1.62
23814--36500	181	71.1	179	71	11	5627	39	8	10	41	1.69
22614--36500	362	38.8	362	73	10	7388	39	8	9	41	1.68
25984--27113	360	3.1	356	77	9	918	40	8	9	41	1.67
28714--28757	23	1.9	23	81	9	54	29	4	4	61	1.36
30341--30378	16	2.5	15	87	8	58	36	0	2	60	1.11
30165--30523	195	1.9	195	82	3	465	39	7	10	42	1.67
32294--32806	179	2.9	175	78	8	496	38	7	9	44	1.67
34986--35029	21	2.1	21	100	0	88	22	18	13	45	1.84
36532--38747	180	12.4	180	72	11	1068	40	10	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36532--38123	181	8.8	180	73	9	923	41	10	8	40	1.70
36992--37650	358	1.8	358	81	5	830	41	9	8	40	1.68
38598--38896	149	2.0	149	86	5	419	44	6	8	40	1.59
38747--39275	182	2.9	181	79	3	480	41	9	8	41	1.67
39312--40756	181	8.0	183	70	14	497	42	11	6	38	1.68
39829--40733	181	5.0	174	73	11	656	42	11	6	39	1.67
40894--41415	182	2.9	181	77	6	470	39	9	9	41	1.68
40800--41565	181	4.2	179	75	8	500	41	10	8	39	1.70
41281--41899	334	1.9	333	79	5	712	40	9	8	41	1.69
41620--43374	180	9.9	178	73	10	980	42	9	8	40	1.67
41623--43355	711	2.5	694	78	9	1722	42	9	8	40	1.67
43406--44019	177	3.4	179	75	8	473	42	6	8	42	1.62
44100--48974	181	27.2	180	76	7	3688	40	8	9	41	1.68
44070--48974	361	13.7	360	76	7	3715	40	8	9	41	1.68
49525--49748	120	1.9	119	83	2	288	33	12	6	47	1.68
49351--49927	301	1.9	295	80	4	647	38	10	7	43	1.69
49645--53388	181	21.1	177	72	11	2093	40	9	8	40	1.69
49709--51929	179	12.4	174	72	11	1020	41	9	8	39	1.69
49631--51222	719	2.2	711	78	5	1605	41	10	8	39	1.70
49645--53349	356	10.4	354	74	10	2111	40	9	8	40	1.69
52189--53388	179	6.7	178	77	8	1051	40	9	9	40	1.70
53401--53775	184	2.1	181	78	6	391	40	9	9	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54829--55225	172	2.3	172	78	10	407	41	8	7	42	1.63
56689--57383	181	3.9	177	78	7	637	40	9	8	41	1.68
56701--57409	176	4.0	175	78	8	592	39	10	8	41	1.70
57435--57806	181	2.1	181	85	0	501	40	9	9	40	1.71
57667--57931	149	1.8	145	82	3	341	40	9	9	41	1.69
59490--60777	181	7.2	180	75	8	1019	41	9	8	40	1.68
59917--60215	166	1.8	166	80	4	370	37	11	9	41	1.73
60255--62274	180	11.4	174	72	14	460	41	9	8	41	1.67
60634--60938	165	1.9	165	85	2	427	40	8	8	42	1.65
60788--62274	180	8.3	180	77	8	1224	41	9	8	41	1.66
60797--62280	361	4.1	360	78	7	1346	41	8	8	41	1.66
59490--63559	726	5.7	704	73	12	2342	41	9	8	40	1.68
62935--62971	15	2.5	15	100	0	74	54	5	0	40	1.24
63856--63907	18	2.9	19	80	16	74	42	7	5	44	1.57
64075--66567	180	13.9	180	75	9	1540	40	10	8	40	1.70
64076--66567	361	7.0	357	72	10	1212	40	10	8	40	1.70
66594--66628	16	2.1	17	89	10	54	40	5	8	45	1.58
66583--67908	359	3.7	356	79	6	1206	41	9	8	41	1.67
66569--67909	181	7.5	179	76	7	940	41	9	7	41	1.67
67042--67945	358	2.5	364	80	6	873	41	9	7	41	1.65
68257--68331	34	2.2	35	88	4	109	36	14	5	44	1.68
68442--69391	180	5.3	181	78	7	853	40	9	8	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68444--69391	368	2.6	361	78	8	894	40	9	8	41	1.68
69114--69746	314	2.0	314	99	0	1241	41	12	7	38	1.71
69430--70369	177	5.2	176	78	7	849	42	11	7	38	1.69
70341--70452	54	2.1	54	93	0	188	43	11	11	33	1.77
70517--71487	358	2.7	364	76	6	859	42	10	9	38	1.71
70395--72071	180	9.2	182	71	11	812	42	9	8	38	1.69
71471--71522	24	2.2	24	85	0	68	61	1	11	25	1.40
71302--71686	204	1.9	205	79	5	438	42	10	9	37	1.72
70948--72050	563	2.0	565	81	6	1322	42	9	9	38	1.71
72210--73030	438	1.9	444	83	4	1081	41	9	8	40	1.68
72646--77432	181	26.5	178	74	8	2895	41	10	8	39	1.69
72647--78038	714	7.5	716	75	8	3495	41	10	8	39	1.69
72647--77975	895	5.9	887	73	9	3281	41	10	8	39	1.69
76403--76440	19	2.0	19	100	0	76	42	15	10	31	1.81
77424--78033	181	3.4	178	79	6	601	41	10	7	40	1.68
77925--78156	118	2.0	118	82	6	283	43	10	5	40	1.62
78043--79355	363	3.6	360	76	7	981	41	9	8	40	1.68
78079--79355	544	2.4	535	77	6	1203	41	9	8	40	1.68
78043--79469	182	7.9	177	74	6	1021	40	9	8	40	1.69
78043--79495	181	8.1	176	74	9	836	40	9	8	40	1.68
79554--80019	174	2.6	177	76	6	406	42	9	7	40	1.65
79502--81568	180	11.5	179	75	7	1385	40	9	8	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79502--81403	361	5.3	356	76	8	1173	41	9	8	40	1.68
82125--82181	25	2.2	26	84	12	73	45	3	0	50	1.18
82135--82200	26	2.6	25	83	7	71	48	4	0	46	1.22
82209--82274	27	2.3	30	80	12	77	46	3	0	50	1.16
82466--82519	24	2.2	24	83	9	65	46	1	1	50	1.23
82582--82639	19	2.8	20	76	10	55	51	5	3	39	1.41
82615--82648	13	2.6	13	95	0	59	52	0	0	47	1.00
83725--83763	16	2.4	16	84	12	53	48	0	0	51	1.00
85224--85292	30	2.3	29	74	16	68	44	1	7	46	1.40
85251--85295	18	2.4	19	82	13	58	44	0	6	48	1.29

Tables:   1   2