genome.fa.s664.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168489.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_87, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102453

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933--2985	467	4.4	465	84	3	2346	34	12	13	38	1.83
932--2985	934	2.2	927	83	4	2604	34	12	13	38	1.83
3105--3148	14	3.1	14	78	15	54	75	4	6	13	1.17
3223--3278	23	2.5	22	80	13	60	76	3	8	10	1.12
3725--3782	25	2.3	26	77	11	68	72	1	5	20	1.13
4083--4149	27	2.6	25	79	11	71	80	0	10	8	0.90
12429--12711	151	1.9	151	91	4	464	51	18	9	20	1.74
22689--22752	24	2.6	23	75	18	58	42	1	4	51	1.32
25547--25758	106	2.0	106	97	0	397	41	19	21	17	1.91
28870--28936	27	2.5	27	81	11	75	8	10	0	80	0.90
29657--29709	18	3.1	17	78	10	54	16	3	3	75	1.10
30063--32385	465	5.0	467	81	6	2291	38	14	12	33	1.85
30217--32220	932	2.2	939	83	4	2496	38	14	12	34	1.84
34148--39499	450	11.8	449	81	6	5739	38	18	13	30	1.89
32456--39499	909	7.8	896	80	7	6523	38	18	13	30	1.89
34675--39499	444	10.5	450	80	7	4356	38	18	13	30	1.89
38775--40214	746	1.9	740	86	2	2046	38	18	14	28	1.90
41503--42912	466	3.0	462	83	4	1818	38	18	13	29	1.89
43281--46540	465	7.0	463	74	10	2554	37	18	13	30	1.89
44018--46518	466	5.4	461	72	10	1768	37	18	12	31	1.88
46667--48934	466	4.9	463	82	6	2633	38	17	13	30	1.89
49083--57298	466	17.6	465	72	12	4127	37	18	13	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51661--53109	711	2.0	727	83	5	1808	38	18	12	30	1.88
58124--60283	467	4.6	465	84	2	2731	37	17	13	30	1.89
58123--60283	936	2.3	930	85	2	2950	37	18	13	30	1.89
61383--61421	20	1.9	21	84	5	53	28	38	12	20	1.89
61097--61536	232	1.9	231	88	2	659	38	19	13	27	1.90
61094--62342	640	2.0	627	89	4	1918	37	18	13	29	1.90
62653--62694	12	3.2	13	76	10	50	35	0	2	61	1.09
65295--65367	31	2.3	31	83	6	85	49	1	1	47	1.18
65497--65588	6	15.5	6	70	25	63	50	3	0	46	1.17
65502--65588	17	5.0	17	72	19	65	50	3	0	45	1.18
65560--65621	19	3.4	19	71	15	67	48	1	0	50	1.10
65607--65692	10	8.6	10	68	13	52	53	1	1	44	1.15
66168--66216	12	4.2	12	75	17	50	57	0	0	42	0.99
66169--66223	14	3.9	14	78	19	51	54	0	0	45	0.99
66379--66417	17	2.2	18	86	4	53	46	0	0	53	1.00
66471--66521	16	3.3	16	81	5	61	47	0	1	50	1.12
66683--66742	30	1.9	32	87	12	90	43	3	3	50	1.35
67273--67301	13	2.2	13	100	0	58	48	6	6	37	1.57
67546--67586	21	2.0	21	85	9	57	41	0	0	58	0.98
67722--67767	23	2.0	23	83	8	58	54	2	2	41	1.25
68057--68153	14	6.7	14	70	15	54	52	0	2	45	1.12
68065--68187	17	7.3	17	68	23	57	52	0	1	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68066--68132	27	2.5	25	79	15	71	50	0	2	46	1.16
69521--69561	14	3.1	14	83	13	52	48	0	0	51	1.00
71324--71362	19	2.1	19	85	9	53	48	2	2	46	1.29
71378--71418	9	4.3	9	85	11	55	48	0	2	48	1.14
71387--71426	20	2.1	18	90	9	62	50	0	0	50	1.00
72209--72250	17	2.5	17	76	7	50	64	7	7	21	1.43
72258--72296	19	2.0	20	85	5	53	74	10	0	15	1.07
72274--72330	25	2.3	25	79	8	64	68	5	3	22	1.25
72319--72354	18	2.0	18	94	0	63	66	5	13	13	1.41
72411--72506	17	5.5	17	72	8	50	71	4	7	16	1.24
72728--72800	9	8.6	8	76	15	51	71	2	2	23	1.12
72765--72815	13	3.3	16	75	25	56	78	0	5	15	0.93
72765--72816	25	2.1	24	82	10	61	78	0	5	15	0.92
72765--72818	16	3.4	16	70	19	51	77	0	5	16	0.94
73164--73193	15	1.9	16	93	6	53	66	10	0	23	1.21
73258--73304	20	2.5	19	82	6	51	74	4	6	14	1.17
73268--73325	28	2.0	29	83	10	73	75	5	8	10	1.17
73381--73434	24	2.2	25	78	21	62	75	3	3	16	1.08
73665--73709	21	2.1	22	84	8	58	68	0	11	20	1.19
73866--73923	7	8.0	7	77	7	62	75	1	5	17	1.06
73800--73946	37	4.1	33	73	23	104	72	2	7	17	1.19
74110--74155	21	2.3	21	85	7	60	80	4	6	8	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74194--74252	17	3.4	17	80	4	64	71	6	6	15	1.29
74193--74234	18	2.3	18	80	8	50	76	7	2	14	1.10
74409--74506	7	13.4	7	69	19	58	76	6	3	14	1.10
74409--74475	27	2.4	27	77	7	71	77	7	1	13	1.04
74463--74507	16	2.9	15	83	6	63	77	2	6	13	1.05
74431--74516	24	3.7	24	72	17	65	75	4	4	15	1.13
74043--75207	615	1.9	605	80	10	1328	66	4	9	18	1.38
75041--75078	20	1.9	19	89	5	58	73	0	5	21	1.02
75016--75078	19	3.2	20	75	20	62	74	1	4	19	1.08
75232--75294	13	5.3	12	70	14	51	79	4	1	14	0.97
75232--75285	13	4.4	12	79	9	56	77	3	1	16	1.00
75213--75289	23	3.2	24	77	13	70	76	6	2	14	1.09
76366--76403	20	1.9	20	84	10	51	34	0	7	57	1.28
76987--77030	20	2.2	20	83	0	52	70	6	9	13	1.33
77067--77123	24	2.4	23	83	13	71	70	1	7	21	1.20
77403--77439	19	1.9	19	89	10	58	83	0	5	10	0.79
77408--77437	15	1.9	16	93	6	53	86	0	3	10	0.67
77406--77440	8	4.5	8	85	7	54	85	0	2	11	0.69
77464--77567	41	2.5	41	82	6	111	75	4	4	14	1.13
78058--78094	10	3.5	11	86	13	51	75	8	8	8	1.19
78081--78111	16	1.9	16	93	0	53	80	0	6	12	0.89
78049--78091	12	3.8	12	84	12	63	76	6	6	9	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78367--78422	23	2.4	23	79	8	60	75	5	3	16	1.13
78367--78422	24	2.4	23	77	14	60	75	5	3	16	1.13
78729--78800	29	2.3	31	82	15	87	69	1	12	16	1.26
78723--78804	31	2.7	30	77	19	82	70	1	12	15	1.22
78820--78904	9	8.9	9	69	16	55	76	3	5	14	1.11
78798--78894	22	4.5	22	70	13	67	77	7	4	11	1.11
78974--79003	15	1.9	16	93	6	53	73	3	6	16	1.18
79122--79160	17	2.3	17	90	0	60	74	7	7	10	1.22
80040--80105	25	2.6	25	77	15	66	72	6	9	12	1.26
80350--80432	35	2.3	36	79	8	89	75	3	4	15	1.10
80496--80534	16	2.4	16	84	16	53	76	0	7	15	0.99
80795--80863	25	2.7	25	84	6	77	73	2	2	20	1.09
81029--81134	10	10.4	10	66	25	53	75	3	2	17	1.07
81029--81190	17	9.3	17	69	13	89	75	3	3	17	1.10
81029--81190	16	9.9	16	67	23	70	75	3	3	17	1.10
81233--81296	27	2.3	28	78	10	69	75	1	4	18	1.06
81523--81565	7	5.9	7	84	10	59	72	0	2	25	0.97
81523--81570	23	2.1	23	96	0	87	72	0	2	25	0.95
86592--86898	161	1.9	162	91	1	499	35	13	22	28	1.92
92813--92969	8	17.4	8	68	23	57	14	5	3	76	1.10
92933--92976	6	7.2	6	80	14	54	18	0	0	81	0.68
92926--92965	18	2.3	18	91	4	64	12	2	0	85	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92919--92974	13	4.5	13	78	14	55	19	1	0	78	0.84
92936--92976	13	3.2	13	86	3	57	17	0	0	82	0.66
92924--92976	17	3.1	17	86	10	72	16	1	0	81	0.79
93003--93043	21	2.0	21	85	0	55	7	12	0	80	0.90
93090--93124	16	2.1	17	89	5	54	14	17	0	68	1.21
93200--93261	14	4.2	15	71	20	51	8	9	4	77	1.12
93717--93752	18	1.9	18	88	5	54	13	11	5	69	1.34
93819--93879	8	7.6	8	82	14	65	11	3	1	83	0.83
93821--93879	7	8.6	7	78	10	52	10	3	1	84	0.80
94107--94179	23	3.4	21	71	21	62	17	8	2	71	1.23

Tables:   1   2