genome.fa.s670.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168495.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_92, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99684

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--947	181	5.3	179	80	8	955	42	9	7	40	1.67
5--947	360	2.6	361	81	5	1094	42	9	7	40	1.67
785--1105	161	2.0	161	80	3	369	44	9	7	38	1.65
1240--6200	181	27.7	180	74	8	3179	41	10	8	39	1.69
2441--2482	19	2.2	19	100	0	84	38	11	14	35	1.83
2122--2839	376	1.9	376	80	4	829	41	11	8	38	1.72
2527--3336	175	4.5	174	76	9	510	42	9	7	40	1.66
1404--9966	360	23.9	354	71	12	3044	41	9	8	40	1.68
1240--13032	539	22.0	537	73	10	5119	41	9	8	40	1.68
5072--6145	182	6.1	168	72	13	467	42	10	8	39	1.68
7441--7515	38	2.0	38	97	0	141	41	8	5	45	1.56
6364--10042	181	20.3	180	72	10	2041	41	9	8	40	1.68
7479--10037	180	14.2	177	75	9	1653	41	9	8	40	1.68
9906--10185	156	1.8	154	80	8	338	43	9	5	41	1.60
10062--13032	180	16.6	178	75	9	1918	42	9	7	40	1.66
13031--16537	181	19.5	181	73	10	1885	40	8	9	41	1.68
14388--14429	18	2.3	18	87	4	57	42	14	2	40	1.58
15217--15258	20	2.1	20	86	8	59	52	2	4	40	1.35
13035--16535	349	9.8	361	72	10	1964	40	8	9	41	1.68
16648--19923	181	18.4	182	74	9	1761	40	8	9	41	1.68
16648--19892	542	6.1	534	74	10	1420	40	8	9	41	1.67
17616--17930	168	1.9	168	82	5	404	40	7	8	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17769--22113	180	24.5	180	74	9	2487	39	8	9	42	1.68
16652--22113	361	15.4	359	74	9	3314	40	7	10	41	1.68
21130--22113	182	5.5	180	76	7	807	38	7	9	44	1.65
22298--22350	27	2.0	27	92	0	88	52	9	11	26	1.67
22136--22523	203	1.9	206	85	3	534	42	7	9	40	1.66
22451--22588	68	2.0	68	90	2	215	42	7	14	36	1.73
22548--22976	183	2.4	180	80	2	439	38	8	11	40	1.73
23330--23604	145	1.9	146	85	0	381	41	9	8	41	1.67
23604--23636	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
23507--23848	180	1.9	180	84	4	458	42	7	9	39	1.67
24149--26149	181	11.2	176	71	11	737	40	7	9	42	1.66
24434--25081	349	1.8	353	80	8	777	41	8	8	41	1.64
24989--25299	171	1.8	171	80	2	383	41	6	9	42	1.63
24492--25717	352	3.5	359	76	9	869	41	7	9	42	1.64
25805--26146	176	1.9	177	80	7	390	42	6	10	40	1.66
26311--28560	182	12.5	181	79	6	1558	40	8	9	42	1.67
26311--28492	363	6.1	359	77	8	1487	40	8	9	41	1.67
28558--28996	176	2.5	178	80	9	475	39	7	9	43	1.65
29302--31397	182	11.7	181	76	7	1570	42	10	8	39	1.68
29722--30181	174	2.6	172	88	3	632	41	7	9	41	1.65
29722--30349	174	3.6	172	82	7	630	42	8	8	40	1.65
31289--31541	138	1.8	136	81	7	314	39	11	5	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31090--31664	318	1.8	318	80	6	689	41	11	7	39	1.70
31412--32062	181	3.6	176	76	8	558	41	10	6	41	1.66
32614--32934	176	1.8	176	82	5	412	42	8	8	40	1.65
32686--33309	332	1.9	330	82	7	791	40	9	8	41	1.68
33006--35633	181	14.8	180	75	8	1738	41	10	7	39	1.69
33463--35159	715	2.4	711	78	6	1681	42	10	8	38	1.69
34911--35493	178	3.3	172	78	7	506	42	10	7	40	1.67
35364--35917	287	1.9	282	79	4	612	40	9	7	42	1.63
36373--55064	181	102.9	180	68	13	4652	41	9	8	40	1.68
35687--37023	675	2.0	673	79	6	1442	43	9	7	39	1.66
37734--37766	17	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
36358--55064	361	51.5	359	69	12	6412	41	9	8	40	1.68
39640--39677	20	1.9	20	84	10	51	57	5	2	34	1.35
40652--40710	25	2.4	25	97	0	109	23	6	15	54	1.65
42732--43075	172	2.0	174	80	6	396	43	9	8	38	1.67
43419--43465	18	2.7	18	74	12	53	40	12	4	42	1.63
43245--44034	177	4.4	176	77	8	550	40	11	7	40	1.69
43247--45993	180	15.2	181	73	9	1132	41	10	8	39	1.69
43245--45992	360	7.6	355	73	8	1631	41	10	8	39	1.69
45594--45626	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
46092--46124	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
46473--55064	181	47.9	181	75	7	5309	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50728--50760	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
46668--54433	539	14.4	526	73	10	2367	41	9	8	40	1.68
52876--52908	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
55161--55213	20	2.5	20	90	6	79	73	5	5	15	1.21
55218--55309	22	4.4	22	76	12	86	68	1	2	28	1.08
55182--55285	43	2.5	40	79	13	102	70	2	3	23	1.17
55218--55421	4	51.0	4	69	14	102	65	3	2	28	1.21
55432--55470	16	2.4	17	91	8	64	76	2	0	20	0.90
55434--55472	12	3.3	12	82	7	53	76	2	0	20	0.90
55650--55792	42	3.4	42	89	1	189	33	23	20	23	1.97
55650--55821	42	4.1	41	85	3	182	33	21	19	25	1.97
56836--56865	10	3.0	10	100	0	60	10	10	0	80	0.92
67252--67341	27	3.2	27	66	22	76	37	17	5	38	1.74
67250--68123	59	14.7	59	81	8	974	34	12	8	44	1.73
67250--68122	120	7.3	119	89	3	1257	34	12	8	44	1.73
68136--68174	21	1.9	21	89	5	62	76	2	7	12	1.09
68145--68231	17	5.5	16	76	15	74	77	1	6	14	1.04
68145--68217	6	12.5	6	71	11	53	79	1	6	12	0.99
68132--68217	26	3.2	26	71	25	63	77	2	6	12	1.05
68157--68210	11	4.7	11	76	17	56	83	1	3	11	0.85
69133--69183	20	2.5	20	90	6	75	74	5	9	9	1.21
69193--69263	21	3.4	22	81	9	87	71	1	2	23	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69174--69264	44	2.1	44	83	8	114	70	2	2	25	1.10
69236--69399	4	40.0	4	69	13	84	64	4	2	28	1.25
69193--69399	14	14.1	14	69	17	91	65	3	2	28	1.25
69199--69284	45	1.9	45	85	4	120	68	2	3	25	1.17
69193--69399	12	17.0	12	68	17	88	65	3	2	28	1.25
69193--69399	8	25.5	8	70	17	88	65	3	2	28	1.25
69410--69457	22	2.1	23	92	3	80	79	2	0	18	0.84
69413--69457	17	2.6	16	82	10	54	77	2	0	20	0.87
69585--70465	179	4.9	179	75	5	576	39	8	10	41	1.69
70677--75832	180	28.7	178	75	7	3084	40	7	9	41	1.67
70682--77029	723	8.9	712	75	9	3919	40	8	9	41	1.68
70682--75832	360	14.3	361	76	7	3688	40	7	9	41	1.67
75500--75544	24	1.9	24	81	4	56	40	4	2	53	1.33
70677--75832	181	28.7	181	76	6	3648	40	7	9	41	1.67
76899--77171	142	1.9	142	85	6	381	41	8	9	41	1.67
77044--79170	181	11.9	181	76	6	1663	40	8	10	41	1.70
79033--79306	136	2.0	136	90	1	433	40	8	11	40	1.71
79221--80219	180	5.6	180	78	6	883	40	7	9	41	1.66
79780--80095	170	1.8	172	85	2	449	39	6	10	43	1.65
80232--80871	180	3.6	177	77	5	606	42	8	11	37	1.71
80880--85797	181	27.4	179	74	9	3214	41	9	8	40	1.68
81384--81416	18	1.9	17	88	11	50	33	6	12	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84085--84117	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
85727--85863	67	2.1	66	88	1	202	36	13	8	41	1.74
85899--86519	181	3.4	176	77	5	607	42	11	6	39	1.67
86385--86653	139	1.9	140	83	3	346	45	9	7	37	1.64
86732--87259	180	2.9	179	77	6	517	38	9	9	42	1.69
87278--89111	181	10.1	181	78	3	1595	41	8	8	41	1.67
87261--89111	361	5.1	358	79	4	1623	41	8	8	41	1.67
89470--89579	55	2.0	55	100	0	220	29	18	21	30	1.97
89680--89907	123	1.8	122	87	6	334	32	14	8	44	1.75
89635--89907	60	4.5	59	81	12	315	32	14	8	44	1.75

Tables:   1   2