genome.fa.s671.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168496.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_93, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  94084

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 185 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658--701	21	2.1	21	86	0	61	52	0	0	47	1.00
673--706	17	2.1	17	88	5	52	47	0	0	52	1.00
654--711	21	2.7	21	71	12	55	50	0	0	50	1.00
758--800	21	2.0	22	90	4	70	41	4	2	51	1.35
996--1047	19	2.7	19	71	14	52	46	1	1	50	1.23
1584--1612	14	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
3157--3213	12	4.5	14	75	16	54	52	5	0	42	1.24
3304--3339	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
3236--3386	18	8.1	18	65	22	53	48	2	3	45	1.32
3831--3863	13	2.4	14	90	10	50	42	6	0	51	1.26
3966--3995	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
4328--4367	19	2.2	18	90	4	62	57	0	0	42	0.98
4541--5665	181	6.3	180	77	6	944	39	8	10	41	1.71
5662--6869	180	6.8	181	76	8	951	40	8	9	41	1.68
5071--6189	602	1.9	600	81	4	1378	39	7	11	41	1.70
7795--8772	177	5.5	176	75	7	716	40	8	10	41	1.69
8971--9014	17	2.6	16	82	13	52	40	2	0	56	1.11
8960--9034	38	2.0	37	84	7	98	42	1	0	56	1.08
9354--9399	21	2.1	22	84	4	58	56	2	4	36	1.31
10633--10667	14	2.6	13	86	8	52	57	2	0	40	1.14
10703--10749	19	2.5	19	86	13	62	44	0	0	55	0.99
10936--10989	26	2.0	28	85	7	76	44	5	3	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11421--11473	24	2.2	24	83	6	63	52	0	1	45	1.11
11449--11488	18	2.2	18	95	4	71	55	0	2	42	1.13
11434--11483	24	2.1	24	82	10	68	56	0	2	42	1.11
11540--11585	18	2.6	18	83	16	60	45	0	0	54	0.99
11707--11753	21	2.3	20	79	13	51	46	0	2	51	1.13
12014--12105	26	3.4	26	69	15	62	48	3	4	43	1.38
12132--12156	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
12488--12547	25	2.5	23	81	7	75	43	0	6	50	1.28
13277--13344	14	4.5	16	66	26	58	51	1	1	45	1.19
13995--14072	18	4.6	17	76	16	65	44	0	2	52	1.14
14228--14284	26	2.2	26	81	15	73	50	0	0	49	1.00
14243--14281	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
14230--14284	25	2.2	25	87	6	76	50	0	0	49	1.00
14357--14427	36	1.9	36	83	8	90	46	1	1	50	1.18
14565--14624	14	4.4	14	74	19	56	46	3	1	48	1.28
14662--14740	34	2.3	33	79	12	79	49	1	2	46	1.23
14889--14934	23	2.0	24	83	12	60	52	6	0	41	1.27
14957--14999	11	4.0	11	82	11	54	53	2	0	44	1.13
14997--15036	13	3.2	13	86	13	57	47	0	2	50	1.14
15142--15208	19	3.3	19	78	14	62	52	1	1	44	1.19
15614--15692	39	2.0	39	83	9	99	51	0	2	45	1.14
15612--15676	26	2.5	25	74	18	60	52	0	3	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15645--15689	20	2.1	22	84	8	58	55	0	2	42	1.12
16472--16532	27	2.2	28	85	8	81	45	3	3	47	1.35
16584--16662	40	2.0	40	87	5	115	45	1	2	50	1.23
16649--16702	25	2.2	24	83	9	65	42	7	0	50	1.30
16906--16953	14	3.5	14	75	13	55	52	0	0	47	1.00
16907--16955	22	2.2	22	78	7	55	51	0	0	48	1.00
17007--17035	14	2.0	15	93	6	51	68	3	0	27	1.05
17243--17288	23	2.0	22	87	4	65	47	0	0	52	1.00
17250--17302	27	2.0	27	84	0	70	45	0	1	52	1.11
17683--17744	21	3.1	20	80	13	65	50	4	1	43	1.33
17928--17967	20	2.0	20	85	0	53	45	2	12	40	1.56
18054--18082	10	2.7	11	89	10	51	37	0	6	55	1.27
18090--18138	23	2.1	24	82	17	59	46	0	2	51	1.12
18477--18512	18	1.9	19	88	5	56	38	2	2	55	1.29
19747--19791	18	2.4	18	85	10	56	53	0	2	44	1.13
19751--19862	16	6.9	16	69	21	56	50	3	0	44	1.25
19744--19806	26	2.4	28	84	12	80	53	0	1	44	1.10
19831--19903	23	3.2	23	74	1	67	43	1	2	52	1.24
19877--19957	34	2.4	34	80	13	96	51	1	0	46	1.08
19929--19992	16	4.0	16	74	8	67	45	0	3	51	1.17
20404--20434	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
20838--21269	179	2.4	178	84	8	532	41	8	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21798--21892	36	2.6	37	77	11	99	47	7	0	45	1.31
21853--21907	17	3.1	17	75	14	58	49	1	0	49	1.11
22040--22076	18	1.9	21	84	15	53	48	0	0	51	1.00
22039--22091	20	2.6	21	82	11	58	49	0	0	50	1.00
22455--22515	13	4.6	13	79	8	61	44	0	1	54	1.10
23031--24087	181	5.9	181	74	8	786	40	7	9	41	1.67
24135--24650	179	2.9	173	78	8	456	41	8	9	40	1.68
24733--24780	25	1.9	25	83	8	62	45	0	4	50	1.21
25839--25901	22	2.7	24	82	9	76	46	1	1	50	1.20
25996--26034	18	2.2	18	86	9	53	46	2	0	51	1.14
26223--26260	13	3.0	13	88	3	51	47	0	5	47	1.24
26352--26398	22	2.1	23	77	18	55	46	2	0	51	1.13
26570--26697	63	2.0	62	79	10	134	50	4	3	42	1.39
27172--27230	6	10.0	6	73	15	52	47	1	3	47	1.29
27222--27266	23	2.0	23	82	8	56	53	2	2	42	1.25
27339--27383	15	2.9	15	80	3	54	44	4	2	48	1.35
27453--27505	26	2.1	25	85	3	70	47	1	5	45	1.37
27745--27830	20	4.4	20	77	11	81	47	2	0	50	1.14
27774--27809	17	2.1	17	94	0	63	47	2	0	50	1.15
27946--28005	22	2.5	23	79	17	61	45	3	1	50	1.28
28285--28322	20	2.1	19	85	14	53	44	2	2	50	1.30
29058--29098	19	2.0	21	86	13	59	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29213--29275	21	2.8	21	75	15	56	44	0	1	53	1.10
29365--29422	15	3.9	14	75	8	53	44	1	3	50	1.29
30907--30960	18	3.0	17	83	8	54	46	1	0	51	1.11
31530--31577	15	3.1	15	80	14	53	50	0	4	45	1.21
31521--31580	30	1.9	32	86	6	88	51	0	3	45	1.17
32774--32887	42	2.8	41	76	18	112	50	1	0	47	1.17
32831--32887	29	2.0	28	86	10	80	50	1	1	45	1.22
33092--33148	10	5.9	10	76	15	57	49	0	1	49	1.11
33092--33148	20	3.0	20	79	7	64	49	0	1	49	1.11
33620--33684	26	2.5	26	85	7	87	50	0	3	46	1.17
33574--33689	32	3.7	30	72	16	83	47	0	3	48	1.24
33753--33817	21	3.0	21	77	14	69	47	1	6	44	1.37
33777--33830	21	2.5	22	82	11	67	44	0	5	50	1.25
34188--34268	23	4.0	20	71	18	60	43	3	0	53	1.18
34276--34322	24	2.0	22	88	8	67	51	2	0	46	1.13
34342--34386	17	2.6	18	76	16	51	37	0	4	57	1.19
34429--34470	19	2.3	18	91	4	66	45	2	0	52	1.13
34574--34607	18	1.9	18	88	5	52	61	2	5	29	1.34
34769--34807	20	2.0	19	85	5	51	51	2	0	46	1.14
34904--34964	20	3.0	21	83	9	72	49	1	0	49	1.10
34924--35015	12	7.7	13	71	19	67	48	1	1	48	1.15
34922--35004	23	3.4	24	77	18	75	50	1	1	46	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34936--34990	15	3.9	14	79	18	60	49	1	1	47	1.23
34907--35026	14	8.1	14	67	23	52	46	1	0	50	1.17
34995--35120	48	2.6	48	78	13	134	43	4	0	51	1.22
35636--35684	22	2.2	23	82	10	57	46	2	2	48	1.25
35653--35737	28	3.1	29	75	8	79	47	3	2	47	1.32
35988--36098	15	7.4	15	66	20	54	45	1	0	52	1.11
35981--36038	21	2.8	20	84	7	62	46	1	0	51	1.11
35998--36077	28	2.7	28	83	15	90	48	2	0	48	1.14
36067--36099	11	3.0	11	91	8	50	39	0	0	60	0.97
35993--36098	29	3.5	31	77	16	89	46	1	0	51	1.11

Tables:   1   2