genome.fa.s672.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168497.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_94, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93177

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28--11432	181	62.8	180	72	11	5211	41	9	8	40	1.68
2937--2979	19	2.1	22	87	12	65	39	9	4	46	1.57
5403--5869	163	2.9	159	74	14	392	41	9	8	40	1.68
5403--5869	158	2.9	156	74	13	416	41	9	8	40	1.68
11431--16100	181	26.0	178	75	8	2995	41	10	8	40	1.68
11506--16100	902	5.1	892	76	7	3579	41	9	8	40	1.68
16007--16210	101	2.0	101	99	0	399	50	8	9	31	1.65
15826--16357	282	1.9	283	80	5	639	44	9	8	37	1.66
15691--16547	463	1.8	465	82	3	1089	42	8	8	40	1.67
16108--18597	534	4.6	527	75	7	1724	41	10	8	40	1.69
16108--18597	181	13.8	181	76	5	1945	41	10	8	40	1.69
18342--18896	288	1.9	285	82	4	695	37	9	9	43	1.69
18623--19016	183	2.2	180	78	8	417	40	8	8	41	1.67
19113--19870	182	4.2	183	75	10	470	43	10	9	37	1.70
24550--25000	50	9.4	49	82	6	505	26	12	23	37	1.90
24550--25000	96	4.7	96	82	6	513	26	12	23	37	1.90
24803--25138	44	7.2	44	73	14	180	27	13	20	38	1.90
25299--25346	17	2.7	18	81	12	64	0	18	0	81	0.70
25302--25351	13	3.8	13	80	12	57	0	18	0	82	0.68
25478--25526	23	2.1	23	88	0	71	46	12	14	26	1.79
26323--26368	23	2.0	23	82	0	56	30	0	2	67	1.03
26441--26490	20	2.3	22	86	10	68	70	6	0	24	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27484--28170	181	3.8	177	78	6	614	41	9	8	40	1.69
28215--28271	18	3.3	18	71	14	57	38	7	7	47	1.58
28220--28824	178	3.4	178	79	7	485	39	8	9	42	1.68
28220--29854	181	9.1	179	76	6	1224	41	9	8	41	1.68
28220--29848	361	4.5	359	76	7	1196	41	9	8	41	1.67
29705--29968	143	1.8	145	88	3	408	45	9	6	39	1.61
29357--30357	506	2.0	503	81	3	1163	42	9	7	40	1.65
29848--32800	357	8.3	350	74	9	1667	41	10	8	39	1.69
28973--30688	867	2.0	866	79	5	1831	42	10	7	40	1.67
29848--31735	181	10.6	177	76	7	1431	41	10	8	39	1.69
29848--32818	717	4.2	709	75	9	2324	42	10	8	39	1.69
29856--32818	538	5.5	526	75	9	1780	42	10	8	39	1.68
32958--34436	181	8.3	180	77	6	1203	41	10	7	40	1.68
32962--34440	713	2.1	714	80	6	1629	41	10	7	40	1.68
34885--34937	24	2.3	22	72	15	52	39	1	1	56	1.21
34678--35386	182	3.9	179	77	8	614	39	7	10	42	1.68
35429--36980	181	8.6	181	76	8	1156	38	8	10	42	1.69
35429--36976	537	2.9	535	80	5	1653	38	8	10	42	1.69
37816--37863	20	2.3	21	85	3	62	18	18	25	37	1.94
38881--38954	38	1.9	38	94	0	130	29	32	10	27	1.90
39571--39605	16	2.2	16	89	0	52	40	11	14	34	1.82
39637--40706	181	6.0	180	75	6	830	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39794--40706	359	2.5	356	80	4	971	39	8	9	41	1.69
40756--40883	66	1.9	67	88	3	197	44	9	12	33	1.74
41008--41048	19	2.1	20	86	13	59	48	9	4	36	1.58
40842--44026	181	17.7	181	74	8	2139	39	8	9	41	1.69
40876--42966	891	2.3	890	84	4	2620	39	8	9	42	1.69
44017--50007	181	33.1	180	70	11	2064	39	8	10	41	1.69
44584--44632	25	2.0	25	100	0	98	42	8	12	36	1.72
45418--45726	169	1.8	170	82	6	403	40	5	11	43	1.62
44370--46806	524	4.5	532	77	9	1642	40	7	10	42	1.67
44859--49552	716	6.5	706	71	14	2048	39	7	10	41	1.68
46757--46883	64	2.0	64	95	0	227	44	8	12	33	1.73
46821--50021	358	9.0	358	73	10	1358	39	8	10	41	1.69
46822--54523	539	14.3	534	71	13	2947	39	8	9	42	1.68
50459--54525	180	22.3	179	69	13	879	39	8	10	41	1.69
51097--51209	56	2.0	57	98	1	219	33	12	14	39	1.83
51190--54525	180	18.6	178	72	10	1950	39	8	9	42	1.68
51700--53364	356	4.6	357	74	11	912	40	7	9	42	1.66
51585--54491	537	5.4	540	74	11	1534	39	8	9	42	1.68
52060--54476	894	2.7	880	77	7	2253	39	8	9	42	1.67
52023--54533	357	7.0	353	73	10	1005	39	8	9	42	1.68
53197--54533	712	1.9	715	81	6	1649	38	8	9	42	1.69
54713--55620	178	5.1	175	74	12	671	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54799--55620	353	2.3	352	79	7	896	40	8	10	41	1.70
55788--56115	181	1.8	181	81	2	417	37	8	10	42	1.71
56167--57193	181	5.7	180	78	3	906	40	8	10	40	1.70
57078--57309	115	2.0	116	97	0	439	43	8	12	35	1.72
57413--58892	181	8.2	181	76	5	900	39	8	10	41	1.69
57413--58892	362	4.1	353	77	7	1204	39	8	10	41	1.69
57197--61040	539	7.2	535	74	10	2387	40	8	10	41	1.68
58756--59028	145	1.9	147	82	7	351	39	7	10	42	1.67
58870--61040	181	12.0	180	74	9	1250	40	7	9	42	1.67
61585--62701	181	6.3	179	77	7	853	43	10	7	39	1.66
62716--63630	181	5.1	180	74	8	528	40	8	11	40	1.70
62836--63511	180	3.8	178	77	6	496	41	9	10	39	1.71
63106--63533	177	2.4	176	79	8	396	42	8	7	41	1.63
65221--65856	180	3.5	175	76	8	552	41	8	11	38	1.71
65811--65845	18	1.9	18	94	0	61	45	5	8	40	1.58
65866--66863	181	5.5	183	74	9	519	41	9	8	40	1.68
68730--69136	179	2.3	177	78	7	414	40	7	10	42	1.66
68910--70198	177	7.2	177	73	10	478	38	8	9	42	1.69
68831--70198	357	3.8	352	74	10	964	38	8	10	42	1.69
70243--71862	177	9.0	180	74	10	1022	38	8	10	42	1.69
70337--71333	176	5.6	173	75	11	692	39	8	10	41	1.69
71883--72909	181	5.7	180	77	4	874	40	8	10	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72793--73025	115	2.0	116	96	1	432	43	8	12	36	1.72
72913--74606	181	9.4	178	75	7	1130	40	8	10	40	1.70
72913--74606	535	3.1	529	77	7	1542	40	8	10	40	1.70
74470--74742	145	1.9	147	82	7	351	39	7	10	42	1.67
74584--76754	181	12.0	180	75	8	1357	40	7	9	42	1.67
74584--76754	363	6.0	358	75	9	1314	40	7	9	42	1.67
77298--78411	181	6.3	178	77	8	813	42	10	7	39	1.67
78426--79761	181	7.5	179	73	9	833	40	8	10	40	1.70
78816--79141	177	1.8	178	82	4	413	44	7	7	39	1.63
79192--79515	171	1.9	171	81	6	388	41	7	10	39	1.69
79019--79693	352	1.9	353	79	4	763	42	8	9	40	1.68
79823--80933	180	6.2	179	77	5	943	41	8	9	41	1.67
80455--81372	481	1.9	482	82	3	1168	41	8	10	39	1.70
81545--81580	18	1.9	19	88	5	56	44	5	11	38	1.63
81536--81580	16	2.6	17	82	10	56	44	4	13	37	1.64
80936--81592	181	3.6	177	76	7	599	41	8	11	38	1.71
81606--83763	181	12.2	179	71	11	1103	41	9	7	40	1.66
81592--82860	543	2.4	534	80	6	1310	42	9	8	40	1.66
82875--83792	180	5.1	180	77	5	798	42	10	7	40	1.67
82875--83750	361	2.4	354	80	6	954	42	9	7	40	1.66
83817--85887	181	11.6	180	77	7	1799	40	9	8	41	1.68
84641--84688	15	3.1	15	80	14	53	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83817--85769	537	3.6	533	78	7	1880	40	9	8	41	1.68
83817--85776	898	2.2	893	79	7	2083	40	9	8	41	1.68
85903--87216	181	7.4	180	74	9	878	41	8	7	41	1.65
85930--86996	355	3.0	354	80	5	1116	42	8	7	41	1.62
87647--88694	181	5.9	181	75	6	715	42	9	8	39	1.69
87905--88694	354	2.2	359	78	6	827	41	9	8	39	1.69
88751--88807	21	2.7	21	100	0	114	33	14	5	47	1.66
89198--91968	181	15.5	180	76	8	2143	42	9	8	40	1.67
89204--92762	353	10.0	354	75	10	2014	41	9	8	40	1.67
90715--90747	16	2.1	16	88	5	50	75	0	0	24	0.80

Tables:   1   2