genome.fa.s71.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167896.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_162, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62003

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 199 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
531--577	16	2.9	16	90	6	69	46	0	4	48	1.21
536--583	16	3.1	16	88	8	55	47	0	4	47	1.21
569--631	10	6.6	10	71	10	51	46	1	0	52	1.10
553--625	18	4.2	17	81	11	78	45	1	1	52	1.18
553--633	16	5.1	16	72	19	55	46	1	1	50	1.17
664--743	35	2.3	34	79	10	90	41	1	5	52	1.31
1149--1192	13	3.2	13	83	6	52	47	0	6	45	1.29
1226--1284	31	1.9	31	86	13	86	47	0	1	50	1.11
3381--3428	25	1.9	25	86	0	69	50	0	2	47	1.12
3443--3499	23	2.6	23	80	5	64	38	1	5	54	1.33
3430--3511	42	2.0	42	81	11	98	40	1	4	53	1.30
3497--3558	26	2.3	26	78	13	65	48	3	3	45	1.34
3700--3771	20	3.4	20	73	17	56	47	2	1	48	1.25
3829--3891	17	3.8	16	80	15	74	46	0	3	50	1.17
3916--3986	33	2.3	30	79	11	72	46	2	1	49	1.25
3972--4072	30	3.3	28	76	20	80	52	0	0	45	1.14
4018--4067	19	2.7	19	84	3	57	58	0	0	42	0.98
3962--4070	14	8.1	14	71	15	54	52	0	0	45	1.13
4362--4414	21	2.5	22	75	19	60	45	0	5	49	1.26
4384--4429	15	3.1	15	82	11	51	47	0	2	50	1.13
4519--4599	14	5.5	14	77	20	51	49	0	1	49	1.08
4524--4606	30	2.7	30	80	9	80	46	0	1	51	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4823--4870	16	2.9	17	84	6	64	47	0	0	52	1.00
4824--4880	14	3.8	16	71	28	54	45	0	0	54	0.99
4829--4909	40	2.0	41	83	7	103	49	2	0	48	1.14
5335--5376	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
5628--5679	15	3.5	15	76	2	52	46	0	0	53	1.00
5673--5722	14	3.6	14	76	15	50	50	0	0	50	1.00
5627--5728	19	5.7	19	68	23	62	48	0	0	51	1.00
5941--5987	22	2.1	23	88	4	69	34	0	2	63	1.06
6563--6670	43	2.5	43	95	1	191	40	1	4	52	1.33
7409--7464	19	3.1	18	79	20	64	51	1	0	46	1.11
7413--7460	19	2.5	20	83	16	66	54	2	0	43	1.12
7455--7498	19	2.3	19	80	7	54	54	4	0	40	1.21
8272--8321	24	2.0	25	84	3	66	48	0	2	50	1.12
8325--8374	17	3.0	17	69	16	50	50	8	0	42	1.32
8453--8505	27	2.0	27	81	7	63	39	0	3	56	1.17
9104--9150	19	2.6	18	86	6	67	48	4	4	42	1.42
10588--10647	19	3.1	19	82	2	57	51	6	1	40	1.38
10793--10835	19	2.3	19	84	8	52	53	0	0	46	1.00
10821--10890	27	2.5	26	76	21	63	47	2	2	47	1.32
10847--10888	17	2.4	18	80	7	52	52	2	2	42	1.27
10866--10956	20	4.9	19	75	16	77	52	2	5	39	1.37
11228--12164	181	5.2	179	76	7	753	40	8	8	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11697--11745	18	2.8	18	78	15	57	42	6	10	40	1.63
12292--12606	158	2.0	159	91	5	512	40	8	7	42	1.65
12786--12836	26	2.0	25	85	11	68	47	1	0	50	1.12
13416--13981	180	3.2	178	80	6	626	41	7	9	41	1.66
14020--14075	29	2.0	28	83	13	71	50	0	3	46	1.19
14242--14302	28	2.2	28	75	13	65	50	1	0	47	1.10
14319--14352	16	2.1	17	88	5	52	41	2	2	52	1.31
14369--14421	16	3.3	17	80	17	60	49	0	1	49	1.12
14572--14614	22	2.0	22	82	13	54	48	0	0	51	1.00
14610--14999	181	2.2	182	83	3	475	43	9	7	39	1.65
15049--15097	18	2.8	18	72	25	50	57	2	2	38	1.22
15032--15099	27	2.4	28	73	11	68	58	2	1	36	1.22
15034--15100	26	2.6	27	72	13	68	58	2	1	37	1.23
15090--15141	23	2.2	25	86	6	72	50	0	3	46	1.20
16307--16353	16	2.9	17	81	12	55	51	0	0	48	1.00
16405--16451	25	1.9	24	82	4	58	57	4	2	36	1.30
16561--16614	26	2.0	27	86	10	76	50	0	3	46	1.19
16641--16681	14	2.9	15	78	7	50	43	0	0	56	0.99
16807--16854	13	3.6	14	78	10	57	39	2	0	58	1.10
16893--16963	17	4.1	17	70	14	56	46	4	2	46	1.37
16952--16993	21	2.0	22	86	13	61	45	2	2	50	1.27
17065--17099	18	1.9	18	88	11	54	51	0	2	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17066--17135	17	4.1	17	76	12	56	47	0	1	51	1.09
17100--17203	42	2.5	41	76	13	106	50	0	0	49	1.07
17130--17194	30	2.2	30	83	10	80	52	0	1	46	1.10
17180--17226	16	3.1	17	82	17	59	46	0	4	48	1.21
17295--17348	28	2.0	27	85	3	72	51	5	5	37	1.49
17408--17445	15	2.5	15	86	0	58	47	0	0	52	1.00
17536--17598	28	2.2	29	78	18	71	47	1	1	49	1.20
18417--18467	22	2.3	22	82	0	57	50	1	0	47	1.12
18438--18480	11	3.6	13	82	17	58	48	4	0	46	1.22
19145--19191	16	3.1	17	82	17	59	48	4	0	46	1.21
19177--19307	29	4.5	30	72	21	82	49	1	0	48	1.10
19228--19284	14	4.4	13	76	12	55	54	0	0	45	0.99
19238--19278	18	2.3	18	86	0	55	58	0	0	41	0.98
19505--19541	11	3.5	11	92	3	58	48	0	0	51	1.00
19558--19658	16	6.2	16	72	19	57	51	0	1	46	1.12
19561--19651	20	4.3	19	75	21	67	51	0	2	46	1.13
19558--19623	4	16.2	4	74	14	55	51	0	1	46	1.10
19660--19781	53	2.3	56	79	13	132	44	3	3	49	1.35
20375--20816	182	2.5	182	91	3	707	40	9	9	40	1.70
20859--20922	15	3.9	16	69	20	51	51	1	3	43	1.26
20917--20964	20	2.4	20	77	19	55	43	4	2	50	1.33
21435--21476	18	2.3	18	80	8	50	54	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21514--21632	27	4.2	29	67	20	74	51	1	2	44	1.25
21501--21559	19	3.2	19	77	18	61	50	0	3	45	1.18
21536--21592	30	1.9	30	86	13	82	47	1	3	47	1.29
21698--21731	15	2.4	14	90	5	50	38	0	0	61	0.96
21862--21936	17	4.3	17	82	12	82	42	1	4	52	1.28
21872--21910	18	2.2	19	86	13	57	41	2	0	56	1.13
22257--22301	13	3.3	13	79	11	54	57	2	2	37	1.23
22505--22550	21	2.1	22	88	4	67	34	2	2	60	1.21
24148--24249	54	1.9	53	82	9	127	49	4	0	45	1.30
24883--25351	179	2.6	178	81	4	543	40	10	9	40	1.71
26021--26180	85	1.9	81	80	11	180	44	4	0	50	1.26
26199--26255	22	2.5	24	83	10	68	54	1	0	43	1.10
26583--26630	13	3.6	13	78	10	53	56	0	0	43	0.99
26771--27423	181	3.7	173	75	9	525	41	7	9	41	1.65
26910--27424	181	2.8	182	77	8	561	40	7	9	41	1.68
27836--27878	14	3.1	13	78	15	50	51	0	0	48	1.00
27835--27878	23	2.0	22	82	13	54	52	0	0	47	1.00
27972--28022	20	2.5	21	72	15	54	54	0	1	43	1.11
28508--28557	26	1.9	26	84	15	68	48	6	4	42	1.46
28704--29276	176	3.3	174	77	11	544	41	7	10	40	1.68
29466--29543	22	3.6	22	78	10	65	43	0	0	56	0.99
29437--29566	38	3.3	38	77	17	108	43	0	0	56	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29490--29563	22	3.6	21	77	15	75	44	0	0	55	0.99
29441--29572	58	2.2	61	84	8	173	43	0	0	56	1.04
31064--31117	20	2.9	18	77	17	56	40	3	0	55	1.17
32963--33014	16	3.3	17	70	27	51	42	0	3	53	1.19
32952--33013	29	2.1	30	87	3	90	40	0	3	56	1.15
32949--32995	12	3.7	13	77	11	53	36	0	2	61	1.08
32963--33023	29	2.1	29	81	6	70	44	1	3	50	1.28
33556--33595	15	2.6	16	84	15	57	45	0	0	55	0.99
33911--33953	20	2.2	19	84	12	52	48	0	2	48	1.14
34019--34076	19	2.8	19	76	10	53	44	3	3	48	1.36

Tables:   1   2