genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167833.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_105, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85413

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327--359	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
661--693	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
656--702	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
1039--1094	24	2.3	24	77	17	62	48	0	1	50	1.11
1235--1923	174	3.9	177	78	8	656	41	8	9	40	1.67
1152--1967	174	4.6	175	76	8	637	41	9	8	40	1.68
1997--2111	12	9.5	12	70	22	55	46	2	0	50	1.15
2042--2102	16	3.9	15	76	23	56	49	1	0	49	1.10
2276--2804	264	2.0	264	98	0	1022	38	8	11	41	1.71
2646--3020	176	2.1	176	80	5	418	39	8	10	41	1.70
3408--3451	23	1.9	23	86	9	63	50	2	4	43	1.35
4598--4677	33	2.3	33	78	8	79	48	2	1	47	1.23
5091--5163	24	3.1	24	71	11	69	50	2	1	45	1.24
5096--5165	23	3.0	23	72	15	63	47	2	1	48	1.25
5602--5659	15	3.6	16	70	23	50	44	1	3	50	1.29
5898--5948	13	3.8	13	84	5	57	49	0	0	50	1.00
5919--5951	15	2.1	16	94	5	59	54	0	0	45	0.99
5910--5953	13	3.1	14	84	15	56	54	0	0	45	0.99
6209--6243	10	3.4	10	88	7	52	45	0	0	54	0.99
6206--6244	14	2.9	14	92	3	62	43	0	0	56	0.99
6612--6667	15	3.4	16	75	20	53	46	1	0	51	1.11
6618--6663	7	6.7	7	82	12	51	50	2	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7181--7231	9	5.1	10	78	21	54	54	0	0	45	0.99
7186--7241	23	2.6	21	86	13	71	53	1	0	44	1.11
8011--8057	20	2.2	20	85	11	58	48	2	0	48	1.13
8013--8071	23	2.6	23	81	5	66	52	1	1	44	1.21
8502--8544	15	2.8	16	86	10	54	46	4	0	48	1.22
8901--8941	19	2.2	19	86	0	55	46	0	0	53	1.00
8915--8983	20	3.5	20	79	13	63	46	2	0	50	1.16
9055--9088	15	2.4	14	90	5	50	50	0	0	50	1.00
9285--9369	26	3.4	26	76	9	72	49	2	0	48	1.14
9727--9787	24	2.6	25	85	10	76	50	0	1	47	1.10
9755--9830	39	1.9	39	84	5	100	52	1	1	44	1.17
9744--9844	24	4.3	24	68	18	61	50	0	0	47	1.14
9906--9949	20	2.2	20	83	0	52	50	2	4	43	1.35
10972--11018	24	2.0	25	87	8	71	51	6	0	42	1.27
11041--11078	12	3.5	11	82	10	51	50	2	0	47	1.15
11029--11088	23	2.8	22	80	14	63	50	5	0	45	1.23
11249--11280	16	2.0	16	93	0	55	37	3	0	59	1.13
12558--12607	22	2.3	23	82	6	59	58	2	0	40	1.10
12578--12617	20	2.0	20	85	0	53	62	0	0	37	0.95
12957--12983	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
13440--13483	18	2.3	21	75	25	53	47	0	2	50	1.13
13585--13628	23	1.9	22	82	17	54	43	2	6	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13886--13961	12	6.0	13	75	17	63	47	2	0	50	1.15
13918--13946	14	2.1	14	93	6	51	51	3	0	44	1.18
14011--14098	25	3.6	24	69	4	77	44	3	2	50	1.31
15302--15343	21	1.9	23	85	9	61	54	4	4	35	1.42
15301--15348	21	2.3	19	77	19	51	56	4	4	35	1.38
15591--15638	21	2.2	22	88	3	71	56	0	2	41	1.11
15602--15650	21	2.5	20	81	12	59	51	0	4	44	1.20
16046--16104	24	2.5	24	83	10	68	44	0	1	54	1.10
16586--16679	37	2.5	37	78	14	95	44	1	2	52	1.20
17455--17500	21	2.1	22	84	4	58	36	2	2	58	1.22
17635--17676	17	2.5	17	88	7	59	42	2	0	54	1.13
17903--17950	15	3.0	15	73	26	53	37	6	0	56	1.25
19321--19933	179	3.5	178	79	7	552	39	9	9	41	1.70
19349--19933	172	3.3	175	78	8	501	38	9	9	42	1.70
20573--20634	23	2.8	22	81	13	65	50	1	0	48	1.10
20621--20667	20	2.2	22	92	7	80	51	0	0	48	1.00
20558--20666	13	9.6	12	67	28	62	49	1	0	48	1.11
20558--20680	47	2.8	44	73	21	112	49	2	0	47	1.14
20628--20690	27	2.3	27	81	10	67	47	1	1	49	1.20
20684--20743	28	2.1	29	81	6	68	53	0	3	43	1.17
21257--21317	26	2.4	24	86	13	86	42	0	1	55	1.09
21464--21546	41	2.0	43	90	4	134	40	1	9	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21504--22501	180	5.6	177	75	8	795	40	9	9	40	1.69
21564--22257	356	1.9	361	82	4	859	40	9	8	41	1.67
23434--23479	21	2.2	20	88	3	65	47	0	2	50	1.13
24421--24470	21	2.4	22	83	12	61	46	0	0	54	1.00
24422--24498	17	4.5	16	73	19	50	44	1	2	51	1.23
24526--24613	33	2.4	36	81	10	92	47	3	0	48	1.18
24563--24613	16	3.1	15	81	13	57	45	1	0	52	1.12
24627--24671	19	2.4	19	92	0	72	28	17	11	42	1.84
24789--24837	23	2.2	22	82	10	55	34	4	6	55	1.44
26107--26146	16	2.4	16	84	16	55	45	0	5	50	1.23
26120--26170	26	1.9	27	84	4	68	39	1	3	54	1.30
26406--26438	9	3.5	10	92	8	52	42	0	0	57	0.98
26603--26641	19	2.1	18	85	4	51	33	5	7	53	1.51
26724--26776	26	2.1	24	83	13	63	47	1	0	50	1.12
26740--26772	14	2.3	15	89	5	50	48	0	0	51	1.00
26848--26886	19	2.2	17	86	9	51	48	5	0	46	1.24
26860--26915	27	2.0	28	86	3	78	48	3	0	48	1.19
26865--26930	13	5.0	13	78	12	64	50	1	1	46	1.20
26997--27034	20	1.9	20	88	0	58	47	0	7	44	1.32
28054--28092	19	2.1	18	90	4	60	56	0	0	43	0.99
28388--28476	38	2.3	38	79	7	92	51	2	2	43	1.26
28529--28592	16	3.8	16	79	16	67	62	3	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28529--28593	19	3.6	18	78	16	71	63	3	0	33	1.10
28565--28589	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
29236--29318	33	2.5	35	79	15	95	46	2	3	46	1.33
29635--29684	14	3.6	14	82	12	59	58	0	0	42	0.98
29798--29856	11	5.1	11	76	17	57	50	0	1	47	1.11
29769--29871	25	3.8	26	78	17	88	50	0	2	46	1.16
30191--30238	25	1.9	25	83	8	62	50	4	0	45	1.21
30708--30760	15	3.3	15	82	17	63	49	0	1	49	1.12
30710--30756	17	2.8	18	87	12	64	48	0	2	48	1.13
30707--30755	9	5.8	9	77	18	52	46	0	2	51	1.12
31772--31973	110	1.8	109	83	5	264	35	4	11	48	1.61
32857--33205	180	1.9	182	80	5	404	40	9	7	42	1.66
33530--33620	23	4.0	22	72	16	78	51	2	0	46	1.13
33553--33655	20	5.5	19	69	26	76	52	0	0	45	1.13
33605--33645	19	2.2	19	91	4	66	43	0	2	53	1.13
33771--33817	23	2.0	23	83	0	58	51	0	0	48	1.00
34264--34405	29	4.8	28	73	20	89	48	2	0	48	1.18
34298--34400	29	3.5	28	73	16	93	50	0	0	48	1.07
34771--35062	147	2.0	147	80	4	329	43	10	7	37	1.69
35132--35181	23	2.2	23	82	13	59	58	0	2	40	1.10
35690--35750	27	2.3	26	85	5	77	52	0	1	45	1.10
35906--35983	39	2.1	38	83	11	99	47	2	2	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35927--36009	30	2.7	29	84	15	105	45	1	3	49	1.27
35965--36031	36	1.9	35	82	8	84	43	1	5	49	1.36
36093--36148	21	2.7	20	77	22	53	48	0	3	48	1.19
36511--36573	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
36548--36582	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
36634--36666	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
36624--36674	24	2.1	25	85	10	70	50	0	0	49	1.00
36914--36967	11	5.2	11	75	18	53	48	0	0	51	1.00
36943--36999	8	7.1	8	76	6	53	50	0	1	47	1.11
37129--37158	13	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3