genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167907.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_172, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  59215

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 205 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319--385	23	2.9	23	69	10	55	61	2	4	31	1.31
506--554	18	2.5	20	77	19	57	40	4	0	55	1.19
736--816	28	2.9	28	73	10	78	46	0	4	48	1.23
903--946	9	4.5	10	83	10	56	56	0	0	43	0.99
905--948	20	2.2	20	84	8	54	59	0	0	40	0.98
964--1046	13	6.3	13	73	20	66	45	0	2	51	1.14
964--1046	27	3.1	27	77	10	91	45	0	2	51	1.14
964--1079	27	4.2	28	77	15	82	49	0	2	48	1.15
1331--1365	17	2.1	17	94	0	61	57	0	5	37	1.23
1497--1561	24	2.6	24	77	13	69	49	3	3	44	1.33
1500--1589	27	3.3	27	82	7	101	46	4	3	45	1.39
1644--1714	25	2.9	24	80	13	81	50	0	0	49	1.00
1651--1712	9	7.1	9	76	16	60	50	0	0	50	1.00
1614--1712	18	5.3	18	70	23	62	50	0	1	48	1.07
2120--2186	23	2.9	23	80	12	66	46	2	2	47	1.33
2325--2554	112	2.1	112	96	0	426	41	4	6	47	1.49
2343--2596	112	2.3	112	88	2	332	43	4	4	47	1.45
2697--2751	21	2.6	22	81	13	55	47	1	0	50	1.11
2980--3045	21	3.1	21	81	16	75	48	1	1	48	1.20
2967--3057	30	3.1	29	73	17	82	45	2	2	50	1.26
3016--3110	50	1.9	50	80	8	113	38	1	2	57	1.17
3139--3223	21	4.0	21	69	23	61	42	1	3	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3256--3340	13	6.7	13	74	12	52	44	1	0	54	1.07
3250--3320	36	1.9	36	83	11	90	45	0	0	54	0.99
3500--3542	13	3.2	14	81	18	56	46	0	0	53	1.00
3472--3592	27	4.4	28	77	14	85	44	1	0	52	1.16
3800--3861	22	2.8	22	77	18	56	50	1	3	45	1.27
3830--3868	21	1.9	20	85	15	53	53	0	0	46	1.00
3836--3928	18	4.8	20	65	27	58	49	0	0	50	1.00
4127--4180	15	3.7	15	72	13	51	53	0	1	44	1.11
4204--4253	24	2.1	22	85	14	64	44	4	0	52	1.20
4337--4409	19	3.6	20	80	12	69	39	1	1	57	1.16
4660--4697	14	2.7	15	80	16	53	44	0	0	55	0.99
4668--4708	18	2.3	18	86	0	55	41	0	0	58	0.98
4746--4778	14	2.4	14	94	0	57	51	0	0	48	1.00
6463--6504	17	2.5	17	84	3	59	45	2	2	50	1.27
6585--6617	13	2.5	13	95	0	57	42	0	3	54	1.15
6822--6853	17	1.9	16	93	6	55	56	0	0	43	0.99
8040--8085	7	7.1	7	79	16	55	45	0	0	54	0.99
8010--8085	25	3.1	24	81	12	75	44	1	2	51	1.23
8053--8087	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
8370--8394	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
8501--8525	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8472--8538	28	2.4	28	80	12	66	47	1	1	49	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8855--8930	40	1.9	38	84	7	98	44	2	9	43	1.50
9342--9754	180	2.3	179	81	9	457	43	9	9	38	1.69
9617--9921	168	1.8	168	86	4	445	40	7	9	42	1.65
10523--10590	14	4.6	16	68	26	51	45	1	5	47	1.36
10629--10689	19	3.0	20	83	11	79	50	4	0	44	1.23
10616--10684	20	3.4	19	82	13	77	47	5	0	46	1.26
10852--10912	24	2.6	22	72	18	52	50	1	1	45	1.21
10989--11043	25	2.2	25	87	6	76	49	0	0	50	1.00
10992--11030	16	2.5	15	83	4	51	46	0	0	53	1.00
10989--11048	27	2.3	25	80	11	68	48	0	0	51	1.00
10989--11058	26	2.6	28	78	13	85	47	1	0	51	1.09
11162--11205	6	7.2	6	92	2	61	45	0	0	54	0.99
11534--12611	181	6.1	179	76	8	853	40	8	9	41	1.68
12421--12881	229	2.0	228	80	2	523	38	9	9	42	1.70
12855--13287	180	2.4	180	78	3	406	40	8	9	41	1.67
13538--13637	18	6.3	16	71	17	75	36	3	0	61	1.12
13515--13598	8	10.5	8	72	20	52	34	1	2	61	1.16
13558--13617	23	2.6	22	78	17	68	36	1	0	61	1.06
13589--13648	13	4.7	13	81	8	61	33	5	1	60	1.29
13627--13666	15	2.8	15	92	7	66	35	5	5	55	1.44
14116--14165	11	4.9	10	75	20	50	48	0	2	50	1.12
14834--14877	22	2.0	22	86	0	61	50	4	2	43	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14939--16053	181	6.2	180	75	8	803	39	7	10	42	1.67
14941--16061	539	2.1	536	80	5	1267	39	7	10	42	1.67
15840--16286	225	2.0	220	79	4	477	38	8	11	42	1.71
16060--16775	181	4.0	181	78	4	624	41	8	9	40	1.67
17456--17512	28	2.1	28	93	3	98	43	7	3	45	1.48
18074--18195	7	16.7	7	68	16	61	49	2	1	46	1.25
18031--18115	33	2.5	33	78	12	84	45	2	2	49	1.27
18074--18180	21	5.0	21	72	18	69	50	1	1	45	1.23
18065--18195	36	3.6	36	76	11	117	48	2	2	47	1.27
18062--18182	21	5.7	20	67	20	68	47	1	2	47	1.25
18360--19944	182	8.8	181	77	5	1270	41	9	8	40	1.68
18360--20014	362	4.6	361	76	8	1199	41	9	8	40	1.68
20518--20564	22	2.1	22	84	7	60	46	2	4	46	1.34
20562--20604	19	2.4	18	81	14	54	58	2	0	39	1.11
20582--20652	9	8.3	9	72	20	55	52	2	0	45	1.15
20860--20896	14	2.7	15	84	16	53	45	0	0	54	1.00
20860--20901	17	2.7	15	85	10	50	50	0	0	50	1.00
20872--20910	17	2.3	17	86	0	51	51	0	2	46	1.14
21255--21293	19	2.1	18	85	4	51	53	0	2	43	1.14
21611--21654	11	3.7	11	77	16	52	52	0	0	47	1.00
21605--21679	25	3.0	25	78	13	82	50	0	2	46	1.15
21622--21679	18	3.4	18	75	17	54	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21762--21810	16	3.4	14	78	18	55	61	4	2	32	1.26
21718--21803	44	1.9	45	80	2	102	55	5	2	36	1.37
22189--22573	178	2.1	180	77	8	392	39	7	9	43	1.64
22727--23044	164	2.0	163	85	3	435	42	8	11	38	1.70
22885--23459	179	3.2	179	81	7	603	41	8	10	39	1.71
23846--24701	181	4.8	180	78	6	815	41	7	10	41	1.67
23846--24678	358	2.3	362	79	5	896	40	7	10	41	1.67
24981--25057	39	2.0	39	82	10	95	50	1	1	46	1.17
25164--25207	18	2.6	17	82	13	56	52	0	2	45	1.13
25161--25215	22	2.5	21	85	5	65	49	0	1	49	1.11
25641--25685	15	3.1	15	84	9	58	48	0	0	51	1.00
25655--25699	18	2.4	19	92	3	74	51	2	0	46	1.13
26931--26996	30	2.2	31	81	10	82	50	0	0	50	1.00
26960--27005	23	2.0	24	82	4	58	47	4	0	47	1.21
26990--27978	179	5.4	179	76	10	776	42	9	8	39	1.68
27052--27978	177	5.1	180	78	7	840	41	9	8	39	1.69
27288--27978	371	1.9	368	78	6	770	41	9	8	39	1.69
28396--28457	22	2.7	23	78	9	65	45	1	3	50	1.27
28671--28761	10	9.2	10	73	10	80	48	2	0	49	1.13
28671--28740	8	8.4	8	72	20	54	45	1	0	52	1.09
28684--28767	41	2.0	41	84	4	107	47	1	0	51	1.08
29027--29063	18	2.1	18	90	10	58	32	2	10	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29078--29124	13	3.5	13	76	21	51	34	2	6	57	1.36
29387--29455	29	2.4	29	77	15	72	44	2	1	50	1.25
29531--29599	24	2.8	24	72	16	61	49	1	0	49	1.09
29643--29689	21	2.2	22	78	17	55	44	4	2	48	1.34
29998--30027	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
30208--30250	21	2.0	23	90	9	72	51	0	0	48	1.00
30387--30425	10	4.0	10	84	15	55	41	0	2	56	1.13
30402--30502	10	10.0	10	73	18	59	50	2	0	46	1.16
30742--30779	20	1.9	20	84	10	51	36	0	5	57	1.21
30950--31015	14	4.9	14	80	9	66	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2