genome.fa.s1048.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  399999

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3284--3470	51	3.7	48	78	10	189	25	17	28	29	1.97
8220--8260	20	2.0	20	100	0	82	24	9	4	60	1.47
9915--9975	13	4.5	13	76	11	59	19	1	3	75	1.03
14319--14358	20	2.0	20	90	0	62	12	25	15	47	1.80
16632--16665	17	1.9	18	88	5	52	20	41	14	23	1.89
26061--26210	63	2.4	63	77	6	169	25	8	33	33	1.85
27810--27915	53	2.0	53	83	5	135	49	6	1	42	1.40
28053--28090	14	2.7	14	87	0	58	55	7	18	18	1.66
34322--34351	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
35128--35180	9	5.7	9	84	8	52	66	0	0	33	0.92
35117--35164	19	2.6	19	80	9	55	70	0	2	27	0.98
35127--35187	20	3.2	20	73	19	67	67	0	0	32	0.91
35117--35176	29	2.0	29	87	12	86	66	0	1	31	1.01
36918--36955	19	2.0	20	89	5	60	71	2	2	23	1.12
37356--37415	31	1.9	31	83	6	77	56	0	5	38	1.21
38026--38050	11	2.3	11	100	0	50	60	24	8	8	1.52
39107--39227	44	2.7	44	77	6	127	25	24	20	28	1.99
39318--39592	50	5.5	50	63	2	167	27	22	19	30	1.98
39277--39642	100	3.7	100	88	2	538	26	23	20	29	1.99
47887--47923	19	1.9	19	89	10	58	70	0	2	27	1.01
48306--48365	31	1.9	31	86	6	86	61	0	3	35	1.12
49002--49027	11	2.4	11	100	0	52	57	23	11	7	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50273--50321	24	2.0	24	92	0	80	63	6	2	28	1.30
51537--51599	33	1.9	32	83	3	81	12	9	31	46	1.74
51975--52191	45	4.8	45	81	4	260	24	27	21	27	1.99
51975--52364	89	4.4	89	73	12	311	26	25	20	27	1.99
52211--52319	44	2.5	44	84	3	139	32	21	17	29	1.96
52114--52449	173	1.9	174	85	0	467	27	23	20	27	1.99
52208--52444	44	5.4	43	68	13	119	29	22	18	28	1.98
52536--52690	49	3.1	48	66	5	130	26	23	19	30	1.98
52552--52706	49	3.1	48	66	5	121	27	23	18	30	1.97
52483--52862	50	7.7	50	66	2	167	26	24	19	29	1.98
52469--52854	99	3.9	98	87	3	488	26	23	20	28	1.99
53079--53300	44	5.0	45	67	14	140	27	24	20	27	1.99
53061--53302	88	2.8	88	86	2	335	26	24	20	28	1.99
54509--54557	21	2.3	21	89	6	73	14	16	0	69	1.19
54509--54557	7	7.0	7	82	17	66	14	16	0	69	1.19
61280--61352	33	2.2	33	82	7	85	61	4	2	31	1.29
61281--61382	31	3.3	31	74	16	79	60	3	2	32	1.30
61278--61355	35	2.3	34	80	8	86	62	3	2	30	1.26
79798--79930	64	2.1	64	88	2	196	28	6	14	50	1.68
81063--81182	63	1.9	63	100	0	240	34	15	15	35	1.89
81071--81171	33	3.2	33	60	18	77	33	15	14	35	1.89
82175--82210	16	2.2	16	90	0	54	55	0	11	33	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84671--84777	44	2.4	45	79	4	135	28	19	20	31	1.97
97109--97151	14	2.9	15	76	16	54	6	23	0	69	1.12
97699--97879	38	4.8	38	85	5	179	30	19	20	29	1.97
98486--98521	19	1.9	19	88	5	56	22	5	19	52	1.66
104387--104483	38	2.6	37	82	8	115	27	11	18	42	1.85
104583--104636	16	3.4	16	94	0	90	33	0	35	31	1.58
104850--104917	16	4.2	16	74	20	54	54	1	0	44	1.09
104870--104917	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
104859--104900	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
105041--105296	91	2.8	91	97	1	473	46	2	2	47	1.31
105064--105296	44	5.2	43	70	16	179	47	2	2	47	1.29
106292--106327	17	2.1	17	100	0	72	41	16	0	41	1.48
107862--107922	30	2.0	30	87	6	88	24	3	29	42	1.70
109708--109778	32	2.2	32	87	0	97	45	11	11	32	1.75
111452--111495	10	4.3	10	94	2	70	0	11	2	86	0.66
115652--115710	6	9.8	6	94	0	91	52	13	0	33	1.41
115883--115926	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
116612--116669	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
116648--116702	21	2.7	21	94	5	96	36	14	10	38	1.81
117752--117786	16	2.2	16	90	10	54	42	2	0	54	1.15
122593--122718	42	2.9	43	82	8	141	26	17	25	30	1.97
122569--122727	43	3.7	42	77	10	162	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126344--126390	18	2.5	20	89	6	71	42	0	29	27	1.56
136677--136721	19	2.4	19	85	7	56	26	24	8	40	1.84
144136--144225	45	2.0	45	93	0	153	25	11	10	53	1.67
153672--153726	25	2.2	25	86	0	83	23	21	14	40	1.90
158133--158238	40	2.7	41	94	4	182	28	27	18	25	1.98
158133--158314	40	4.6	41	83	8	166	27	27	20	24	1.99
166024--166114	40	2.3	40	86	3	121	26	27	21	24	1.99
168034--168188	42	3.7	41	81	4	175	25	16	27	31	1.96
168458--168509	25	2.1	25	92	0	86	32	0	13	53	1.40
170728--170849	48	2.6	47	83	6	135	26	13	23	36	1.93
176091--176264	48	3.6	47	76	6	179	25	16	29	28	1.97
177121--177157	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
179319--179637	46	7.0	46	89	2	419	38	15	24	21	1.92
179319--179660	137	2.5	137	85	3	438	39	15	23	21	1.92
181365--181541	52	3.5	50	86	6	214	26	28	14	30	1.95
182397--182422	9	2.9	9	100	0	52	23	30	0	46	1.53
182721--182971	48	5.2	47	79	4	243	27	20	28	23	1.99
182721--182972	96	2.6	96	86	2	337	27	20	28	23	1.99
183458--183507	15	3.4	16	81	10	54	60	10	18	12	1.59
183467--183507	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
183469--183516	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
186447--186575	46	2.8	46	91	0	204	28	28	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188950--188999	15	3.4	16	81	10	54	62	10	16	12	1.55
188960--188999	15	2.7	15	88	0	62	60	10	17	12	1.59
188961--189008	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
191922--192099	46	3.8	49	78	14	189	28	29	21	21	1.98
191929--192099	92	1.8	93	92	1	290	27	29	21	21	1.99
198098--198202	54	1.9	54	82	3	131	17	14	33	35	1.90
201041--201079	18	2.2	18	86	9	53	76	2	2	17	1.01
202631--202763	45	3.0	45	91	4	223	21	23	28	26	1.99
202750--202801	26	2.0	26	92	0	86	34	9	28	26	1.88
203745--203784	21	1.9	21	84	0	53	32	20	2	45	1.64
223902--224049	42	3.5	42	74	9	138	33	17	20	27	1.96
225459--225864	27	15.0	27	90	0	598	33	19	21	25	1.97
226089--226177	28	3.2	28	88	4	137	19	21	22	37	1.95
226088--226198	27	4.1	26	87	5	132	20	21	20	36	1.95
226693--226765	31	2.4	31	88	0	101	20	17	13	47	1.81
226693--226786	6	15.3	6	70	12	66	21	17	12	48	1.79
226774--226807	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
228818--229357	27	20.0	27	90	0	740	36	18	19	25	1.95
229581--229690	27	4.0	28	88	3	145	20	21	20	37	1.95
230185--230257	31	2.4	31	88	0	101	20	17	13	47	1.81
230185--230278	6	15.3	6	70	12	66	21	17	12	48	1.79
230266--230299	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235306--235370	24	2.6	25	85	11	89	27	23	21	27	1.99
235597--235672	30	2.5	32	87	8	113	34	21	25	19	1.96
235597--235670	31	2.4	29	88	6	103	33	20	25	20	1.97
241195--241316	55	2.2	55	81	5	140	15	27	24	32	1.95
241195--241333	55	2.5	55	78	2	136	15	28	26	29	1.96
244033--244089	27	2.1	27	96	0	105	40	10	7	42	1.66
251656--251708	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
258887--258934	23	2.1	23	100	0	96	39	43	8	8	1.65
265919--266006	34	2.6	33	89	5	131	29	25	21	23	1.99
267502--267676	46	3.8	45	77	8	174	21	21	28	29	1.99

Tables:   1   2