genome.fa.s289.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1421
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  311925

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9551--9605	19	2.8	20	78	13	60	76	3	14	5	1.10
14791--14836	13	3.5	13	78	0	56	13	6	6	73	1.22
15485--15513	15	1.9	15	100	0	58	41	6	44	6	1.58
19101--19127	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
31331--31389	28	2.1	29	87	3	84	30	0	27	42	1.56
32347--32389	14	3.1	14	82	0	59	51	11	0	37	1.39
32375--32486	45	2.5	46	80	12	133	37	15	11	35	1.83
33074--33170	30	3.2	30	70	8	90	27	26	15	29	1.96
34839--34883	10	4.4	10	78	15	56	77	2	2	17	0.97
34820--34883	31	2.1	31	85	5	85	75	1	7	15	1.11
34844--34888	22	2.1	22	95	4	83	77	4	4	13	1.07
35772--35849	5	15.8	5	73	21	58	78	2	16	2	0.98
35772--35849	15	5.3	14	80	13	77	78	2	16	2	0.98
42060--42097	15	2.4	16	82	4	51	15	23	5	55	1.61
42445--42491	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
46868--46914	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
48446--48490	22	2.0	22	86	0	63	82	2	11	4	0.91
48446--48481	10	3.8	9	89	10	54	86	2	8	2	0.77
54379--54418	14	2.9	14	92	0	62	52	7	30	10	1.62
55526--55579	19	2.8	19	77	2	63	14	38	18	27	1.90
65303--65362	29	2.1	29	87	0	84	31	0	26	41	1.56
66344--66388	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68845--68890	23	2.0	24	82	4	58	15	30	0	54	1.41
70185--70244	29	2.1	29	87	0	84	30	0	26	43	1.55
71225--71269	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
71281--71350	22	3.3	22	64	28	60	38	15	11	34	1.84
71252--71357	42	2.5	42	98	1	203	40	14	12	33	1.83
74437--74502	20	3.3	21	75	10	66	22	21	16	39	1.92
74447--74510	30	2.1	30	88	0	92	20	20	17	42	1.90
76104--76151	15	3.4	14	76	18	55	72	4	6	16	1.20
77231--77348	12	9.8	12	68	18	50	70	3	18	7	1.26
77248--77351	18	5.6	18	75	5	82	71	3	18	6	1.24
77244--77351	6	17.7	6	70	6	74	71	3	18	6	1.23
77312--77349	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
77313--77363	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
77366--77428	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
79212--79257	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
79205--79277	30	2.5	30	86	6	96	21	20	19	38	1.94
81354--81406	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
91365--91404	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
93219--93315	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
95527--95609	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
95560--95615	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
95585--95609	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95678--95734	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
95678--95734	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
95678--95745	21	3.2	21	76	15	61	1	17	4	76	1.03
96909--96965	28	2.0	28	90	6	89	22	21	35	21	1.96
97073--97129	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
98734--98767	17	2.1	16	88	5	50	52	8	0	38	1.33
101434--101467	12	2.8	12	86	4	50	67	0	20	11	1.21
104530--104577	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
104524--104567	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
104524--104583	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
106552--106600	21	2.3	21	93	6	82	8	4	10	77	1.10
106819--106875	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
107926--107970	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
111289--111385	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
118575--118631	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
118575--118631	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
118575--118642	21	3.2	21	76	15	61	1	17	4	76	1.03
119544--119616	10	6.6	11	80	14	80	15	8	6	69	1.33
119564--119606	13	3.4	13	83	3	61	13	9	6	69	1.35
119564--119606	12	3.5	13	85	14	56	13	9	6	69	1.35
123780--123832	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
127198--127279	24	3.4	24	79	0	101	59	0	26	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127216--127254	18	2.2	18	90	0	60	56	0	28	15	1.40
127272--127310	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
128898--128945	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
131432--131513	24	3.4	24	79	0	101	59	0	26	13	1.34
131450--131488	18	2.2	18	90	0	60	56	0	28	15	1.40
137336--137385	18	2.8	18	87	0	73	58	2	28	12	1.45
137329--137410	24	3.4	24	74	0	92	60	1	26	10	1.37
137779--137875	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
143086--143132	17	2.6	17	78	18	51	65	4	25	4	1.29
143209--143258	18	2.8	18	81	0	64	56	0	30	14	1.39
143276--143314	18	2.1	19	85	4	53	66	5	23	5	1.32
147911--147988	21	3.4	23	74	8	70	26	2	30	39	1.70
147947--148013	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
152257--152311	17	3.2	17	76	5	56	9	12	3	74	1.18
154534--154582	13	3.7	13	94	2	80	12	6	2	79	0.99
154844--154921	21	3.4	23	74	8	70	26	2	30	39	1.70
154880--154946	21	3.1	21	82	4	80	29	2	32	34	1.73
159063--159159	30	3.2	30	75	2	97	28	16	26	27	1.97
160926--160954	8	3.6	8	100	0	58	24	27	0	48	1.51
163736--163988	68	3.9	64	78	9	226	29	16	29	24	1.97
164151--164208	28	2.1	28	100	0	116	31	3	29	36	1.74
167861--167921	30	2.0	30	83	0	77	39	8	24	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168776--168876	30	3.4	30	69	4	87	26	26	14	31	1.95
169280--169304	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
171260--171310	5	10.0	5	76	19	52	78	1	17	1	0.94
171580--171676	30	3.2	30	73	2	97	27	27	15	28	1.96
173361--173395	18	1.9	18	94	0	61	74	2	8	14	1.17
174313--174369	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
174302--174369	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
174313--174369	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
174313--174369	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
174438--174462	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
174432--174487	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
174438--174519	30	2.7	31	79	5	96	64	2	21	10	1.37
181550--181654	30	3.5	30	70	8	90	27	23	15	33	1.95
185263--185311	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
185823--185879	30	1.9	30	85	7	80	54	0	29	15	1.42
188496--188520	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
191928--191978	22	2.3	21	83	6	57	35	35	1	27	1.68
191933--191995	21	3.0	21	83	2	72	33	33	3	30	1.74
192312--192346	12	2.8	13	91	8	63	71	0	0	28	0.86
194557--194610	17	3.2	17	81	0	63	75	3	12	7	1.14
197063--197159	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
199338--199368	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199428--199477	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
199417--199487	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
199413--199473	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
200387--200424	18	2.1	18	85	9	51	5	7	5	81	0.98
200406--200443	11	3.2	12	85	14	53	13	5	7	73	1.22
201387--201483	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
203662--203692	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
203753--203802	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
203742--203812	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
203738--203798	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03

Tables:   1   2