genome.fa.s2992.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold612
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  28377

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--361	174	2.1	172	87	5	514	29	20	19	30	1.97
30--405	174	2.2	173	84	7	462	29	21	18	31	1.97
175--801	219	2.9	217	85	4	859	28	19	19	32	1.96
729--830	44	2.3	44	89	1	152	25	21	20	32	1.98
115--825	219	3.2	220	82	5	827	28	20	19	32	1.97
297--1323	480	2.1	480	84	5	1355	27	19	18	33	1.96
772--1281	217	2.3	217	79	5	539	27	20	18	34	1.95
1229--1350	44	2.7	46	76	12	137	25	21	20	32	1.97
1396--1751	173	2.1	167	84	6	457	29	20	19	31	1.97
1566--2179	220	2.8	218	88	3	905	28	19	19	32	1.96
2117--2218	43	2.3	44	93	1	170	25	22	19	32	1.97
1681--2714	481	2.1	481	86	4	1435	27	20	18	33	1.96
2593--2743	44	3.4	44	84	0	203	25	22	20	31	1.98
2786--3150	175	2.1	175	90	0	561	29	20	19	30	1.97
2963--3584	217	2.9	218	86	3	905	28	18	19	32	1.96
3512--3613	44	2.3	44	86	5	145	25	20	20	33	1.97
4014--4136	44	2.8	44	89	0	183	23	21	21	33	1.97
4018--4173	44	3.5	44	84	2	143	23	21	21	33	1.97
4181--4546	175	2.1	175	90	0	570	29	20	19	30	1.97
4300--5004	219	3.2	218	84	3	864	28	19	19	32	1.96
4912--5014	44	2.3	44	93	0	170	24	22	21	32	1.98
4956--5435	219	2.2	218	81	4	554	28	19	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4480--5503	482	2.1	482	85	4	1390	28	19	18	33	1.95
5390--5537	43	3.4	43	76	6	138	25	22	20	31	1.98
5580--5944	173	2.1	176	87	2	513	29	21	18	30	1.97
5761--6365	216	2.8	211	85	5	785	28	20	18	32	1.96
6300--6401	43	2.3	44	93	1	170	23	22	21	32	1.98
6773--6877	44	2.4	43	83	1	129	26	21	20	31	1.98
6343--6846	219	2.3	218	81	3	631	27	20	19	32	1.96
6770--6894	43	2.9	44	81	2	144	26	19	20	34	1.96
5874--7362	481	3.1	483	89	3	2178	27	20	18	33	1.96
6822--7326	220	2.3	218	81	3	559	27	19	18	34	1.95
7256--7399	44	3.3	45	82	3	177	24	21	20	33	1.97
7447--7815	174	2.1	179	87	2	532	28	20	20	29	1.98
175--10831	701	15.3	692	76	9	4338	27	20	19	32	1.96
7629--8246	219	2.8	218	89	0	950	28	19	19	31	1.97
8180--8282	44	2.3	44	93	0	170	23	22	21	33	1.98
7577--8271	219	3.2	219	86	1	923	27	20	20	32	1.97
7956--8516	263	2.1	263	87	0	807	27	20	19	32	1.97
7803--9742	482	4.0	477	85	4	1734	27	20	19	33	1.96
8655--9211	263	2.1	263	84	2	733	27	20	18	32	1.96
8881--8983	44	2.3	44	93	0	170	24	22	21	32	1.98
8224--8954	219	3.3	217	87	1	996	27	20	19	32	1.97
9355--9480	44	2.9	44	84	0	153	26	19	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8925--9455	219	2.4	216	80	4	609	26	20	19	33	1.97
8445--9947	482	3.1	482	91	0	2305	27	19	19	33	1.96
9406--9913	219	2.3	219	80	2	581	27	19	18	34	1.95
9841--10026	44	4.2	44	83	0	210	23	21	20	33	1.97
9841--10001	88	1.8	88	86	0	232	24	19	21	34	1.96
8449--10400	482	4.1	479	85	4	2188	27	20	19	32	1.96
10034--10399	175	2.1	175	90	1	563	28	20	21	30	1.98
10212--10838	219	2.9	218	89	0	957	28	19	19	32	1.96
10068--10347	85	3.2	85	69	11	253	28	20	19	31	1.97
10329--11865	482	3.2	482	91	0	2380	27	19	19	33	1.96
10539--11095	263	2.1	263	85	1	758	27	20	18	33	1.96
6349--13905	701	10.8	697	80	6	4724	27	20	19	32	1.96
10765--10867	44	2.3	44	94	0	179	23	23	21	32	1.98
10160--10857	219	3.2	219	86	2	920	27	19	20	32	1.97
10809--11320	219	2.3	218	81	4	643	27	20	19	33	1.96
11239--11364	44	2.9	44	84	0	153	26	19	19	34	1.95
11034--12104	263	4.1	262	72	9	922	27	19	19	33	1.96
11291--11797	219	2.3	217	82	2	602	27	19	18	34	1.95
11725--11910	44	4.2	44	83	0	210	23	21	20	33	1.97
11725--11885	88	1.8	88	86	0	232	24	19	21	34	1.96
10333--12284	482	4.1	479	86	3	2252	27	20	19	32	1.97
11952--12231	85	3.2	85	68	10	251	28	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11918--12283	175	2.1	175	90	0	561	28	20	20	29	1.98
12036--12741	219	3.2	219	86	1	934	27	20	19	32	1.97
11826--12545	394	1.8	393	86	3	910	27	20	20	31	1.97
12439--12985	263	2.1	263	88	0	797	27	20	19	31	1.97
12657--12751	44	2.2	44	94	0	163	24	22	22	31	1.98
12217--13197	482	2.0	482	89	1	1482	27	20	19	32	1.97
12422--14431	482	4.2	479	86	4	2023	27	20	19	33	1.96
13124--13680	263	2.1	263	84	2	733	27	20	18	32	1.96
13350--13452	44	2.3	44	93	0	170	24	22	21	32	1.98
12701--13423	219	3.3	217	87	1	1007	27	20	19	32	1.97
13824--13949	44	2.9	44	84	0	153	26	19	19	34	1.95
9409--16929	701	10.7	700	78	7	5420	27	20	19	33	1.96
13394--13924	219	2.4	216	80	4	609	26	20	19	33	1.97
13619--14689	263	4.1	263	72	8	931	27	19	19	33	1.96
13876--14382	219	2.3	217	81	2	593	27	19	18	34	1.95
14310--14495	44	4.2	44	83	0	210	23	21	20	33	1.97
14310--14470	88	1.8	88	86	0	232	24	19	21	34	1.96
12918--14869	482	4.1	479	85	3	2193	27	20	19	32	1.97
14503--14868	175	2.1	175	89	0	552	28	21	20	29	1.98
14681--15307	219	2.9	218	89	0	966	28	19	19	32	1.97
14537--14816	85	3.2	85	68	10	242	28	21	19	30	1.97
14411--15130	394	1.8	393	87	3	937	27	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15234--15336	44	2.3	44	93	0	170	23	22	21	33	1.98
14629--15325	219	3.2	219	86	1	934	27	20	19	32	1.97
15010--16092	263	4.1	263	74	8	1030	27	20	19	33	1.96
15277--15790	220	2.3	219	80	2	600	27	19	18	34	1.95
15713--15898	44	4.2	44	87	0	237	24	22	20	32	1.98
15940--16213	88	3.2	84	69	11	255	28	20	18	32	1.96
15906--16271	175	2.1	175	90	0	561	29	19	19	31	1.97
16084--17147	219	4.9	215	85	3	1237	29	19	17	33	1.95
12425--16182	482	7.8	477	78	8	1860	27	20	19	32	1.97
16086--17147	438	2.4	436	88	2	1515	29	19	17	33	1.95
16990--17270	85	3.2	85	69	15	241	30	21	16	31	1.95
14411--17760	613	5.5	613	72	10	2064	28	20	18	32	1.96
16963--17322	175	2.1	175	88	2	535	30	20	18	31	1.96
16741--17541	394	2.0	394	88	1	1176	29	19	18	32	1.96
17135--18198	219	4.9	217	89	1	1504	28	20	18	32	1.96
16084--17328	657	1.9	653	81	6	1503	29	19	17	32	1.95
15811--18854	832	3.7	831	84	4	3507	28	20	18	32	1.96
16741--17717	394	2.5	393	82	5	945	29	19	18	32	1.96
16689--18549	613	3.0	605	81	7	1778	29	20	18	32	1.96
18014--18373	175	2.1	175	88	1	533	30	20	16	31	1.95
17792--18592	394	2.0	394	90	1	1239	29	20	18	32	1.96
18186--19249	219	4.9	217	88	3	1464	28	20	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17525--18855	438	3.0	435	78	8	1017	28	20	18	32	1.96
17573--18811	613	2.0	613	90	2	1970	28	20	18	32	1.96
16524--19503	832	3.6	828	85	4	3461	28	20	18	32	1.96
18186--19249	438	2.4	436	90	2	1652	28	20	18	32	1.96
17649--19494	613	3.0	609	81	7	1785	28	20	17	33	1.96
19065--19424	175	2.1	175	89	1	551	30	20	17	31	1.95
19093--19368	87	3.2	85	66	11	209	30	22	15	32	1.94
21525--21756	40	5.8	40	91	2	365	26	21	28	22	1.99
21517--21756	82	3.0	81	92	1	383	27	21	28	22	1.99

Tables:   1

The End!