genome.fa.s402.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3583
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  552418

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272--381	45	2.4	46	86	8	145	33	31	7	27	1.84
14504--14594	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
16485--16612	58	2.2	58	88	1	184	38	2	37	21	1.67
16682--17219	230	2.3	228	78	7	565	36	22	14	25	1.93
16682--17212	114	4.6	113	77	9	488	36	22	14	25	1.93
17873--17931	14	4.1	14	78	8	57	47	23	1	27	1.61
18062--18136	22	3.4	22	72	7	62	20	0	30	49	1.49
18089--18122	16	2.2	16	94	5	61	11	0	38	50	1.39
18066--18168	44	2.3	45	83	6	129	19	0	31	49	1.49
18175--18464	41	7.1	41	77	4	154	19	20	21	38	1.93
18738--18766	14	2.1	14	100	0	58	6	0	6	86	0.72
22382--22407	7	3.7	7	100	0	52	30	0	53	15	1.42
32153--32369	45	4.9	45	86	5	282	25	28	21	24	1.99
37343--37368	7	3.7	7	100	0	52	30	0	53	15	1.42
41804--41938	60	2.2	60	83	6	157	26	25	20	27	1.99
47512--47638	68	1.9	68	83	6	168	25	23	16	34	1.95
51132--51273	40	3.5	40	82	1	158	32	25	16	25	1.96
67416--67523	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
69139--69215	27	2.9	27	75	11	86	19	23	19	37	1.94
72624--72706	40	2.1	40	93	0	139	37	24	16	21	1.94
78142--78289	40	3.7	40	78	8	140	34	25	14	26	1.94
79837--79877	14	2.9	14	88	0	64	41	24	2	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82469--82511	19	2.2	20	87	4	61	30	2	4	62	1.28
83103--83243	49	3.0	47	90	8	218	46	14	2	36	1.60
83160--83218	9	6.6	9	75	14	59	47	16	0	35	1.47
89496--89531	18	2.0	18	88	0	54	33	0	5	61	1.19
91760--91818	30	1.9	32	86	6	86	37	3	0	59	1.14
100750--101464	80	8.9	80	82	6	727	40	19	8	31	1.83
100750--101489	107	6.9	106	84	5	778	40	19	9	31	1.83
100750--101464	27	26.7	27	79	8	712	40	19	8	31	1.83
101448--101688	27	8.9	27	86	1	306	36	17	19	26	1.93
101421--101684	54	4.9	54	82	6	302	37	17	17	27	1.92
101421--101688	81	3.3	81	82	4	328	36	17	18	27	1.93
101896--101978	27	3.1	26	82	5	94	19	20	20	39	1.92
102107--102147	20	2.0	20	85	0	55	19	17	24	39	1.92
102029--102267	98	2.4	98	92	0	397	19	19	26	34	1.96
116510--116664	55	2.8	56	92	1	251	32	23	16	27	1.96
118396--118559	46	3.5	45	76	18	149	28	18	29	23	1.98
119573--119636	28	2.3	28	80	0	74	21	15	34	28	1.94
119953--120077	27	4.7	27	82	8	150	36	20	11	32	1.87
119952--120077	53	2.4	53	90	2	191	36	19	11	31	1.88
123041--123097	21	2.7	21	91	0	78	15	35	33	15	1.90
134596--134645	26	1.9	27	84	8	68	26	4	42	28	1.73
135430--135457	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135952--135998	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
136048--136117	26	2.7	26	84	4	88	27	27	25	20	1.99
137960--137991	16	1.9	17	93	6	57	37	9	9	43	1.69
138231--138333	40	2.6	40	82	3	145	23	15	26	34	1.94
140160--140184	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
140704--140764	30	2.0	30	100	0	122	57	19	13	9	1.63
141570--141633	28	2.5	27	78	14	73	35	4	0	59	1.18
141620--141670	20	2.5	22	72	18	56	33	5	0	60	1.21
141707--141776	26	3.0	23	78	12	65	35	4	1	58	1.26
141734--141798	19	3.5	18	78	12	62	32	4	1	61	1.26
142058--142108	16	3.1	16	78	10	50	39	1	0	58	1.09
142058--142111	19	3.1	17	81	7	65	38	1	0	59	1.08
142067--142121	19	2.8	19	76	13	58	38	3	0	58	1.16
153995--154548	205	2.7	205	89	2	835	31	18	21	28	1.97
156218--156387	11	15.1	11	66	25	72	31	3	2	61	1.27
156165--156345	17	10.6	17	69	22	103	32	3	2	61	1.26
156201--156355	48	2.9	56	69	23	127	31	2	3	62	1.24
156221--156326	43	2.4	42	75	18	101	30	2	3	63	1.26
156256--156386	58	2.2	59	82	15	148	33	3	2	60	1.27
156118--156387	19	15.3	17	66	22	75	32	4	1	60	1.27
156604--156690	37	2.5	34	81	9	86	34	5	1	58	1.29
156641--156709	17	3.8	18	75	13	61	34	1	0	63	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156640--156709	26	2.6	28	73	13	74	34	1	0	64	1.03
158678--158825	44	3.1	47	77	11	133	23	23	18	34	1.96
158678--158799	23	5.3	23	72	16	74	22	23	18	34	1.96
158713--158825	23	4.9	21	73	20	77	21	23	19	36	1.95
163060--163098	20	2.0	20	85	5	53	43	5	17	33	1.72
172070--172115	5	9.0	5	78	21	51	36	2	0	60	1.09
177002--177219	40	5.5	40	88	2	307	24	22	27	25	2.00
185264--185481	40	5.5	41	85	5	288	24	22	27	25	2.00
197303--197336	16	2.1	16	94	0	59	35	23	20	20	1.96
198662--198688	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
203648--203694	18	2.6	18	86	10	60	36	12	4	46	1.62
204500--204555	27	2.1	27	86	0	76	21	21	25	32	1.98
204514--204570	28	2.1	27	83	3	69	19	15	22	42	1.89
216398--216431	16	2.1	17	94	5	61	0	8	14	76	1.01
222324--222498	46	3.8	45	78	7	181	28	28	20	22	1.98
222332--222503	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
222329--222518	46	4.1	46	74	15	151	28	28	20	22	1.98
229026--229050	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
229753--229969	46	4.7	46	79	11	203	28	20	28	22	1.99
231250--231288	21	1.9	20	89	5	60	12	33	28	25	1.93
238198--238326	43	3.0	43	74	10	127	30	27	17	25	1.97
243189--243272	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243141--243316	50	3.5	49	86	1	226	25	18	26	29	1.98
252957--253095	50	2.8	51	83	6	185	27	18	25	28	1.98
256717--256786	21	3.2	21	66	18	61	20	11	27	41	1.86
262114--262191	39	2.0	39	92	5	131	38	8	17	34	1.82
263252--263298	24	1.9	25	83	12	62	44	4	36	14	1.65
264583--264639	29	2.0	29	96	0	105	49	8	8	33	1.65
267489--267558	21	3.2	21	64	18	52	38	25	14	21	1.91
268867--268923	23	2.4	24	82	2	71	21	21	19	38	1.93
282659--282842	41	4.6	40	89	2	246	23	21	26	28	1.99
282659--282847	81	2.3	81	85	5	249	23	21	25	29	1.99
289904--290093	41	4.7	41	86	3	235	23	22	24	30	1.99
289904--290093	81	2.4	81	84	7	244	23	22	24	30	1.99
298429--298590	43	3.8	43	85	0	218	30	22	27	20	1.98
299153--299185	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
302367--302584	40	5.5	40	90	2	316	25	27	23	23	2.00
307414--307717	47	6.4	47	89	1	410	34	8	29	27	1.87
311661--311733	36	2.0	36	97	0	137	28	21	6	42	1.79
320093--320218	46	2.7	46	90	4	193	20	19	28	31	1.97
322006--322114	54	2.0	53	82	5	130	23	13	21	41	1.89
322006--322114	27	4.1	26	83	5	112	23	13	21	41	1.89
323411--323585	56	3.2	56	90	3	273	34	21	14	29	1.93
335093--335134	20	2.1	20	90	0	66	38	30	14	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335047--335178	66	2.0	66	96	0	246	31	28	18	21	1.97
347789--347815	13	2.1	13	100	0	54	22	33	22	22	1.97
357231--357408	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
357232--357387	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
357228--357408	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
365463--365612	27	5.5	27	85	3	158	27	15	28	28	1.96
365463--365612	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
371881--372057	94	1.9	94	90	0	282	27	19	31	22	1.98
372898--373029	55	2.4	55	84	5	160	21	22	29	25	1.99
376895--377047	43	3.6	42	76	16	138	28	26	17	26	1.98

Tables:   1   2