genome.fa.s454.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold413
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99573

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1513--1762	42	5.9	42	79	10	269	17	28	34	20	1.95
1972--2050	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
2055--3065	43	23.9	43	78	6	985	16	32	33	18	1.93
2055--3065	85	12.0	84	82	5	721	16	32	33	18	1.93
2126--2860	299	2.5	299	92	1	1192	16	32	32	18	1.93
2994--3072	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
3070--3121	25	2.1	25	92	0	86	9	21	51	17	1.73
3107--3199	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
11101--11350	42	5.9	42	79	10	269	17	28	34	20	1.95
11559--11637	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
11642--12652	43	23.9	43	78	6	994	16	32	33	17	1.93
11642--12652	85	12.0	86	82	3	994	16	32	33	17	1.93
11655--12683	256	4.1	253	84	5	1058	16	31	33	17	1.93
11713--12652	299	3.2	299	87	4	1209	16	32	33	17	1.93
12581--12659	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
12657--12708	25	2.1	25	92	0	86	9	21	51	17	1.73
12694--12786	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
20689--20980	42	6.9	42	80	9	319	17	28	34	19	1.95
21189--21267	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
21272--22282	43	23.9	43	78	6	994	16	32	33	17	1.93
21272--22282	85	12.0	86	82	3	994	16	32	33	17	1.93
21285--22313	256	4.1	253	84	5	1058	16	31	33	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21343--22282	299	3.2	299	87	4	1209	16	32	33	17	1.93
22211--22289	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
22287--22338	25	2.1	25	92	0	86	9	21	51	17	1.73
22324--22416	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
30009--30040	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
35114--35145	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
36032--36317	42	6.9	42	76	12	272	17	29	33	19	1.95
36090--36308	120	1.8	121	84	5	300	17	28	34	18	1.94
36526--36604	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
36609--37619	43	23.9	43	78	6	985	16	32	33	17	1.93
36609--37619	85	12.0	84	81	5	728	16	32	33	17	1.93
36609--37619	128	8.0	128	78	5	977	16	32	33	17	1.93
36680--37414	298	2.5	299	92	1	1192	16	32	32	17	1.93
37548--37626	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
37625--37673	25	2.0	25	91	0	80	12	22	46	18	1.82
37661--37753	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
45652--45943	42	6.9	42	80	9	319	17	28	34	19	1.95
46152--46230	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
46248--47277	43	24.3	43	77	6	740	16	32	33	18	1.93
46235--47248	85	12.0	86	81	4	946	16	32	33	18	1.93
46377--47277	256	3.5	254	84	4	1040	16	32	33	18	1.93
46306--47043	299	2.5	299	91	2	1162	16	32	32	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46237--47248	299	3.4	297	84	6	1114	16	32	33	17	1.93
47177--47255	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
47254--47302	25	2.0	25	91	0	80	12	22	46	18	1.82
47404--47435	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
52517--52548	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
60972--61258	41	6.9	42	79	10	313	17	28	33	20	1.96
61468--61546	24	3.2	24	85	3	104	6	37	36	18	1.77
61678--61709	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
66027--66051	12	2.1	12	100	0	50	32	16	44	8	1.76
66745--67034	42	6.9	42	76	11	265	18	28	33	19	1.96
66745--67034	83	3.5	84	75	14	276	18	28	33	19	1.96
67241--67317	24	3.2	24	87	1	102	6	37	36	19	1.78
67323--68467	43	26.9	43	78	6	1032	16	31	34	17	1.92
67323--68467	85	13.5	85	82	4	1027	16	31	34	17	1.92
67460--68467	256	3.9	253	85	3	1161	15	31	34	17	1.92
76385--76674	42	6.9	42	79	10	301	17	28	34	19	1.95
76882--76960	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
76978--78117	43	27.2	43	77	8	837	16	31	34	17	1.92
76965--77974	85	12.0	86	82	4	985	16	32	33	17	1.93
76965--78117	213	5.5	212	77	8	901	15	31	34	18	1.92
77036--77769	298	2.5	299	92	2	1192	16	32	32	17	1.93
77903--77981	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77914--78101	77	2.4	77	79	7	229	11	30	39	18	1.86
77948--78117	42	4.2	43	75	15	189	12	28	41	18	1.86
77971--78049	34	2.3	34	82	8	97	12	27	43	16	1.84
86016--86307	42	6.9	42	80	9	310	17	28	33	19	1.95
86517--86595	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
86727--86758	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
91853--91884	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
92388--93342	43	22.6	43	79	6	943	16	32	33	17	1.93
92388--93342	85	11.3	86	83	3	943	16	32	33	17	1.93
92404--93342	298	3.2	299	87	4	1218	16	32	33	17	1.93
93271--93349	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
93230--93461	77	3.1	75	74	13	219	12	30	38	18	1.88
93347--93399	26	2.0	26	92	0	88	9	20	52	16	1.71
93385--93477	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88

Tables:   1

The End!