genome.fa.s790.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold172
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  689488

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723--2986	79	3.3	80	89	4	367	25	27	21	25	1.99
2704--2986	40	7.1	40	80	9	312	25	27	21	25	1.99
5265--5322	18	3.2	18	85	0	71	65	3	18	12	1.39
5286--5366	30	2.7	29	75	11	83	60	1	25	12	1.39
5316--5355	18	2.2	18	86	0	53	62	0	27	10	1.27
18504--18539	17	2.1	18	89	5	56	69	5	13	11	1.34
27145--27807	330	2.0	330	99	0	1299	33	17	19	30	1.95
30125--30265	51	2.8	51	83	1	176	33	28	12	25	1.93
30122--30312	51	3.8	51	80	2	170	31	26	14	26	1.95
34874--34923	21	2.5	20	84	9	59	74	2	18	6	1.12
42703--42783	19	4.2	19	69	15	58	76	2	12	8	1.10
45116--45153	20	1.9	20	89	10	60	26	13	28	31	1.93
46912--46953	17	2.4	18	88	4	59	14	28	2	54	1.52
48043--48083	10	3.9	10	93	6	64	21	0	9	68	1.18
48043--48084	11	3.9	11	87	6	59	21	0	9	69	1.17
51745--51778	11	3.1	11	91	0	50	73	5	2	17	1.16
52752--52810	21	2.8	21	87	5	75	71	0	22	6	1.09
52763--52810	15	3.3	14	82	5	60	77	0	18	4	0.93
52849--52911	12	5.2	12	75	21	60	68	0	20	11	1.20
52851--52914	18	3.3	21	69	26	59	65	0	23	10	1.24
54453--54615	82	2.0	82	86	2	229	33	14	25	26	1.94
59744--59803	6	10.0	6	81	0	75	75	1	18	5	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59744--59828	24	3.6	23	83	9	100	72	2	18	5	1.15
59771--59812	18	2.3	18	83	0	57	73	4	14	7	1.21
59732--59854	12	9.2	13	71	15	58	71	1	18	8	1.19
62400--62469	25	2.8	25	88	0	104	18	20	15	45	1.85
62879--62920	20	2.1	20	90	0	66	38	9	21	30	1.85
62888--62937	21	2.5	20	86	3	64	36	8	24	32	1.84
64906--64968	33	1.9	33	83	6	83	14	25	3	57	1.52
64971--65000	15	2.1	15	93	6	53	6	30	0	63	1.20
65057--65099	23	1.9	23	86	13	63	6	18	0	74	1.04
66007--66075	26	2.7	26	88	4	95	17	1	5	75	1.07
66043--66072	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
66032--66063	11	2.8	11	95	4	55	18	0	6	75	1.01
79631--79676	20	2.3	21	81	11	60	28	13	13	45	1.80
82854--82880	9	3.0	9	100	0	54	33	22	11	33	1.89
90471--90521	23	2.3	22	90	10	77	3	13	3	78	1.03
90471--90513	12	3.7	12	78	15	54	2	13	4	79	1.00
94724--94850	6	21.0	6	74	6	96	7	19	0	71	1.15
97124--97245	28	4.4	28	83	10	135	34	29	11	24	1.91
97123--97245	57	2.2	55	81	7	142	34	30	11	24	1.90
105246--105396	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
109250--109309	30	2.0	31	87	9	88	35	13	20	31	1.91
109259--109321	30	2.0	31	84	6	83	39	14	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111018--111074	18	3.1	18	73	12	53	14	24	0	61	1.33
121546--121589	19	2.3	19	92	0	70	11	0	11	77	1.00
123011--123141	50	2.6	52	80	6	160	38	12	14	34	1.85
129897--129930	16	2.1	16	88	0	50	47	8	2	41	1.50
129974--130017	17	2.6	18	82	7	56	52	11	0	36	1.38
136664--136860	105	1.9	105	83	0	259	31	24	20	23	1.98
136781--136935	84	1.8	84	83	2	204	30	25	16	26	1.97
136865--137792	105	8.9	105	77	7	807	30	28	16	24	1.96
137242--137286	21	2.1	21	88	8	65	33	31	22	13	1.92
136882--137373	207	2.4	208	81	3	544	31	27	16	25	1.97
137257--137462	84	2.4	84	84	4	272	32	27	16	24	1.96
137421--137502	42	2.0	42	85	4	112	34	25	14	25	1.94
137085--137880	420	1.9	420	88	1	1202	30	28	16	24	1.96
137551--137604	21	2.6	21	85	11	67	29	27	18	24	1.98
137662--137709	21	2.3	21	85	7	62	31	31	20	16	1.95
137677--137877	84	2.4	84	86	1	278	29	30	15	24	1.96
137573--137917	189	1.8	189	92	1	593	29	29	17	23	1.97
137242--137898	210	3.1	203	69	16	423	30	28	16	23	1.96
137845--137898	21	2.6	21	85	5	65	29	25	20	24	1.99
137828--138097	90	3.0	90	91	1	425	30	27	18	24	1.98
137941--137985	21	2.1	21	92	8	74	33	24	22	20	1.97
143355--143498	41	3.5	40	72	16	105	17	19	29	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144134--144181	7	7.0	7	83	2	62	20	0	39	39	1.53
144134--144181	21	2.3	20	89	3	69	20	0	39	39	1.53
144135--144181	20	2.3	21	88	3	69	21	0	40	38	1.53
144444--144474	14	2.3	14	94	5	55	12	0	38	48	1.42
144866--145996	336	3.4	332	81	5	1186	31	17	17	33	1.94
147293--147356	13	4.8	13	76	17	60	45	14	1	39	1.54
147271--147314	18	2.5	17	78	7	52	43	15	2	38	1.60
147256--147314	31	1.9	31	86	6	84	42	15	1	40	1.57
147255--147402	40	3.9	38	78	8	140	43	13	2	41	1.55
147388--147439	18	2.9	18	82	5	61	46	9	1	42	1.47
147619--147942	44	7.7	44	80	12	356	49	17	2	30	1.58
147733--147784	16	3.3	15	78	10	59	46	23	1	28	1.63
147707--147784	32	2.4	32	81	12	88	48	21	1	28	1.58
147940--148014	16	4.6	15	71	12	51	46	20	4	29	1.68
147827--147961	25	5.9	25	65	19	78	50	17	3	28	1.63
147915--148049	25	5.4	25	73	15	79	48	20	2	28	1.64
147751--148424	266	2.5	266	96	0	1249	47	18	2	31	1.62
147914--148068	9	18.6	9	64	18	59	46	20	2	30	1.64
147955--148125	25	7.1	25	68	16	69	46	19	2	30	1.63
148067--148153	21	4.0	21	75	5	84	50	14	2	32	1.56
148055--148424	44	8.3	44	74	13	267	48	17	2	31	1.61
148206--148248	16	2.7	16	82	7	52	46	23	2	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148264--148354	41	2.2	41	84	0	110	43	18	2	35	1.62
148319--148391	21	3.2	23	73	11	69	46	19	1	32	1.58
148333--148405	21	3.4	21	75	7	83	50	15	1	32	1.52
151171--151211	21	2.0	21	90	0	64	31	9	46	12	1.74
151636--151994	42	8.5	41	85	4	358	30	21	23	24	1.99
151572--151988	42	9.8	42	82	3	341	32	20	23	23	1.98
151564--151994	85	5.1	85	82	2	427	31	20	23	24	1.98
151572--151994	127	3.3	127	82	2	443	31	20	23	24	1.98
156267--156305	15	2.6	15	76	15	53	64	5	5	25	1.35
156499--156536	20	2.0	20	89	5	60	39	10	31	18	1.85
156849--156888	20	2.0	20	95	0	71	25	27	15	32	1.95
163944--163984	11	3.6	11	87	6	55	68	4	4	21	1.28
167995--168045	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
168007--168067	21	2.9	21	76	16	63	6	21	0	72	1.07
182214--182263	25	2.0	25	100	0	100	28	16	20	36	1.93
187876--187906	15	2.1	15	100	0	62	51	6	19	22	1.69
196305--196346	22	2.0	21	90	4	66	54	11	0	33	1.37
200068--200138	6	11.3	6	75	8	52	8	16	2	71	1.22
200065--200124	12	5.0	12	86	8	86	11	16	1	70	1.25
200970--201007	16	2.4	16	86	8	51	18	13	5	63	1.48
200968--201007	17	2.4	16	84	15	55	20	12	5	62	1.48
208210--208256	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213524--213563	15	2.7	15	96	3	73	17	12	5	65	1.44
213603--213630	12	2.3	12	100	0	56	7	7	7	78	1.09
215894--215940	20	2.3	20	85	7	60	34	19	19	27	1.96
224423--224495	30	2.4	30	97	0	137	39	13	10	35	1.80
529303--529345	10	4.3	10	85	11	61	65	2	6	25	1.30
529301--529349	10	4.6	11	85	12	59	63	2	8	26	1.34
530517--530557	17	2.5	17	88	4	66	75	0	17	7	1.02
530594--530640	18	2.5	20	80	13	64	68	0	23	8	1.17
530597--530637	19	2.2	19	86	8	57	68	0	21	9	1.18
532536--532591	10	5.6	10	80	6	60	26	30	14	28	1.95

Tables:   1   2