genome.fa.s817.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  424860

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1867--1910	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
2436--2483	21	2.3	20	79	10	53	70	0	20	8	1.12
5807--6129	45	7.2	45	96	0	565	25	21	15	37	1.92
14128--14174	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
15643--15721	31	2.4	32	85	10	99	79	2	10	7	1.01
15648--15741	11	8.4	11	77	16	79	78	2	11	7	1.03
16761--16866	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
18536--18582	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25841--25880	15	2.7	15	100	0	80	17	12	5	65	1.44
25917--25960	22	2.0	22	90	0	70	20	2	2	75	1.03
25920--25963	11	4.0	11	82	11	54	20	2	4	72	1.13
26954--27000	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
32870--32926	25	2.5	22	91	8	87	77	1	8	12	1.07
38590--38662	29	2.5	29	80	10	87	26	15	31	27	1.95
38621--38946	173	1.9	174	92	0	546	30	14	23	31	1.95
45124--45211	30	2.9	30	74	0	104	28	15	27	28	1.96
45118--45218	30	3.4	29	71	6	94	30	15	25	27	1.96
48748--48793	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
48740--48813	30	2.5	30	84	8	80	22	20	18	37	1.94
50393--50434	19	2.2	19	86	4	57	71	7	2	19	1.20
50393--50426	10	3.5	10	88	4	52	70	5	0	23	1.09
51448--51612	12	13.8	12	68	11	52	67	3	19	9	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51471--51588	6	19.2	6	70	10	78	72	4	17	5	1.22
51539--51594	26	2.2	26	87	6	78	71	1	17	8	1.21
51591--51653	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
53426--53479	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
53426--53499	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
53426--53490	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
57402--57437	4	9.0	4	100	0	72	75	0	0	25	0.81
59136--59160	11	2.3	11	100	0	50	24	0	20	56	1.43
73002--73048	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
73614--73665	14	3.9	14	90	10	90	63	0	13	23	1.29
73614--73665	26	2.0	27	96	3	97	63	0	13	23	1.29
78609--78648	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
78722--78764	18	2.5	17	82	14	52	9	18	2	69	1.26
78722--78765	17	2.5	17	82	13	54	9	18	2	70	1.24
79757--79801	12	3.6	12	82	11	63	17	2	4	75	1.07
91471--91514	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
96735--96774	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
96858--96907	18	2.8	18	81	9	57	8	18	4	70	1.28
96847--96905	17	3.4	17	83	4	64	6	18	3	71	1.23
97829--97879	26	2.0	26	92	7	86	23	9	0	66	1.21
97829--97874	14	3.5	13	91	8	76	19	6	0	73	1.04
104584--104637	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104584--104657	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
104584--104648	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
107973--108019	20	2.3	20	88	0	67	25	31	17	25	1.97
109472--109526	27	2.0	27	100	0	110	25	10	38	25	1.88
110135--110199	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
111969--112031	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
112028--112084	14	4.3	13	75	16	55	8	19	1	70	1.23
112034--112152	6	19.2	6	67	8	60	6	18	4	70	1.26
115389--115598	40	5.3	40	80	6	248	28	28	20	23	1.99
115389--115599	80	2.7	80	90	1	327	27	27	20	23	1.99
123427--123638	40	5.3	40	83	0	273	27	28	20	23	1.99
123427--123638	80	2.7	80	91	0	345	27	28	20	23	1.99
180346--180442	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
182558--182588	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
182636--182696	5	12.0	5	73	16	54	3	18	1	77	0.99
182636--182703	16	4.6	14	77	12	64	2	17	2	76	1.04
183610--183644	12	2.9	12	100	0	70	17	0	5	77	0.96
183609--183651	12	3.5	12	90	3	59	23	2	4	69	1.18
185350--185446	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
187353--187387	9	4.0	9	88	3	54	68	8	11	11	1.39
189491--189534	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
190291--190343	27	2.0	27	84	0	70	67	1	22	7	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192959--193859	453	2.0	456	90	4	1422	36	20	17	25	1.94
202448--202510	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
204613--204650	19	2.0	19	100	0	76	21	21	21	36	1.95
205075--205152	37	2.1	37	100	0	156	43	17	10	28	1.82
207029--207068	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
207172--207198	11	2.5	11	100	0	54	0	18	7	74	1.05
208119--208152	14	2.4	14	100	0	68	17	11	5	64	1.45
208192--208249	12	4.8	12	95	2	98	15	1	8	74	1.14
208938--208975	19	2.0	19	100	0	76	21	21	21	36	1.95
213126--213166	12	3.6	12	83	6	50	80	4	2	12	0.97
213212--213279	29	2.3	29	87	7	102	75	2	11	10	1.16
214133--214171	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
217675--217739	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
219515--219577	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
219575--219711	21	6.7	21	72	17	53	8	18	2	70	1.26
219574--219630	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
219592--219695	18	5.6	18	74	10	93	7	18	2	71	1.23
219594--219713	12	10.0	12	70	19	81	9	18	2	70	1.26
219592--219699	6	17.7	6	70	5	74	7	18	2	71	1.22
223001--223038	12	3.2	12	96	0	67	78	7	0	13	0.94
223001--223053	12	4.2	13	86	11	65	77	5	5	11	1.11
223031--223109	16	5.2	15	76	19	83	73	2	16	7	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224691--224738	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
226376--226407	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
226389--226450	27	2.3	27	83	10	74	9	19	1	69	1.25
226413--226532	12	10.0	12	71	19	72	8	16	3	71	1.24
226391--226449	14	4.3	14	74	16	52	10	16	1	71	1.22
226413--226452	15	2.9	15	82	14	50	7	17	0	75	1.03
226411--226518	6	17.7	6	71	9	76	6	16	3	73	1.19
229745--229792	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
230676--230710	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
242826--242890	20	3.2	20	78	8	69	38	15	23	23	1.92
246304--246347	21	2.1	21	95	0	79	31	2	36	29	1.70
246315--246347	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
247422--247463	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
250480--250524	19	2.3	20	88	3	65	6	11	2	80	0.99
250466--250545	36	2.2	37	82	8	92	7	13	3	75	1.16
255000--255062	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
256262--256305	21	2.1	21	91	8	72	31	2	34	31	1.70
258559--258602	21	2.1	21	95	0	79	29	36	2	31	1.70
258993--259034	10	4.3	10	75	6	50	33	9	21	35	1.86
261073--261119	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
263285--263366	29	2.8	30	70	17	82	30	8	13	47	1.72
264306--264399	46	2.0	46	93	4	163	24	18	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267787--267826	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
268879--268930	13	4.0	13	90	9	88	23	13	0	63	1.29
268878--268930	26	2.0	27	96	3	99	22	13	0	64	1.28
268972--269014	12	3.6	12	93	0	68	11	2	9	76	1.10
270816--270853	10	3.7	10	86	6	58	31	0	34	34	1.58
270811--270873	21	3.0	21	90	2	90	30	1	33	34	1.67
273580--273637	20	2.9	21	77	12	59	29	12	36	22	1.90
274522--274564	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
276167--276201	13	2.7	13	95	0	61	48	0	11	40	1.39
276428--276490	23	2.7	23	92	4	101	23	11	20	44	1.83

Tables:   1   2