genome.fa.s873.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold155
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  399999

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3462--3490	3	9.7	3	100	0	58	34	0	65	0	0.93
4137--4332	101	1.9	101	86	0	275	32	15	22	30	1.95
4173--4330	33	4.8	32	72	9	102	32	15	22	29	1.95
7929--7980	19	2.6	20	77	22	56	9	25	23	42	1.84
9859--9889	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
12957--13023	29	2.3	29	86	0	98	35	23	20	19	1.95
15618--15685	4	17.0	4	96	0	127	25	1	25	48	1.60
16486--16515	14	2.1	14	93	0	51	40	0	3	56	1.16
16656--16804	42	3.5	41	81	5	156	32	22	18	26	1.97
16662--16838	84	2.1	83	86	3	239	32	20	18	27	1.96
23845--24033	41	4.6	41	80	8	172	29	20	23	26	1.98
23843--24033	82	2.3	83	80	8	203	29	20	23	26	1.99
31777--32842	539	2.0	539	89	0	1659	23	22	15	38	1.92
40650--40674	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
50101--50144	18	2.4	19	81	14	56	50	0	2	47	1.13
58165--58244	22	3.3	22	66	21	61	48	1	2	47	1.23
58165--58266	28	3.8	28	65	18	81	50	0	1	46	1.19
58776--58821	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
69539--69665	41	3.0	43	80	9	161	25	17	27	29	1.97
78402--78456	27	2.0	27	92	0	92	34	9	21	34	1.85
86819--86860	18	2.2	20	91	8	70	78	7	0	14	0.95
86814--86860	24	2.0	23	88	12	69	76	8	0	14	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86866--86909	6	7.0	6	80	19	54	81	0	18	0	0.68
86866--86904	21	1.9	20	94	5	69	82	0	17	0	0.68
86868--86899	15	2.2	15	94	5	57	84	0	15	0	0.63
86874--86909	17	2.1	17	90	10	56	83	0	16	0	0.65
86869--86909	11	3.8	11	78	15	50	82	0	17	0	0.66
89111--89420	44	7.0	44	90	2	439	30	16	24	29	1.96
89345--90492	88	13.1	89	84	3	722	28	19	24	27	1.98
89301--90480	176	6.7	177	84	3	1058	28	19	24	27	1.98
89391--89875	44	11.0	44	63	7	131	28	20	24	27	1.99
89391--90480	264	4.1	265	88	2	1521	28	19	24	27	1.99
90202--90427	45	5.1	45	63	9	124	30	17	24	27	1.97
90312--90454	44	3.2	44	67	3	126	23	23	25	27	2.00
92048--92105	3	19.3	3	74	0	53	32	3	5	58	1.37
106008--106126	63	1.9	61	84	3	157	43	14	8	33	1.75
108627--108658	16	2.1	16	94	5	57	43	18	0	37	1.51
117926--119720	914	2.0	917	95	0	3229	28	21	20	29	1.98
122570--122813	50	4.8	50	86	4	337	22	30	20	26	1.98
122570--122813	102	2.4	100	91	2	391	22	30	20	26	1.98
127589--127670	43	1.9	43	89	0	128	21	19	17	41	1.90
127632--127734	25	4.4	25	70	18	94	21	24	14	39	1.91
127588--127734	69	2.1	67	86	6	197	21	22	16	39	1.92
129662--129756	45	2.1	45	90	0	154	25	20	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139479--139503	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
144424--144553	28	4.7	28	72	6	113	35	13	21	29	1.92
146830--147006	37	4.8	37	82	2	196	37	28	13	20	1.91
151116--151494	189	2.0	189	97	0	713	35	12	19	32	1.89
153058--153142	40	2.1	40	91	0	134	48	28	14	9	1.74
166523--166554	9	3.7	9	95	4	57	34	9	0	56	1.32
169144--169219	26	2.9	26	86	0	89	38	26	22	13	1.91
169395--169722	27	12.2	26	85	5	408	17	20	18	43	1.88
169393--169722	161	2.0	161	90	0	516	17	20	19	43	1.88
169395--169722	134	2.4	133	88	5	464	17	20	18	43	1.88
174438--174479	21	2.1	19	86	8	57	28	4	7	59	1.44
175564--175602	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
175721--175763	23	1.9	22	85	4	59	20	6	6	65	1.41
175718--175770	22	2.4	22	81	12	63	22	5	5	66	1.35
178732--178797	29	2.3	29	83	0	78	34	22	21	21	1.96
188082--188141	29	2.1	29	96	0	111	40	8	5	46	1.56
192741--193053	160	2.0	160	94	0	545	14	23	15	47	1.82
199006--199324	59	5.3	57	70	14	241	42	1	3	53	1.24
198957--199420	120	3.9	120	93	0	786	43	1	4	50	1.31
199150--199196	12	3.8	12	74	20	51	46	0	0	53	1.00
199145--199345	64	3.3	62	69	21	170	42	1	3	52	1.27
199366--199400	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199557--199654	46	2.2	46	85	7	130	35	29	4	30	1.76
199628--199682	16	3.4	15	90	7	74	21	32	5	40	1.76
206212--206306	48	2.0	48	89	0	145	42	22	16	18	1.89
206511--206579	36	1.9	36	87	0	102	46	14	11	27	1.79
209772--209872	41	2.5	41	91	1	168	25	17	20	35	1.95
217733--217878	41	3.6	41	84	3	197	26	19	21	33	1.97
220158--220205	14	3.1	14	76	23	51	0	29	0	70	0.87
220155--220208	19	2.7	19	83	13	56	0	31	0	68	0.90
225713--225792	28	2.9	28	76	10	83	33	15	26	25	1.95
225791--225836	23	2.0	23	100	0	92	52	8	26	13	1.69
227606--227635	14	2.1	14	100	0	60	40	20	6	33	1.78
230328--230367	15	2.7	15	100	0	80	42	50	0	7	1.30
243797--243911	46	2.5	46	83	5	137	33	21	19	26	1.97
243840--244234	129	3.1	127	86	4	496	30	21	21	27	1.98
244010--244211	44	4.7	44	72	9	155	31	19	22	27	1.98
244051--244237	44	4.4	41	74	10	142	28	21	20	28	1.98
244417--244456	15	2.7	15	100	0	80	42	50	0	7	1.30
254817--254846	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
259579--259640	32	1.9	32	100	0	124	27	9	33	29	1.88
271395--271440	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
271660--271693	13	2.6	13	85	0	50	41	14	17	26	1.88
282796--282841	23	2.0	23	83	8	58	56	2	2	39	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284315--284341	7	3.9	7	100	0	54	25	14	14	44	1.84
292062--292139	40	1.9	41	89	2	122	21	19	19	39	1.92
293330--293362	16	2.1	16	88	11	50	48	0	3	48	1.17
294011--294039	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
296849--296894	24	1.9	24	95	0	83	34	6	26	32	1.82
305113--305147	18	1.9	18	88	0	52	40	0	5	54	1.24
307055--307090	18	2.0	18	94	0	63	66	13	5	13	1.41
307431--307485	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
309281--309326	12	3.9	12	85	5	58	71	4	4	19	1.20
309282--309323	11	3.7	11	93	3	66	76	4	2	16	1.07
309282--309326	23	2.0	23	90	0	72	73	4	2	20	1.11
310326--310364	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
311840--311901	20	3.1	20	83	6	81	25	27	12	33	1.93
315946--316017	26	2.7	27	89	8	112	43	9	0	47	1.36
315946--316016	28	2.6	27	93	4	117	42	9	0	47	1.36
316084--316150	27	2.5	27	92	0	107	28	28	26	16	1.97
316193--316341	4	37.0	4	80	14	141	71	0	28	0	0.86
316194--316369	87	2.1	83	87	12	252	72	0	27	0	0.85
316339--316393	25	2.2	26	78	18	64	67	0	30	1	1.01
316194--316372	16	10.5	17	73	17	108	71	0	28	0	0.86
316192--316390	48	4.4	47	78	15	197	70	0	29	0	0.91
316228--316386	41	3.8	41	78	17	129	69	0	30	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316194--316372	44	4.2	41	78	16	136	71	0	28	0	0.86
322707--322737	12	2.6	12	94	0	53	61	19	0	19	1.35
322743--322821	26	3.0	26	98	0	149	49	7	0	43	1.31
323093--323131	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
323270--323347	27	2.9	27	82	0	102	23	26	23	26	2.00
325817--325887	32	2.3	31	84	13	94	43	0	1	54	1.08
327835--328187	176	2.0	176	100	0	706	37	14	11	36	1.83
328240--328288	19	2.5	20	81	18	68	59	0	0	40	0.98
328229--328290	17	3.4	19	80	14	69	53	0	0	46	1.00
332725--332911	27	7.7	25	65	22	87	41	18	8	31	1.80

Tables:   1   2