genome.fa.s924.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1073
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114383

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7723--7815	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
7801--7852	25	2.1	25	92	0	86	17	51	21	9	1.73
7826--8867	43	24.7	42	77	8	862	18	33	31	16	1.93
7850--7928	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
7936--8854	85	10.8	84	82	5	736	17	33	32	16	1.93
7826--8728	256	3.6	254	85	4	1089	17	33	32	16	1.92
8062--8796	299	2.5	298	92	2	1190	17	32	32	16	1.93
8872--8950	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
9159--9408	42	5.9	42	74	15	205	19	34	28	18	1.95
11795--11819	13	1.9	13	100	0	50	32	24	24	20	1.98
14122--14566	42	10.5	43	77	6	433	18	33	31	16	1.93
14124--14566	85	5.2	82	82	8	482	18	33	31	16	1.93
14186--14566	170	2.2	169	88	2	548	18	33	31	16	1.93
14571--14649	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
14856--15105	42	5.9	42	79	9	269	20	34	28	17	1.95
23002--23094	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
23082--23130	25	2.0	25	91	0	80	18	46	22	12	1.82
23107--24148	43	24.6	41	76	8	743	18	33	32	16	1.93
23129--23207	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
23215--24135	85	10.8	84	81	5	693	17	33	32	16	1.93
23107--24007	256	3.5	254	84	4	1047	18	33	32	16	1.93
23341--24077	299	2.5	298	91	2	1149	18	32	32	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23171--24148	256	3.8	256	83	5	697	18	33	32	16	1.93
24153--24231	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
24440--24731	42	6.9	42	82	8	335	19	34	28	17	1.95
36231--36323	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
36311--36359	25	2.0	25	91	0	80	18	46	22	12	1.82
36336--37378	43	24.6	41	75	8	736	18	33	32	16	1.93
36358--36436	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
36336--37236	256	3.5	254	84	4	1047	18	33	32	16	1.93
36570--37307	299	2.5	298	91	2	1151	18	32	32	16	1.93
36400--37378	85	11.5	85	81	4	888	18	32	32	16	1.93
37383--37461	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
37671--37962	42	6.9	42	82	8	335	19	34	28	17	1.95
46005--47715	42	40.9	42	76	11	1503	18	33	32	16	1.93
47720--47798	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
48007--48298	42	6.9	42	82	8	335	19	34	28	17	1.95
56199--56291	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
56279--56327	25	2.0	25	91	0	80	18	46	22	12	1.82
56304--57344	43	24.6	42	77	7	858	18	33	31	16	1.93
56326--56404	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
56304--57204	256	3.6	254	85	4	1085	17	33	32	16	1.93
56538--57273	299	2.5	298	92	1	1190	18	32	32	16	1.93
56368--57344	85	11.5	86	83	2	933	18	33	32	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57349--57427	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
57636--57927	42	6.9	42	82	8	335	19	34	28	17	1.95
65829--65921	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
65909--65957	25	2.0	25	91	0	80	18	46	22	12	1.82
65934--66973	43	24.6	42	76	8	842	18	33	32	16	1.93
65956--66034	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
66168--66902	299	2.5	297	91	2	1172	17	32	32	16	1.93
65998--66973	85	11.5	86	83	3	917	17	33	32	16	1.93
66978--67056	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
67265--67556	42	6.9	42	82	8	335	19	34	28	17	1.95
75458--75550	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
75538--75586	25	2.0	25	91	0	80	18	46	22	12	1.82
75563--76602	43	24.6	42	76	8	826	17	33	32	16	1.93
75585--75663	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
75797--76531	299	2.5	297	91	2	1165	17	32	32	16	1.93
75627--76602	85	11.5	86	82	3	901	17	33	32	16	1.93
76607--76685	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
76894--77143	42	5.9	42	78	10	244	19	34	28	18	1.95
88587--89678	43	25.8	41	76	7	780	17	34	31	16	1.92
88570--89641	85	12.7	85	79	6	513	18	34	31	15	1.92
88714--88792	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
88570--89642	128	8.5	122	73	15	640	18	34	31	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88593--89628	256	4.1	255	84	5	1153	17	34	32	15	1.92
88606--89661	299	3.6	298	85	5	1220	17	34	31	16	1.92
88756--89677	85	10.8	85	81	4	824	17	33	32	16	1.93
89760--89791	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
94871--94902	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
95455--95533	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
95743--96034	42	6.9	42	81	8	326	19	33	28	17	1.95
103937--104029	42	2.2	43	90	3	143	19	39	27	12	1.88
104015--104060	22	2.1	22	91	0	74	15	50	23	10	1.75
103973--104094	65	1.9	64	93	1	208	18	41	27	13	1.87
104037--105079	43	24.7	42	77	7	862	18	33	31	16	1.93
104061--104139	34	2.3	34	93	2	131	18	37	35	7	1.80
104037--104939	256	3.6	254	85	4	1089	17	33	32	16	1.92
104273--105008	299	2.5	298	92	1	1190	18	32	32	16	1.93
104103--105079	85	11.5	86	83	2	933	18	33	32	16	1.93
105084--105162	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
105371--105662	42	6.9	42	82	8	335	19	34	28	17	1.95
113699--113777	35	2.3	34	89	8	124	20	36	35	7	1.81
113742--114368	42	15.2	42	76	13	576	17	33	32	17	1.93
113783--114379	83	7.2	83	80	11	562	17	32	32	17	1.93
113783--114364	202	2.8	202	79	14	563	17	33	31	17	1.93
113742--114379	122	5.2	124	76	12	525	17	33	32	17	1.93

Tables:   1

The End!