genome.fa.s929.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1012
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  88480

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5739--5982	32	7.6	32	87	0	326	32	13	21	32	1.92
5739--5976	96	2.5	96	90	0	368	32	13	21	32	1.92
14264--14507	32	7.6	32	87	0	326	32	13	21	32	1.92
14264--14501	96	2.5	96	90	0	368	32	13	21	32	1.92
22788--23031	32	7.6	32	87	0	326	32	13	21	32	1.92
22788--23025	96	2.5	96	90	0	368	32	13	21	32	1.92
28770--28802	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
34791--34823	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
40816--40848	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
46844--46876	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
52871--52903	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
58897--58929	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
64923--64955	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
70947--70979	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
75278--75747	112	4.2	111	92	1	764	25	19	28	26	1.99
75278--75747	223	2.1	223	93	1	809	25	19	28	26	1.99
76357--76382	12	2.2	12	100	0	52	38	7	34	19	1.80
76768--76968	84	2.4	83	90	4	321	32	19	17	29	1.95
77950--77989	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
79322--79362	16	2.5	16	92	4	64	48	14	0	36	1.44
79378--79412	14	2.6	14	95	4	63	48	14	0	37	1.44
79350--79437	27	3.2	27	67	13	81	40	10	2	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79312--79448	54	2.4	56	93	4	233	44	10	1	43	1.47
79312--79457	55	2.6	56	87	11	219	45	10	1	43	1.46
79391--79481	38	2.3	39	92	5	148	43	8	2	45	1.47
79449--79552	25	4.4	24	89	7	135	42	6	2	48	1.44
79462--79530	13	5.5	13	80	19	92	40	7	2	49	1.45
79469--79552	12	7.2	11	73	21	73	42	7	2	47	1.43
80997--81130	1	134.0	1	77	0	133	8	88	0	2	0.62
80987--81083	15	6.7	15	76	14	62	12	83	1	3	0.81
80997--81130	20	6.7	20	84	11	152	8	88	0	2	0.62
80986--81130	70	2.1	68	87	10	206	8	87	0	2	0.67
85493--85550	13	4.5	12	79	14	62	27	1	0	70	0.97
85493--85550	26	2.2	26	87	6	82	27	1	0	70	0.97
85493--85570	29	2.8	29	80	16	76	26	1	0	71	0.93
85532--85570	14	2.7	15	80	8	53	25	0	0	74	0.82
85574--85757	78	2.4	76	75	16	171	36	0	0	63	0.95
85578--85680	26	3.8	26	71	22	86	38	0	0	61	0.96
85704--85762	10	4.9	12	74	25	54	30	0	0	69	0.89
85684--85762	24	3.3	22	79	13	77	31	0	0	68	0.90
85669--85787	19	6.3	18	68	23	59	29	0	0	70	0.87
85699--85755	14	4.4	14	72	26	54	31	0	0	68	0.90
85743--85790	16	2.9	16	84	3	51	22	0	0	77	0.78
85866--85928	12	5.5	12	74	9	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85866--85898	14	2.5	14	90	9	52	45	0	0	54	0.99
85900--85979	23	3.2	25	70	13	67	35	0	0	65	0.93
85851--85979	49	2.7	50	81	10	126	37	0	0	62	0.96
85851--86071	52	4.5	50	76	13	147	32	0	0	67	0.94
85886--86079	5	37.0	5	66	19	58	28	0	0	70	0.91
85887--86057	33	5.1	33	67	20	88	29	0	0	69	0.93
86002--86080	6	13.5	6	76	18	60	21	0	0	78	0.75
86002--86100	8	12.8	8	70	12	55	24	1	0	74	0.88
86002--86082	17	4.6	17	80	10	101	20	0	0	79	0.74
86012--86433	36	11.5	37	65	19	118	32	1	0	66	1.02
85997--86099	22	4.5	23	71	13	61	25	0	0	73	0.89
86120--86182	28	2.2	28	82	0	90	30	0	0	69	0.88
86185--86606	24	18.4	23	65	24	150	35	1	0	63	1.02
86124--86441	6	53.5	6	65	26	60	33	1	0	65	1.01
86164--86503	66	5.1	66	67	19	172	36	1	0	62	1.03
86388--86513	37	3.4	37	76	14	116	38	0	0	61	0.96
86532--86609	38	2.1	35	86	11	104	32	0	0	67	0.90
86688--86726	16	2.4	16	87	8	53	20	0	0	79	0.73
86697--86744	16	2.9	18	79	14	50	29	0	0	70	0.87
86945--86983	16	2.4	16	84	16	53	33	0	0	66	0.92
86988--87031	16	2.6	17	85	7	54	31	0	0	68	0.90
87148--87188	17	2.5	16	84	7	55	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87427--87479	21	2.5	22	81	6	72	37	0	1	60	1.08
87644--87809	33	4.8	32	74	18	122	25	1	0	72	0.91
87649--87805	49	2.9	53	74	18	155	25	1	0	73	0.91
87647--87862	62	3.5	61	72	18	180	27	1	0	70	0.95
87652--87807	50	3.3	47	70	23	82	26	1	0	72	0.92
87658--87860	38	5.1	40	71	16	147	28	1	0	69	0.97
87973--88054	38	2.1	39	80	10	89	37	1	0	60	1.04
88042--88088	24	2.0	24	83	8	60	38	4	0	57	1.18
88137--88288	37	4.1	36	73	20	109	34	1	0	64	1.02
87959--88211	18	13.3	19	69	21	110	37	1	0	61	1.04
87993--88283	19	15.8	18	66	22	74	36	1	0	62	1.06
88399--88479	25	3.0	27	77	12	87	28	1	0	70	0.95
88417--88464	17	2.6	19	83	12	73	31	0	0	68	0.90
88378--88465	28	3.0	29	77	17	76	31	1	0	67	0.99

Tables:   1

The End!