genome.fa.s98.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold53
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  660679

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 248 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7184--7358	46	3.8	46	75	13	178	28	29	21	20	1.98
7191--7363	93	1.9	93	91	0	283	27	30	21	20	1.98
7235--7378	46	3.1	45	69	11	112	29	28	20	21	1.98
9749--9827	30	2.6	30	82	9	97	54	15	18	11	1.70
9749--9827	15	5.2	15	73	14	72	54	15	18	11	1.70
12734--12867	46	2.9	47	80	12	168	28	31	20	19	1.97
12742--12882	46	3.0	45	76	11	133	29	30	20	19	1.97
14504--14616	31	3.7	31	81	5	126	25	23	19	30	1.98
14834--14983	26	5.9	26	86	3	207	26	22	24	26	2.00
17582--17652	31	2.3	31	97	0	133	28	23	16	30	1.97
17858--18045	26	7.3	26	89	3	276	28	23	21	27	1.99
18844--18908	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
18962--19047	27	3.1	26	77	14	66	37	9	13	39	1.78
19099--19190	27	3.4	27	79	5	87	41	8	20	29	1.82
23284--23326	16	2.7	16	74	0	50	55	11	20	11	1.66
24011--24074	34	1.9	33	87	3	92	29	25	25	20	1.99
24696--24803	30	3.6	30	96	0	189	18	26	12	42	1.85
24668--24807	60	2.3	60	84	9	187	22	24	12	40	1.89
26598--26647	24	2.1	24	100	0	100	28	4	26	42	1.73
31199--31248	18	2.7	18	75	19	50	66	0	0	34	0.92
32029--32061	15	2.2	16	89	10	52	27	0	18	54	1.44
33176--33335	43	3.8	42	73	7	153	26	14	26	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37067--37241	46	3.8	45	79	7	172	30	27	19	22	1.98
37075--37243	93	1.8	93	88	0	257	30	27	19	23	1.98
41935--42109	46	3.8	45	79	7	181	28	28	20	22	1.99
41943--42114	93	1.8	93	89	0	272	27	28	20	22	1.99
41940--42129	46	4.1	46	73	16	144	28	27	20	22	1.99
46544--46716	27	6.4	27	82	0	148	36	21	6	35	1.79
46533--46686	54	2.9	54	81	2	166	33	22	6	37	1.80
46512--46715	54	3.8	54	77	2	158	35	21	6	36	1.79
46512--46723	81	2.6	81	74	0	208	36	21	6	35	1.79
46638--46890	27	9.3	27	79	6	145	39	20	8	32	1.82
46544--46890	54	6.4	54	73	9	157	38	20	7	33	1.81
46679--46927	137	1.8	137	81	5	315	42	18	9	29	1.82
46908--46985	27	2.9	27	75	11	79	37	23	20	19	1.95
48059--48141	31	2.7	30	90	7	132	30	15	25	28	1.96
50809--50837	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
68472--68523	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
77001--77039	20	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
81526--81665	39	3.5	40	90	2	196	20	22	26	30	1.98
84809--84984	40	4.2	40	75	16	167	31	27	15	26	1.96
84801--84977	90	2.0	90	96	0	327	32	25	14	27	1.94
90807--90909	33	3.1	33	94	1	170	27	21	27	24	1.99
92721--92769	21	2.4	20	83	6	71	34	18	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93854--93905	21	2.4	22	87	6	70	5	21	0	73	1.04
95990--96027	17	2.2	18	85	4	51	2	13	2	81	0.90
95997--96029	10	3.3	10	91	0	57	0	12	0	87	0.53
97482--97532	10	5.0	10	83	4	57	43	19	23	13	1.87
97483--97522	21	2.0	20	90	5	62	42	20	22	15	1.88
98065--98341	50	5.6	50	77	7	251	22	28	17	31	1.97
98065--98341	97	2.8	97	77	7	234	22	28	17	31	1.97
101059--101196	40	3.2	40	69	18	105	31	25	14	28	1.95
101035--101196	90	1.8	86	93	5	279	32	24	13	29	1.93
101162--101230	36	1.9	35	91	2	111	31	30	14	23	1.94
101033--101224	90	2.2	86	85	9	268	32	25	13	29	1.94
105940--106119	55	3.3	54	74	2	182	21	22	18	37	1.94
107538--107651	45	2.6	45	87	1	158	22	21	27	28	1.99
118937--119112	27	6.6	27	81	5	187	26	14	28	30	1.95
125197--125374	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
125198--125353	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
125194--125374	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
133430--133622	53	3.6	53	80	2	206	20	24	18	36	1.95
139194--139254	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
143056--143305	68	3.8	65	76	6	211	24	28	15	32	1.95
164866--164921	28	2.0	28	100	0	112	21	28	25	25	1.99
167226--167334	40	2.7	41	72	11	116	27	25	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172424--172573	41	3.7	41	83	1	212	27	28	23	21	1.99
177190--177464	116	2.4	116	88	1	401	22	22	24	30	1.99
177190--177464	38	7.1	38	87	2	352	22	22	24	30	1.99
177466--177573	45	2.5	44	84	6	139	22	21	28	27	1.99
180028--180071	23	1.9	23	95	0	79	50	6	9	34	1.61
181338--181373	18	2.0	18	100	0	72	38	16	16	27	1.90
188230--188407	27	6.6	27	83	3	196	30	28	14	26	1.95
191291--191392	50	2.1	50	87	5	145	29	8	12	49	1.71
196881--196942	31	2.0	31	87	0	88	22	25	16	35	1.94
205180--205310	41	3.2	39	72	8	102	27	30	20	21	1.98
205206--205316	40	2.7	41	81	12	122	27	29	21	20	1.98
209598--209695	29	3.4	29	87	4	128	28	12	26	32	1.92
220659--220775	40	2.9	40	82	8	123	24	29	23	22	1.99
223911--223995	31	2.8	31	87	1	127	21	27	18	32	1.97
224217--224311	25	3.8	25	88	0	118	26	18	25	29	1.98
227612--228278	49	13.5	49	82	9	793	32	8	28	30	1.87
227961--227995	17	2.1	17	100	0	70	40	0	20	40	1.52
227912--228044	66	2.0	66	100	0	266	34	6	26	33	1.81
227814--228130	164	1.9	162	96	1	589	32	8	28	30	1.86
227863--228091	115	2.0	113	97	1	431	33	7	27	31	1.84
227969--228274	94	3.2	94	92	1	495	32	8	28	30	1.86
227969--228274	141	2.1	143	92	1	517	32	8	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228246--228301	27	2.1	27	100	0	112	32	0	30	37	1.58
228206--228345	74	1.9	74	98	0	271	34	5	27	32	1.81
228153--228395	121	2.0	121	88	0	360	33	7	29	30	1.85
228273--228400	47	2.7	47	85	0	175	33	7	30	28	1.84
228519--228597	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
229810--230161	40	8.8	40	91	0	569	25	21	26	25	2.00
233753--234446	47	14.5	47	93	1	1109	32	8	29	29	1.87
233753--234446	145	4.8	145	92	2	1138	32	8	29	29	1.87
234296--234371	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
234565--234643	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
236635--236786	27	5.6	27	92	3	232	31	28	13	26	1.94
236635--236786	55	2.8	55	93	0	250	31	28	13	26	1.94
242659--242699	22	1.9	22	90	5	66	24	31	34	9	1.88
243818--244089	47	5.8	45	75	15	234	25	29	17	27	1.98
243816--244086	94	2.9	93	77	12	279	25	28	17	28	1.98
243826--244087	140	1.9	140	88	6	397	25	28	17	28	1.97
250657--250772	47	2.4	47	81	5	126	32	26	13	26	1.94
250699--250833	48	2.8	48	83	3	148	27	28	15	28	1.96
262686--262728	21	2.0	21	95	0	77	18	23	20	37	1.94
265152--265206	28	2.0	28	82	7	67	43	18	9	29	1.80
266121--266145	11	2.3	11	100	0	50	24	0	20	56	1.43
267392--267490	28	3.5	28	83	9	112	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268981--269167	40	4.7	40	85	5	245	22	22	27	26	1.99
272356--272380	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
287808--287974	46	3.6	45	83	6	156	32	18	26	22	1.97
297400--297500	48	2.1	48	85	3	141	30	24	8	35	1.86
301213--301323	57	1.9	58	88	1	170	29	29	18	22	1.97
301308--301357	25	2.0	24	84	3	64	28	34	12	26	1.92
301605--301714	40	2.8	40	91	1	177	24	31	22	20	1.98
304996--305048	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
306812--306845	13	2.6	13	90	0	50	23	32	26	17	1.97
317077--317138	30	2.1	30	96	0	115	37	6	20	35	1.79

Tables:   1   2   3