genome.fa.s99.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold3723_ERROPOS41587+
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  657619

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817--896	40	2.0	40	100	0	160	42	12	17	27	1.85
1328--1366	20	2.1	18	85	9	51	61	0	0	38	0.96
1364--1414	17	2.8	19	75	24	56	74	0	11	13	1.07
5272--5329	25	2.2	25	80	14	64	60	1	3	34	1.24
7051--7200	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
7075--7258	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
9436--9469	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
9715--9771	30	1.9	30	85	0	78	45	10	8	35	1.70
18966--19045	34	2.4	34	80	4	90	23	20	26	30	1.98
24830--24895	32	2.1	32	97	0	123	25	28	19	25	1.99
28632--28731	49	2.0	49	98	0	191	41	12	11	36	1.78
34209--34300	42	2.2	43	82	5	107	29	17	23	29	1.97
42287--42346	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
47014--47146	55	2.5	54	81	6	144	28	26	27	18	1.98
53121--53157	18	2.1	18	94	0	65	40	13	5	40	1.67
59235--59350	46	2.5	46	86	5	171	27	20	27	24	1.99
59367--59543	47	3.7	47	80	9	169	28	19	27	24	1.99
77093--77144	26	2.0	26	96	0	95	23	30	17	28	1.97
82415--82528	40	2.9	40	82	8	135	21	30	24	23	1.99
83717--83799	40	2.1	40	100	0	166	37	31	7	24	1.82
86786--86833	15	3.2	15	74	11	53	60	12	14	12	1.59
89754--89847	46	2.1	46	86	4	129	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92636--92859	39	5.9	39	82	7	264	29	4	22	43	1.72
92636--92859	78	2.9	78	88	5	318	29	4	22	43	1.72
97168--97316	41	3.6	41	84	3	165	31	14	24	29	1.95
111942--112049	38	2.8	38	82	0	135	20	21	27	30	1.98
113080--113168	44	2.0	44	97	0	169	28	12	22	37	1.90
119583--119693	46	2.4	46	89	0	168	32	18	22	26	1.97
119527--119693	23	7.3	23	70	12	112	33	18	22	25	1.97
123017--123375	47	7.6	47	91	2	531	32	8	29	29	1.87
125636--126097	40	11.6	40	89	0	683	26	21	26	25	1.99
126002--126193	96	2.0	96	92	0	321	27	22	24	25	2.00
126098--126279	40	4.6	40	85	1	240	25	21	26	26	1.99
125922--126261	176	1.9	176	92	0	563	26	21	25	26	2.00
125975--126233	136	1.9	136	87	1	385	27	21	24	26	1.99
126456--126505	25	2.0	24	88	3	73	28	8	34	30	1.86
127082--127112	14	2.1	15	94	5	55	29	0	16	54	1.42
129875--130231	47	7.6	47	88	4	495	32	8	29	29	1.87
129875--130231	143	2.5	142	88	4	501	32	8	29	29	1.87
145194--145379	40	4.7	40	84	7	227	25	27	22	24	2.00
145194--145379	79	2.3	82	83	8	231	25	27	22	24	2.00
153417--153508	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
153398--153561	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
157625--157668	20	2.2	20	91	0	70	34	20	29	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160207--160318	3	37.3	3	70	13	61	31	8	3	57	1.45
170095--170235	29	4.9	28	80	5	111	24	14	22	38	1.92
170174--170249	29	2.7	28	84	8	91	23	11	25	39	1.89
175463--175607	71	2.1	70	89	1	218	50	13	11	25	1.74
176616--176662	6	7.8	6	95	0	76	80	19	0	0	0.70
183624--183675	26	2.0	26	82	14	63	36	19	5	38	1.76
183833--183893	25	2.4	26	81	8	72	34	22	19	22	1.97
183850--183928	25	3.2	25	85	3	97	30	20	21	27	1.98
183863--183944	25	3.3	24	77	6	76	29	19	21	29	1.98
188210--188254	19	2.4	19	88	7	65	48	13	17	20	1.80
188239--188339	45	2.2	45	84	10	136	41	17	18	21	1.90
189277--189309	16	2.0	17	94	5	59	0	27	0	72	0.85
189839--189917	35	2.3	35	85	8	101	49	5	0	45	1.24
191517--191756	50	4.7	50	79	3	221	26	21	28	23	1.99
198775--198924	47	3.1	47	89	2	246	33	8	28	30	1.86
198775--199532	94	7.8	94	86	8	944	32	8	29	29	1.86
198775--199532	143	5.2	143	86	8	1003	32	8	29	29	1.86
198910--198948	19	2.1	19	100	0	78	30	0	35	33	1.58
198861--198997	68	2.0	68	100	0	274	32	5	30	31	1.81
198814--199044	115	2.0	114	94	3	410	32	6	30	30	1.84
198929--199532	47	12.7	47	94	2	1021	32	8	29	29	1.86
198929--199532	190	3.2	189	94	2	1043	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198929--199532	237	2.5	237	96	1	1093	32	8	29	29	1.86
201663--201737	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
201791--202256	40	11.6	40	87	3	659	25	21	26	26	1.99
201795--202256	80	5.7	80	91	3	730	25	21	26	26	1.99
202241--202272	16	2.0	16	93	0	55	21	31	28	18	1.97
202161--202352	96	2.0	96	96	0	357	25	22	26	25	2.00
202257--202437	40	4.6	40	88	0	265	25	21	27	25	1.99
202133--202392	136	1.9	136	89	0	403	25	21	25	26	2.00
202082--202424	176	2.0	175	94	0	605	25	21	26	26	2.00
206031--206389	47	7.6	47	88	3	513	32	8	29	29	1.87
212970--213030	30	2.1	29	93	3	104	36	21	16	26	1.94
217400--217527	46	2.8	46	90	0	193	20	21	27	31	1.98
217633--217676	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
221295--221492	23	8.7	22	68	19	111	34	20	19	25	1.96
221324--221501	46	3.9	46	85	0	241	33	20	20	25	1.97
221316--221501	23	8.1	23	70	2	133	33	20	20	24	1.97
223695--223875	46	3.9	46	77	9	163	20	29	21	28	1.98
223664--223872	94	2.3	90	81	12	221	22	29	20	28	1.98
226193--226268	25	3.1	25	84	5	84	34	19	21	25	1.96
226215--226300	25	3.4	25	80	3	102	30	20	22	26	1.98
226725--226766	20	2.0	21	86	4	59	16	40	21	21	1.91
234014--234077	31	2.1	31	87	0	92	26	23	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234299--234394	25	3.8	25	84	2	113	32	20	21	25	1.98
234286--234383	25	3.9	25	85	5	119	31	20	22	25	1.98
234292--234394	51	2.1	48	87	5	143	32	19	20	28	1.97
234441--234478	11	3.6	11	79	13	53	36	18	7	36	1.80
234441--234487	20	2.3	20	89	7	69	36	19	8	36	1.82
248820--249008	40	4.7	40	73	6	139	26	15	25	32	1.95
251486--251659	49	3.5	49	84	4	242	27	16	27	29	1.97
251478--251659	99	1.8	99	92	0	310	26	16	28	28	1.97
255447--255542	34	2.9	33	77	10	97	28	23	21	26	1.99
265920--266201	49	5.7	49	87	3	343	26	19	26	27	1.99
265926--266214	151	1.9	150	88	2	420	26	19	25	27	1.99
284523--284609	27	3.2	27	83	0	75	31	14	13	40	1.86
284591--285005	53	7.8	53	82	6	378	31	8	19	40	1.81
284591--285005	27	15.6	27	80	8	404	31	8	19	40	1.81
284600--285005	106	3.8	107	83	5	448	31	8	19	40	1.81
284591--285005	133	3.1	135	83	3	511	31	8	19	40	1.81
288603--288902	47	6.4	47	90	0	465	33	8	30	28	1.86
291880--292050	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
291872--292047	46	3.8	46	78	10	187	29	28	19	21	1.98
293470--293536	27	2.5	27	82	4	82	32	16	20	29	1.95
295844--296010	40	4.2	40	88	5	234	24	26	23	25	2.00
295844--296010	79	2.1	80	86	6	234	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299902--300062	43	3.7	42	74	14	148	28	26	19	24	1.99
308338--308411	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
314808--314853	17	2.7	17	100	0	92	23	32	30	13	1.93
335813--335892	41	2.0	41	100	0	160	26	15	22	36	1.93
336745--336774	7	4.4	7	95	4	53	76	0	0	23	0.78
336745--336778	14	2.4	14	85	5	50	76	0	0	23	0.79
353462--353521	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
366624--366674	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
368060--368264	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
379962--380014	27	1.9	28	88	3	81	15	22	33	28	1.94

Tables:   1   2