genome.fa.s211.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1650.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  394711

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 165 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010--2072	10	6.4	10	71	21	53	66	1	0	31	1.01
2012--2072	17	3.2	20	69	26	51	67	1	0	31	1.01
2012--2091	38	2.1	38	86	9	110	63	2	0	33	1.08
18048--18078	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
20168--20238	34	2.2	30	83	14	81	42	9	8	39	1.69
24296--24333	17	2.2	18	90	4	60	18	10	5	65	1.41
30339--30380	20	2.1	20	86	0	57	40	4	7	47	1.52
30761--30823	31	2.0	32	87	3	92	38	25	3	33	1.72
31092--31125	16	2.1	16	100	0	68	47	0	11	41	1.40
31640--31694	21	2.6	21	79	0	65	27	3	36	32	1.74
48451--48574	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
48451--48685	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
48536--48712	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
56150--56273	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
56150--56384	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
56235--56411	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
59975--60030	29	2.0	28	86	10	78	51	8	0	39	1.33
60478--60542	29	2.3	28	81	7	78	46	1	1	50	1.20
67286--67310	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
76976--77000	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
77686--77792	53	2.0	53	94	0	187	24	15	14	44	1.85
86113--86175	30	2.1	30	87	0	90	26	1	11	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86298--86330	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
92010--92866	428	2.0	428	99	0	1705	35	22	18	23	1.96
94413--94447	19	1.9	17	88	11	52	20	8	11	60	1.57
94413--94453	18	2.2	19	83	12	50	21	9	9	58	1.59
97006--97054	20	2.7	18	77	22	57	42	2	4	51	1.32
96965--97099	72	1.9	72	85	5	188	42	2	5	49	1.40
105635--106093	229	2.0	229	100	0	918	33	14	19	32	1.92
108462--108597	67	2.0	67	98	0	263	28	24	19	27	1.98
126207--126250	22	2.0	21	82	4	52	13	20	4	61	1.50
127074--127122	21	2.3	21	86	6	64	18	0	42	38	1.50
132982--133036	23	2.4	23	81	6	58	61	0	10	27	1.29
133290--133338	26	1.9	25	91	4	80	42	10	12	34	1.76
136351--136754	157	2.7	151	85	5	537	42	5	9	43	1.59
136706--136767	31	2.0	31	81	3	72	37	4	8	50	1.54
137281--137327	25	1.9	24	86	4	67	31	4	6	57	1.43
145493--145559	30	2.3	30	84	7	84	37	4	0	58	1.19
149365--149493	22	5.6	22	72	9	98	44	25	18	11	1.84
149387--149493	46	2.3	47	85	3	144	45	26	17	10	1.80
153789--153842	18	2.8	19	83	5	65	46	9	3	40	1.54
158985--159038	24	2.2	24	86	0	72	55	5	3	35	1.41
159839--159876	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
160259--160307	26	1.9	25	83	4	62	32	6	6	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160813--160865	18	3.1	16	76	12	52	52	1	1	43	1.23
160924--160997	23	3.3	23	77	9	71	31	1	4	63	1.21
162772--162822	4	12.8	4	87	0	75	52	19	0	27	1.46
172447--172526	20	4.1	20	72	27	73	55	2	0	42	1.13
172446--172551	9	11.3	9	67	16	56	52	2	0	43	1.22
174836--174946	29	3.9	29	77	7	118	34	18	5	41	1.74
175197--175228	16	2.0	16	93	0	55	59	0	37	3	1.13
175313--175394	3	28.7	3	75	11	66	74	1	24	0	0.89
175312--175391	16	5.1	16	81	14	87	75	1	23	0	0.88
175355--175391	8	4.8	8	90	3	58	81	0	18	0	0.70
175495--175537	11	3.6	12	84	9	52	79	9	6	4	1.06
175496--175539	13	3.5	13	81	12	56	81	6	6	4	0.97
175608--175662	26	2.2	25	83	3	65	29	47	23	0	1.52
175665--175721	5	11.2	5	82	12	55	82	0	17	0	0.67
175667--175706	6	6.7	6	86	8	55	85	0	15	0	0.61
175665--175718	11	5.1	11	82	14	60	81	0	18	0	0.69
175667--175719	12	4.3	12	81	11	63	83	0	16	0	0.66
175667--175721	25	2.2	24	81	12	67	83	0	16	0	0.64
176082--176121	20	2.1	19	90	4	62	32	15	10	42	1.79
176263--176534	18	15.3	18	69	15	165	31	13	10	44	1.77
176240--176319	35	2.3	35	79	10	83	40	10	8	41	1.70
176264--176533	71	3.8	70	74	13	232	30	13	10	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176265--176482	35	6.2	35	75	10	151	30	13	10	45	1.77
176312--176533	35	6.3	35	77	8	171	28	13	11	45	1.78
176277--176532	53	4.8	53	77	10	238	29	14	10	45	1.78
176352--176564	53	4.0	52	75	11	189	28	13	11	46	1.78
179841--179866	9	2.9	9	100	0	52	23	0	11	65	1.25
180842--180995	42	3.6	42	87	0	191	16	37	22	22	1.94
190436--190584	59	2.5	59	88	2	226	38	1	23	36	1.64
190436--190584	30	5.0	30	86	3	212	38	1	23	36	1.64
190772--192083	79	17.0	79	88	5	1748	35	21	17	26	1.95
193247--193360	41	2.8	41	83	1	147	24	28	20	26	1.99
193829--193872	21	2.1	21	86	0	61	34	20	6	38	1.79
195840--195896	18	3.3	17	80	9	62	0	8	7	84	0.79
202437--202527	17	5.3	17	74	16	71	47	10	9	31	1.72
202580--202692	34	3.3	35	79	7	97	49	11	11	27	1.73
202756--203075	35	9.1	35	76	10	278	45	10	13	31	1.77
202601--203076	18	27.2	18	69	11	276	45	10	13	30	1.77
203304--203369	18	3.5	18	78	15	62	45	9	15	30	1.77
203681--203740	11	5.1	12	76	15	63	0	20	1	78	0.84
203682--203740	25	2.4	25	91	2	93	0	20	1	77	0.85
203680--203727	13	3.7	14	73	18	50	0	18	0	81	0.70
203666--203740	25	3.0	25	86	3	89	2	17	1	78	0.93
203680--203740	23	2.6	23	87	10	88	0	19	1	78	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203999--204023	7	3.6	7	100	0	50	0	16	0	84	0.63
204516--204662	30	4.9	29	84	5	186	38	0	24	36	1.56
204516--204662	59	2.4	59	87	5	197	38	0	24	36	1.56
207504--207573	36	2.0	35	97	0	122	28	0	47	22	1.51
207937--207967	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
217937--218908	82	11.9	82	98	0	1833	28	20	14	36	1.92
218800--218870	36	2.0	36	91	0	115	26	19	14	39	1.90
222822--223770	67	14.2	67	97	1	1814	31	22	13	33	1.92
227651--227774	42	3.0	42	84	2	151	16	36	25	21	1.94
227713--227906	105	1.9	105	83	3	248	24	30	21	23	1.99
231035--231089	6	9.0	6	93	2	65	41	0	7	50	1.30
231035--231089	18	3.0	18	86	2	74	41	0	7	50	1.30
235291--235328	13	2.8	14	84	8	60	0	26	0	73	0.83
235866--235902	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
236949--237019	35	2.0	37	86	5	101	39	2	29	28	1.71
237103--237150	24	2.1	24	84	7	64	29	2	16	52	1.56
238475--238786	110	2.8	111	87	1	416	35	18	14	31	1.92
238943--238985	17	2.4	18	76	7	52	69	4	6	18	1.29
239275--239348	3	24.7	3	72	15	55	66	2	5	25	1.27
239278--239324	22	2.2	21	81	11	51	65	4	4	25	1.29
240319--240365	20	2.3	21	78	10	53	10	4	23	61	1.46
240882--241777	44	20.6	43	69	12	318	26	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240794--242879	129	15.9	128	70	13	750	27	22	19	30	1.98
240809--241169	85	4.2	87	72	10	240	27	19	21	32	1.97
241140--241553	218	1.9	217	93	0	720	26	23	18	31	1.97
241314--241745	174	2.5	174	95	0	774	27	24	18	30	1.98
241056--241602	218	2.5	216	84	5	579	27	23	19	30	1.98
241706--243841	44	48.5	45	70	14	768	27	22	20	30	1.98
242199--243719	87	17.4	85	69	15	524	27	21	20	30	1.98
242199--242574	172	2.2	172	97	0	698	27	21	21	29	1.99
241693--243802	436	4.8	436	77	10	1669	27	22	20	30	1.98
242318--243155	264	3.2	260	87	3	1094	26	22	20	30	1.98

Tables:   1   2