genome.fa.s1165.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3161772

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703788--703827	20	2.0	20	85	9	55	65	10	5	20	1.42
711104--711168	17	3.5	17	70	25	60	44	1	3	50	1.26
711144--711260	62	1.9	59	86	5	162	41	4	2	51	1.35
711432--711481	23	2.2	23	88	0	73	38	12	14	36	1.83
712184--712255	34	2.0	38	84	13	98	43	0	6	50	1.29
711620--712919	650	2.0	650	99	0	2584	32	11	15	40	1.83
712834--712905	34	2.0	38	84	13	98	43	0	6	50	1.29
717601--717651	24	2.1	24	100	0	102	31	3	27	37	1.75
718397--718463	26	2.6	26	85	0	80	29	25	23	20	1.99
720432--720463	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
720845--720891	24	2.0	24	100	0	94	21	17	25	36	1.94
722090--722193	37	3.0	37	68	22	89	39	4	3	51	1.41
738002--738047	18	2.5	18	76	16	58	65	0	0	34	0.93
738972--739010	21	2.0	21	85	10	55	28	0	7	64	1.21
738978--739069	25	3.7	25	73	12	73	29	2	4	64	1.25
738978--739060	26	3.2	24	77	11	67	27	2	3	66	1.21
740499--740529	6	5.2	6	96	0	53	35	0	0	64	0.94
742736--742797	30	2.0	31	90	6	99	43	20	6	29	1.77
750183--750324	72	2.0	72	97	0	266	29	17	23	29	1.97
762056--762226	85	2.0	86	98	1	335	43	4	4	47	1.45
766022--766102	3	26.3	3	75	18	69	33	3	2	60	1.27
766389--766424	16	2.2	16	90	0	54	33	11	5	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767725--767751	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
769702--769749	24	2.0	24	100	0	96	29	8	20	41	1.81
772254--772295	14	2.9	15	82	10	52	30	0	0	69	0.89
774972--775010	20	1.9	20	84	5	51	43	2	0	53	1.14
775173--775237	27	2.4	27	81	0	94	26	33	32	7	1.85
775313--775374	3	21.3	3	80	12	76	66	0	33	0	0.92
775413--775451	21	1.9	20	84	5	51	64	2	30	2	1.21
775646--775766	36	3.3	36	68	15	93	33	4	11	50	1.58
778350--778416	35	1.9	34	82	8	82	67	4	23	4	1.28
779118--779252	25	5.6	25	84	8	133	16	22	20	41	1.90
779118--779252	50	2.8	49	80	11	147	16	22	20	41	1.90
779134--779246	22	4.9	22	82	5	109	15	23	21	40	1.90
786383--786886	157	3.2	156	90	3	780	28	7	8	54	1.58
786882--786914	17	1.9	17	88	11	50	9	12	6	72	1.26
787050--787195	30	5.4	30	74	20	126	64	7	4	23	1.39
787073--787139	23	3.0	22	79	14	66	67	5	1	25	1.22
787046--787165	38	3.2	37	75	19	131	65	6	4	24	1.35
787399--787483	13	6.3	14	72	10	61	0	35	1	63	1.02
788486--788570	3	29.3	3	71	11	52	0	37	2	60	1.10
788532--788571	11	3.6	11	83	10	55	0	30	0	70	0.88
800414--800475	31	2.0	32	87	3	90	38	20	11	29	1.88
804955--805130	87	2.0	87	100	0	352	39	17	17	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806718--806758	20	2.0	21	86	13	59	31	4	0	63	1.15
814205--814229	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
816376--816432	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
816693--816760	23	3.0	23	89	4	102	38	20	22	19	1.94
821765--821809	7	6.6	7	82	5	56	84	6	8	0	0.78
822089--822181	39	2.4	38	81	13	111	15	12	1	70	1.21
824949--825006	14	4.5	13	79	12	57	72	0	3	24	1.00
824962--825006	6	7.2	6	80	9	54	73	0	2	24	0.95
824949--825006	26	2.2	26	84	0	71	72	0	3	24	1.00
829185--829346	71	2.3	71	88	2	227	29	24	18	28	1.98
829305--829356	27	2.0	26	88	3	77	25	25	21	28	1.99
829931--829990	24	2.5	24	97	2	113	25	21	6	46	1.75
829988--830997	501	2.0	502	99	0	2004	37	12	13	36	1.83
840086--840205	44	2.7	44	96	0	222	32	5	19	43	1.72
843098--843249	68	2.2	68	84	0	205	20	23	21	34	1.96
845881--845967	38	2.3	38	87	0	120	19	24	27	28	1.98
845902--846024	38	3.2	38	82	2	140	21	20	27	30	1.98
855533--855575	21	2.0	22	90	9	70	48	0	0	51	1.00
855554--855774	109	2.0	110	96	3	410	45	10	12	31	1.76
856685--856775	45	2.0	45	97	0	173	35	25	8	30	1.86
869587--869936	50	7.0	49	85	3	450	21	30	21	27	1.98
869960--870046	44	2.0	44	93	4	149	27	18	10	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872582--872620	19	2.1	19	85	4	53	43	15	2	38	1.60
873164--873189	6	4.3	6	100	0	52	19	15	0	65	1.27
873262--873316	22	2.5	22	85	5	76	45	18	23	12	1.83
873262--873327	22	3.0	21	72	12	53	42	18	22	16	1.89
874467--874523	30	1.9	29	85	3	78	29	3	0	66	1.08
874465--874530	29	2.2	30	78	2	80	31	3	0	65	1.08
874546--874576	15	2.1	15	93	0	53	3	32	54	9	1.49
874450--874821	196	1.9	188	82	12	448	25	12	15	46	1.81
875004--875039	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
875315--875377	25	2.5	25	89	0	90	34	17	30	17	1.93
876372--876418	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
882837--882873	15	2.5	15	95	0	65	40	21	10	27	1.86
889766--889793	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
890808--890832	11	2.3	11	100	0	50	52	28	12	8	1.66
891029--891091	31	2.0	31	100	0	126	19	41	9	30	1.83
891728--891769	21	2.0	21	95	4	77	38	7	16	38	1.76
903137--903173	13	2.8	13	91	4	56	70	18	0	10	1.16
906213--906254	21	2.0	21	90	9	68	23	9	4	61	1.45
911708--911745	6	6.2	6	90	3	58	0	60	0	39	0.97
911710--911745	18	2.0	18	100	0	72	0	61	0	38	0.96
913492--913572	39	2.1	39	97	0	153	23	18	7	50	1.72
914789--914841	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915677--915732	29	1.9	29	85	7	78	32	10	12	44	1.77
915938--915979	21	2.0	21	86	4	59	9	30	2	57	1.44
925919--925950	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
930892--930942	20	2.7	20	82	8	54	60	0	1	37	1.08
936732--936759	7	4.0	7	100	0	56	0	0	28	71	0.86
936884--936920	15	2.5	15	91	8	58	72	0	0	27	0.84
936953--936987	15	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
950072--950120	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
952688--952985	33	8.4	33	68	20	149	32	27	19	20	1.97
952713--952962	33	6.6	41	69	21	172	32	26	18	21	1.97
952676--952962	75	3.8	75	89	0	439	32	26	19	21	1.97
959915--960117	33	5.6	33	71	21	156	34	26	18	19	1.95
959835--960121	75	3.8	75	89	0	430	33	27	18	21	1.96
965312--965415	43	2.4	43	82	1	120	27	21	25	25	1.99
965312--965430	42	2.8	42	75	3	105	27	21	25	26	1.99
967657--967840	68	2.7	68	85	5	232	37	19	21	21	1.94
967650--967856	68	3.1	66	79	10	231	37	19	21	21	1.95
977712--978163	217	2.1	217	84	3	606	26	23	19	30	1.98
977761--978138	44	8.8	44	71	12	212	27	21	20	29	1.98
978284--978616	44	7.6	44	71	8	241	27	21	21	30	1.98
978278--978658	43	8.8	43	68	8	209	26	22	21	29	1.99
978277--978663	87	4.4	87	89	0	585	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993115--993145	11	2.8	11	100	0	62	25	38	19	16	1.92
997987--998095	54	2.0	54	84	8	143	37	6	10	45	1.63
1001347--1001495	68	2.2	68	82	2	183	36	16	21	25	1.93
1001563--1001621	27	2.2	27	87	0	82	35	18	27	18	1.94
1002398--1002566	67	2.5	67	79	5	180	33	18	26	22	1.97
1004344--1004504	71	2.3	70	82	4	207	42	14	10	31	1.80
1004487--1004566	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
1004967--1005154	41	4.6	41	89	2	297	32	22	19	25	1.98
1014240--1014285	20	2.3	20	84	0	65	65	2	23	8	1.32
1017495--1017772	40	7.2	40	65	12	152	29	21	24	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9