genome.fa.s1165.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3161772

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490021--2490070	21	2.6	19	84	9	57	30	0	6	64	1.18
2492118--2492142	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
2496322--2496370	23	2.1	23	92	0	80	32	14	10	42	1.79
2496877--2497082	87	2.4	87	75	15	203	28	24	21	25	1.99
2496877--2497148	43	6.3	42	74	10	181	29	24	22	24	1.99
2496877--2497362	43	11.3	43	75	11	169	29	23	22	24	1.99
2497031--2497298	86	3.1	85	79	7	272	28	22	23	25	1.99
2497175--2497362	86	2.2	87	81	4	211	30	22	22	23	1.99
2497090--2497346	129	2.0	129	81	6	297	28	22	23	25	1.99
2497711--2497750	21	1.9	21	84	0	53	5	37	20	37	1.74
2497711--2497903	87	2.2	87	87	3	273	11	30	18	39	1.86
2497792--2497837	21	2.2	21	84	0	56	2	36	19	41	1.64
2503198--2503265	23	3.0	23	70	20	70	35	7	13	44	1.71
2507292--2507318	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2507605--2507631	11	2.5	11	100	0	54	55	0	18	25	1.43
2509352--2509418	14	4.9	14	78	14	59	41	31	0	26	1.56
2509912--2510025	41	2.8	41	79	2	122	35	23	21	19	1.95
2509953--2510108	83	1.9	82	81	5	188	39	23	18	19	1.93
2510033--2510110	41	1.9	41	86	5	113	41	21	20	16	1.91
2511034--2511059	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2523821--2523910	44	2.0	44	100	0	180	37	13	15	33	1.86
2527507--2527537	15	2.1	15	93	0	53	22	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568804--2568961	48	3.3	48	88	0	226	37	19	6	36	1.77
2576229--2576256	9	3.1	9	100	0	56	32	10	35	21	1.88
2578819--2578993	76	2.3	78	80	13	195	27	31	0	40	1.61
2579832--2579889	28	2.1	28	100	0	116	25	10	8	55	1.62
2581506--2581787	90	3.1	86	81	12	302	36	18	10	33	1.86
2581904--2581962	21	2.9	21	87	2	75	59	1	0	38	1.08
2582180--2582223	21	2.1	21	84	12	56	27	9	0	63	1.24
2587514--2587538	11	2.3	11	100	0	50	56	0	36	8	1.29
2589076--2589361	75	3.8	75	91	0	457	32	26	18	23	1.97
2597470--2597502	6	5.7	6	92	7	59	15	0	0	84	0.61
2597470--2597501	11	2.8	11	95	4	55	15	0	0	84	0.63
2597470--2597502	17	1.9	17	100	0	66	15	0	0	84	0.61
2597870--2597941	28	2.6	28	95	2	128	41	6	0	51	1.29
2599698--2599741	17	2.5	17	85	7	52	54	13	0	31	1.39
2601204--2601228	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2609350--2609408	31	1.9	31	86	3	84	66	6	10	16	1.43
2610263--2610296	7	4.7	7	96	3	59	73	0	14	11	1.10
2611663--2612033	44	8.5	44	72	12	223	32	17	19	29	1.95
2611663--2612062	219	1.8	219	91	1	658	33	17	19	29	1.95
2612075--2613049	50	19.5	50	67	6	461	31	23	21	23	1.98
2612056--2613133	100	10.8	100	86	2	1065	31	24	20	23	1.98
2612913--2613068	50	3.1	50	66	15	133	30	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613639--2613681	22	2.0	22	85	0	59	62	16	20	0	1.32
2620531--2620681	30	5.1	30	75	0	151	33	11	25	29	1.91
2620532--2620681	60	2.5	60	83	1	203	34	12	25	28	1.91
2625109--2625264	38	4.1	38	100	0	312	32	33	5	28	1.79
2626540--2626578	21	1.9	21	84	5	53	7	17	0	74	1.05
2632448--2632531	43	2.0	42	85	2	114	26	21	2	50	1.61
2633725--2633976	125	2.0	126	98	0	488	40	9	6	42	1.64
2641098--2641255	41	3.9	41	78	1	138	32	24	23	20	1.98
2641188--2641219	16	2.0	16	93	0	55	28	25	28	18	1.98
2641394--2641436	14	2.9	15	76	16	54	53	11	2	32	1.50
2646563--2646728	9	18.9	9	79	13	168	36	1	15	46	1.54
2646561--2646728	26	6.4	26	79	10	173	36	1	15	47	1.54
2646563--2646728	17	9.4	18	77	12	168	36	1	15	46	1.54
2647067--2647131	28	2.3	29	87	10	84	49	9	3	38	1.51
2648632--2648679	24	2.0	24	100	0	96	66	8	4	20	1.35
2648714--2648738	13	1.9	13	100	0	50	32	20	32	16	1.94
2649261--2649488	7	32.3	7	69	6	93	43	34	3	18	1.66
2649263--2649350	22	4.0	22	76	5	63	40	37	5	15	1.72
2649301--2649359	22	2.7	22	86	0	73	33	40	6	18	1.77
2649280--2649391	29	3.9	27	76	10	75	40	36	4	18	1.71
2649437--2649488	20	2.5	22	78	12	56	46	30	0	23	1.53
2650040--2650130	40	2.3	39	81	5	101	25	25	21	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649948--2650260	148	2.1	148	83	4	374	27	22	18	31	1.97
2650347--2650430	40	2.1	40	86	4	116	30	21	19	28	1.97
2652489--2652663	40	4.4	40	75	7	149	31	23	13	32	1.93
2664532--2664626	47	2.0	47	93	0	163	27	24	7	41	1.81
2665890--2666071	44	4.1	44	85	4	215	25	18	23	31	1.97
2665910--2666071	44	3.7	44	87	2	218	24	18	24	32	1.97
2668630--2668862	43	5.5	43	77	8	212	21	17	24	36	1.95
2668630--2668856	42	5.4	42	77	6	226	21	16	25	36	1.94
2668630--2668862	85	2.7	85	90	2	344	21	17	24	36	1.95
2694410--2694606	43	4.7	40	74	10	169	35	24	17	22	1.95
2694375--2694606	85	2.7	85	86	0	302	35	24	16	23	1.95
2694584--2694634	26	2.0	26	100	0	102	27	33	23	15	1.95
2697143--2697181	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
2698372--2698434	27	2.3	27	83	0	72	28	23	11	36	1.89
2698399--2698611	27	7.8	27	85	4	250	25	21	11	41	1.86
2704186--2704220	18	1.9	18	100	0	70	0	34	40	25	1.56
2704821--2704867	20	2.4	19	82	10	58	31	2	6	59	1.34
2706158--2706191	16	2.1	16	100	0	68	38	5	17	38	1.74
2709471--2709517	6	7.8	6	90	0	58	6	17	59	17	1.57
2710204--2711259	528	2.0	528	100	0	2112	38	15	16	29	1.89
2712118--2712165	20	2.5	19	80	10	53	50	0	6	43	1.27
2712913--2712952	22	1.9	21	85	10	55	27	2	22	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714899--2714977	25	3.2	24	77	12	88	20	24	22	32	1.97
2714899--2715015	25	4.8	24	73	15	78	23	24	21	29	1.99
2714899--2715009	50	2.2	51	85	4	147	23	24	22	29	1.99
2718177--2718222	23	2.0	23	100	0	92	30	13	17	39	1.87
2765294--2765362	26	2.7	26	88	0	102	21	21	27	28	1.99
2769610--2769641	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
2769858--2770054	51	3.9	51	79	7	231	29	28	18	23	1.97
2769866--2770050	101	1.8	102	88	3	284	30	27	18	23	1.97
2769858--2770050	102	1.9	102	87	3	273	30	27	18	23	1.98
2772834--2772915	42	2.0	42	82	4	103	29	25	14	30	1.95
2775123--2775694	287	2.0	287	91	0	939	31	19	10	38	1.86
2775977--2776008	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
2776226--2776422	51	3.9	51	77	7	213	30	27	18	23	1.98
2776234--2776418	101	1.8	102	87	3	275	31	26	18	23	1.97
2784281--2784346	25	2.6	25	80	0	69	22	21	24	31	1.98
2784320--2784398	41	1.9	41	87	5	115	20	22	22	34	1.97
2784337--2784425	41	2.2	41	83	0	106	23	17	19	39	1.92
2792477--2792508	16	2.0	16	93	0	55	18	28	25	28	1.98
2792441--2792596	41	3.8	41	85	2	172	19	21	26	32	1.97
2793510--2793534	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2795177--2795228	10	5.1	10	82	11	61	28	0	11	59	1.32
2798530--2798576	23	2.0	23	88	8	69	55	12	6	25	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803218--2803253	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
2804304--2804354	25	2.0	25	85	7	68	43	11	9	35	1.75
2804565--2804685	26	4.7	26	89	0	179	28	24	24	21	1.99
2811843--2811947	44	2.4	45	81	1	140	42	13	18	25	1.86
2812147--2812253	40	2.7	40	81	7	112	38	20	8	32	1.83
2812938--2812962	11	2.3	11	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2814794--2814844	19	2.6	19	78	3	57	23	0	11	64	1.26
2815377--2815444	19	3.5	20	72	6	68	45	16	7	30	1.74
2818008--2818039	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
2818566--2818622	30	1.9	30	100	0	114	19	10	7	63	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9