genome.fa.s1196.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold301
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013018

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1231--1266	19	2.0	19	89	10	58	33	0	0	66	0.92
2050--2188	71	1.9	72	92	1	235	35	19	17	27	1.94
5159--5195	18	2.1	18	90	10	58	40	2	5	51	1.39
5159--5196	19	2.1	19	90	5	60	39	2	5	52	1.38
7196--7238	21	2.0	21	90	0	68	41	0	18	39	1.51
7943--8004	31	2.0	31	81	6	72	46	0	11	41	1.39
8481--8524	22	1.9	24	86	9	65	52	0	22	25	1.48
14742--14814	25	3.0	25	80	6	69	20	26	20	32	1.97
17230--17359	49	2.7	49	93	0	215	21	26	17	34	1.96
24615--25001	30	12.8	30	85	2	497	43	17	10	29	1.81
26082--26123	20	2.0	21	86	13	61	30	7	16	45	1.74
32763--32798	19	1.9	18	88	5	54	2	11	22	63	1.39
36935--37003	27	2.5	27	73	15	70	39	1	5	53	1.34
40916--40951	2	18.0	2	94	0	63	47	0	52	0	1.00
44241--44941	44	16.2	44	66	17	188	26	22	21	29	1.99
44302--44931	44	14.7	40	69	16	234	26	23	20	29	1.99
44171--44945	217	3.6	216	90	2	1162	26	22	20	29	1.99
65901--65954	8	6.9	8	74	19	51	51	0	1	46	1.11
66765--66873	37	2.8	39	77	9	114	23	16	24	34	1.95
66765--66898	40	3.4	40	76	7	130	25	16	25	32	1.96
89182--89241	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
90085--90113	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94441--94487	21	2.2	21	88	0	67	36	25	14	23	1.93
95492--95543	27	1.9	27	88	0	77	34	28	21	15	1.94
96546--96588	20	2.2	20	87	4	61	20	16	4	58	1.56
99076--99325	134	1.9	134	100	0	500	28	4	20	47	1.68
103389--103460	35	2.0	35	89	8	108	51	1	11	36	1.46
106163--106355	57	3.4	57	83	1	235	30	11	15	41	1.83
106163--106414	113	2.2	114	82	1	292	31	11	15	42	1.82
106163--106450	56	5.1	53	77	11	179	30	12	14	42	1.83
106248--106452	113	1.8	113	81	9	249	31	11	13	43	1.79
107105--107334	113	2.0	113	97	0	433	35	12	14	37	1.84
133439--133472	16	2.1	16	100	0	68	64	5	11	17	1.45
134140--134429	140	2.1	140	99	0	573	47	3	19	30	1.65
134691--134746	26	2.0	29	86	10	82	51	0	1	46	1.11
142406--142448	16	2.6	16	81	7	50	55	2	2	39	1.25
143129--143227	52	2.1	46	85	14	130	50	5	8	36	1.54
150711--150787	40	1.9	40	86	5	111	37	3	2	55	1.32
157282--157641	180	2.0	180	94	0	630	20	24	17	37	1.94
160496--160526	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
162579--162634	29	1.9	29	82	7	69	19	10	16	53	1.71
173141--173224	43	1.9	43	92	2	141	33	25	26	15	1.95
173142--173256	42	2.7	43	84	9	112	34	24	23	17	1.96
182515--182564	21	2.4	20	83	12	57	48	20	6	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195327--195383	30	1.9	30	100	0	114	28	26	31	14	1.94
195540--195569	12	2.5	12	94	0	51	16	30	30	23	1.96
198172--198209	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
203458--203500	11	3.8	11	96	3	77	41	2	0	55	1.12
203023--203973	476	2.0	476	99	0	1877	34	13	20	31	1.91
203934--203974	11	3.7	11	96	0	73	41	2	0	56	1.13
203922--203985	22	3.0	21	74	17	60	35	1	0	62	1.05
205715--205755	11	3.7	11	96	0	73	41	2	0	56	1.13
205703--205766	22	3.0	21	74	17	60	35	1	0	62	1.05
206049--206101	21	2.5	20	76	8	52	35	1	11	50	1.49
206311--206412	25	4.1	25	70	9	91	33	19	20	26	1.97
206267--206426	25	6.4	25	65	11	67	33	21	20	24	1.97
211133--211194	21	3.0	21	68	0	52	14	24	17	43	1.86
211124--211250	41	3.1	41	82	1	137	14	23	17	44	1.85
213281--213322	20	2.2	20	87	12	61	57	4	21	16	1.58
213773--213802	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
213945--214006	32	1.9	32	90	0	97	20	8	30	40	1.82
216536--216701	23	7.1	23	73	6	109	19	1	34	43	1.61
216536--216653	48	2.5	48	84	1	148	21	2	34	41	1.67
220888--220929	3	14.0	3	94	0	66	61	0	4	33	1.17
220935--220982	21	2.2	23	82	14	57	54	0	12	33	1.38
222726--222937	51	4.2	51	75	2	201	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222737--222970	102	2.3	102	90	0	369	26	24	17	32	1.97
222726--222979	51	5.0	51	73	4	190	26	25	16	31	1.97
222963--223005	21	2.0	21	81	0	50	27	27	4	39	1.76
222984--223143	51	3.1	51	84	1	187	27	23	16	33	1.95
222845--223248	174	2.3	174	89	0	583	27	24	15	32	1.95
224558--224754	88	2.2	89	97	0	369	15	19	10	54	1.69
224696--224720	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
224713--224842	46	2.9	44	82	4	154	17	24	16	41	1.89
225743--225785	11	3.9	11	90	0	68	0	20	0	79	0.74
225741--225784	17	2.6	17	85	3	63	0	22	0	77	0.77
225741--225785	6	8.0	6	78	14	51	0	22	0	77	0.76
225748--225805	21	2.7	21	82	15	57	5	18	0	75	0.98
230727--230785	26	2.3	26	91	5	93	42	37	5	15	1.69
230727--230798	26	2.8	25	85	6	74	40	41	4	13	1.64
232119--232173	4	13.8	4	100	0	110	50	23	0	25	1.49
237738--237788	8	6.6	8	84	11	63	72	0	13	13	1.12
237746--237787	13	3.0	13	86	13	57	71	0	14	14	1.15
237747--237796	13	3.5	13	81	13	55	72	0	14	14	1.14
239111--239556	50	9.2	50	67	14	281	36	20	19	23	1.95
239085--239565	100	4.9	99	94	3	690	35	21	19	23	1.96
239361--239522	43	3.6	43	70	11	144	38	19	20	20	1.94
239529--239601	36	2.0	36	97	0	137	45	20	15	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239436--239701	136	2.0	131	89	6	412	37	21	18	21	1.94
239580--240049	50	9.6	49	70	8	287	33	23	20	22	1.97
239565--240082	100	5.3	100	87	5	689	33	23	20	22	1.97
239574--240082	191	2.6	197	85	5	690	33	23	20	22	1.97
239776--240082	50	6.1	50	71	5	217	33	22	20	23	1.97
240594--240618	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
241576--241666	4	22.8	4	95	0	164	50	21	0	27	1.49
243077--243118	3	14.0	3	94	0	66	61	0	4	33	1.17
243124--243171	21	2.2	23	82	14	57	54	0	12	33	1.38
251011--251063	22	2.4	21	77	22	56	39	5	7	47	1.56
251013--251060	20	2.3	21	85	7	62	39	6	8	45	1.59
254428--254478	22	2.3	22	96	0	93	47	5	1	45	1.38
260429--260692	132	2.0	131	93	2	449	32	27	15	24	1.96
264979--265109	40	3.3	39	75	7	131	25	16	23	33	1.96
264977--265082	37	2.7	38	79	5	115	26	16	25	31	1.97
265239--265282	14	3.3	14	76	23	58	52	0	20	27	1.47
265228--265282	26	2.2	25	93	3	92	50	0	23	25	1.49
265237--265280	13	3.4	13	77	22	56	50	0	22	27	1.50
267610--267765	39	3.9	40	75	11	115	42	18	9	28	1.82
267691--267752	19	3.2	19	81	4	88	40	22	9	27	1.85
267610--267763	20	7.8	19	74	7	103	42	18	9	29	1.82
268903--268947	20	2.3	20	84	3	65	44	0	6	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271474--271499	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
275314--275348	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
275585--275634	16	3.2	16	83	8	59	40	38	0	22	1.54
276222--276278	21	2.7	21	80	0	60	36	24	7	31	1.82
277250--277380	41	3.1	41	64	23	110	38	2	5	53	1.36
277254--277383	39	3.2	39	63	26	97	37	2	5	54	1.36
277228--277399	84	2.0	85	98	1	337	38	2	4	54	1.34
283193--283220	14	2.0	14	100	0	56	42	28	0	28	1.56
287244--287295	24	2.2	24	89	0	77	50	5	3	40	1.45
291643--291694	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50

Tables:   1   2   3   4