genome.fa.s1293.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold233
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  993233

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 269 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
457604--457968	79	4.7	79	88	4	499	46	20	4	28	1.71
460804--460896	23	4.0	23	76	8	91	16	15	23	45	1.85
462762--462854	48	1.9	48	84	4	125	44	26	12	16	1.84
462806--462850	21	2.1	21	83	4	54	42	24	11	22	1.86
463923--463961	17	2.3	17	95	0	69	12	20	46	20	1.83
466273--466298	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
467869--467909	15	2.9	14	82	17	57	58	2	14	24	1.49
467869--467909	13	2.9	13	86	13	55	58	2	14	24	1.49
475405--475494	25	3.6	25	79	7	85	28	18	25	26	1.98
480363--480466	50	2.1	50	88	0	154	41	25	13	20	1.88
482054--482107	15	3.5	16	83	14	69	16	48	0	35	1.47
492552--492581	15	2.0	15	100	0	60	53	0	13	33	1.40
492983--493030	15	3.1	16	80	16	57	18	47	0	33	1.49
506314--506343	9	3.3	9	100	0	60	10	30	0	60	1.30
508108--508137	13	2.3	13	94	0	51	73	0	3	23	0.98
513665--513697	14	2.4	14	90	5	50	3	12	6	78	1.04
516696--516830	51	2.7	50	82	3	175	38	14	13	33	1.85
531733--531761	8	3.8	8	95	4	51	55	0	20	24	1.44
535229--535299	34	2.1	35	81	7	83	9	23	0	66	1.22
535262--535313	20	2.6	19	77	16	61	11	23	1	63	1.37
535966--536016	25	2.0	25	100	0	102	43	23	17	15	1.88
537447--537572	50	2.5	50	81	1	153	35	15	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
538248--538323	38	2.0	38	94	0	134	52	13	18	15	1.74
539829--539873	20	2.2	21	80	11	58	33	26	31	8	1.87
558937--559146	29	7.2	29	81	5	199	36	12	27	23	1.91
566317--566364	21	2.3	21	85	3	62	29	27	14	29	1.95
569914--569949	18	2.0	18	88	0	54	16	27	0	55	1.42
572417--572474	17	3.2	17	68	13	53	31	3	13	51	1.58
572414--572486	37	2.0	37	97	0	137	31	6	15	46	1.71
572485--572560	9	8.4	9	83	0	98	26	10	26	36	1.89
578639--578684	24	1.9	24	90	0	74	58	8	6	26	1.52
578866--578912	20	2.3	20	81	3	58	23	8	2	65	1.31
585403--585479	38	2.0	38	100	0	154	35	7	18	38	1.79
592275--592316	18	2.3	18	95	0	75	30	7	4	57	1.47
594008--594062	26	2.0	28	86	6	78	23	9	14	52	1.70
596016--596055	18	2.3	17	86	4	53	17	5	2	75	1.10
603133--603238	52	2.0	53	98	1	205	35	5	12	46	1.65
610709--610893	85	2.2	85	100	0	370	37	16	12	33	1.87
612957--613091	41	3.2	41	71	10	146	31	20	20	28	1.97
612955--613403	85	5.1	85	76	11	397	28	20	18	32	1.96
612980--613545	44	12.5	44	68	15	255	28	20	17	33	1.96
613052--613737	142	4.9	142	89	4	1065	28	19	18	33	1.96
613018--613737	271	2.6	271	91	2	1107	28	20	18	33	1.96
622704--622760	13	4.5	13	82	10	73	73	5	7	14	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622694--622730	10	3.6	10	85	7	56	78	8	2	10	1.06
622691--622730	21	1.9	21	100	0	80	72	10	5	12	1.26
622725--622777	14	3.6	14	82	14	63	71	1	9	16	1.21
622740--622777	15	2.4	16	86	4	60	73	0	7	18	1.06
622691--622747	25	2.5	24	88	11	84	71	8	7	12	1.29
623706--623750	18	2.5	17	82	13	54	73	4	15	6	1.21
623704--623755	18	2.8	18	75	16	52	67	3	19	9	1.35
641003--641214	50	4.1	50	82	7	271	23	28	21	26	1.99
641014--641267	50	4.8	50	80	8	265	25	26	21	26	2.00
641014--641267	106	2.4	106	95	0	454	25	26	21	26	2.00
642449--642756	27	11.4	27	88	0	409	41	22	18	17	1.90
646449--646477	13	2.1	14	93	6	51	3	13	0	82	0.79
647348--647398	20	2.5	19	78	12	57	27	5	7	58	1.49
652192--652231	21	1.9	21	84	0	53	47	0	30	22	1.52
656755--656884	65	2.0	65	98	0	251	32	16	21	30	1.95
660332--660716	44	8.8	44	72	7	160	29	20	24	26	1.99
660178--660648	218	2.2	218	89	0	719	30	19	23	27	1.98
660178--660734	218	2.6	218	84	2	593	29	19	24	27	1.98
661745--661778	17	2.0	17	88	11	52	70	5	0	23	1.09
667811--667946	39	3.5	39	79	0	137	44	20	5	30	1.73
679518--679847	114	2.9	113	88	1	489	34	13	23	27	1.93
686436--686467	16	1.9	17	93	6	57	37	15	0	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695395--695428	5	6.6	5	93	6	59	38	20	0	41	1.53
701275--701307	17	1.9	17	93	0	57	63	18	0	18	1.31
703322--703360	20	1.9	21	89	5	62	43	0	12	43	1.42
703698--703722	13	1.9	13	100	0	50	36	32	0	32	1.58
703958--704338	190	2.0	191	99	0	755	42	9	13	34	1.76
705438--705463	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
713821--713883	30	2.1	30	88	2	92	34	14	25	25	1.94
713871--714041	57	2.9	58	82	7	197	39	14	25	20	1.90
713871--714042	29	5.9	30	83	8	178	39	13	26	20	1.90
717939--718068	50	2.6	50	85	1	170	26	24	28	20	1.99
721306--721430	50	2.5	50	85	2	162	24	19	28	28	1.98
725933--725997	30	2.2	30	97	0	121	24	3	15	56	1.53
728933--729208	43	6.4	43	81	8	251	29	29	21	20	1.98
729349--729385	10	3.7	10	92	7	58	62	5	0	32	1.18
729349--729394	20	2.3	20	78	14	51	65	4	0	30	1.12
729556--729605	21	2.4	21	86	0	64	6	44	16	34	1.72
729576--729743	66	2.5	66	87	3	223	13	29	17	39	1.88
734691--734740	16	3.2	16	88	2	75	38	0	16	46	1.47
735355--735385	15	2.1	15	93	0	53	61	9	16	12	1.56
754415--754628	41	5.2	41	78	5	218	29	25	25	18	1.98
754715--754825	41	2.8	40	80	9	111	17	21	23	37	1.93
772300--772446	29	5.1	29	80	9	183	21	27	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772300--772475	87	2.0	87	95	0	316	22	26	14	36	1.93
772341--772507	29	5.8	29	82	8	137	23	25	13	37	1.92
773522--773547	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
790368--790414	20	2.3	20	85	0	58	25	29	19	25	1.98
795791--795840	26	1.9	26	100	0	100	40	18	22	20	1.92
800398--800436	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
800945--805642	180	26.1	180	99	0	9301	36	7	19	36	1.81
807734--807764	13	2.3	14	94	5	55	45	19	6	29	1.75
814212--814238	12	2.2	12	100	0	54	29	40	22	7	1.81
839514--839604	42	2.2	42	93	0	155	31	15	15	37	1.89
847750--847800	26	2.0	26	84	7	68	37	15	5	41	1.72
847958--848016	25	2.4	25	88	0	82	32	18	25	23	1.97
855579--855625	24	1.9	25	86	4	69	38	0	36	25	1.56
856633--857110	27	17.9	27	81	4	495	43	20	15	20	1.88
856646--857140	80	6.2	78	78	9	296	43	20	15	20	1.88
857528--857617	28	3.2	29	92	6	150	23	26	23	26	2.00
862722--862750	9	3.2	9	100	0	58	48	0	10	41	1.37
867129--867199	37	1.9	37	94	0	124	39	18	22	19	1.92
867196--867237	22	1.9	22	85	0	57	42	19	19	19	1.89
867234--867402	32	5.3	32	85	3	207	42	18	18	21	1.90
867448--867495	24	2.0	24	91	0	78	43	22	6	27	1.77
867538--867862	27	12.1	27	84	2	341	19	19	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869452--869538	24	3.6	24	93	3	140	42	20	8	28	1.80
869613--870021	27	15.2	27	75	13	206	21	18	20	39	1.92
869613--870021	54	7.6	54	80	8	359	21	18	20	39	1.92
869613--870021	80	5.1	80	79	7	391	21	18	20	39	1.92
869626--870013	161	2.4	163	80	7	434	21	18	21	38	1.93
869615--870021	107	3.8	104	78	9	381	21	18	20	39	1.92
873611--873645	17	2.1	17	88	0	52	37	2	2	57	1.29
875015--875143	57	2.2	59	86	4	174	48	6	18	27	1.72
875335--875380	23	2.0	23	95	0	83	54	15	0	30	1.41
881075--881151	30	2.6	30	93	0	127	11	31	33	23	1.91

Tables:   1   2   3