genome.fa.s1351.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold294
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  684262

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35--150	29	3.9	29	75	10	101	39	3	22	34	1.71
4494--4534	20	2.0	21	85	4	57	36	39	4	19	1.73
4879--5273	133	2.9	133	79	6	395	32	21	13	32	1.92
6186--6215	6	5.0	6	95	0	51	33	13	0	53	1.40
8459--8492	15	2.2	16	94	5	61	79	11	5	2	1.02
9106--9154	3	16.3	3	82	0	62	0	40	0	59	0.98
10272--10302	14	2.2	14	94	0	53	45	0	6	48	1.28
12920--13138	108	2.0	108	88	0	323	37	20	14	27	1.91
17870--17921	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
23206--23277	29	2.5	29	77	8	83	15	27	30	26	1.96
27580--27626	23	2.1	23	84	4	60	53	10	6	29	1.60
29973--30008	17	2.1	17	94	0	63	63	0	22	13	1.29
38780--38826	21	2.2	21	92	0	76	34	2	0	63	1.06
38950--38980	16	2.0	15	93	6	53	12	58	29	0	1.35
40470--40504	13	2.7	13	100	0	70	37	14	0	48	1.44
45601--45660	31	1.9	31	86	0	84	38	16	18	26	1.92
61758--61820	3	21.3	3	96	3	119	31	0	0	68	0.90
64289--64664	188	2.0	188	97	1	718	32	15	14	37	1.89
73324--73360	4	9.2	4	87	0	56	54	24	0	21	1.45
73954--73978	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
78889--78931	11	3.8	11	81	6	50	55	6	0	37	1.27
82719--83011	79	3.6	83	78	9	300	27	8	24	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82710--83305	299	2.0	300	81	8	696	28	7	23	40	1.81
88682--88766	27	3.2	26	80	8	91	29	23	28	18	1.98
88842--88908	19	3.6	19	81	4	91	35	10	0	53	1.35
89191--89275	27	3.1	27	81	9	86	21	25	21	31	1.98
93303--93336	18	1.9	18	94	5	61	23	0	2	73	0.97
102496--102550	15	3.9	14	76	11	58	61	1	0	36	1.06
102491--102540	23	2.2	23	86	10	68	62	2	0	36	1.07
104196--104308	51	2.2	51	84	3	138	44	8	12	34	1.73
109401--109439	20	1.9	20	84	5	51	58	0	2	38	1.12
114718--114750	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
115957--116074	50	2.4	47	82	8	137	33	2	11	52	1.50
116234--116283	23	2.1	24	81	3	57	42	4	16	38	1.66
118024--118057	16	2.1	16	88	0	50	47	14	8	29	1.75
124063--124094	17	1.9	17	93	6	57	15	3	25	56	1.54
129670--129699	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
134184--134228	11	4.4	10	81	13	56	46	0	0	53	1.00
134185--134245	20	2.9	19	80	17	68	40	1	0	57	1.08
134198--134237	11	3.5	11	96	3	71	40	2	0	57	1.12
138640--138689	16	3.2	16	72	13	50	48	0	2	50	1.12
141479--141524	22	2.3	22	85	14	64	43	21	15	19	1.87
144245--144277	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
145841--145895	16	3.4	16	74	0	56	52	1	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146379--146408	14	2.1	14	100	0	60	50	0	16	33	1.46
152340--152408	31	2.2	31	84	0	84	24	23	21	30	1.99
152358--152468	31	3.7	31	72	17	90	21	20	18	39	1.92
156351--157078	366	2.0	366	88	4	1097	42	20	6	29	1.78
157998--158026	12	2.3	13	94	5	51	3	17	0	79	0.87
158961--159005	22	2.0	22	100	0	90	31	13	22	33	1.92
159699--159750	18	2.7	20	74	17	56	59	0	3	36	1.16
159828--159894	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
160453--160518	26	2.4	28	78	14	75	57	1	3	37	1.23
160747--160772	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
166432--166494	27	2.3	28	83	5	76	39	4	3	52	1.38
167668--167694	12	2.2	12	100	0	54	59	11	0	29	1.32
169189--169247	21	2.8	20	72	7	55	22	11	15	50	1.76
170458--170524	30	2.2	30	79	12	75	32	8	8	49	1.65
174553--174608	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
174584--174623	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
174696--174723	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
174612--174821	68	3.1	68	97	1	388	40	4	9	45	1.57
174764--174791	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
174888--174933	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
183999--184043	23	2.0	23	81	0	54	60	8	4	26	1.46
187498--187560	30	2.1	30	91	5	101	57	15	4	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187597--187647	22	2.3	22	83	6	59	56	5	17	19	1.61
189029--189064	3	12.3	3	88	5	56	66	0	33	0	0.92
189207--189244	3	13.0	3	94	5	69	0	34	0	65	0.93
189866--189971	11	10.6	10	69	18	53	37	2	0	59	1.12
189868--189908	21	1.9	20	90	10	55	43	2	0	53	1.13
189867--189981	39	2.9	39	83	7	144	36	2	0	60	1.10
193983--194034	22	2.3	22	78	18	61	44	7	17	30	1.77
194492--194516	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
204071--204126	29	1.9	29	96	0	103	57	8	0	33	1.30
204259--204286	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
204329--204387	29	2.0	30	83	3	75	32	5	13	49	1.64
211318--211363	23	2.0	23	95	0	83	58	10	4	26	1.50
211327--211374	23	2.2	21	82	10	53	64	6	4	25	1.35
213017--213050	15	2.3	15	100	0	68	44	23	5	26	1.76
213873--213922	5	10.2	5	81	12	59	0	22	2	76	0.89
213873--213922	9	5.1	10	78	11	59	0	22	2	76	0.89
213873--213920	19	2.5	19	83	10	62	0	20	2	77	0.88
222460--222493	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
223931--224063	64	2.1	65	92	1	223	29	14	27	29	1.95
237365--237404	21	1.9	21	89	0	62	25	20	12	42	1.86
239195--239234	21	1.9	21	89	0	62	25	20	12	42	1.86
241456--241530	33	2.3	33	88	0	105	30	5	16	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250870--250916	23	2.0	23	83	0	58	14	6	14	63	1.49
256231--256264	14	2.5	14	90	4	52	50	32	0	17	1.47
257115--257184	31	2.3	31	85	5	88	51	5	4	38	1.45
260572--260606	17	2.0	18	94	5	63	31	0	0	68	0.90
260568--260608	17	2.5	17	84	7	59	31	0	0	68	0.90
262513--262698	92	2.0	93	98	1	365	44	12	11	31	1.79
266049--266088	12	3.5	11	83	10	53	75	5	0	20	0.99
268649--268690	19	2.0	20	86	13	59	33	0	0	66	0.92
288223--288309	43	2.0	44	88	6	133	47	16	11	25	1.80
295273--295541	134	2.0	134	98	0	520	34	10	10	44	1.74
296161--296204	21	2.1	21	91	0	70	22	18	9	50	1.75
297813--297845	6	5.5	6	96	0	57	57	0	27	15	1.38
297988--298059	26	2.8	26	80	2	92	37	8	20	33	1.83
299040--299249	104	2.0	105	99	0	413	55	6	12	25	1.61
301432--301647	111	1.9	111	87	0	315	25	12	27	33	1.93
306211--306275	31	2.1	31	88	5	96	40	16	18	24	1.91
309828--309883	27	2.1	27	83	6	69	55	7	0	37	1.27
309811--309882	19	3.7	19	83	14	85	59	6	0	33	1.24
309867--310235	184	2.0	185	99	0	731	43	7	17	31	1.77
310820--310859	15	2.7	15	88	7	55	35	5	2	57	1.34
313860--313889	15	2.0	15	100	0	60	20	53	13	13	1.72
324668--324717	21	2.4	21	77	12	57	24	40	18	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329992--330017	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
334839--334904	3	22.0	3	84	6	89	31	34	1	31	1.67
338726--338790	31	2.1	31	94	5	114	53	0	3	43	1.16
338753--338796	20	2.2	20	95	0	79	63	0	2	34	1.07
339450--339478	10	3.0	10	95	5	51	27	0	0	72	0.85
345266--345290	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
345348--345372	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
345565--345655	47	1.9	48	89	8	143	32	2	3	61	1.24
348112--348428	162	2.0	162	93	3	541	31	13	24	30	1.93
364925--365105	97	1.9	97	88	0	272	37	18	13	30	1.89

Tables:   1   2