genome.fa.s1772.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold302
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  592491

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3428--3465	17	2.2	18	86	13	53	60	15	23	0	1.35
3949--3999	26	2.0	26	92	0	84	27	19	7	45	1.78
5726--5815	35	2.6	35	72	10	85	28	11	7	52	1.65
5943--5988	20	2.2	21	84	3	58	26	2	19	52	1.58
5997--6537	273	2.0	273	93	0	922	28	13	12	45	1.79
7185--7275	42	2.1	43	82	6	105	21	20	24	32	1.98
9179--9224	20	2.2	20	85	11	58	23	19	13	43	1.86
15917--15941	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
16844--16901	19	3.1	19	75	9	64	36	31	18	13	1.90
16865--17026	19	8.4	19	68	6	85	30	24	24	21	1.99
16865--17026	77	2.1	77	89	0	243	30	24	24	21	1.99
17589--17613	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21205--21246	11	3.9	11	84	6	59	78	0	16	4	0.91
21461--21741	132	2.1	132	88	2	413	27	23	19	29	1.98
22602--22836	45	5.3	44	71	13	178	28	23	19	29	1.98
22564--22836	89	3.1	89	86	2	381	28	23	17	30	1.97
22713--22839	43	3.0	41	69	11	112	27	23	21	27	1.99
22564--23127	178	3.1	178	83	7	693	28	22	17	31	1.96
22838--23127	45	6.5	44	77	5	244	28	22	16	33	1.95
22564--23127	89	6.2	89	69	12	324	28	22	17	31	1.96
22575--23113	276	1.9	278	88	0	803	28	23	17	31	1.97
23110--23146	19	1.9	19	94	0	65	18	16	5	59	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23071--23191	64	1.9	64	87	0	179	21	20	19	38	1.93
22976--23280	153	2.0	153	88	0	448	25	21	18	34	1.96
23135--23321	44	4.2	44	74	4	169	24	23	20	32	1.98
23135--23321	89	2.1	89	97	0	356	24	23	20	32	1.98
25221--25269	13	3.6	14	81	13	57	14	20	2	63	1.40
25231--25273	7	6.1	7	84	10	52	13	18	2	65	1.38
25231--25272	15	2.9	15	82	13	52	14	19	2	64	1.39
30069--30099	13	2.4	13	94	0	53	0	25	0	74	0.82
30859--31288	31	14.1	30	70	15	170	42	20	8	28	1.81
30859--31304	183	2.4	184	92	2	711	42	20	8	29	1.80
30859--31284	62	7.0	60	72	14	237	42	20	8	28	1.81
35182--35867	31	22.4	30	69	12	279	42	20	9	28	1.82
35182--35867	62	11.2	60	70	16	374	42	20	9	28	1.82
35182--35861	183	3.7	183	93	1	1112	42	20	8	28	1.82
37460--37659	100	2.0	100	98	0	382	37	17	8	36	1.80
37809--37861	25	2.1	25	82	6	63	28	7	3	60	1.41
37947--37995	22	2.2	22	86	10	73	24	0	2	73	0.94
38063--38091	13	2.2	13	100	0	58	27	20	20	31	1.98
38686--38719	12	2.8	12	86	0	50	17	0	61	20	1.34
39240--39345	29	3.7	28	89	2	158	40	10	1	47	1.49
39401--39478	27	2.9	27	83	5	97	28	23	29	19	1.98
39544--39580	19	1.9	19	88	0	56	32	10	0	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39939--39979	19	2.1	19	86	4	55	53	0	9	36	1.34
40187--40257	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
40187--40261	18	4.1	19	84	6	102	52	0	9	38	1.34
40193--40270	19	4.1	19	83	5	59	51	0	10	38	1.36
40335--40412	27	2.9	26	83	7	95	19	29	23	28	1.98
40474--40571	29	3.5	28	91	5	146	48	1	11	38	1.46
41998--42048	20	2.8	18	77	13	50	23	0	5	70	1.09
42006--42050	20	2.2	20	92	0	72	22	0	6	71	1.09
42057--42111	29	2.0	29	89	7	87	23	16	3	56	1.56
42066--42128	27	2.3	26	78	10	72	23	12	1	61	1.39
43423--43570	43	3.4	43	89	0	215	31	23	17	27	1.97
43680--43788	31	3.5	31	91	2	166	45	15	8	30	1.75
48005--48075	6	12.3	6	79	8	76	76	5	0	18	0.98
48005--48075	23	3.1	24	76	8	76	76	5	0	18	0.98
48005--48074	29	2.4	29	78	2	88	75	5	0	18	0.99
49903--49932	15	1.9	16	93	6	53	83	3	13	0	0.77
53731--53765	15	2.4	15	95	4	63	34	2	5	57	1.37
56701--56765	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
57528--57582	16	3.6	15	75	15	51	67	0	3	29	1.08
62259--62312	22	2.5	22	93	3	92	18	16	27	37	1.93
62704--62786	26	3.1	26	79	16	96	18	15	31	34	1.92
67094--67137	23	1.9	23	86	9	63	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67101--67138	17	2.3	17	86	13	53	28	0	0	71	0.87
67194--67252	27	2.2	27	81	6	66	45	1	5	47	1.34
67229--67268	17	2.4	17	88	12	57	50	2	0	47	1.14
68278--68314	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
69555--69694	46	3.0	46	96	0	253	35	7	26	30	1.85
70594--70644	23	2.2	23	82	6	59	49	1	21	27	1.60
76808--76840	17	1.9	17	88	11	50	39	0	3	57	1.14
77567--77610	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
77643--77724	38	2.2	38	97	0	155	40	1	2	56	1.20
77756--77877	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.46
77870--78055	19	9.8	19	70	22	108	55	12	0	31	1.38
77907--77982	27	3.0	27	74	18	90	57	11	0	30	1.34
78051--78117	27	2.5	27	97	0	125	11	32	23	31	1.91
82771--82795	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84257--84289	16	2.0	17	88	5	50	15	42	0	42	1.46
87814--87850	18	2.1	18	94	0	65	48	5	8	37	1.56
91752--91783	15	2.2	15	94	5	57	65	0	0	34	0.93
92197--92292	38	2.4	40	73	18	94	44	0	4	51	1.21
92306--92558	128	2.0	129	85	5	343	39	10	13	37	1.78
97642--97709	34	2.0	34	83	11	86	27	23	27	20	1.99
100476--100574	17	5.8	17	69	25	59	53	5	2	39	1.34
103756--103788	14	2.4	14	94	0	57	54	12	0	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106103--106158	27	2.0	29	82	10	71	41	12	8	37	1.74
118726--118750	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
120107--120157	2	25.5	2	83	0	66	43	49	7	0	1.32
121857--121896	9	4.4	9	90	0	62	40	25	10	25	1.86
121857--121896	18	2.2	18	100	0	80	40	25	10	25	1.86
122062--122178	39	3.0	39	93	1	200	17	2	28	51	1.59
122160--122209	17	2.8	17	87	6	64	12	0	42	46	1.41
122822--122858	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
123678--123714	5	7.4	5	87	0	56	21	13	18	45	1.84
123678--123714	10	3.7	10	96	0	65	21	13	18	45	1.84
125084--125133	19	2.7	20	78	12	61	68	2	0	30	1.01
125084--125133	9	5.4	9	76	19	50	68	2	0	30	1.01
129114--129369	124	2.1	124	100	0	512	32	14	21	31	1.93
129292--129447	78	2.0	78	100	0	312	32	15	21	30	1.94
129168--129563	202	2.0	203	95	0	713	30	16	22	30	1.96
130542--130585	18	2.4	19	76	3	54	20	6	4	68	1.31
136109--136145	16	2.2	17	90	9	58	75	0	16	8	1.02
141077--141101	5	5.0	5	100	0	50	20	20	0	60	1.37
142779--142822	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
146567--146616	26	1.9	26	91	0	82	26	0	14	60	1.34
149248--149288	18	2.3	18	82	0	55	63	4	14	17	1.47
150697--150906	113	1.9	113	86	0	303	33	22	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153114--153156	13	3.3	13	78	9	52	48	0	6	44	1.29
153110--153162	27	2.0	26	82	13	65	49	1	5	43	1.37
153211--153244	13	2.6	13	85	0	50	79	5	11	2	1.02
153190--153439	122	2.0	123	95	2	450	36	13	16	33	1.88
154169--154279	43	2.6	44	83	11	140	21	19	27	30	1.98
158955--159017	31	2.0	31	100	0	126	31	22	23	22	1.98
163161--163238	13	6.3	13	73	19	60	28	7	1	62	1.30
163160--163210	23	2.3	23	82	3	68	29	5	1	62	1.29
163424--163453	16	1.9	15	93	6	51	20	6	3	70	1.25
169418--169502	29	3.0	29	80	16	115	34	29	15	21	1.94

Tables:   1   2   3