genome.fa.s1863.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  230525

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
397--594	96	2.1	96	97	2	371	29	13	7	50	1.67
418--566	48	3.1	48	63	18	128	29	14	7	48	1.71
2064--2127	14	4.5	14	78	3	65	35	42	0	21	1.54
2065--2148	21	4.0	20	77	9	78	36	39	0	23	1.55
2399--2450	7	7.3	7	77	12	52	46	34	0	19	1.50
2400--2470	15	4.9	15	73	11	58	46	32	0	21	1.51
2491--2529	15	2.7	15	84	4	53	43	35	0	20	1.52
2486--2567	22	3.8	21	69	15	60	46	28	2	23	1.65
4838--4923	28	3.1	28	96	0	154	30	4	12	52	1.60
5182--5438	43	6.0	43	82	4	299	26	17	22	33	1.96
5192--5450	85	3.0	85	81	7	285	26	17	22	33	1.96
6351--6582	87	2.6	87	84	4	268	36	15	12	34	1.86
6680--6792	18	5.9	18	69	16	75	66	0	2	30	1.11
6674--6744	27	2.7	25	79	12	81	71	1	1	25	1.02
6699--6839	28	4.8	28	68	17	81	65	0	3	31	1.10
6674--6744	9	7.8	9	82	11	65	71	1	1	25	1.02
6680--6744	19	3.5	17	76	15	58	69	1	1	27	1.07
6692--6959	10	27.5	10	65	19	52	61	1	5	30	1.30
6710--6792	30	2.8	28	71	14	69	67	0	2	30	1.03
6692--6807	19	6.0	18	68	16	63	65	0	3	31	1.09
6819--6888	29	2.4	29	100	0	140	55	2	8	32	1.45
6848--6932	39	2.2	38	78	14	93	60	2	7	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6856--6930	21	3.7	21	77	10	75	60	2	8	29	1.39
6905--6968	32	2.0	31	85	8	85	59	6	4	29	1.42
7144--7211	19	3.5	19	73	15	59	39	4	0	55	1.20
7139--7216	38	2.1	36	83	11	95	34	3	0	61	1.14
7167--7246	28	2.8	28	81	14	92	38	3	0	57	1.17
7410--7609	85	2.3	88	83	10	254	33	8	16	42	1.78
18326--18638	43	7.3	43	88	0	482	30	31	17	19	1.96
18867--18926	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
23368--23613	106	2.3	106	85	3	309	26	22	18	32	1.97
23549--23704	40	3.9	40	80	2	170	26	21	21	30	1.98
28289--28343	23	2.4	23	96	0	101	41	18	12	27	1.86
28344--28418	19	3.8	19	89	6	123	36	10	17	36	1.84
28357--28441	19	4.0	22	76	14	54	37	7	17	37	1.77
34069--34124	19	3.1	19	87	5	71	83	14	1	0	0.72
34113--34151	20	2.0	20	84	0	51	74	5	5	15	1.17
35430--35837	44	9.7	44	81	10	473	25	17	27	30	1.97
35639--35858	122	1.8	122	86	4	318	24	18	26	30	1.98
35755--35859	44	2.4	43	81	7	122	26	20	23	29	1.99
35776--35872	44	2.2	44	81	3	106	29	14	28	26	1.95
35848--36312	88	5.3	88	66	11	306	30	18	23	26	1.98
35429--36009	254	2.3	254	80	7	603	26	17	26	29	1.98
35936--36048	44	2.6	44	84	2	138	28	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35762--36321	176	3.2	176	94	1	917	30	18	24	26	1.98
36113--36224	44	2.5	44	83	0	143	28	17	25	28	1.98
36991--37065	19	3.8	19	93	6	132	37	10	16	36	1.83
36991--37088	19	4.7	22	80	14	95	36	9	16	37	1.80
37802--37832	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
42238--42455	104	2.1	105	89	1	330	31	13	7	47	1.71
48954--49092	42	3.3	43	80	9	126	38	19	18	23	1.93
48985--49100	42	2.8	42	81	7	137	39	19	16	24	1.91
51583--51655	27	2.8	27	89	4	114	30	16	9	43	1.80
52883--52926	18	2.5	17	78	10	52	40	15	2	40	1.60
55781--55842	30	2.1	30	90	0	97	27	3	12	56	1.52
55968--56001	12	2.9	12	95	4	61	64	0	0	35	0.94
69317--69395	15	5.2	16	75	17	80	39	0	2	58	1.12
72579--72617	19	2.1	19	90	4	62	61	0	12	25	1.31
73898--73951	18	3.0	17	86	5	72	40	18	0	40	1.51
82204--82231	12	2.3	12	100	0	56	42	0	35	21	1.53
82973--83064	46	2.0	46	97	0	175	38	8	13	40	1.75
83257--83307	20	2.5	20	84	9	59	58	0	1	39	1.09
83946--83975	15	2.0	15	93	0	51	56	6	13	23	1.60
96913--96948	15	2.4	15	100	0	72	27	5	5	61	1.41
101114--101148	13	2.7	13	90	0	52	28	2	14	54	1.54
111537--111574	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114165--114218	27	2.0	27	100	0	108	51	11	7	29	1.64
125676--125729	28	1.9	28	88	0	81	38	5	18	37	1.74
126014--126288	134	2.0	135	98	0	534	36	12	9	42	1.74
129162--129186	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
129168--129332	83	2.0	86	91	3	273	30	10	13	44	1.78
129264--129702	112	4.1	107	86	6	539	31	17	14	37	1.89
130377--130404	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
131314--131368	20	2.8	20	74	0	56	47	20	27	5	1.72
130814--132716	725	2.6	716	85	3	2537	39	17	16	25	1.91
132732--132797	13	5.1	13	86	0	96	30	7	25	36	1.84
133446--133501	20	2.8	20	72	0	58	53	17	23	5	1.64
133465--134684	615	2.0	615	86	3	1728	38	18	17	26	1.92
134084--142356	735	11.2	733	78	8	6760	39	17	16	25	1.91
136248--136300	5	10.6	5	77	0	52	54	18	20	5	1.64
139854--139961	45	2.4	45	81	3	119	51	13	21	12	1.74
141412--141450	15	2.6	15	84	8	53	64	20	15	0	1.30
142135--142195	5	12.2	5	75	6	52	60	18	16	4	1.52
142110--142189	35	2.3	35	86	0	106	56	15	17	11	1.67
142137--142197	15	4.1	15	72	8	61	62	18	14	4	1.49
144580--144806	104	2.2	104	87	0	328	22	29	21	25	1.99
156195--156540	174	2.0	174	80	5	387	28	24	20	26	1.99
156467--156585	44	2.7	45	80	6	145	26	30	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158027--158068	7	6.0	7	81	18	52	14	16	0	69	1.20
158027--158063	13	2.8	13	91	4	56	16	16	0	67	1.23
165157--165205	21	2.3	21	92	0	80	16	18	44	20	1.86
174597--174661	25	2.6	25	87	4	87	32	18	20	29	1.96
175535--175690	76	2.1	76	95	0	276	48	12	14	24	1.78
179746--179775	16	1.9	15	93	6	51	46	20	0	33	1.51
180895--180957	25	2.5	25	94	0	108	36	12	19	31	1.89
190519--190601	40	2.1	40	88	4	123	25	12	22	39	1.89
191760--191881	61	2.0	61	98	0	235	24	27	14	33	1.94
198215--198295	37	2.2	37	93	0	135	45	7	12	34	1.70
224162--229321	88	58.7	88	97	0	8891	23	25	24	26	2.00
229173--229321	44	3.4	44	66	18	121	23	23	24	28	1.99
229616--229949	88	3.8	88	90	0	508	22	23	25	28	1.99
229648--229786	44	3.2	43	66	11	111	23	20	28	26	1.99
230187--230525	88	3.9	88	85	0	480	25	22	25	27	2.00
230277--230399	44	2.8	44	68	9	106	25	20	24	30	1.99
230188--230525	176	1.9	176	91	0	550	25	22	24	27	2.00

Tables:   1

The End!