genome.fa.s1947.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold189
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1445563

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1510--1910	200	2.0	200	97	0	748	32	18	12	36	1.88
12038--12088	19	2.5	22	81	9	63	25	7	15	50	1.71
21012--21135	58	2.1	60	86	5	173	19	20	18	41	1.90
21185--21321	60	2.3	59	82	2	157	39	18	21	21	1.93
34012--34051	19	2.1	19	90	0	62	62	7	0	30	1.23
36710--36741	15	2.1	15	94	0	55	18	9	6	65	1.42
56985--57044	29	2.1	29	100	0	120	40	23	13	23	1.90
59292--59497	27	7.7	26	80	7	191	21	16	18	43	1.88
59292--59497	54	3.8	54	85	2	252	21	16	18	43	1.88
59297--59497	81	2.5	81	88	0	285	21	16	18	43	1.88
67940--67991	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
72998--73108	54	2.0	55	98	1	215	28	10	30	29	1.91
75026--75074	23	2.1	23	88	7	73	73	10	2	14	1.18
75156--75194	11	3.5	11	92	3	60	82	5	5	7	0.96
75128--75181	28	1.9	28	88	7	83	79	5	5	9	1.04
75184--75214	15	2.0	15	93	6	53	77	0	19	3	0.90
76060--76157	51	1.9	50	85	2	133	41	18	25	14	1.88
77434--78244	44	18.7	44	70	9	326	28	20	24	27	1.99
77387--78364	217	4.5	217	91	1	1519	28	19	24	26	1.99
81864--81888	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
84662--85241	174	3.4	173	82	7	585	42	10	14	32	1.79
84662--85241	86	6.7	87	81	8	562	42	10	14	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89110--89146	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
89536--89575	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
91353--91404	19	2.7	20	82	5	54	36	0	7	55	1.29
91351--91394	20	2.3	19	84	4	61	31	0	9	59	1.29
92687--92716	15	1.9	16	93	6	53	33	0	10	56	1.32
93995--94087	43	2.2	43	84	3	116	50	11	2	35	1.51
95312--95342	15	2.0	16	93	6	55	38	0	3	58	1.15
98027--98062	12	3.1	12	92	4	56	52	0	25	22	1.47
100242--100305	31	2.1	31	100	0	128	51	21	3	23	1.62
116245--116292	25	1.9	25	95	0	87	54	20	10	14	1.70
123481--123683	101	2.0	101	97	0	379	29	17	6	46	1.73
124346--124525	50	3.6	50	80	6	172	22	28	21	27	1.99
124395--124538	50	2.9	50	84	4	175	22	29	21	27	1.99
132975--133021	22	2.2	22	85	11	62	55	0	4	40	1.19
144434--144641	103	2.0	102	96	0	380	32	25	19	22	1.97
145928--145981	25	2.1	27	83	16	71	61	3	3	31	1.31
151494--151549	29	1.9	29	85	7	78	50	12	8	28	1.70
154664--154693	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
156039--156086	4	12.0	4	100	0	96	75	0	0	25	0.81
158347--158380	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
158913--158944	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
160922--160995	2	37.0	2	97	0	139	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161124--161185	24	2.7	22	80	11	70	19	1	30	48	1.58
161801--161843	19	2.5	16	85	14	59	37	2	0	60	1.10
174057--174087	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
175119--175179	30	2.0	30	96	0	113	36	14	19	29	1.92
179424--179467	22	2.0	22	100	0	88	22	31	9	36	1.86
182638--182695	13	4.4	12	79	16	62	74	5	1	18	1.10
185952--185980	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
187847--187952	33	3.1	35	66	17	98	28	22	5	43	1.76
187840--187963	66	1.9	66	93	3	214	29	25	4	41	1.76
200884--200966	25	3.4	25	83	5	89	22	21	20	34	1.96
200921--200967	24	2.0	24	95	0	85	23	21	19	36	1.95
202406--202456	20	2.5	20	100	0	102	33	41	15	9	1.80
208000--208044	21	2.1	23	88	12	69	51	13	8	26	1.70
218868--219009	72	2.0	72	84	0	185	24	25	16	33	1.96
219049--219122	28	2.7	27	83	8	80	22	29	20	27	1.98
231549--231595	19	2.5	19	83	13	62	17	8	4	70	1.29
242059--242096	20	1.9	20	84	10	51	60	10	2	26	1.43
242422--242478	26	2.1	27	87	9	82	59	7	7	26	1.49
243199--243235	17	2.2	17	90	0	56	24	5	24	45	1.74
246696--246749	27	2.0	27	100	0	108	44	14	7	33	1.73
249631--249867	44	5.2	44	70	17	153	27	21	19	32	1.97
249490--249865	142	2.7	142	90	0	583	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266891--266935	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
272100--272134	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
272763--272943	66	2.7	67	76	6	186	34	0	18	45	1.54
272812--273061	34	8.4	30	71	17	116	32	1	21	45	1.61
272885--273122	9	28.3	9	67	19	140	29	2	21	45	1.66
272885--273122	25	9.5	25	70	16	154	29	2	21	45	1.66
272927--273093	34	5.1	33	77	12	173	29	3	21	45	1.69
273145--273169	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
273297--273393	23	4.4	22	75	14	76	48	4	5	42	1.44
273296--273372	23	3.3	23	72	15	77	50	2	5	41	1.38
273299--273393	46	2.1	43	88	9	138	48	4	5	42	1.45
273307--273391	23	3.7	24	77	17	99	47	3	5	43	1.44
273905--273931	14	1.9	14	100	0	54	51	7	11	29	1.64
273962--273986	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
275615--275713	47	2.1	48	86	1	137	46	1	9	43	1.42
276291--276324	14	2.4	14	90	9	52	29	44	2	23	1.68
276302--276347	22	2.1	22	83	0	56	39	41	2	17	1.62
276085--276781	305	2.2	308	86	6	946	43	25	2	28	1.67
276671--276698	14	2.0	14	100	0	56	35	35	0	28	1.58
277077--277177	41	2.5	41	80	0	112	40	23	15	19	1.90
277090--277280	103	1.8	103	85	3	267	40	24	16	19	1.91
277179--277312	41	3.3	41	89	2	207	33	26	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277116--277239	63	2.0	63	83	3	160	39	21	16	21	1.92
277179--277330	41	3.7	40	85	3	196	34	26	19	19	1.95
277793--277828	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
278254--278283	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
277798--278708	455	2.0	456	99	0	1815	32	23	11	32	1.90
279303--279348	22	2.1	22	84	8	58	39	4	0	56	1.19
280826--280880	24	2.2	24	78	9	58	12	1	32	52	1.50
282155--282299	77	1.9	77	97	0	272	30	28	22	18	1.97
283979--284144	48	3.5	48	91	0	269	27	19	29	24	1.98
294811--294868	29	2.0	29	100	0	116	41	6	10	41	1.66
295923--295952	12	2.5	12	94	0	51	10	26	40	23	1.86
301760--301861	39	2.6	39	87	0	141	32	4	20	42	1.73
303812--303861	14	3.4	14	76	15	55	30	2	8	60	1.37
303802--303861	31	2.0	30	90	3	93	30	1	8	60	1.36
303832--303881	26	2.0	24	84	7	64	36	6	2	56	1.36
312700--313039	113	3.0	113	96	0	619	37	9	23	30	1.86
313757--313824	18	3.7	17	73	21	57	39	1	4	54	1.30
313788--313824	18	2.1	18	90	5	58	40	2	2	54	1.29
315314--315371	25	2.4	23	80	11	71	32	1	1	63	1.14
321753--321807	21	2.6	21	97	0	101	18	32	30	18	1.95
327706--327954	40	6.2	39	76	10	173	36	14	27	21	1.92
327720--327951	120	1.9	120	85	5	317	37	14	27	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327706--327954	80	3.1	80	82	4	279	36	14	27	21	1.92
334400--334584	63	2.9	63	97	0	343	42	5	17	34	1.74
337847--337920	24	3.2	24	68	14	75	52	2	4	40	1.34
337891--337924	18	1.9	17	88	5	50	58	2	0	38	1.13
340464--340510	18	2.6	18	96	0	85	19	0	17	63	1.30
340518--340741	106	2.0	111	93	5	386	37	6	6	50	1.53
345512--345611	33	2.9	34	73	15	91	72	11	7	10	1.29
345534--345594	27	2.3	26	85	2	77	75	8	9	6	1.19
345989--346014	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
345990--346023	13	2.6	13	90	0	50	67	0	17	14	1.23

Tables:   1   2   3   4