genome.fa.s2250.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold370
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  805812

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 259 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10359--10463	31	3.4	31	69	12	97	44	17	9	28	1.79
10342--10469	63	2.0	63	87	0	184	45	16	7	30	1.76
10628--10720	41	2.3	41	82	0	105	33	24	15	26	1.95
11076--11113	14	2.7	14	91	0	58	47	10	0	42	1.38
11076--11119	14	3.2	13	84	12	52	45	13	0	40	1.44
13588--13687	50	2.0	50	96	3	184	36	4	23	37	1.73
22789--22887	50	2.0	50	95	0	180	34	5	23	37	1.77
26927--26965	16	2.4	16	82	0	51	2	15	7	74	1.15
31475--31514	16	2.4	17	83	4	55	2	15	7	75	1.14
31541--31940	214	1.9	214	98	0	782	33	19	10	36	1.86
34557--34629	36	2.0	36	97	0	137	56	10	9	23	1.63
35861--35897	17	2.2	17	90	0	56	0	29	45	24	1.53
36256--36306	12	4.0	13	77	10	52	3	15	0	80	0.86
36256--36327	19	3.8	20	71	22	57	4	18	1	76	1.02
36852--36944	29	3.1	29	84	3	114	48	3	15	33	1.61
36804--36945	59	2.4	58	79	8	144	50	4	15	30	1.63
37111--37749	77	8.5	75	81	9	596	33	22	16	27	1.96
37065--37749	154	4.5	150	80	8	685	33	21	16	27	1.95
37065--37749	75	9.1	75	82	5	693	33	21	16	27	1.95
47030--47098	13	5.2	13	82	10	79	1	18	0	79	0.80
47033--47097	8	8.0	8	77	13	53	1	16	0	81	0.77
47051--47098	4	12.0	4	78	8	53	0	22	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47039--47098	11	5.6	11	75	16	56	0	20	0	80	0.72
47030--47093	22	2.9	22	84	13	78	1	17	0	81	0.77
47567--47703	29	4.6	30	73	12	122	44	3	18	33	1.67
47567--47703	30	4.7	28	73	13	98	44	3	18	33	1.67
47570--47703	59	2.3	60	80	7	150	45	3	16	34	1.65
53395--53502	46	2.3	47	87	1	146	75	12	7	3	1.14
56289--56335	22	2.3	19	80	20	51	51	8	17	23	1.72
58041--58230	93	2.0	93	96	3	355	30	22	13	34	1.92
59783--61170	691	2.0	691	99	0	2767	32	16	14	36	1.89
61423--61469	22	2.3	19	80	20	51	51	8	17	23	1.72
77163--77205	16	2.4	19	81	11	56	4	18	4	72	1.20
82047--82112	32	2.0	34	82	8	82	39	1	0	59	1.07
82513--82559	18	2.6	19	75	25	57	44	0	6	48	1.28
89305--89344	21	2.0	20	85	14	55	25	2	2	70	1.13
96859--96925	5	14.2	5	78	12	79	37	0	1	61	1.05
96861--96927	22	3.0	22	79	12	75	40	0	1	58	1.07
103598--103683	25	3.4	25	73	17	88	36	19	20	23	1.95
106009--106051	19	2.2	20	80	12	54	32	16	0	51	1.45
106224--106372	45	3.3	45	81	5	176	40	16	18	24	1.91
108140--108169	5	6.2	5	96	3	53	0	36	0	63	0.95
109554--109682	33	3.6	33	73	18	114	20	19	27	33	1.96
109550--109761	76	2.8	75	88	2	318	22	18	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112180--112245	26	2.5	26	80	7	80	1	21	10	66	1.30
120699--120754	3	18.3	3	96	3	103	33	0	0	66	0.92
122099--122130	15	2.0	17	88	11	50	50	0	12	37	1.41
136883--136919	14	2.5	15	83	16	51	32	0	0	67	0.91
141703--141771	33	2.1	33	97	0	129	20	20	17	42	1.90
142150--142212	31	2.1	31	96	3	119	30	26	17	25	1.97
145143--145175	15	2.3	15	89	5	50	54	9	15	21	1.68
146678--146719	22	1.9	22	85	9	59	42	0	2	54	1.13
147002--147064	31	2.0	31	81	0	72	52	4	1	41	1.32
148036--148073	8	4.8	8	84	12	51	31	0	0	68	0.90
148032--148073	16	2.6	16	85	7	59	33	0	0	66	0.92
152676--152712	19	2.0	19	94	5	67	43	0	5	51	1.24
153246--153275	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
154523--154563	18	2.3	18	91	0	73	63	2	14	19	1.41
155472--155532	3	20.7	3	96	3	115	67	0	0	32	0.91
157909--158113	64	3.1	64	61	18	146	47	7	4	40	1.52
157871--158143	136	2.0	137	99	0	539	47	6	5	40	1.52
164589--164618	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
166563--166609	23	2.0	23	84	8	60	36	12	14	36	1.85
176210--176244	6	5.8	6	100	0	70	51	0	17	31	1.45
194870--195100	114	2.0	115	99	0	455	49	14	8	27	1.72
199663--199938	137	2.0	136	99	0	543	34	22	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207407--207442	17	2.1	17	89	0	54	33	16	0	50	1.46
221936--222132	46	4.6	45	80	12	234	34	14	22	28	1.94
221972--222046	37	2.0	37	92	0	123	37	14	21	26	1.92
221936--222092	83	1.9	83	90	0	251	34	13	22	29	1.92
222860--222915	18	3.1	18	100	0	112	51	5	32	10	1.59
226069--226190	61	2.0	61	100	0	244	37	16	19	26	1.93
230565--230741	40	4.3	40	79	11	182	23	14	29	32	1.94
230565--230741	41	4.3	41	81	7	182	23	14	29	32	1.94
231421--231490	34	2.0	35	86	8	99	24	10	21	44	1.82
231504--231632	69	1.9	69	85	0	177	26	17	15	40	1.90
241832--241863	5	6.4	5	92	0	55	40	15	0	43	1.47
243404--243453	11	4.5	11	80	5	55	64	4	0	32	1.12
259768--259804	9	3.9	10	86	10	51	62	2	0	35	1.10
259768--259804	19	1.9	19	88	0	56	62	2	0	35	1.10
260081--260131	24	2.1	23	82	13	59	68	0	1	29	1.00
260920--260978	28	2.2	26	85	11	91	55	5	0	38	1.22
262271--262297	5	5.4	5	100	0	54	44	37	0	18	1.50
275302--275340	15	2.6	15	87	0	51	38	30	7	23	1.83
284419--284454	18	2.0	18	94	0	63	27	2	0	69	1.02
292258--292316	31	1.9	31	96	0	109	23	25	1	49	1.60
292259--292331	31	2.6	27	82	12	76	23	23	1	52	1.55
292400--292501	22	4.3	25	79	12	92	38	16	22	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293381--293419	20	2.0	20	100	0	78	41	5	2	51	1.38
295292--295504	106	2.0	107	99	0	419	44	8	13	33	1.73
298979--299020	20	2.1	20	100	0	84	42	4	16	35	1.69
300807--300840	8	4.2	8	100	0	68	64	23	0	11	1.26
304336--304361	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
304625--304649	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
304809--304836	11	2.5	11	100	0	56	28	7	0	64	1.20
306531--306556	7	3.7	7	100	0	52	15	26	0	57	1.38
312121--312228	52	2.1	53	98	1	209	51	11	1	35	1.48
324774--324832	29	2.0	30	86	3	84	47	15	6	30	1.71
325119--325160	22	1.9	22	85	0	57	54	9	11	23	1.66
329027--329094	34	1.9	35	82	14	86	64	5	7	22	1.40
331142--331197	22	2.6	20	80	11	58	60	1	1	35	1.17
334854--334890	19	1.9	19	88	0	56	43	5	10	40	1.63
344111--344151	5	8.2	5	97	0	73	58	0	17	24	1.38
348456--348523	30	2.3	30	81	0	82	41	1	44	13	1.52
354787--355597	2	405.5	2	100	0	1622	0	49	0	50	1.00
355827--355889	29	2.2	29	100	0	126	50	3	6	39	1.44
359985--360123	51	2.7	51	94	1	244	35	18	5	40	1.75
361963--362032	30	2.3	29	81	13	79	18	1	28	51	1.55
370775--370907	63	2.1	63	100	0	266	29	9	28	33	1.88
378240--378299	31	1.9	31	93	0	102	46	0	18	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378603--378645	19	2.3	19	100	0	86	51	20	9	18	1.74
382738--382790	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
383220--383258	14	2.7	15	84	8	53	82	2	15	0	0.79
384088--384859	98	7.9	98	91	0	1240	21	20	25	32	1.98
384103--384859	196	3.9	196	97	0	1408	21	20	25	32	1.98
386068--386103	15	2.4	15	95	0	63	8	22	13	55	1.65
386067--386109	15	2.8	16	82	7	61	11	18	16	53	1.72
390298--390335	12	3.2	12	77	7	51	15	34	18	31	1.92
391320--391511	48	4.0	48	93	2	323	30	13	28	28	1.94
412062--412232	57	3.1	56	63	27	139	31	8	39	21	1.82

Tables:   1   2   3