genome.fa.s2527.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold307
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  546686

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 218 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4899--5245	113	3.1	113	89	0	523	27	22	22	27	1.99
5225--5372	40	3.7	40	76	8	124	18	20	24	37	1.94
5365--5416	26	2.0	26	96	0	95	23	36	19	21	1.95
6292--6324	17	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
7189--7236	16	2.9	16	84	12	53	31	0	2	66	1.03
8262--8334	37	2.0	37	97	0	137	36	12	27	23	1.90
18305--18392	43	2.0	44	97	2	169	47	2	6	43	1.42
31633--31691	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
31741--32062	125	2.6	126	82	5	366	38	15	18	27	1.91
32139--32200	25	2.5	25	89	0	88	53	1	20	24	1.55
35219--35399	62	3.0	61	84	6	217	51	6	5	36	1.51
35253--35300	25	2.0	24	84	8	62	56	4	0	39	1.19
37338--37385	24	1.9	24	83	8	60	66	2	0	31	1.03
38223--38255	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
40150--40196	16	2.9	16	75	12	60	38	0	25	36	1.56
40366--40417	26	1.9	28	84	7	72	44	0	3	51	1.19
40398--40462	15	4.5	15	73	23	59	43	0	0	56	0.99
40412--40503	26	3.6	26	81	8	116	42	1	1	55	1.14
40380--40462	43	1.9	45	85	9	120	44	0	0	55	0.99
40430--40462	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
42432--42461	12	2.4	12	94	5	51	10	33	13	43	1.77
42867--42909	22	2.0	21	86	4	59	81	11	0	6	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42929--43050	60	2.0	60	95	3	219	34	21	18	25	1.96
47960--48065	53	2.0	53	94	0	185	35	14	17	32	1.90
54388--54425	18	2.2	18	85	4	51	65	2	0	31	1.06
67461--67501	21	2.0	21	90	0	64	29	12	12	46	1.77
76687--76756	35	2.0	35	91	0	113	32	11	25	30	1.91
78626--78655	12	2.5	12	94	0	51	16	23	50	10	1.75
88695--88731	20	1.9	18	89	10	56	54	2	0	43	1.14
102890--102959	31	2.3	31	82	5	79	50	14	10	25	1.74
102908--102985	31	2.6	31	82	8	90	52	12	11	23	1.72
104096--104127	8	4.2	8	84	15	50	12	0	34	53	1.39
104629--104677	22	2.2	22	100	0	98	55	0	4	40	1.19
104947--105112	35	4.5	35	66	13	100	40	5	9	44	1.59
104884--105123	112	2.1	112	90	1	392	40	6	7	45	1.60
104929--105103	56	3.1	56	68	15	171	40	5	9	44	1.60
105188--105231	6	6.8	6	80	14	52	15	0	45	38	1.47
105176--105225	21	2.3	22	89	6	75	18	0	42	40	1.50
105183--105940	27	28.8	27	65	24	169	20	1	35	42	1.61
105205--105511	33	9.8	33	68	21	164	20	1	34	42	1.63
105282--105326	21	2.1	21	100	0	90	22	0	33	44	1.53
105303--105511	113	1.8	113	88	4	323	21	1	34	42	1.64
105491--105521	6	5.2	6	100	0	62	16	0	51	32	1.44
105548--105578	15	2.1	15	100	0	62	25	0	25	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105558--105941	33	12.0	33	69	20	198	20	1	35	41	1.61
105642--105672	6	5.2	6	100	0	62	16	0	51	32	1.44
105699--105757	15	4.1	15	72	24	63	23	0	30	45	1.53
105416--105941	151	3.6	145	85	8	714	20	1	35	42	1.61
105724--105833	6	18.0	6	68	19	50	20	1	39	38	1.64
106008--106062	21	2.7	20	80	8	56	5	20	41	32	1.75
106304--106346	18	2.4	18	80	0	50	46	9	25	18	1.79
109616--109702	11	8.3	11	65	19	51	43	2	29	24	1.66
109592--109691	51	2.0	51	86	4	139	46	2	27	25	1.64
109653--109706	22	2.5	22	85	8	76	44	1	29	24	1.64
110847--110929	9	8.7	9	72	17	69	34	0	2	62	1.08
112283--112349	29	2.2	30	94	5	118	22	4	16	56	1.58
112390--112435	24	1.9	24	91	8	76	30	2	4	63	1.26
118747--118781	19	1.9	18	88	11	54	22	28	0	48	1.51
120078--120123	21	2.2	21	81	14	51	43	6	19	30	1.76
120531--120577	21	2.2	22	88	11	71	44	17	6	31	1.73
125331--125407	7	11.0	7	87	5	66	36	0	29	33	1.58
125331--125428	14	7.0	14	75	4	63	35	1	29	33	1.65
125332--125428	21	4.6	21	73	10	72	35	1	29	34	1.65
126273--126307	17	2.1	17	89	10	54	37	0	11	51	1.38
131831--131942	56	2.0	56	98	0	215	35	11	19	33	1.88
143559--143593	17	2.1	17	100	0	70	22	17	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146172--146290	60	1.9	63	81	11	149	43	3	9	43	1.53
148677--148702	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
150078--150198	44	2.8	44	74	9	122	27	24	19	28	1.98
150298--150457	50	3.2	50	75	3	187	27	21	20	30	1.98
150278--150475	100	2.0	100	91	0	324	26	22	21	29	1.99
150552--150878	43	7.5	43	79	5	309	31	27	14	26	1.95
150518--150768	133	1.9	132	86	4	362	29	27	14	28	1.95
151386--151586	108	1.9	108	81	2	251	47	8	18	25	1.77
157255--157695	219	2.0	219	96	0	812	20	28	15	35	1.93
161546--161595	24	2.1	24	82	14	59	60	8	8	24	1.52
163274--163299	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
166942--167227	43	6.7	43	82	4	310	26	30	19	24	1.98
166942--167233	128	2.3	129	84	2	365	26	30	19	24	1.98
171926--171979	7	7.7	7	87	0	72	27	51	1	18	1.56
171926--171988	21	3.0	21	83	2	72	28	50	1	19	1.56
172898--173109	41	5.2	41	81	5	243	28	27	18	25	1.98
172898--173112	82	2.6	81	83	5	281	28	27	18	24	1.98
173164--173270	40	2.7	40	82	2	128	24	23	19	32	1.97
175311--175395	29	2.7	30	80	10	91	35	0	15	49	1.45
175312--175400	32	2.7	32	79	13	101	35	0	14	49	1.44
175352--175426	37	2.0	38	81	2	89	34	1	18	45	1.58
186727--186755	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196014--196172	79	2.0	79	97	0	300	32	23	9	33	1.87
209922--210015	29	3.2	29	80	3	82	20	24	15	39	1.92
209935--210116	29	6.3	29	72	6	111	21	26	12	39	1.89
209963--210148	87	2.1	87	84	0	237	22	27	12	37	1.90
210210--210238	12	2.4	12	100	0	58	62	0	0	37	0.96
215263--215942	339	2.0	340	99	0	1353	34	14	7	43	1.75
224390--224427	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
229106--229384	27	10.3	27	85	3	301	43	21	18	16	1.89
229106--229400	54	5.5	54	82	4	344	43	20	19	16	1.89
229107--229400	81	3.6	81	84	0	356	43	20	19	17	1.88
229563--229646	26	3.2	26	84	1	78	19	21	19	40	1.92
229577--229672	26	3.7	26	80	0	102	18	21	19	39	1.92
229576--229678	52	2.0	52	82	0	125	17	22	21	38	1.93
229783--229855	28	2.5	30	86	6	105	26	23	17	32	1.97
232406--232441	15	2.4	14	90	9	54	22	38	0	38	1.54
232413--232450	19	2.0	19	90	10	60	21	39	0	39	1.53
233751--234238	249	2.0	249	100	0	976	31	19	15	32	1.93
234523--234555	16	2.0	17	88	5	50	24	15	9	51	1.72
235383--235497	34	3.4	34	85	0	122	13	14	28	42	1.84
236581--236641	21	2.9	20	80	9	68	68	4	6	19	1.30
241509--241582	22	3.3	21	77	5	67	43	17	18	20	1.88
241574--241636	32	2.0	31	87	3	90	41	17	20	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241703--241757	27	2.0	27	83	13	69	32	18	25	23	1.97
241826--241959	24	5.6	24	77	3	108	44	21	6	26	1.77
241977--242033	27	2.1	27	90	0	87	21	22	21	35	1.96
244362--244756	197	2.0	198	99	0	783	39	3	19	37	1.69
263248--263274	7	3.9	7	100	0	54	29	29	14	25	1.95
266720--266767	17	2.8	16	90	6	60	60	0	0	39	0.97
267127--267191	26	2.5	27	85	7	98	26	29	23	21	1.99
283126--283165	20	2.0	20	100	0	80	65	5	5	25	1.34
284570--284614	21	2.1	21	87	0	63	40	11	8	40	1.72
290678--290751	11	6.5	11	73	14	53	72	5	4	17	1.19

Tables:   1   2