genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold398
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  326082

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13916--13956	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
28773--29105	166	2.0	167	99	0	659	34	4	12	48	1.61
30391--30479	20	4.8	19	70	14	60	56	3	1	39	1.23
30421--30472	26	2.0	27	84	3	70	50	1	1	46	1.23
30450--30489	20	2.1	19	85	4	53	65	2	0	32	1.06
35190--35317	51	2.5	50	78	12	145	50	2	5	41	1.38
45460--45808	179	1.9	180	84	2	461	41	8	10	38	1.71
52633--52669	8	4.5	8	96	3	65	64	0	2	32	1.07
54228--54289	24	2.6	24	94	0	106	27	8	38	25	1.84
58997--59070	36	2.1	36	92	0	121	33	13	20	32	1.91
67119--67157	16	2.5	16	83	4	53	23	2	2	71	1.10
68345--68392	22	2.3	20	85	7	60	43	2	2	52	1.24
68445--68490	22	2.1	22	83	0	56	13	23	21	41	1.88
68587--68761	42	4.2	41	88	2	251	23	21	22	33	1.98
68587--68761	83	2.1	84	89	1	271	23	21	22	33	1.98
75451--75713	9	29.7	9	79	8	258	33	1	15	48	1.55
79237--79261	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80165--80249	21	4.0	20	72	11	53	45	31	1	21	1.59
80173--80252	14	5.6	14	70	14	56	47	31	0	21	1.51
80322--80845	115	4.6	114	73	4	387	25	22	18	32	1.97
81147--81639	246	2.0	246	100	0	986	24	21	22	31	1.99
89378--89422	17	2.6	18	80	13	51	66	2	6	24	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98257--98671	205	2.0	205	99	0	812	26	16	19	36	1.93
103330--103376	16	3.1	14	78	21	58	19	0	2	78	0.85
104443--104484	12	3.4	12	84	15	59	85	0	14	0	0.59
105958--106005	21	2.3	21	100	0	96	35	4	31	29	1.76
105958--106015	21	2.8	21	91	0	80	32	8	27	31	1.87
106397--106463	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
106666--106791	62	2.0	62	100	0	252	17	27	14	40	1.88
106751--106883	66	2.0	66	98	0	257	24	24	12	39	1.90
107274--107402	66	2.0	66	96	0	240	27	17	15	39	1.90
109724--109769	23	2.0	23	100	0	92	34	21	13	30	1.91
112600--112826	94	2.4	96	85	5	298	37	3	18	40	1.66
112530--112826	94	3.1	94	82	6	287	36	4	17	42	1.68
112865--113283	126	3.3	126	92	1	678	33	19	21	25	1.97
114293--114333	21	1.9	22	85	5	57	9	19	39	31	1.84
116129--116162	16	2.2	16	89	5	52	73	5	2	17	1.16
116255--116361	34	3.2	34	82	15	159	42	4	17	34	1.70
117966--118816	95	9.0	95	91	2	1360	29	22	17	30	1.97
118063--118211	43	3.4	43	68	7	120	30	25	16	27	1.97
118245--118780	43	11.4	43	63	22	152	29	21	18	30	1.97
118821--119111	88	3.3	88	94	0	501	27	27	21	22	1.99
118827--119109	44	6.4	44	68	20	171	28	27	21	22	1.99
120337--120386	23	2.2	22	82	3	55	0	22	2	76	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125468--125574	34	3.2	34	82	15	159	42	4	17	34	1.70
125492--125591	34	3.0	33	80	15	134	48	4	16	32	1.64
127059--127083	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
128263--128308	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
128269--128312	10	4.1	10	83	13	52	45	0	29	25	1.54
136951--136984	5	6.8	5	100	0	68	38	0	0	61	0.96
138510--138544	16	2.2	16	100	0	70	34	20	5	40	1.76
145712--145738	12	2.2	12	100	0	54	70	7	0	22	1.12
146742--146783	21	2.0	20	86	4	57	26	21	4	47	1.70
148347--148374	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
154409--154483	38	2.0	37	82	17	93	40	1	6	52	1.36
160687--160736	25	2.0	25	100	0	100	32	12	16	40	1.84
161729--161769	11	3.7	11	86	0	55	7	39	12	41	1.70
163160--163334	56	3.1	56	89	0	242	40	0	30	28	1.61
163160--163341	7	26.0	7	81	0	148	40	0	30	29	1.61
173714--173756	21	2.0	21	86	8	61	39	2	4	53	1.34
174072--174101	15	2.1	14	93	6	51	73	3	0	23	0.98
176093--176134	22	1.9	22	100	0	84	33	4	7	54	1.49
179367--179414	22	2.2	22	82	14	55	50	18	0	31	1.48
182315--182377	3	21.0	3	76	0	54	58	4	7	28	1.47
182885--182918	12	2.8	12	83	16	52	79	0	14	5	0.91
183927--184874	50	19.1	50	75	4	700	26	19	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183940--184868	100	9.3	100	86	2	1134	26	19	20	32	1.97
185040--185470	88	4.9	88	81	2	497	27	24	19	29	1.98
186719--186769	22	2.3	21	83	12	59	11	15	1	70	1.25
187676--187725	14	3.5	14	81	5	55	18	2	8	72	1.19
191899--191961	3	21.0	3	76	0	54	58	4	7	28	1.47
196717--196786	30	2.3	30	85	4	97	15	41	34	8	1.78
198246--198363	60	2.0	60	96	0	218	39	22	20	17	1.92
215481--215538	24	2.4	24	88	5	82	34	12	22	31	1.91
215853--216381	43	12.5	42	72	12	231	30	21	22	24	1.99
215982--216302	40	7.8	40	75	9	313	29	22	23	24	1.99
215983--216407	210	2.0	207	91	2	681	30	22	22	25	1.99
215847--216298	167	2.7	167	81	11	580	30	21	23	24	1.99
215853--216407	127	4.4	124	77	8	469	30	21	22	24	1.99
220179--220221	21	2.0	21	86	0	59	32	11	30	25	1.91
221827--222335	184	2.8	184	88	1	698	43	20	8	28	1.81
226691--226724	12	2.8	12	90	4	50	70	0	2	26	1.01
235754--236128	186	2.0	186	94	0	660	28	17	13	40	1.88
239974--240025	21	2.4	22	76	20	56	36	13	3	46	1.62
245969--246070	22	4.5	22	70	7	71	49	33	1	15	1.56
245969--246120	45	3.4	46	83	3	157	46	34	2	16	1.61
245974--246120	23	6.5	23	74	3	138	46	35	2	16	1.59
247371--247446	38	2.0	38	94	0	134	38	22	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247607--247747	29	4.8	29	76	5	122	40	9	24	26	1.85
247734--247845	29	3.8	30	85	2	138	36	13	28	21	1.91
247734--247845	59	1.9	59	84	0	152	36	13	28	21	1.91
259624--259648	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
260523--260582	27	2.2	26	79	5	57	43	18	18	20	1.88
260577--260829	27	9.4	27	83	4	287	45	19	16	18	1.86
260579--260815	81	2.9	79	84	5	323	46	18	17	17	1.84
267929--267978	20	2.5	20	87	6	66	54	0	26	20	1.45
273605--273660	28	2.0	28	89	0	85	48	19	5	26	1.70
273800--273910	58	1.9	58	90	3	179	24	26	11	37	1.89
273808--273912	29	3.6	29	84	2	140	22	26	11	39	1.88
273800--273939	29	4.8	29	81	0	136	25	25	11	37	1.89
273802--273943	58	2.4	58	82	4	178	25	25	11	38	1.89
280552--280636	29	2.9	29	82	0	107	25	24	12	36	1.92
283272--283335	30	2.1	30	94	0	110	32	34	17	15	1.91
284412--284453	18	2.4	18	92	4	68	42	2	9	45	1.49
285610--285889	143	2.0	143	91	1	454	24	12	22	40	1.89
287680--287720	17	2.4	17	91	0	64	34	12	29	24	1.91
288689--288741	20	2.7	20	82	5	63	28	18	5	47	1.72
304121--304387	27	9.9	27	88	0	383	26	16	18	38	1.91
306607--306988	35	10.7	35	78	7	241	25	24	13	37	1.91
306652--306734	41	2.0	41	90	0	130	22	31	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306693--306988	105	2.8	105	82	3	344	25	24	12	37	1.91
306693--306988	70	4.2	68	77	3	277	25	24	12	37	1.91
307524--307575	24	2.2	24	86	6	70	36	3	7	51	1.49
317577--317608	14	2.4	14	94	5	57	43	0	21	34	1.53
323858--323882	13	1.9	13	100	0	50	68	8	8	16	1.38
324676--324736	21	2.9	20	73	14	52	37	3	1	57	1.25
324723--326082	727	1.9	724	94	3	2392	38	12	10	39	1.77

Tables:   1

The End!