genome.fa.s2815.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold234
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  732544

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 268 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1190--1258	24	2.9	24	85	8	88	52	7	4	36	1.49
1354--1398	3	15.0	3	95	0	81	68	0	0	31	0.89
3547--3590	20	2.2	20	83	0	52	61	9	20	9	1.53
3677--3733	29	2.0	29	89	6	89	38	14	36	10	1.80
4154--4184	13	2.4	13	94	0	53	22	0	38	38	1.54
9174--9227	19	2.8	19	88	0	90	37	14	9	38	1.79
9457--9486	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11225--11642	212	2.0	212	98	0	809	38	12	14	34	1.84
11707--11733	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
12720--12753	3	11.7	3	93	6	61	70	0	0	29	0.87
13755--13832	20	3.9	20	89	0	111	7	21	24	46	1.77
19591--19625	13	2.8	13	86	4	54	80	0	20	0	0.72
22479--22524	20	2.3	20	88	0	65	23	23	32	19	1.97
23300--23361	24	2.6	24	86	0	79	37	1	25	35	1.66
29905--30035	33	3.8	33	80	13	163	40	22	6	30	1.80
29889--30043	73	2.1	73	100	0	310	40	21	9	29	1.84
32085--32197	32	3.7	31	70	17	94	50	3	3	42	1.36
32087--32214	57	2.2	58	90	4	197	50	3	3	42	1.36
36454--36660	40	5.2	40	80	0	234	22	28	17	31	1.96
43318--43405	40	2.2	40	87	0	122	23	23	19	32	1.97
47582--47613	6	5.3	6	100	0	64	0	53	0	46	1.00
48904--48956	22	2.5	20	72	19	54	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51797--51823	12	2.2	12	100	0	54	22	0	0	77	0.76
53910--53941	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
55929--55968	12	3.5	12	83	13	57	27	2	0	70	1.01
57518--57707	22	9.4	19	71	23	86	31	1	11	55	1.42
57627--57755	21	6.0	21	81	15	156	31	0	13	55	1.44
57663--57879	27	8.9	26	72	21	177	32	1	13	52	1.49
57660--57932	97	2.8	96	88	6	340	31	1	13	53	1.49
57523--57761	19	12.5	19	69	21	126	32	1	11	55	1.43
57798--57932	21	5.8	22	76	19	116	31	1	13	54	1.48
57660--57926	48	5.6	45	81	11	234	32	1	13	52	1.50
57920--58004	26	3.3	24	71	22	66	35	0	9	55	1.32
58066--58145	36	2.2	37	93	4	135	56	2	2	38	1.26
58264--58781	260	2.0	259	93	0	892	33	12	16	37	1.86
60276--60342	27	2.4	27	92	2	116	37	0	8	53	1.32
63315--63394	21	3.6	22	88	5	101	2	28	2	66	1.18
63446--63511	27	2.4	27	80	5	80	21	36	22	19	1.95
68211--68251	10	4.3	10	90	3	59	39	0	2	58	1.11
69846--69870	9	2.8	9	100	0	50	12	40	36	12	1.79
73997--74034	20	2.0	19	85	10	51	71	5	23	0	1.07
74898--74954	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
81586--81615	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
82245--82300	21	2.8	21	80	20	66	46	10	0	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101066--101111	23	2.0	23	95	0	83	36	0	0	63	0.95
101906--101943	19	2.0	19	100	0	76	26	31	10	31	1.90
103971--104076	54	2.0	54	80	0	122	38	16	5	38	1.73
108071--108324	50	4.8	50	82	10	274	25	22	31	20	1.98
108101--108216	61	1.9	61	98	0	223	24	21	35	18	1.96
108071--108271	111	1.8	112	91	1	332	24	21	32	20	1.97
111616--111677	3	20.7	3	89	0	88	25	0	6	67	1.14
111619--111681	21	3.0	21	90	2	101	23	0	7	68	1.16
113253--113294	16	2.6	16	96	3	75	26	26	23	23	2.00
118063--118121	24	2.5	24	81	15	77	35	13	32	18	1.90
121068--121244	71	2.5	71	86	1	248	28	23	20	27	1.99
129326--129370	16	2.8	17	78	21	53	37	4	0	57	1.19
131678--131721	22	1.9	24	86	9	65	45	2	9	43	1.48
131820--131861	20	2.1	20	86	8	59	45	7	7	40	1.59
132091--132154	13	4.9	13	82	0	83	28	9	28	34	1.88
141632--141662	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
145355--145633	154	1.8	154	97	0	531	41	11	8	38	1.72
148384--148766	174	2.2	172	85	5	495	27	21	20	30	1.98
148564--148682	45	2.7	46	81	16	135	26	27	19	26	1.99
148471--148761	89	3.4	83	73	13	266	27	22	20	28	1.99
148528--148810	44	6.5	44	75	8	213	26	21	21	30	1.98
148833--149082	50	5.0	50	66	5	164	26	21	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148825--149139	100	3.2	100	86	0	434	25	21	21	31	1.98
149330--149491	88	1.8	88	94	0	288	27	26	19	27	1.99
162870--162934	24	2.5	26	74	18	64	70	7	6	15	1.30
163245--163273	11	2.5	12	94	5	51	79	3	0	17	0.87
164444--164483	17	2.5	15	81	14	53	5	17	35	42	1.71
164708--164741	17	2.0	17	88	11	52	32	17	2	47	1.63
165959--166075	43	2.7	43	78	2	119	30	26	20	22	1.98
167663--167706	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
167806--167847	20	2.1	20	90	0	66	50	4	7	38	1.51
169835--169879	23	2.0	23	82	4	56	28	11	11	48	1.73
175696--175743	23	2.1	23	96	3	89	45	0	0	54	0.99
175697--175742	22	2.1	21	92	8	74	47	0	0	52	1.00
176230--176260	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
184264--184300	15	2.5	15	84	16	51	37	8	2	51	1.46
186321--186411	37	2.4	37	80	12	96	41	3	4	50	1.38
188907--189148	50	4.9	50	81	3	229	22	28	22	26	1.99
188969--189148	100	1.8	100	86	2	263	20	30	23	25	1.98
203893--203925	12	2.8	12	86	13	50	45	0	0	54	0.99
207440--207518	13	6.1	13	85	5	97	29	7	29	34	1.85
207777--207808	15	2.1	15	100	0	64	18	12	18	50	1.78
217803--217832	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
217885--217925	15	2.4	18	80	11	52	65	7	7	19	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217930--217975	20	2.3	20	85	3	58	76	0	4	19	0.96
217905--217976	9	7.8	9	76	11	65	72	2	2	22	1.11
223730--223838	54	2.0	54	96	0	200	31	17	12	38	1.87
225631--225680	19	2.7	18	87	9	64	22	0	2	76	0.89
228118--228202	25	3.2	25	63	15	62	57	7	4	30	1.46
228100--228210	55	2.0	56	96	1	206	53	6	7	33	1.54
228812--228902	45	2.0	44	89	6	139	29	5	28	36	1.80
228815--228909	44	2.1	45	86	5	131	30	5	30	33	1.80
229071--229100	16	1.9	15	93	6	51	33	3	0	63	1.11
230748--231465	182	4.0	180	79	8	726	34	20	11	33	1.88
232123--232153	11	2.8	11	90	0	53	32	22	25	19	1.97
239580--239609	14	2.1	14	100	0	60	56	0	16	26	1.40
239987--240036	18	2.7	19	87	9	77	32	16	38	14	1.88
241348--241542	27	7.2	27	79	2	194	20	14	21	43	1.87
241358--241542	81	2.3	81	86	1	264	20	15	20	44	1.86
244590--244618	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
248473--249384	456	2.0	456	100	0	1824	37	19	9	34	1.84
249776--249800	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
252208--252255	20	2.4	21	82	10	73	43	6	10	39	1.64
252452--252499	19	2.6	19	83	3	62	35	2	12	50	1.52
257088--257127	19	2.2	18	95	4	71	40	2	15	42	1.60
258500--258547	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258510--258548	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
259356--259402	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
259539--259670	40	3.4	39	74	7	133	26	17	22	33	1.96
266650--266714	33	2.0	33	100	0	130	35	15	6	43	1.72
274197--274245	19	2.6	20	81	18	61	36	2	0	61	1.08
282333--282392	30	2.0	31	86	3	86	26	21	6	45	1.77
298790--299308	27	19.2	27	85	1	592	43	22	16	17	1.88
308081--308122	15	2.8	15	82	7	50	11	0	33	54	1.37
308147--308216	16	4.2	16	75	12	61	20	2	22	54	1.58
312849--312893	23	2.0	23	95	0	81	35	8	15	40	1.79

Tables:   1   2   3