genome.fa.s2945.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold385
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  592280

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10646--10768	44	2.7	44	82	3	138	32	17	20	29	1.96
10647--10806	46	3.5	45	82	3	178	31	18	21	28	1.97
10885--11127	44	5.7	43	69	11	160	28	20	22	28	1.98
10838--11122	129	2.2	129	89	1	437	29	21	22	27	1.99
10838--11118	44	6.6	41	69	15	158	29	21	21	27	1.98
13010--13045	19	1.9	18	88	5	54	33	5	2	58	1.36
16089--16114	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
15979--16131	42	3.7	41	82	6	184	62	0	3	33	1.16
15979--16131	40	3.7	40	80	6	180	62	0	3	33	1.16
22924--22964	21	2.0	21	85	0	55	14	17	31	36	1.90
23346--23372	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
29735--29764	16	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
30125--30189	22	2.9	23	79	9	80	66	9	6	18	1.41
30174--30332	21	7.5	20	68	16	70	57	13	8	20	1.62
30134--30278	44	3.3	43	79	9	143	60	13	7	18	1.56
30136--30295	86	1.9	86	90	0	257	60	13	8	18	1.57
30120--30330	42	4.9	42	79	6	208	59	12	9	18	1.59
31033--31420	42	9.0	42	84	3	418	55	11	11	20	1.67
31059--31420	129	2.8	129	92	2	570	54	12	11	20	1.68
34578--34667	35	2.5	35	83	5	110	25	22	12	40	1.88
43158--43193	17	2.1	17	100	0	72	36	16	19	27	1.93
47937--48052	56	2.1	57	85	4	155	45	6	18	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50245--50368	38	3.3	37	86	4	167	29	20	21	27	1.98
53977--54028	20	2.6	20	81	0	68	7	23	19	50	1.73
54187--54278	24	3.8	24	79	0	103	35	9	17	36	1.83
57917--57969	19	3.0	19	72	22	53	37	3	5	52	1.43
58484--58645	50	3.3	50	73	14	190	50	9	2	38	1.48
58525--58675	49	3.1	49	71	16	157	49	10	3	35	1.56
58476--58675	99	2.0	100	99	0	393	50	10	3	36	1.51
66909--66962	26	2.1	26	100	0	108	55	0	11	33	1.35
66915--66971	26	2.2	26	90	0	87	56	1	12	29	1.46
68105--68226	37	3.3	37	77	8	124	18	14	25	40	1.89
68768--68805	19	2.0	19	85	10	51	78	13	0	7	0.94
74507--74797	150	1.9	150	98	0	564	36	15	21	26	1.94
75191--75224	13	2.8	12	87	12	52	73	14	0	11	1.10
75191--75225	12	2.8	13	91	8	56	74	14	0	11	1.08
75671--75705	7	5.0	7	86	13	54	71	0	14	14	1.15
75671--75697	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
76943--77416	87	5.4	87	89	0	714	29	22	23	24	1.99
84205--84276	29	2.5	29	84	4	92	23	31	22	22	1.98
84328--84411	29	2.9	29	78	0	78	22	35	21	20	1.96
84357--84419	29	2.2	29	82	0	81	22	33	22	22	1.97
90155--90191	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
91422--91604	46	4.0	46	89	4	271	34	9	27	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92545--92590	23	1.9	25	82	8	60	43	2	19	34	1.63
96229--96325	28	3.4	28	90	7	142	34	3	14	48	1.59
96234--96358	31	4.2	31	77	13	120	33	4	12	49	1.61
96233--96310	14	5.6	13	71	13	57	35	2	12	48	1.55
96229--96358	61	2.2	57	84	11	158	33	4	13	49	1.62
96352--96417	31	2.2	31	91	2	107	34	10	7	46	1.67
96902--96942	17	2.4	17	91	4	64	53	2	9	34	1.47
98566--98607	4	10.2	4	89	5	57	19	0	2	78	0.86
102894--102957	13	4.9	13	77	7	76	32	6	25	35	1.81
109143--109215	38	2.0	37	94	5	130	39	9	19	31	1.84
109815--109862	25	2.1	23	85	14	64	68	0	10	20	1.18
110487--110511	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
126697--126727	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
128628--128807	51	3.5	51	81	5	168	23	15	28	32	1.95
128816--128902	45	1.9	45	90	0	138	27	18	22	31	1.97
138090--138120	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
139269--139306	16	2.4	16	86	4	51	26	2	5	65	1.27
139276--139322	19	2.6	18	86	3	67	23	4	4	68	1.26
140453--140601	73	2.0	73	93	0	253	32	21	18	28	1.96
146322--146348	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
150393--150585	51	3.8	50	83	5	237	29	25	16	29	1.96
154988--155025	18	2.1	18	95	0	67	34	36	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160674--160730	14	4.1	14	77	6	55	70	1	10	17	1.24
178457--178489	17	2.1	16	88	11	50	57	18	0	24	1.40
180945--181038	20	4.7	20	72	7	75	36	21	31	10	1.88
182770--182820	20	2.5	21	83	3	59	43	5	0	50	1.26
183641--183680	13	3.1	13	85	0	62	32	7	20	40	1.80
241034--241093	18	3.3	18	70	25	63	38	28	8	25	1.84
241012--241117	36	2.9	36	87	5	151	33	27	10	28	1.90
249365--249409	18	2.7	16	82	6	54	26	28	0	44	1.55
250278--250319	17	2.4	18	80	15	52	9	50	26	14	1.73
251323--251356	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
254347--254389	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
260034--260087	28	1.9	28	85	7	74	38	1	5	53	1.35
264576--264843	87	3.1	88	85	2	333	22	23	14	39	1.91
264577--264808	29	8.0	29	80	1	250	21	23	15	39	1.91
264676--264832	29	5.4	29	85	0	143	22	26	12	38	1.89
266494--266526	16	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
266776--266835	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
269107--269146	22	1.9	20	85	10	53	20	12	47	20	1.81
269575--270412	44	18.6	44	74	6	556	29	20	16	32	1.95
269578--270365	133	5.8	133	87	3	974	30	20	16	32	1.95
269575--270412	89	9.3	89	72	8	442	29	20	16	32	1.95
270027--270463	44	9.6	48	69	21	149	30	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277668--277695	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
278683--278758	37	2.1	37	92	0	125	35	22	19	22	1.96
281363--282022	27	24.6	27	87	2	929	35	20	20	24	1.96
281363--282022	134	4.9	135	88	2	965	35	20	20	24	1.96
281363--282022	161	4.1	161	90	1	964	35	20	20	24	1.96
282092--282156	24	2.7	24	92	2	112	12	1	29	56	1.45
282235--282294	27	2.2	27	88	11	88	21	25	21	31	1.98
282248--282300	27	2.0	27	85	7	72	24	26	18	30	1.98
282338--282508	32	5.4	32	82	0	191	21	20	19	38	1.94
282336--282508	64	2.7	64	81	0	213	21	20	20	37	1.94
282500--282564	22	3.0	21	75	4	67	15	20	20	44	1.86
282693--282755	27	2.3	27	78	5	74	23	22	20	33	1.97
283779--283921	25	5.8	25	75	9	98	34	21	25	17	1.95
283779--283902	49	2.5	49	80	6	126	36	21	25	16	1.94
286010--286040	15	2.1	15	100	0	62	45	0	0	54	0.99
286296--286328	16	1.9	18	88	11	52	66	0	12	21	1.23
287081--287129	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
287517--287598	43	1.9	43	87	0	119	51	0	21	26	1.48
288675--288824	49	3.1	49	93	0	246	42	6	23	27	1.79
289755--289785	14	2.2	14	94	0	53	25	12	9	51	1.70
295292--295323	11	2.9	11	100	0	64	65	9	0	25	1.22
301754--301801	24	2.0	25	91	4	80	8	10	6	75	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303787--303820	17	2.0	17	88	11	52	76	8	5	8	1.15
308911--308966	27	2.1	27	100	0	112	28	32	0	39	1.57
309019--309082	17	3.7	17	76	17	51	67	1	6	25	1.23
310079--310109	13	2.4	13	94	0	53	54	22	6	16	1.64
310571--310617	22	2.2	22	84	3	60	25	19	23	31	1.98
314796--314852	20	2.9	20	87	7	73	8	28	24	38	1.85
328064--328103	20	2.0	20	90	9	64	57	20	0	22	1.41
332114--332487	187	2.0	187	84	1	489	34	23	15	26	1.94
343405--343471	20	3.0	22	77	18	68	58	4	0	37	1.19
345398--345499	46	2.2	46	91	0	159	29	15	21	33	1.94

Tables:   1   2