genome.fa.s2980.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold369
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  402231

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1054--1086	9	3.9	9	84	15	52	33	0	18	48	1.48
1219--1388	34	4.7	34	68	23	123	41	0	10	48	1.38
1253--1298	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
1309--1354	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
1204--1961	56	13.1	56	89	7	1001	40	1	11	46	1.49
1365--1410	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
1387--1961	34	18.4	33	66	24	272	40	1	12	45	1.52
1477--1553	9	9.2	9	75	21	62	36	1	18	44	1.58
1478--1553	16	4.6	16	69	23	59	35	1	18	44	1.58
1476--1549	25	2.9	26	74	20	84	37	1	18	41	1.59
4769--4801	17	1.9	17	93	0	57	36	36	0	27	1.57
4871--4901	14	2.1	15	94	5	55	38	32	0	29	1.57
5666--6024	113	3.2	114	88	4	521	28	23	18	29	1.98
22253--22311	18	3.1	18	81	13	57	77	0	20	1	0.85
22261--22319	22	2.5	24	83	10	68	76	0	22	1	0.88
22376--22459	41	2.0	41	95	0	150	45	16	11	26	1.82
23769--23809	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
25952--25988	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
28095--28153	30	2.1	26	87	12	82	50	0	0	49	1.00
28161--28209	23	2.0	25	85	14	68	53	0	6	40	1.26
28201--28237	18	2.1	17	90	5	56	51	8	5	35	1.55
31019--31311	146	2.0	147	99	0	579	42	8	15	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46357--46586	114	2.0	115	98	0	444	30	25	18	26	1.98
52313--52437	1	125.0	1	69	0	79	84	8	4	1	0.82
52313--52435	16	7.6	16	76	17	96	84	8	4	1	0.83
52312--52436	27	4.6	26	82	15	114	84	9	4	1	0.84
52928--52958	14	2.3	14	94	5	55	74	0	12	12	1.08
54137--54954	89	9.2	89	91	1	1115	27	25	24	22	2.00
54137--54954	177	4.6	176	88	1	1089	27	25	24	22	2.00
55460--55774	132	2.4	133	82	2	384	28	19	25	26	1.98
61652--61703	24	2.2	24	89	0	77	38	3	7	50	1.50
63548--63628	31	2.6	31	86	3	110	33	11	11	44	1.75
65056--65095	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
67032--67103	28	2.6	28	91	4	110	40	12	1	45	1.50
80134--80161	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
81443--81616	88	2.0	88	97	0	330	24	14	20	39	1.91
84815--84872	29	2.0	29	83	12	75	27	18	5	48	1.70
86422--86477	25	2.3	24	75	12	60	41	0	8	50	1.34
91384--91618	78	3.0	78	98	0	452	42	14	10	33	1.79
95929--96006	5	15.6	5	76	14	56	43	1	1	53	1.16
95927--96006	11	7.3	11	71	16	51	43	1	1	53	1.16
96007--96104	17	5.8	16	71	15	54	71	3	19	6	1.21
96023--96105	4	20.5	4	68	24	50	71	3	21	3	1.17
96029--96093	29	2.2	29	91	0	103	72	4	18	4	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96981--97115	41	3.5	39	78	11	134	27	16	23	32	1.96
96996--97120	40	3.2	40	75	10	105	29	16	20	32	1.95
98291--98446	26	6.2	26	67	14	96	21	21	18	39	1.93
102196--102221	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
102751--102790	22	1.9	20	85	10	53	35	2	5	57	1.34
102822--102891	16	4.7	16	71	16	69	52	10	1	35	1.44
104047--104086	22	1.9	20	85	10	53	35	2	5	57	1.34
104118--104187	16	4.7	16	71	16	69	52	10	1	35	1.44
104194--104236	16	2.7	16	92	0	68	44	6	2	46	1.43
104114--104213	43	2.3	43	98	1	193	49	10	2	39	1.48
104917--104979	33	1.9	33	90	6	101	61	0	1	36	1.05
104967--105014	9	5.3	9	78	9	53	70	0	0	29	0.87
104956--105014	27	2.2	27	96	0	109	67	0	0	32	0.91
106995--107147	76	2.0	76	98	0	297	46	12	10	30	1.75
107107--107168	10	5.9	10	78	14	63	56	1	1	40	1.19
107149--107223	38	1.9	38	94	2	132	65	0	2	32	1.07
112511--112565	28	2.0	28	85	7	76	58	1	0	40	1.09
112512--112568	19	3.1	19	82	7	64	57	1	0	40	1.09
122896--122949	29	1.9	27	85	7	72	51	0	7	40	1.30
135960--135992	16	2.1	16	94	5	59	42	0	0	57	0.98
136045--136133	39	2.2	41	86	5	121	49	5	5	39	1.50
136708--136749	20	2.0	20	90	4	66	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136737--136775	19	2.1	18	90	4	60	58	0	2	38	1.12
138306--138391	38	2.3	38	83	0	100	34	3	6	54	1.44
139843--141200	683	2.0	675	98	1	2617	36	12	13	37	1.82
146639--146669	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
153101--153131	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
162451--162487	19	2.0	19	89	5	58	51	0	0	48	1.00
163089--163123	11	3.2	11	92	8	54	88	0	0	11	0.51
163089--163115	10	2.7	10	100	0	54	92	0	0	7	0.38
164828--164886	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
169537--169635	51	1.9	51	87	0	144	20	14	36	29	1.91
171759--171795	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
172572--173178	224	2.7	224	98	0	1178	33	14	11	39	1.83
176227--176275	19	2.7	18	78	15	55	24	6	2	67	1.24
176318--176395	40	2.0	40	87	5	113	33	5	2	58	1.33
176364--176433	27	2.5	27	84	11	79	35	2	1	60	1.21
176731--176915	100	1.8	101	88	5	286	33	10	22	32	1.89
177588--177629	22	2.0	21	86	13	61	33	2	0	64	1.07
179179--179870	49	13.6	51	75	6	485	23	18	23	34	1.96
179220--179870	50	12.8	50	72	10	254	23	18	23	34	1.96
179179--179870	103	6.8	98	75	8	306	23	18	23	34	1.96
179277--179639	152	2.4	150	78	5	372	23	17	23	35	1.95
179688--179870	51	3.7	48	81	5	213	16	19	25	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185162--185596	48	9.0	48	76	11	291	21	22	20	35	1.96
185162--185441	143	2.0	143	83	4	359	21	23	19	35	1.96
185261--185548	95	3.0	95	81	7	283	21	23	20	34	1.97
185171--185487	143	2.2	141	80	7	343	22	23	19	34	1.97
185363--185577	50	4.4	51	78	9	157	21	24	20	33	1.97
186359--186455	21	4.7	21	92	2	153	41	9	11	38	1.73
186584--186616	13	2.5	13	86	13	50	87	0	9	3	0.63
186586--186689	51	2.0	53	94	3	185	59	3	21	15	1.52
191308--191688	190	2.0	190	88	1	566	30	13	21	34	1.92
194747--194771	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
195241--195305	30	2.1	30	85	2	85	41	13	12	32	1.82
199300--199340	14	2.9	15	78	7	50	4	19	0	75	0.98
199862--199941	29	2.6	31	74	16	87	18	13	16	51	1.77
200558--200600	18	2.4	18	88	0	59	39	25	9	25	1.85
201132--201195	11	5.7	11	79	1	65	23	26	1	48	1.60
201146--201195	22	2.3	22	89	0	73	24	28	2	46	1.64
203044--203086	18	2.4	19	84	7	54	20	30	9	39	1.84
203612--203676	21	3.0	22	95	4	123	44	32	0	23	1.53
204640--205070	123	3.5	124	88	6	664	29	22	17	29	1.97
205427--205491	29	2.3	28	74	10	69	40	18	20	21	1.92
206812--206846	11	3.2	11	100	0	70	65	8	0	25	1.21
206892--206934	8	5.1	8	78	10	50	76	2	0	20	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207448--207474	6	4.5	6	100	0	54	70	0	14	14	1.17
209072--209107	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
209656--209698	8	5.5	8	78	15	54	18	0	0	81	0.69
209656--209695	14	2.7	15	92	7	64	17	0	0	82	0.67
209659--209698	17	2.4	17	91	4	64	17	0	0	82	0.67
210710--210786	12	6.2	12	76	18	61	72	0	5	22	1.04
210718--210785	4	16.5	4	80	17	61	73	0	4	22	1.01
210719--210778	22	2.8	21	77	22	63	73	0	5	21	1.02
211697--211938	121	2.0	121	91	1	396	23	28	12	35	1.91
216113--216137	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29

Tables:   1   2