genome.fa.s3000.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold323
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  764456

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 254 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4494--4547	24	2.2	24	86	0	72	53	9	3	33	1.50
5669--5703	15	2.3	15	85	0	52	62	17	2	17	1.44
6896--6957	4	16.0	4	86	6	83	24	4	0	70	1.06
14036--14060	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19277--19327	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
19587--19671	43	2.0	41	88	4	125	18	11	5	63	1.47
19705--20148	112	4.0	112	85	2	524	32	14	17	35	1.90
24271--24312	16	2.5	17	84	7	59	54	7	0	38	1.28
30481--30509	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
30609--30639	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
43866--43909	18	2.4	19	84	3	63	45	13	20	20	1.85
43866--43909	6	7.2	6	79	5	52	45	13	20	20	1.85
43895--43987	39	2.4	39	87	0	132	41	16	17	24	1.89
44187--44273	40	2.2	40	85	4	113	40	20	8	31	1.82
46893--46945	27	2.0	27	85	7	72	0	24	1	73	0.93
48083--48117	14	2.5	14	90	9	54	0	14	5	80	0.89
48270--48307	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
54200--54286	45	1.9	45	92	0	147	43	20	13	21	1.87
54490--54576	40	2.2	40	85	4	113	41	20	6	31	1.79
55328--55362	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
60921--60975	18	3.1	18	91	0	92	25	7	18	49	1.73
66332--66386	18	3.1	18	91	0	92	25	7	18	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66707--66754	16	2.7	19	75	15	57	33	0	0	66	0.92
73829--73889	32	1.9	32	90	6	97	60	0	1	37	1.07
73842--73932	38	2.3	40	86	7	141	64	0	3	31	1.09
74133--74170	11	3.5	11	92	7	60	50	0	2	47	1.15
74107--74170	11	6.1	10	77	13	58	53	0	1	45	1.10
74107--74260	42	3.7	41	83	6	179	60	0	2	37	1.11
74107--74229	52	2.3	52	86	6	160	60	0	1	38	1.07
75107--75150	2	22.5	2	86	4	54	54	0	0	45	0.99
79193--79233	10	4.1	10	87	0	55	53	7	0	39	1.29
79198--79232	2	17.5	2	87	0	52	54	2	0	42	1.15
81100--81176	26	3.0	25	70	21	68	19	23	20	36	1.95
81155--81267	26	4.5	25	72	10	79	20	23	20	35	1.96
84250--84299	25	2.0	25	92	3	84	56	4	2	38	1.30
88723--88747	13	1.9	13	100	0	50	16	12	24	48	1.79
128480--128764	147	1.9	147	80	7	326	40	8	11	39	1.73
134083--134111	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
139293--139332	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
148950--149036	39	2.2	40	85	8	124	19	25	27	27	1.99
160622--160654	15	2.1	16	88	5	50	42	0	3	54	1.15
163981--164041	32	1.9	32	83	12	81	44	3	1	50	1.28
164743--164775	15	2.3	15	89	5	50	21	15	9	54	1.68
165201--165241	18	2.3	18	95	0	73	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166471--166531	32	1.9	32	96	0	113	50	18	3	27	1.62
166471--166544	32	2.5	30	87	10	100	51	18	2	27	1.60
166472--166558	27	3.0	27	83	11	77	51	18	3	26	1.62
169742--169774	15	2.2	15	100	0	66	60	0	6	33	1.21
172296--172348	17	3.4	17	70	20	60	54	20	9	15	1.68
172291--172349	30	2.0	30	93	0	100	54	20	10	15	1.70
173158--173209	11	4.9	11	73	17	56	55	0	1	42	1.10
173158--173218	31	2.0	31	93	6	106	59	0	1	39	1.08
182401--182453	17	3.4	17	70	20	60	54	20	9	15	1.68
182396--182454	30	2.0	30	93	0	100	54	20	10	15	1.70
183263--183314	11	4.9	11	73	17	56	55	0	1	42	1.10
183263--183344	31	2.7	31	87	9	107	58	1	2	37	1.19
189927--190004	31	2.5	31	79	4	86	37	16	8	37	1.80
190889--190930	2	21.5	2	90	4	68	54	0	45	0	0.99
190883--190930	10	5.1	10	82	12	57	58	0	41	0	0.98
207739--207803	30	2.2	30	83	10	80	52	10	3	33	1.52
217030--217075	22	2.0	23	88	12	69	36	0	0	63	0.95
220834--220938	34	3.1	34	78	6	115	29	12	16	41	1.84
222776--222836	29	2.0	31	81	12	74	44	13	8	34	1.73
234763--234828	34	1.9	34	87	0	96	51	4	12	31	1.59
237521--237600	41	2.0	40	87	2	115	50	15	8	26	1.72
239879--239913	15	2.3	15	100	0	70	40	5	20	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249325--249435	55	2.0	55	96	0	204	35	20	9	34	1.86
253309--253376	22	3.1	22	76	0	73	60	11	11	16	1.59
260258--260322	32	2.0	32	100	0	130	43	12	20	24	1.86
261735--261781	24	2.0	24	86	0	67	59	0	2	38	1.09
261728--261791	33	1.9	33	81	12	78	59	0	1	39	1.07
261734--261981	123	2.0	124	98	1	480	45	7	4	43	1.50
263167--263306	59	2.3	60	85	2	192	43	4	10	42	1.57
263177--263321	59	2.5	59	83	2	157	43	4	10	41	1.60
270547--270579	6	5.5	6	100	0	66	51	15	0	33	1.43
271867--272110	121	2.0	122	99	0	481	51	4	9	34	1.54
273137--273170	17	1.9	18	88	5	52	44	2	0	52	1.16
279303--279336	11	3.1	11	91	0	50	38	0	0	61	0.96
280236--280268	14	2.4	14	90	5	50	42	0	0	57	0.98
280468--280505	19	2.0	19	89	0	58	39	28	2	28	1.70
281042--281099	29	1.9	31	89	6	93	36	0	44	18	1.50
286293--286357	3	21.7	3	96	0	121	30	0	1	67	1.00
305319--305588	94	2.9	95	77	9	252	31	18	20	29	1.96
305333--305817	44	10.7	44	73	14	274	31	18	22	28	1.97
316154--316187	17	2.0	17	94	0	59	23	2	0	73	0.97
326917--326985	30	2.4	30	79	13	90	46	4	0	49	1.21
327031--327096	27	2.4	27	89	0	96	30	28	25	15	1.96
327334--327365	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328843--329016	86	2.0	86	97	0	330	26	14	29	29	1.95
331969--332020	27	1.9	27	96	0	95	13	30	9	46	1.75
332721--332791	19	3.6	20	75	19	69	0	29	0	70	0.88
338495--338632	43	3.2	43	94	0	240	24	15	26	34	1.95
340439--340482	6	7.3	6	81	0	52	18	61	2	18	1.45
340449--340480	12	2.7	12	100	0	64	15	59	0	25	1.36
340767--341016	114	2.2	114	89	2	369	32	38	5	24	1.77
342939--343016	33	2.4	33	79	12	88	28	26	15	29	1.96
345103--345169	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
346860--346898	17	2.3	17	90	0	60	35	2	17	43	1.63
348856--348882	5	5.4	5	100	0	54	0	18	18	62	1.32
366868--366920	26	2.0	26	88	7	79	33	0	1	64	1.05
366883--366923	21	1.9	21	85	5	55	39	0	2	58	1.11
369086--369140	16	3.4	16	72	22	60	41	0	40	18	1.50
369101--369157	17	3.4	17	73	22	66	35	0	40	24	1.56
369086--369159	33	2.2	33	100	0	148	40	0	37	21	1.54
369484--369520	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
373504--373643	40	3.5	40	75	8	117	31	23	17	27	1.97
373775--373827	19	2.7	19	72	13	54	52	11	0	35	1.37
374519--374586	11	6.2	11	78	13	68	1	17	2	77	0.96
374519--374584	4	16.8	4	77	14	50	1	18	3	77	0.98
377512--377545	17	2.0	17	94	0	59	70	2	0	26	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378284--378316	16	2.0	17	88	5	50	51	0	21	27	1.48
378385--378456	36	2.0	36	86	5	101	45	0	23	30	1.53
378656--378765	23	5.0	22	82	5	127	19	21	24	34	1.96
383178--383293	57	2.0	58	86	1	162	47	8	4	39	1.54
390406--390452	9	5.2	9	84	7	51	59	4	2	34	1.29
391213--391259	9	5.2	9	84	7	51	59	4	2	34	1.29
390213--391827	807	2.0	807	99	0	3221	44	6	11	37	1.65
392870--392913	19	2.4	18	85	11	54	50	0	6	43	1.29
395024--395064	4	10.2	4	94	0	73	46	26	2	24	1.65
395745--395808	32	2.0	32	87	0	92	26	3	29	40	1.71

Tables:   1   2   3