genome.fa.s3023.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold245
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  689785

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7441--7475	13	2.7	13	95	0	61	42	25	8	22	1.82
7938--8006	22	3.1	23	78	13	74	43	17	21	17	1.88
7966--8061	25	4.0	25	86	6	128	38	18	21	20	1.93
9315--9353	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9515--9539	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
23043--23119	31	2.5	33	77	16	83	53	14	16	15	1.74
28055--28312	28	9.4	27	83	7	299	34	0	18	45	1.56
28168--28324	23	6.3	23	73	18	75	35	1	17	46	1.56
28273--28344	23	3.1	22	75	11	65	30	0	23	45	1.53
28298--28332	17	2.0	18	88	5	54	31	0	20	48	1.50
28429--28469	18	2.3	18	95	0	73	29	0	21	48	1.50
28424--28495	23	3.1	23	70	28	71	30	0	20	48	1.50
31605--31657	16	3.2	16	82	12	63	66	1	0	32	1.03
38409--38497	44	2.0	44	93	0	151	34	25	7	31	1.85
43703--43742	13	3.0	14	82	10	57	75	0	25	0	0.81
45225--45283	25	2.3	27	80	16	72	45	1	23	28	1.63
46018--46138	42	2.9	42	77	9	122	40	17	23	18	1.91
46098--46175	21	3.8	21	75	3	86	44	17	19	17	1.87
48272--48318	24	2.0	24	84	8	62	8	19	2	70	1.24
50902--50987	21	4.2	21	81	8	88	40	16	25	17	1.90
56794--56838	8	5.6	8	86	0	54	48	0	8	42	1.34
56794--56838	18	2.5	18	92	0	72	48	0	8	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56794--56828	10	3.5	10	96	0	61	51	0	5	42	1.25
57043--57082	3	13.0	3	84	5	53	62	2	2	32	1.22
59916--59955	16	2.6	16	88	4	55	37	5	0	57	1.21
67434--67492	23	2.6	23	86	5	84	59	1	0	38	1.08
67476--67503	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
67788--67825	20	2.0	20	89	5	60	50	7	13	28	1.69
71056--71090	7	5.0	7	92	0	61	25	0	14	60	1.35
71049--71090	21	2.0	21	95	0	75	23	2	11	61	1.42
74156--74192	7	5.1	7	87	6	56	54	40	0	5	1.24
74156--74198	14	3.1	14	84	15	54	53	39	0	6	1.28
74367--74407	20	2.1	20	86	4	57	14	56	14	14	1.69
75409--75445	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
75986--76199	72	3.0	72	97	0	392	29	18	16	35	1.92
80850--80878	7	4.1	7	100	0	58	72	0	0	27	0.85
82281--82406	50	2.5	50	74	5	121	23	22	22	32	1.98
84486--84510	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
91400--91456	29	1.9	30	82	10	73	71	7	5	15	1.25
92126--92167	10	4.0	11	81	9	52	78	2	16	2	0.96
92126--92167	21	2.0	21	85	0	57	78	2	16	2	0.96
105877--106115	119	2.0	120	99	0	471	47	5	7	39	1.55
112259--112287	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
115320--115373	25	2.2	25	96	0	99	38	20	12	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116184--116336	21	7.3	21	94	2	247	7	31	4	56	1.46
116184--116336	42	3.6	42	93	3	272	7	31	4	56	1.46
128470--128646	93	1.9	93	83	0	228	29	21	25	23	1.99
131716--131833	44	2.6	45	81	2	157	25	26	17	30	1.97
131940--132148	50	4.2	50	72	2	159	23	24	22	29	1.99
131966--132151	100	1.9	100	88	0	282	23	25	22	28	1.99
132994--133020	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
139698--139737	20	2.0	20	90	0	62	27	12	27	32	1.93
148778--148813	14	2.6	14	90	0	54	38	8	25	27	1.84
151527--151561	13	2.7	13	95	0	61	42	25	8	22	1.82
156501--156614	23	5.0	23	88	4	167	35	28	19	17	1.94
160635--160680	23	2.0	23	83	12	58	17	8	2	71	1.21
161952--161991	16	2.4	18	80	19	52	47	0	12	40	1.41
164519--164550	15	2.1	15	100	0	64	40	6	18	34	1.76
171759--171800	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
172957--172983	14	1.9	14	100	0	54	44	7	7	40	1.60
176372--176451	38	2.1	38	100	0	160	43	12	16	27	1.83
176816--176865	12	4.5	11	81	16	59	62	4	0	34	1.14
176817--176865	22	2.2	22	85	7	64	63	4	0	32	1.13
186767--186840	36	2.1	36	92	0	121	48	5	12	33	1.63
193251--193300	26	1.9	26	91	0	82	28	8	12	52	1.66
194237--194273	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194918--194960	17	2.5	16	82	14	50	62	2	27	6	1.33
196486--196518	17	1.9	17	93	0	57	36	0	12	51	1.39
199907--200232	135	2.4	135	98	0	627	29	11	23	36	1.90
210342--210388	24	2.0	24	87	8	69	31	10	0	57	1.33
210342--210379	12	3.2	12	82	10	51	34	10	0	55	1.34
213871--213896	9	2.9	9	100	0	52	46	0	11	42	1.40
213969--214004	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
215633--215744	44	2.5	44	85	0	143	26	21	18	33	1.97
215634--216052	138	3.0	137	83	4	450	29	21	18	30	1.97
215798--216027	44	5.1	44	70	11	151	29	21	19	29	1.97
215697--216056	138	2.6	138	85	2	454	30	22	17	29	1.97
216486--216535	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
251968--252003	15	2.4	15	90	0	54	19	0	0	80	0.71
256805--256931	43	3.0	42	80	15	152	22	18	28	29	1.98
259323--259360	13	3.0	12	92	3	58	34	23	23	18	1.96
262708--262753	21	2.0	24	84	12	62	45	0	2	52	1.13
263046--263513	233	2.0	234	99	0	920	37	8	11	42	1.72
264191--264228	15	2.4	16	82	13	51	15	5	10	68	1.36
265998--266028	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
275591--275671	42	1.9	42	94	0	144	35	2	30	30	1.71
275728--275791	17	3.6	17	74	12	65	28	3	17	51	1.60
275726--275797	37	1.9	37	97	0	135	30	5	15	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276786--276812	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
277755--277831	29	2.7	27	70	18	66	50	2	0	46	1.15
290763--290803	21	2.0	21	85	9	57	34	4	9	51	1.56
299798--299830	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
305524--305553	12	2.5	12	94	0	51	23	30	16	30	1.96
309894--310453	193	2.9	192	80	8	582	38	17	15	29	1.90
312000--312284	123	2.3	124	90	0	455	30	18	21	30	1.97
315327--315580	48	5.3	48	99	0	499	44	10	0	44	1.41
315713--315760	21	2.3	22	79	17	57	8	20	41	29	1.81
317879--317928	22	2.3	22	83	10	66	48	0	28	24	1.52
317879--317928	10	4.6	10	79	16	55	48	0	28	24	1.52
318526--318618	44	2.1	44	84	9	118	34	3	26	35	1.73
319632--319690	30	2.0	30	96	0	109	45	15	20	18	1.85
321801--321840	18	2.2	18	95	0	71	52	2	37	7	1.43
328602--328656	22	2.6	21	88	11	85	56	12	23	7	1.61
334459--334536	18	4.4	16	77	19	68	29	2	2	65	1.19
334466--334535	36	1.9	36	83	11	90	30	2	2	64	1.22
336025--336174	49	3.1	46	63	14	104	42	2	18	37	1.64
335895--336177	98	2.9	96	82	4	336	42	2	17	37	1.61
335895--336209	98	3.3	95	79	8	283	42	2	17	36	1.63
336256--336543	126	2.3	126	91	0	459	31	19	20	28	1.97
337622--337682	30	2.0	30	83	0	77	6	14	44	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341244--341300	10	5.3	10	80	15	60	47	0	29	22	1.52
341244--341300	23	2.6	21	89	10	96	47	0	29	22	1.52
359118--359142	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
362854--362950	42	2.3	42	89	3	142	25	26	10	37	1.88
373948--373992	21	2.1	21	95	0	81	31	13	26	28	1.94
380382--380478	49	2.0	49	100	0	194	41	2	9	47	1.47
383544--383603	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
383899--383929	9	3.4	9	100	0	62	41	22	12	22	1.88
384141--384553	125	3.3	125	92	0	666	28	19	18	32	1.96
384736--384777	21	2.0	21	85	0	57	45	40	2	11	1.54

Tables:   1   2