genome.fa.s3129.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold310
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  899071

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 236 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
479465--479698	50	4.7	50	83	0	279	26	20	30	22	1.99
483106--483138	15	2.3	15	89	5	50	24	18	18	39	1.92
486639--486809	50	3.5	50	83	7	224	26	22	29	21	1.99
486646--486822	97	1.8	97	86	0	255	27	21	29	22	1.99
495885--495964	39	2.0	39	82	2	97	31	22	23	22	1.99
495982--496148	41	4.1	41	80	6	178	20	22	28	28	1.99
495987--496138	82	1.9	82	83	2	198	21	23	28	26	1.99
496386--496538	7	21.7	7	73	7	96	18	0	33	47	1.53
496386--496453	21	3.2	21	93	0	109	14	0	33	51	1.43
496400--496539	14	9.9	14	75	10	106	18	0	34	46	1.55
496789--496815	14	1.9	14	100	0	54	33	0	29	37	1.58
496816--496881	21	3.1	21	78	8	62	25	0	34	39	1.56
501557--501668	43	2.6	43	95	0	197	20	19	32	27	1.97
502537--502572	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
513508--513539	16	2.1	16	94	5	57	50	6	18	25	1.70
516590--516809	120	1.8	120	83	1	289	23	18	25	32	1.97
521472--521542	16	4.4	16	80	7	72	39	8	22	29	1.83
521524--521616	44	2.1	46	86	8	129	32	5	25	36	1.79
524466--524516	22	2.4	21	83	3	57	0	27	0	72	0.85
532713--532743	14	2.2	14	94	0	53	83	0	16	0	0.64
532712--532747	5	7.4	5	87	6	56	83	0	16	0	0.65
533020--533086	35	1.9	35	85	11	93	56	1	7	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
534783--535309	264	2.0	262	97	1	993	40	8	15	36	1.77
550096--550180	40	2.1	41	84	2	109	31	27	17	23	1.97
560160--560229	26	2.7	25	76	6	77	45	2	18	32	1.64
567365--567416	22	2.4	21	78	6	59	78	5	1	13	1.01
567372--567419	16	2.9	15	77	17	51	79	6	2	12	1.01
567372--567419	17	2.9	16	75	9	51	79	6	2	12	1.01
571726--571765	18	2.2	18	86	0	53	52	2	2	42	1.28
573873--573940	34	2.0	34	100	0	136	29	23	20	26	1.99
585092--585131	18	2.2	18	86	0	53	52	2	2	42	1.28
589246--589283	20	1.9	20	94	0	67	34	7	13	44	1.72
589378--589420	20	2.1	21	86	4	61	44	4	0	51	1.22
594429--594564	50	2.7	50	86	3	175	30	16	20	33	1.94
597313--597398	29	3.0	29	92	0	136	37	12	25	24	1.91
598180--598207	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
599211--599279	34	2.0	34	100	0	138	27	2	17	52	1.59
606127--607118	496	2.0	496	100	0	1984	28	10	20	40	1.85
615910--616022	50	2.3	50	76	0	127	26	24	26	22	2.00
616292--616330	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
623411--623598	50	3.7	50	79	6	171	28	21	28	22	1.99
623856--623894	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
641897--641986	36	2.5	36	100	0	180	40	23	16	20	1.91
644604--644775	50	3.4	50	90	0	272	26	23	30	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651216--651250	10	3.5	10	88	0	52	45	22	8	22	1.79
651216--651264	20	2.4	20	82	3	62	44	20	8	26	1.79
661985--662045	26	2.2	28	82	5	72	9	13	4	72	1.27
670351--670389	20	2.0	20	90	10	62	35	23	30	10	1.88
670387--670437	22	2.3	22	96	0	93	35	37	11	15	1.84
677268--677316	19	2.8	17	79	11	53	75	2	2	20	1.00
677268--677316	18	2.8	17	82	14	55	75	2	2	20	1.00
681488--681533	24	1.9	24	95	0	83	28	21	13	36	1.91
690391--690426	19	1.9	19	88	5	56	30	2	0	66	1.06
703020--703054	17	2.1	17	89	10	54	17	28	31	22	1.96
709471--709498	6	4.7	6	100	0	56	0	32	0	67	0.91
709439--709713	134	2.1	134	95	0	496	23	13	16	46	1.83
709605--709632	6	4.7	6	100	0	56	0	32	0	67	0.91
712074--712146	37	2.0	37	88	0	110	34	13	17	34	1.90
717315--717419	36	2.9	37	83	8	110	20	7	3	68	1.30
717332--717426	12	7.8	12	73	12	61	21	6	3	69	1.25
717364--717425	19	3.5	18	82	8	83	25	3	3	67	1.20
719675--719725	25	2.0	25	92	0	84	35	5	17	41	1.74
723357--723482	50	2.6	47	83	5	155	19	29	24	26	1.99
736939--736999	29	2.1	29	96	0	113	26	14	6	52	1.66
742469--742617	80	1.9	80	91	0	244	38	8	10	41	1.71
744853--744885	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749945--749991	24	2.0	23	91	4	76	36	0	4	59	1.17
750631--750701	17	4.0	18	71	22	60	67	2	1	28	1.13
750629--750798	9	19.1	9	70	17	81	62	2	3	31	1.27
750784--750809	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
750806--750854	23	2.1	23	92	7	82	59	6	0	34	1.22
754564--754687	59	2.1	59	95	0	221	45	17	5	30	1.72
756273--756358	42	2.0	43	93	2	147	32	25	17	24	1.97
762499--762576	23	3.5	22	79	8	77	23	23	17	35	1.95
762525--762576	22	2.3	23	86	3	70	23	25	21	30	1.99
769452--769518	23	2.9	22	77	4	71	20	20	17	40	1.92
776009--776049	15	2.7	15	85	10	57	51	0	7	41	1.30
779598--779633	14	2.5	14	95	4	63	80	13	5	0	0.88
780052--780188	42	3.3	42	92	2	222	20	18	24	36	1.95
780633--780676	3	14.7	3	95	0	79	31	31	2	34	1.70
780799--780827	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
781314--781353	21	1.9	21	89	0	62	45	5	7	42	1.54
800885--800953	21	3.3	21	76	8	68	11	13	34	40	1.80
806682--806820	50	2.8	50	82	1	170	23	27	24	25	2.00
811188--811487	149	2.0	150	99	0	593	37	19	13	29	1.90
816018--816483	26	17.7	26	84	2	447	38	20	17	23	1.93
816356--816500	54	2.7	55	82	4	170	44	21	17	16	1.87
816261--816499	81	3.0	80	79	3	248	42	20	17	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816236--816500	27	10.0	26	77	7	142	41	20	16	20	1.90
816644--816717	27	2.8	27	83	6	89	18	25	21	33	1.96
816703--816752	26	1.9	26	87	0	73	22	20	22	36	1.96
832499--832536	13	3.0	13	88	3	51	21	0	47	31	1.51
834203--834255	27	2.0	27	100	0	106	41	26	13	18	1.87
840227--840264	13	3.0	13	88	3	51	21	0	47	31	1.51
842603--842897	50	5.8	50	81	5	256	23	28	20	26	1.99
850162--850509	50	6.8	50	78	6	272	22	28	21	27	1.99
850218--850509	50	5.7	51	81	5	279	21	29	21	27	1.99
850268--850509	101	2.3	105	82	6	289	21	30	21	26	1.98
858389--858434	21	2.2	21	96	0	83	28	0	26	45	1.54
858427--858482	6	9.0	6	76	7	58	16	0	42	41	1.48
870016--870054	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
872548--872587	17	2.4	17	86	0	53	30	32	20	17	1.95
881922--881976	29	1.9	28	88	3	83	63	18	1	16	1.39
886878--886960	43	1.9	43	90	0	130	30	28	15	25	1.96
889104--889308	76	2.7	76	97	0	383	32	25	20	20	1.97
891945--891977	16	2.0	17	88	5	50	72	0	21	6	1.05
895196--895459	43	6.1	43	84	0	321	24	32	18	24	1.97
895196--895460	129	2.1	129	88	0	386	24	32	18	24	1.97
895604--895712	43	2.5	43	88	2	148	22	31	20	26	1.98
896037--896209	87	2.0	87	89	0	265	12	28	17	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896128--896168	21	2.0	21	90	0	64	4	48	14	31	1.65
896313--896356	21	2.1	21	83	8	54	34	2	18	45	1.62
897442--897468	14	1.9	14	100	0	54	59	18	7	14	1.58
897716--897759	21	2.1	21	100	0	88	27	15	43	13	1.85
898002--898614	147	4.2	147	73	6	469	35	22	17	25	1.95
898002--898774	147	5.3	146	73	7	462	34	21	17	26	1.95

Tables:   1   2

The End!